More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VIBHAR_06418 on replicon NC_009784
Organism: Vibrio harveyi ATCC BAA-1116



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009784  VIBHAR_06418  hypothetical protein  100 
 
 
70 aa  140  4e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000590  cold shock protein CspA  94.03 
 
 
69 aa  129  2.0000000000000002e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00446829  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1111  cold shock transcriptional regulator CspA  78.57 
 
 
70 aa  117  3.9999999999999996e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0306  cold shock domain-contain protein  78.57 
 
 
70 aa  114  6e-25  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.751232  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001501  cold shock transcriptional regulator CspA  78.57 
 
 
70 aa  112  1.0000000000000001e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.103059  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2963  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  77.14 
 
 
70 aa  109  2.0000000000000002e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.711924 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1358  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  70 
 
 
70 aa  103  9e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000569017 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0927  cold-shock protein, DNA-binding  70 
 
 
70 aa  103  1e-21  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000650584  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1034  cold shock-like protein CspG  74.24 
 
 
69 aa  102  1e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0531  cold-shock DNA-binding protein family protein  68.57 
 
 
70 aa  102  2e-21  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1257  putative cold shock-like protein  68.57 
 
 
70 aa  102  2e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.143325 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0526  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.57 
 
 
70 aa  102  2e-21  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0898507  hitchhiker  0.00873644 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0051  cold shock protein  76.56 
 
 
69 aa  102  2e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.86437  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0735  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  70 
 
 
70 aa  102  2e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03487  putative cold shock-like protein cspG  68.66 
 
 
69 aa  100  5e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1648  cold shock domain-contain protein  71.64 
 
 
69 aa  100  5e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3261  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  75.38 
 
 
69 aa  100  5e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2698  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  70 
 
 
70 aa  100  7e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.089353  normal  0.418887 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2883  cold-shock DNA-binding domain protein  70.15 
 
 
69 aa  100  1e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00808952 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1500  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  70.15 
 
 
69 aa  100  1e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1464  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  70.15 
 
 
69 aa  100  1e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1366  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  70.15 
 
 
69 aa  99  2e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1469  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  70.15 
 
 
69 aa  99  2e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02738  putative Cold shock-like protein  69.12 
 
 
70 aa  99.4  2e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.161159  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2622  cold-shock DNA-binding protein family protein  70.15 
 
 
69 aa  99.4  2e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00345453 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2689  cold-shock DNA-binding protein family protein  70.15 
 
 
69 aa  99.4  2e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  unclonable  0.0000312687 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03406  major cold shock protein  67.14 
 
 
70 aa  97.8  5e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0156  cold-shock DNA-binding domain protein  67.14 
 
 
70 aa  97.8  5e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3757  major cold shock protein  67.14 
 
 
70 aa  97.8  5e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03357  hypothetical protein  67.14 
 
 
70 aa  97.8  5e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3864  major cold shock protein  67.14 
 
 
70 aa  97.8  5e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3970  major cold shock protein  67.14 
 
 
70 aa  97.8  5e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4932  major cold shock protein  67.14 
 
 
70 aa  97.8  5e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.859989 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4033  major cold shock protein  67.14 
 
 
70 aa  97.8  5e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.661127  normal  0.575238 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3845  major cold shock protein  67.14 
 
 
70 aa  97.8  5e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.644384  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3929  major cold shock protein  67.14 
 
 
70 aa  97.8  5e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4052  major cold shock protein  67.14 
 
 
70 aa  97.8  5e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1165  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  70.31 
 
 
69 aa  97.8  5e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.122246 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3877  major cold shock protein  67.14 
 
 
70 aa  97.8  5e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.76351  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3973  major cold shock protein  67.14 
 
 
70 aa  97.8  5e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0160  major cold shock protein  67.14 
 
 
70 aa  97.8  5e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0172  cold-shock DNA-binding domain protein  71.43 
 
 
67 aa  96.3  1e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.0000163048  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0614  cold shock-like protein  68.75 
 
 
69 aa  95.9  2e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.099487  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0613  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.18 
 
 
71 aa  95.5  2e-19  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.513087  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3621  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  71.43 
 
 
69 aa  95.5  2e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0652324  hitchhiker  0.000182164 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1715  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.18 
 
 
69 aa  95.1  3e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5449  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.06 
 
 
94 aa  95.1  3e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.265568  normal  0.248856 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0166  major cold shock protein  64.29 
 
 
70 aa  94.4  6e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05396  hypothetical protein  66.18 
 
 
69 aa  94  7e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4529  cold shock DNA-binding domain-containing protein  70.77 
 
 
68 aa  93.6  8e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1731  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.71 
 
 
69 aa  93.2  1e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  0.0000000915529  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2958  cold shock protein CspE  59.7 
 
 
69 aa  92  2e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0282333  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1858  cold shock protein CspE  59.7 
 
 
69 aa  92  2e-18  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0644498  normal  0.32354 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3031  cold shock protein CspE  59.7 
 
 
69 aa  92  2e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.036334  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1172  cold shock protein CspE  61.19 
 
 
69 aa  92.4  2e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000586616  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3159  cold shock protein CspE  61.19 
 
 
69 aa  92.4  2e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00000139034  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0507  cold-shock DNA-binding domain protein  67.19 
 
 
67 aa  92.4  2e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.804223  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2213  cold shock-like protein CspC  62.69 
 
 
69 aa  91.7  3e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00000972653  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1388  cold-shock DNA-binding protein family protein  63.64 
 
 
67 aa  92  3e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000202704  normal  0.239262 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1920  cold shock-like protein CspC  62.69 
 
 
69 aa  91.7  3e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000217103  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1189  cold shock protein CspE  59.7 
 
 
69 aa  91.7  3e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1376  cold-shock DNA-binding protein family protein  70.97 
 
 
67 aa  91.7  3e-18  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.128629  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1159  cold shock protein CspE  61.19 
 
 
69 aa  91.3  4e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.752683 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0670  cold shock protein CspE  61.19 
 
 
69 aa  91.3  4e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00211319  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001460  cold shock protein CspE  62.86 
 
 
69 aa  91.3  4e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0788  cold shock protein CspE  61.19 
 
 
69 aa  91.3  4e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0838453  normal  0.873226 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1449  cold-shock DNA-binding protein family protein  67.19 
 
 
67 aa  91.3  4e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0744  cold shock protein CspE  61.19 
 
 
69 aa  91.3  4e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.231158  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0730  cold shock protein CspE  61.19 
 
 
69 aa  91.3  4e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3904  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.19 
 
 
67 aa  91.3  4e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4464  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.19 
 
 
67 aa  91.3  4e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5838  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.19 
 
 
67 aa  91.3  4e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.284132  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0684  cold shock protein CspE  61.19 
 
 
69 aa  91.3  4e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2559  cold-shock DNA-binding domain protein  67.69 
 
 
67 aa  90.9  5e-18  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.0164583 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3784  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.86 
 
 
69 aa  90.9  5e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0221  cold-shock DNA-binding domain protein  62.86 
 
 
70 aa  90.9  5e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2498  cold-shock DNA-binding protein family protein  61.43 
 
 
70 aa  90.9  5e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000241121  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2129  cold-shock DNA-binding domain protein  62.86 
 
 
70 aa  91.3  5e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2027  cold shock-like protein CspC  62.69 
 
 
69 aa  90.5  6e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.149984  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4361  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.62 
 
 
67 aa  90.9  6e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4042  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.15 
 
 
67 aa  90.9  6e-18  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2974  cold shock protein CspE  59.7 
 
 
69 aa  90.5  6e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0637761  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1092  cold shock DNA-binding domain-containing protein  64.29 
 
 
69 aa  90.5  6e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000741991  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3052  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  60 
 
 
70 aa  90.5  6e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3900  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.62 
 
 
67 aa  90.9  6e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.878106  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1840  cold-shock DNA-binding domain protein  62.86 
 
 
70 aa  90.9  6e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4166  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.62 
 
 
67 aa  90.5  6e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.745487  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2554  cold shock-like protein CspC  61.19 
 
 
69 aa  90.5  7e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00000000810099  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01793  stress protein, member of the CspA-family  61.19 
 
 
69 aa  90.5  7e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000145825  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1820  cold-shock DNA-binding domain protein  61.19 
 
 
69 aa  90.5  7e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000376643  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2089  cold shock-like protein CspC  61.19 
 
 
69 aa  90.5  7e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  2.57783e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_5001  cold shock protein  61.19 
 
 
69 aa  90.5  7e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.56924e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2051  cold shock-like protein CspC  61.19 
 
 
69 aa  90.5  7e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000465967  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01781  hypothetical protein  61.19 
 
 
69 aa  90.5  7e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000220518  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1913  cold shock-like protein CspC  61.19 
 
 
69 aa  90.5  7e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000658  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1981  cold shock-like protein CspC  61.19 
 
 
69 aa  90.5  7e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000173649  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2822  cold shock-like protein CspC  61.19 
 
 
69 aa  90.5  7e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.00000000720852  decreased coverage  0.000019593 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1294  cold shock-like protein CspC  61.19 
 
 
69 aa  90.5  7e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000632959  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1977  cold shock-like protein CspC  61.19 
 
 
69 aa  90.5  7e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.00000786929  normal  0.190727 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2158  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  61.43 
 
 
69 aa  90.5  7e-18  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>