More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VIBHAR_05533 on replicon NC_009784
Organism: Vibrio harveyi ATCC BAA-1116



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009784  VIBHAR_05533  transcriptional regulator  100 
 
 		 276 aa  568  1e-161  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0425  LysR family transcriptional regulator  49.82 
 
 		 281 aa  275  8e-73  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0006  LysR family transcriptional regulator  47.62 
 
 		 282 aa  255  5e-67  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000487815 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0006  LysR family transcriptional regulator  47.62 
 
 		 282 aa  253  2.0000000000000002e-66  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0557081 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0014  transcriptional regulator  46.91 
 
 		 282 aa  252  4.0000000000000004e-66  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000122814 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0413  LysR family transcriptional regulator  42.29 
 
 		 302 aa  208  9e-53  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1438  LysR family transcriptional regulator  35.02 
 
 		 283 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.371072  normal  0.234333 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3993  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 296 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00243747  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1863  LysR family transcriptional regulator  34.66 
 
 		 283 aa  161  1e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0321846  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4417  LysR family transcriptional regulator  34.77 
 
 		 294 aa  161  1e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0255776 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2045  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 285 aa  161  1e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000182672 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3851  LysR family transcriptional regulator  34.66 
 
 		 283 aa  161  1e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.522354  normal  0.130982 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1473  LysR family transcriptional regulator  34.3 
 
 		 283 aa  159  4e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.551192  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4935  LysR family transcriptional regulator  34.77 
 
 		 285 aa  159  5e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.929926  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2674  LysR family transcriptional regulator  33.2 
 
 		 294 aa  155  5.0000000000000005e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5283  LysR family transcriptional regulator  33.73 
 
 		 285 aa  155  6e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.287276  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3624  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.94 
 
 		 296 aa  154  1e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00214713  normal  0.293437 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2309  putative transcriptional regulator  34.19 
 
 		 284 aa  154  1e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3363  LysR family transcriptional regulator  33.73 
 
 		 294 aa  155  1e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.443471  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5004  LysR family transcriptional regulator  33.73 
 
 		 294 aa  155  1e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.492991  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27280  LysR family transcriptional regulator  34.56 
 
 		 284 aa  154  1e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0438  transcriptional regulator, LysR family  31.89 
 
 		 322 aa  153  2.9999999999999998e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0482  transcriptional regulator, LysR family  31.89 
 
 		 322 aa  153  2.9999999999999998e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0666  LysR family transcriptional regulator  33.2 
 
 		 294 aa  152  5e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.659834  normal  0.452137 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0384  LysR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 316 aa  152  7e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2133  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 284 aa  150  1e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00732746  normal  0.30911 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1770  transcriptional regulator, LysR family  33.21 
 
 		 284 aa  145  1e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1273  transcriptional regulator, LysR family  31.54 
 
 		 309 aa  143  3e-33  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0230632  normal  0.266535 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0243  LysR family transcriptional regulator  31.52 
 
 		 289 aa  142  5e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2879  LysR family transcriptional regulator  32.81 
 
 		 284 aa  141  9.999999999999999e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.624518 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5774  transcriptional regulator LysR family  31.82 
 
 		 332 aa  141  9.999999999999999e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3081  LysR family transcriptional regulator  32.57 
 
 		 323 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1867  LysR family transcriptional regulator  30.16 
 
 		 306 aa  140  1.9999999999999998e-32  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0368  LysR family transcriptional regulator  33.59 
 
 		 285 aa  139  3.9999999999999997e-32  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2824  LysR family transcriptional regulator  31.13 
 
 		 306 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2995  LysR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 321 aa  139  3.9999999999999997e-32  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1467  LysR family transcriptional regulator  33.46 
 
 		 285 aa  139  4.999999999999999e-32  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.398942 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2586  transcriptional regulator LysR family  31.33 
 
 		 324 aa  139  6e-32  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1788  LysR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 298 aa  138  7.999999999999999e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00324618 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0765  LysR family transcriptional regulator  29.34 
 
 		 322 aa  138  8.999999999999999e-32  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.144728  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0301  LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 294 aa  138  8.999999999999999e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3803  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 285 aa  138  1e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.180645 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3312  transcriptional regulator, LysR family  29.96 
 
 		 294 aa  138  1e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3636  transcriptional regulator, LysR family  29.96 
 
 		 295 aa  138  1e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3167  LysR family transcriptional regulator  31.35 
 
 		 283 aa  137  1e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2141  transcriptional regulator, LysR family  31.92 
 
 		 299 aa  137  2e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.882286  normal  0.197682 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0095  LysR family transcriptional regulator  33.47 
 
 		 291 aa  136  3.0000000000000003e-31  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1319  transcriptional regulator, LysR family  31.94 
 
 		 299 aa  136  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.232258  normal  0.131151 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0795  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.03 
 
 		 291 aa  136  3.0000000000000003e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0607  transcriptional regulator, LysR family  30.71 
 
 		 298 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2385  transcriptional regulator, LysR family  31.54 
 
 		 313 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0284947  hitchhiker  0.00966213 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1300  LysR family transcriptional regulator  30.5 
 
 		 299 aa  135  9.999999999999999e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.841181  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0745  LysR family transcriptional regulator  30.6 
 
 		 287 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1129  transcriptional regulator, LysR family  29.69 
 
 		 289 aa  133  3e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.412971  normal  0.826624 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1838  LysR family transcriptional regulator  33.46 
 
 		 296 aa  133  3e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.8381  normal  0.487096 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3309  LysR family transcriptional regulator  30.12 
 
 		 311 aa  132  5e-30  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000301615  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2773  transcriptional regulator, LysR family  29.96 
 
 		 316 aa  132  6e-30  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.785949  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4825  transcriptional regulator, LysR family  33.07 
 
 		 293 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0864247  normal  0.0253512 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0274  LysR family transcriptional regulator  30.98 
 
 		 286 aa  132  7.999999999999999e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7267  transcriptional regulator, LysR family  30.51 
 
 		 290 aa  132  9e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2626  transcriptional regulator, LysR family  30.95 
 
 		 290 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.117522  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5091  LysR family transcriptional regulator  31.78 
 
 		 295 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0219442 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1220  transcriptional regulator, LysR family  29.3 
 
 		 289 aa  130  2.0000000000000002e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.286254  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1559  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 310 aa  130  2.0000000000000002e-29  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.30474  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1278  LysR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 316 aa  130  2.0000000000000002e-29  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21400  Transcriptional regulator, LysR family  29.12 
 
 		 317 aa  130  2.0000000000000002e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4760  LysR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 296 aa  130  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4012  transcriptional regulator, LysR family  29.77 
 
 		 285 aa  129  4.0000000000000003e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0664049 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3930  LysR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 283 aa  129  5.0000000000000004e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.983373  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1452  transcriptional regulator LrhA  30 
 
 		 309 aa  129  5.0000000000000004e-29  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1817  LysR-family transcriptional regulatory protein  30 
 
 		 309 aa  129  5.0000000000000004e-29  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1491  transcriptional regulator, LysR family  29.96 
 
 		 316 aa  128  8.000000000000001e-29  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1806  LysR family transcriptional regulator  30.62 
 
 		 284 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.712022 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4450  LysR family transcriptional regulator  28.91 
 
 		 283 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2757  LysR family transcriptional regulator  29.57 
 
 		 292 aa  127  2.0000000000000002e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.486201  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2656  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 277 aa  127  2.0000000000000002e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.543187 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2043  LysR family transcriptional regulator  30.08 
 
 		 301 aa  126  3e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0201239 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6020  LysR family transcriptional regulator  30.29 
 
 		 279 aa  126  3e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0301148 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0615  transcription regulator protein  31.12 
 
 		 289 aa  126  4.0000000000000003e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.528971 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6152  LysR family transcriptional regulator  29.3 
 
 		 282 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.824926  normal  0.461056 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3829  LysR family transcriptional regulator  28.4 
 
 		 289 aa  126  4.0000000000000003e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.19019  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1431  LysR family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 289 aa  126  4.0000000000000003e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5787  LysR family transcriptional regulator  29.3 
 
 		 282 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0183  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 319 aa  125  9e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2551  transcriptional regulator, LysR family  28.74 
 
 		 311 aa  124  1e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.405251  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2212  transcriptional regulator, LysR family  30.77 
 
 		 283 aa  124  1e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.157885 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2994  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 348 aa  124  1e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2857  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 348 aa  124  2e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.682675 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2882  LysR family transcriptional regulator  30.29 
 
 		 315 aa  124  2e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.241105  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0405  LysR family transcriptional regulator  28.96 
 
 		 298 aa  124  2e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2942  LysR family transcriptional regulator  31.38 
 
 		 341 aa  123  3e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0877  transcriptional regulator, LysR family  29.07 
 
 		 287 aa  123  3e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.672229  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4653  LysR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 317 aa  123  4e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.519057 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2477  LysR family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 290 aa  122  5e-27  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1479  LysR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 294 aa  122  7e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0277632  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2354  LysR family transcriptional regulator  31.77 
 
 		 288 aa  122  8e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5843  LysR family transcriptional regulator  27.13 
 
 		 282 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0804  LysR family transcriptional regulator  29.2 
 
 		 288 aa  121  9.999999999999999e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0513022 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5304  transcriptional regulator, LysR family  30.27 
 
 		 289 aa  121  9.999999999999999e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5090  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 285 aa  120  1.9999999999999998e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>