More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VIBHAR_06570 on replicon NC_009784
Organism: Vibrio harveyi ATCC BAA-1116



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009784  VIBHAR_06570  ABC amino acid transporter periplasmic ligand binding protein  100 
 
 
363 aa  742    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1231  extracellular solute-binding protein  59.28 
 
 
366 aa  417  9.999999999999999e-116  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.196544  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0534  extracellular solute-binding protein  29.21 
 
 
378 aa  142  6e-33  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000119937  normal  0.231064 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2108  Ion transport 2 domain protein  27.57 
 
 
380 aa  132  1.0000000000000001e-29  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.64507  normal  0.2077 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0243  extracellular solute-binding protein  28.31 
 
 
352 aa  120  4.9999999999999996e-26  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.461233  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0989  ionotropic glutamate receptor  26.41 
 
 
385 aa  116  6.9999999999999995e-25  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  decreased coverage  0.00799659  normal  0.390721 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3185  extracellular solute-binding protein family 3  26.11 
 
 
386 aa  114  3e-24  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0319469  normal  0.327167 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_17521  GIC family ligand gated channel  25.15 
 
 
333 aa  110  3e-23  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.689704 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2998  extracellular solute-binding protein  27.38 
 
 
354 aa  102  9e-21  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.593817  normal  0.519466 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2561  extracellular solute-binding protein  25.99 
 
 
367 aa  102  1e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3087  extracellular solute-binding protein  28.35 
 
 
360 aa  100  3e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.332328 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5634  extracellular solute-binding protein  26.67 
 
 
376 aa  100  4e-20  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4230  extracellular solute-binding protein  27.08 
 
 
396 aa  97.8  2e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.062377 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4470  extracellular solute-binding protein  23.84 
 
 
360 aa  96.3  8e-19  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.643517  normal  0.165286 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4522  extracellular solute-binding protein  26.46 
 
 
375 aa  93.2  6e-18  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.45812  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0766  ionotropic glutamate receptor  24.78 
 
 
357 aa  92  1e-17  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3401  extracellular solute-binding protein family 3  23.86 
 
 
345 aa  84  0.000000000000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.288087 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3053  extracellular solute-binding protein  38.68 
 
 
244 aa  72.8  0.000000000009  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000807518  normal  0.0316275 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1044  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  38.68 
 
 
244 aa  71.6  0.00000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0919  extracellular solute-binding protein  38.68 
 
 
244 aa  72  0.00000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.994657 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2855  extracellular solute-binding protein  34.52 
 
 
249 aa  71.6  0.00000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0882  extracellular solute-binding protein  37.74 
 
 
244 aa  70.9  0.00000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00121366  normal  0.225798 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3397  extracellular solute-binding protein  35.2 
 
 
245 aa  70.1  0.00000000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0986  extracellular solute-binding protein  36.79 
 
 
244 aa  69.3  0.0000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3392  extracellular solute-binding protein  36.79 
 
 
244 aa  69.3  0.0000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0624048  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3027  extracellular solute-binding protein  36.79 
 
 
244 aa  68.9  0.0000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2367  extracellular solute-binding protein family 3  36.9 
 
 
246 aa  68.6  0.0000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1848  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  35.64 
 
 
513 aa  68.9  0.0000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0951  extracellular solute-binding protein  36.79 
 
 
244 aa  69.3  0.0000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1056  extracellular solute-binding protein  30.69 
 
 
250 aa  68.2  0.0000000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000133402  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1918  extracellular solute-binding protein family 3  34.12 
 
 
248 aa  68.6  0.0000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0414  extracellular solute-binding protein  34.31 
 
 
252 aa  67.8  0.0000000003  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1658  extracellular solute-binding protein  31.39 
 
 
243 aa  67.4  0.0000000004  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.00000026827  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1806  extracellular solute-binding protein  32.35 
 
 
253 aa  66.2  0.0000000008  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.0263139  unclonable  0.0000000066734 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3166  extracellular solute-binding protein  33.02 
 
 
242 aa  65.5  0.000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.190587  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2141  extracellular solute-binding protein  35.37 
 
 
247 aa  65.9  0.000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.0343212 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4024  extracellular solute-binding protein  31.37 
 
 
270 aa  65.1  0.000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.400278  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3760  extracellular solute-binding protein  37.5 
 
 
245 aa  64.3  0.000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.000000882813  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1093  extracellular solute-binding protein family 3  32.1 
 
 
247 aa  64.7  0.000000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.253807  normal  0.019092 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0168  extracellular solute-binding protein  26.96 
 
 
247 aa  63.9  0.000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00778  glutamine ABC transporter periplasmic protein  31.71 
 
 
248 aa  63.5  0.000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2831  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  31.71 
 
 
248 aa  63.5  0.000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0546212  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0880  glutamine ABC transporter periplasmic protein  31.71 
 
 
248 aa  63.5  0.000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000245333  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1775  extracellular solute-binding protein  40.28 
 
 
251 aa  63.5  0.000000005  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.742308  hitchhiker  0.000324527 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0867  glutamine ABC transporter periplasmic protein  31.71 
 
 
248 aa  63.5  0.000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.00000000156347  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2832  glutamine ABC transporter periplasmic protein  31.71 
 
 
248 aa  63.5  0.000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.220182  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0835  glutamine ABC transporter periplasmic protein  31.71 
 
 
248 aa  63.5  0.000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.0000431676  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00795  hypothetical protein  31.71 
 
 
248 aa  63.5  0.000000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0960  glutamine ABC transporter periplasmic protein  31.71 
 
 
248 aa  63.5  0.000000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.000163371  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2537  glutamine ABC transporter periplasmic protein  31.71 
 
 
248 aa  63.2  0.000000007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000279663  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0655  ABC-type amino acid transport system, permease and periplasmic component  37.66 
 
 
490 aa  63.2  0.000000007  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  unclonable  0.00122809  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2391  glutamine ABC transporter periplasmic protein  29.6 
 
 
248 aa  62.8  0.000000008  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.333457  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0076  extracellular solute-binding protein  35.35 
 
 
253 aa  62.4  0.00000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.717965  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1566  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  24.7 
 
 
1047 aa  62.4  0.00000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0544  ABC-type amino acid transport system, permease and periplasmic component  37.93 
 
 
501 aa  62.4  0.00000001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.0576109  unclonable  7.662799999999999e-28 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1452  amino acid ABC transporter periplasmic protein  32.95 
 
 
264 aa  62  0.00000001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.000020347  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0972  extracellular solute-binding protein family 3  36.56 
 
 
250 aa  62.4  0.00000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.801508  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0978  glutamine ABC transporter periplasmic protein  30.08 
 
 
248 aa  62  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0375425  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0894  glutamine ABC transporter periplasmic protein  30.08 
 
 
248 aa  62  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.379869  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0866  glutamine ABC transporter periplasmic protein  30.08 
 
 
248 aa  62  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.717155  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0470  extracellular solute-binding protein  32.04 
 
 
247 aa  62  0.00000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0925  glutamine ABC transporter periplasmic protein  30.08 
 
 
248 aa  62  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0376492  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0957  glutamine ABC transporter periplasmic protein  30.08 
 
 
248 aa  62  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0849319  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0727  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  36.71 
 
 
503 aa  61.6  0.00000002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000000479447  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3886  amino acid ABC transporter permease  31.52 
 
 
501 aa  61.2  0.00000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1070  glutamine ABC transporter, glutamine-binding protein  27.41 
 
 
263 aa  60.1  0.00000006  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.623597  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2239  flagellar hook protein FlgE  32.22 
 
 
257 aa  59.7  0.00000007  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  unclonable  0.000000435982  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1495  glutamine ABC transporter periplasmic protein  29.27 
 
 
247 aa  59.7  0.00000007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000566563  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1912  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  36 
 
 
485 aa  59.3  0.0000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.000000291813  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1466  glutamine ABC transporter, glutamine-binding protein/permease protein  31 
 
 
727 aa  58.9  0.0000001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1455  amino acid ABC transporter periplasmic protein  29.17 
 
 
276 aa  59.3  0.0000001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0000239011  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1946  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  36 
 
 
485 aa  59.3  0.0000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.00000538211  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2649  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  31.76 
 
 
269 aa  58.2  0.0000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0413  homoserine kinase (HSK; HK)  34.15 
 
 
256 aa  58.2  0.0000002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.862983  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18770  extracellular solute-binding protein family 3  32.58 
 
 
244 aa  58.2  0.0000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  1.74936e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0495  TcmP  27.52 
 
 
255 aa  58.5  0.0000002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00865  arginine transporter subunit  29.75 
 
 
243 aa  57.4  0.0000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2471  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtJ  29.75 
 
 
243 aa  57.8  0.0000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.198291  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1773  glutamine ABC transporter periplasmic protein  32 
 
 
247 aa  57.8  0.0000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000148695  normal  0.114873 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1600  glutamine ABC transporter periplasmic protein  32 
 
 
247 aa  57.8  0.0000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00871  hypothetical protein  29.75 
 
 
243 aa  57.4  0.0000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0759  extracellular solute-binding protein  32.22 
 
 
265 aa  57.8  0.0000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.221068  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2357  glutamine ABC transporter periplasmic protein  32.26 
 
 
253 aa  57.8  0.0000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2878  glutamine ABC transporter periplasmic protein  27.36 
 
 
248 aa  57.8  0.0000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0116852  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1298  glutamine ABC transporter periplasmic protein  30.89 
 
 
247 aa  58.2  0.0000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.219686  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2736  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  29.75 
 
 
243 aa  57.4  0.0000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0318086  normal  0.950747 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0964  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtJ  29.75 
 
 
243 aa  57.4  0.0000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0932  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtJ  29.75 
 
 
243 aa  57.4  0.0000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2782  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  29.75 
 
 
243 aa  57.4  0.0000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0257892  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1395  amino acid ABC transporter, permease/amino acid-binding protein, putative  33.33 
 
 
485 aa  57.4  0.0000004  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1479  glutamine ABC transporter periplasmic protein  29.51 
 
 
247 aa  57.4  0.0000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1454  amino acid ABC transporter periplasmic protein  33.8 
 
 
265 aa  57.4  0.0000004  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.00353635  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1156  glutamine ABC transporter periplasmic protein  30.88 
 
 
248 aa  57.4  0.0000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.752491  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0589  extracellular solute-binding protein family 3  28.33 
 
 
247 aa  57.4  0.0000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0251025  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1050  extracellular solute-binding protein  31.87 
 
 
286 aa  57  0.0000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.875025  normal  0.0927945 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2669  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.53 
 
 
1047 aa  57  0.0000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0584  amino acid ABC transporter periplasmic protein  29.41 
 
 
273 aa  57  0.0000005  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0380043  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1961  glutamine ABC transporter periplasmic protein  32.56 
 
 
250 aa  56.6  0.0000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.40948  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1584  glutamine ABC transporter periplasmic protein  27.36 
 
 
248 aa  56.6  0.0000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.118123  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3045  extracellular solute-binding protein  34.34 
 
 
252 aa  56.6  0.0000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.29813  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>