More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VIBHAR_04745 on replicon NC_009784
Organism: Vibrio harveyi ATCC BAA-1116



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009784  VIBHAR_04745  transcriptional regulator  100 
 
 		 255 aa  526  1e-148  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1474  transcriptional regulator, AraC family  47.52 
 
 		 286 aa  223  2e-57  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1217  transcription activator, effector binding  46.89 
 
 		 288 aa  223  2e-57  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3013  transcription activator, effector binding  43.09 
 
 		 289 aa  223  3e-57  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4046  AraC family transcriptional regulator  46.67 
 
 		 289 aa  222  4e-57  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3431  transcription activator, effector binding  44.21 
 
 		 288 aa  218  6e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3356  transcription activator, effector binding  44.64 
 
 		 288 aa  217  1e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3526  transcription activator, effector binding  44.64 
 
 		 288 aa  217  2e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3425  transcription activator, effector binding  43.78 
 
 		 288 aa  216  4e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0371  AraC family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 288 aa  213  1.9999999999999998e-54  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0076  transcription activator, effector binding  46.49 
 
 		 288 aa  213  2.9999999999999995e-54  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1224  AraC family transcriptional regulator  42.24 
 
 		 288 aa  199  5e-50  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0494811  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1774  AraC family transcriptional regulator  43.16 
 
 		 289 aa  192  5e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.524324  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2173  AraC family transcriptional regulator  41.7 
 
 		 289 aa  188  8e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.671765  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4381  transcription activator effector binding  41.67 
 
 		 286 aa  188  8e-47  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.134609  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3564  AraC family transcriptional regulator  41.7 
 
 		 279 aa  187  1e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.236142  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2158  AraC family transcriptional regulator  38.62 
 
 		 294 aa  186  3e-46  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1398  AraC family transcriptional regulator  39 
 
 		 296 aa  161  7e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.584508  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0028  transcriptional regulator, AraC family  36.52 
 
 		 279 aa  157  2e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0034  transcriptional regulator, AraC family  35.65 
 
 		 279 aa  156  3e-37  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.255751 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1272  AraC family transcriptional regulator  33.95 
 
 		 350 aa  156  4e-37  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.702716  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0853  transcriptional regulator, AraC family  42.63 
 
 		 284 aa  152  4e-36  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1354  AraC family transcriptional regulator  37.55 
 
 		 293 aa  150  2e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.558119  normal  0.215319 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0132  transcription regulator protein  38.46 
 
 		 265 aa  147  1.0000000000000001e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4566  transcriptional regulator, AraC family  37.19 
 
 		 293 aa  144  1e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.683768 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1644  transcriptional regulator, AraC family  35.98 
 
 		 293 aa  141  9e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0930139  normal  0.386203 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2489  transcription activator, effector binding  29.1 
 
 		 297 aa  118  7.999999999999999e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2590  transcription activator, effector binding  29.6 
 
 		 301 aa  109  4.0000000000000004e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3503  transcription activator, effector binding  34.8 
 
 		 294 aa  108  9.000000000000001e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00111619  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02895  predicted transcriptional regulator  43.33 
 
 		 160 aa  101  1e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.468717  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0677  transcription activator effector binding protein  43.33 
 
 		 160 aa  101  1e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3488  transcription activator effector binding domain/DNA gyrase inhibitor domain-containing protein  44.95 
 
 		 160 aa  101  1e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3312  transcription activator effector binding domain/DNA gyrase inhibitor domain-containing protein  48.96 
 
 		 160 aa  101  1e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.735437  normal  0.0832613 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0674  transcription activator effector binding  43.33 
 
 		 160 aa  101  1e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.112574 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02845  hypothetical protein  43.33 
 
 		 160 aa  101  1e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.429305  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3201  transcription activator effector binding domain/DNA gyrase inhibitor domain-containing protein  43.33 
 
 		 160 aa  101  1e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3457  transcription activator effector binding domain/DNA gyrase inhibitor domain protein  47.92 
 
 		 160 aa  99.8  4e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.29584  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3099  AraC family transcriptional regulator  29.28 
 
 		 326 aa  99.4  5e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4332  transcription activator effector binding domain/DNA gyrase inhibitor domain protein  47.92 
 
 		 160 aa  99.4  5e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3702  transcriptional regulator, AraC type  32.11 
 
 		 308 aa  97.4  2e-19  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0771  AraC family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 288 aa  94.7  1e-18  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.472166 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4171  transcriptional regulator, AraC family  37.96 
 
 		 300 aa  92.8  5e-18  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1021  AraC family transcriptional regulator  37.96 
 
 		 300 aa  92.4  7e-18  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1170  transcriptional regulator, AraC family  37.96 
 
 		 300 aa  92  8e-18  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00906983  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1194  transcriptional regulator, AraC family  36.5 
 
 		 300 aa  90.1  3e-17  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.926126 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1216  AraC family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 300 aa  90.5  3e-17  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1036  AraC family transcriptional regulator  36.5 
 
 		 300 aa  90.1  3e-17  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.139629  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1114  AraC family transcriptional regulator  36.5 
 
 		 300 aa  90.1  3e-17  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1014  AraC family transcriptional regulator  36.5 
 
 		 300 aa  89.7  4e-17  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.210728  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1013  AraC family transcriptional regulator  36.5 
 
 		 300 aa  89.4  5e-17  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.126228  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1271  transcriptional regulator, AraC family  36.5 
 
 		 300 aa  89.4  6e-17  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.121916  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06471  hypothetical protein  30.35 
 
 		 289 aa  84.3  0.000000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3088  AraC family transcriptional regulator  35.92 
 
 		 296 aa  83.2  0.000000000000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.530109  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000611  AraC-type DNA-binding domain-containing protein  29.85 
 
 		 289 aa  82.8  0.000000000000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0208776  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0077  HTH-type transcriptional regulator, AraC-family  30.16 
 
 		 289 aa  83.2  0.000000000000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2167  transcriptional regulator, AraC family  25.83 
 
 		 283 aa  83.2  0.000000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.273156  normal  0.0865176 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1576  transcriptional regulator, AraC family  37.5 
 
 		 436 aa  82.4  0.000000000000006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7295  AraC family transcriptional regulator  28.63 
 
 		 277 aa  82  0.000000000000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.158014  normal  0.567517 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3086  transcriptional regulator, AraC family  35.92 
 
 		 296 aa  81.3  0.00000000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.164604  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0176  AraC family transcriptional regulator  39.81 
 
 		 299 aa  81.6  0.00000000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0019  transcriptional regulator, AraC family  28.35 
 
 		 314 aa  80.5  0.00000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0192  AraC family transcriptional regulator  39 
 
 		 299 aa  80.5  0.00000000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0179  AraC family transcriptional regulator  39 
 
 		 299 aa  80.9  0.00000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0147136  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0191  AraC family transcriptional regulator  39 
 
 		 299 aa  80.5  0.00000000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0211  transcriptional regulator, AraC family  39 
 
 		 299 aa  80.9  0.00000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3161  AraC family transcriptional regulator  27.11 
 
 		 277 aa  80.5  0.00000000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3053  transcriptional regulator, AraC family  35.29 
 
 		 296 aa  80.9  0.00000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0216  transcriptional regulator, AraC family  39 
 
 		 299 aa  80.5  0.00000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04272  DNA-binding transcriptional activator  26.24 
 
 		 289 aa  80.1  0.00000000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3601  transcriptional regulator, AraC family  26.24 
 
 		 289 aa  80.1  0.00000000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1956  transcriptional regulator, AraC family  26.14 
 
 		 283 aa  80.5  0.00000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0993473  normal  0.479782 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4632  right origin-binding protein  26.24 
 
 		 289 aa  80.1  0.00000000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4946  right origin-binding protein  26.24 
 
 		 289 aa  80.1  0.00000000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.96055 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04237  hypothetical protein  26.24 
 
 		 289 aa  80.1  0.00000000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3660  AraC family transcriptional regulator  26.24 
 
 		 289 aa  80.1  0.00000000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4994  right origin-binding protein  26.24 
 
 		 289 aa  80.1  0.00000000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5910  right origin-binding protein  26.24 
 
 		 289 aa  80.1  0.00000000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4943  right origin-binding protein  26.24 
 
 		 289 aa  80.1  0.00000000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0182  AraC family transcriptional regulator  39 
 
 		 299 aa  79.3  0.00000000000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3069  transcriptional regulator, AraC family  33.98 
 
 		 296 aa  79  0.00000000000007  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0526  transcriptional regulator, AraC family  38.54 
 
 		 129 aa  78.6  0.00000000000009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000198595  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2816  AraC family transcriptional regulator  34.65 
 
 		 296 aa  78.2  0.0000000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2193  transcriptional regulator, AraC family  33.98 
 
 		 296 aa  78.2  0.0000000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000412725 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2843  AraC family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 296 aa  77  0.0000000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.538425  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3057  AraC family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 296 aa  77  0.0000000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.118978  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4910  right origin-binding protein  26.73 
 
 		 289 aa  77  0.0000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4944  right origin-binding protein  26.73 
 
 		 289 aa  77  0.0000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4998  right origin-binding protein  26.73 
 
 		 289 aa  77  0.0000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2836  AraC family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 296 aa  77  0.0000000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00254989  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4996  right origin-binding protein  26.73 
 
 		 289 aa  77  0.0000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4837  right origin-binding protein  26.73 
 
 		 289 aa  77  0.0000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2703  transcription activator, effector binding  24.68 
 
 		 326 aa  77  0.0000000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.268178 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2776  AraC family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 296 aa  76.3  0.0000000000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3159  AraC family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 296 aa  76.3  0.0000000000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3627  DNA gyrase inhibitor  27.44 
 
 		 300 aa  76.3  0.0000000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000240584  hitchhiker  0.00747313 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0009  helix-turn-helix domain-containing protein  33.9 
 
 		 306 aa  76.3  0.0000000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000070115 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1528  AraC family transcriptional regulator  36.63 
 
 		 284 aa  75.9  0.0000000000006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3867  transcriptional regulator, AraC family  24.78 
 
 		 295 aa  75.9  0.0000000000007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.0000535009  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4947  transcriptional regulator, AraC family  31.01 
 
 		 290 aa  75.5  0.0000000000007  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5086  AraC family transcriptional regulator  31.01 
 
 		 290 aa  75.1  0.0000000000009  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>