176 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VIBHAR_04813 on replicon NC_009784
Organism: Vibrio harveyi ATCC BAA-1116



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009784  VIBHAR_04813  hypothetical protein  100 
 
 
365 aa  741  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2434  porin  29.38 
 
 
389 aa  130  4e-29  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.775403  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2283  porin  28.43 
 
 
385 aa  129  6e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0276  porin  29.07 
 
 
384 aa  128  1e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4086  porin  29.32 
 
 
384 aa  128  1e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3873  porin  29.07 
 
 
384 aa  128  1e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.0642035 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3977  porin Gram-negative type  29.32 
 
 
384 aa  127  2e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4055  porin  29.32 
 
 
384 aa  128  2e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3669  porin  29 
 
 
384 aa  127  4e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1487  porin  29.21 
 
 
389 aa  125  1e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.911374 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3681  porin  28.5 
 
 
384 aa  125  1e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4173  porin  28.82 
 
 
384 aa  124  2e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3060  outer membrane porin, putative  28.4 
 
 
389 aa  122  8e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0312  outer membrane porin, putative  29.25 
 
 
384 aa  120  3e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3366  porin  27.72 
 
 
385 aa  118  1e-25  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1568  porin  27.78 
 
 
403 aa  113  4e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  4.03403e-07  hitchhiker  1.52354e-06 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1515  porin  27.12 
 
 
402 aa  113  4e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  3.37456e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2723  porin Gram-negative type  28.26 
 
 
403 aa  112  9e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  8.66519e-09  hitchhiker  8.18773e-06 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2229  porin  29.37 
 
 
382 aa  112  1e-23  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.218103  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1654  porin  27.98 
 
 
403 aa  111  2e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  7.30706e-07  normal  0.12603 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1631  porin  28.26 
 
 
403 aa  111  2e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  1.33613e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1620  porin  27.74 
 
 
403 aa  109  9e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  2.07941e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2468  porin  27.66 
 
 
402 aa  108  1e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  2.93387e-08  hitchhiker  0.000118178 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3336  outer membrane porin, putative  28.57 
 
 
384 aa  108  2e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2557  porin  28.09 
 
 
402 aa  108  2e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.40328  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2536  porin  27.41 
 
 
402 aa  106  5e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000566311  unclonable  3.00208e-05 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2481  porin  27.47 
 
 
403 aa  106  6e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  2.11873e-07  hitchhiker  5.58993e-05 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3084  porin  26.75 
 
 
402 aa  104  2e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  6.11786e-07  decreased coverage  2.68212e-06 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2628  porin  27.66 
 
 
402 aa  105  2e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  1.06502e-07  hitchhiker  8.92589e-06 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3603  porin  25.74 
 
 
402 aa  102  1e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  9.08733e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2654  porin  27.8 
 
 
403 aa  100  3e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.157647  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1821  outer membrane porin, putative  26.76 
 
 
398 aa  97.4  4e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1006  outer membrane protein F  29.61 
 
 
363 aa  94.7  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00715949  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1114  outer membrane protein F  29.61 
 
 
363 aa  94.7  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0339552  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1064  outer membrane protein F  29.61 
 
 
363 aa  94.7  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000219898 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1032  outer membrane protein F  29.61 
 
 
363 aa  94.7  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.847393  normal  0.0115184 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1251  outer membrane porin, putative  25.85 
 
 
402 aa  94.4  3e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  4.29036e-08  hitchhiker  0.000137517 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1097  outer membrane protein F  29.61 
 
 
363 aa  93.6  6e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.918744 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0680  porin  28.14 
 
 
388 aa  91.7  2e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.424836  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1458  porin  29.85 
 
 
365 aa  88.6  2e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1448  porin  28.05 
 
 
368 aa  87.4  3e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0593743  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1979  outer membrane protein F  27.68 
 
 
360 aa  85.9  1e-15  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  2.61923e-05  normal  0.629044 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2649  porin  27.86 
 
 
360 aa  84.7  2e-15  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  4.0387e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2197  outer membrane protein  28.5 
 
 
357 aa  84.7  2e-15  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000111535  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1679  porin  28.5 
 
 
357 aa  85.1  2e-15  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.512961  normal  0.118098 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2514  outer membrane porin protein C  27.59 
 
 
363 aa  84.3  3e-15  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  1.92905e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3264  outer membrane porin protein C  27.62 
 
 
370 aa  83.2  6e-15  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00668257  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1221  porin family protein  27.11 
 
 
387 aa  82.8  9e-15  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.263748  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2559  outer membrane protein F  27.94 
 
 
360 aa  82.8  9e-15  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  3.7634e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1641  outer membrane protein N  28.44 
 
 
372 aa  81.3  2e-14  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00375551  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1701  outer membrane protein N  28.44 
 
 
372 aa  81.3  3e-14  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1806  outer membrane protein N  28.44 
 
 
372 aa  81.3  3e-14  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0174534  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1641  outer membrane protein N  28.21 
 
 
383 aa  81.3  3e-14  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.150346  normal  0.976453 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1634  outer membrane protein N  28.44 
 
 
372 aa  81.3  3e-14  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.952827  normal  0.939851 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1642  outer membrane protein N  28.44 
 
 
372 aa  81.3  3e-14  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1730  porin  26.97 
 
 
369 aa  80.1  6e-14  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00293132  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1443  porin Gram-negative type  27.91 
 
 
367 aa  78.6  1e-13  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00990421  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3353  outer membrane porin protein C  26.93 
 
 
367 aa  78.6  1e-13  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.128498  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06741  hypothetical protein  27.27 
 
 
330 aa  77.8  2e-13  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2057  porin  27.68 
 
 
359 aa  77.8  3e-13  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2354  outer membrane porin protein C  26.25 
 
 
368 aa  77  4e-13  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00268594  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0427  putative outer membrane pore protein  28.11 
 
 
340 aa  77  4e-13  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1636  porin Gram-negative type  26.9 
 
 
366 aa  77  4e-13  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00881116  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2224  porin  26.95 
 
 
360 aa  77  5e-13  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0575083  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2514  outer membrane protein N  26.95 
 
 
360 aa  77  5e-13  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.127891 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2115  outer membrane protein N  26.95 
 
 
360 aa  77  5e-13  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.829511  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0767  outer membrane phosphoporin protein E  26.4 
 
 
350 aa  77  5e-13  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0774266 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2778  outer membrane protein N  27.23 
 
 
371 aa  76.6  6e-13  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.704962  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2857  porin  27.11 
 
 
371 aa  75.9  1e-12  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.454817  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1322  outer membrane protein C2  26.97 
 
 
371 aa  75.1  2e-12  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06284  hypothetical protein  25.71 
 
 
352 aa  74.7  2e-12  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001437  non-specific porin  29.18 
 
 
352 aa  74.7  2e-12  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.524484  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1776  outer membrane protein N  27.13 
 
 
372 aa  74.3  3e-12  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.728933  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2839  porin  26.37 
 
 
360 aa  73.2  6e-12  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00468418 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2795  outer membrane porin protein C  26.72 
 
 
372 aa  73.2  7e-12  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00922509  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0666  porin  28.29 
 
 
324 aa  73.2  7e-12  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00111405  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2553  porin  26.15 
 
 
373 aa  73.2  8e-12  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.437604 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2493  outer membrane porin protein C  27.14 
 
 
378 aa  72.8  8e-12  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000832  outer membrane protein C precursor  27.2 
 
 
331 aa  71.6  2e-11  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0331596  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1666  porin Gram-negative type  27.3 
 
 
379 aa  71.2  3e-11  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  1.7605e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1750  outer membrane porin protein LC  25.79 
 
 
362 aa  69.7  7e-11  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.778273  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1689  outer membrane porin protein LC  25.79 
 
 
362 aa  69.7  7e-11  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.808726 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1687  outer membrane porin protein LC  25.79 
 
 
362 aa  69.7  7e-11  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.535168 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1090  outer membrane protein F  26.68 
 
 
362 aa  69.7  8e-11  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  2.11589e-05  normal  0.385308 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1701  outer membrane protein N  28.22 
 
 
388 aa  69.3  9e-11  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.265921  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1770  outer membrane porin protein LC  25.79 
 
 
362 aa  69.7  9e-11  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.895795 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1435  outer membrane porin protein C  26.23 
 
 
376 aa  68.9  1e-10  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.974185  normal  0.210914 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1582  outer membrane protein N  28.21 
 
 
383 aa  69.3  1e-10  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.640646  normal  0.720278 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2083  gram-negative porin family protein  27.15 
 
 
366 aa  69.3  1e-10  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1870  outer membrane protein N  27.96 
 
 
383 aa  69.3  1e-10  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.098119  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0724  outer membrane porin protein C  25.98 
 
 
376 aa  68.2  2e-10  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.140015  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1702  porin family protein  26.7 
 
 
366 aa  68.2  2e-10  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0189246  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2403  outer membrane porin protein C  26.63 
 
 
378 aa  68.6  2e-10  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00624536  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2451  outer membrane porin protein C  26.63 
 
 
378 aa  67.8  3e-10  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0487875 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2507  outer membrane porin protein C  26.63 
 
 
378 aa  67.8  3e-10  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0209108 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2610  outer membrane porin protein C  26.63 
 
 
378 aa  67.8  3e-10  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.440954 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2389  outer membrane protein F  26.68 
 
 
362 aa  67.4  4e-10  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00716646  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00933  outer membrane porin 1a (Ia;b;F)  26.68 
 
 
362 aa  67.4  4e-10  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  1.51629e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1968  porin  26.72 
 
 
378 aa  67.4  4e-10  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00940  hypothetical protein  26.68 
 
 
362 aa  67.4  4e-10  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  1.70376e-05  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>