More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VIBHAR_03394 on replicon NC_009783
Organism: Vibrio harveyi ATCC BAA-1116



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009783  VIBHAR_03394  tRNA pseudouridine synthase B  100 
 
 		 314 aa  639    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002611  tRNA pseudouridine synthase B  89.78 
 
 		 317 aa  559  1e-158  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0176  tRNA pseudouridine synthase B  82.26 
 
 		 312 aa  525  1e-148  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.721931  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0600  tRNA pseudouridine synthase B  77.64 
 
 		 318 aa  514  1.0000000000000001e-145  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0491  tRNA pseudouridine synthase B  70.97 
 
 		 314 aa  462  1e-129  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.164014  normal  0.0135399 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03033  tRNA pseudouridine synthase B  67.1 
 
 		 314 aa  434  1e-121  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.975802  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0539  tRNA pseudouridine synthase B  67.1 
 
 		 314 aa  434  1e-121  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0532  tRNA pseudouridine synthase B  67.1 
 
 		 314 aa  434  1e-121  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000405191 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3358  tRNA pseudouridine synthase B  67.1 
 
 		 314 aa  434  1e-121  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.928747  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02984  hypothetical protein  67.1 
 
 		 314 aa  434  1e-121  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3462  tRNA pseudouridine synthase B  67.1 
 
 		 314 aa  434  1e-121  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.266438 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3650  tRNA pseudouridine synthase B  66.77 
 
 		 314 aa  431  1e-120  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4487  tRNA pseudouridine synthase B  67.1 
 
 		 314 aa  433  1e-120  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3605  tRNA pseudouridine synthase B  66.77 
 
 		 314 aa  433  1e-120  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0992  tRNA pseudouridine synthase B  66.56 
 
 		 317 aa  434  1e-120  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.358844  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3473  tRNA pseudouridine synthase B  66.45 
 
 		 314 aa  429  1e-119  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3603  tRNA pseudouridine synthase B  66.13 
 
 		 314 aa  431  1e-119  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0328137 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3542  tRNA pseudouridine synthase B  65.81 
 
 		 314 aa  426  1e-118  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3473  tRNA pseudouridine synthase B  65.81 
 
 		 314 aa  426  1e-118  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3387  tRNA pseudouridine synthase B  65.71 
 
 		 321 aa  425  1e-118  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00448784 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3058  tRNA pseudouridine synthase B  63.69 
 
 		 315 aa  421  1e-117  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.538597  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3579  tRNA pseudouridine synthase B  65.16 
 
 		 314 aa  423  1e-117  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.911389  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3728  tRNA pseudouridine synthase B  64.05 
 
 		 324 aa  422  1e-117  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.124557  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3641  tRNA pseudouridine synthase B  65.48 
 
 		 314 aa  423  1e-117  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3594  tRNA pseudouridine synthase B  64.05 
 
 		 324 aa  422  1e-117  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0311816  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3995  tRNA pseudouridine synthase B  64.05 
 
 		 324 aa  422  1e-117  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.866434  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3559  tRNA pseudouridine synthase B  64.33 
 
 		 317 aa  420  1e-116  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000961174 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0587  tRNA pseudouridine synthase B  64.19 
 
 		 314 aa  416  9.999999999999999e-116  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.25247  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0819  tRNA pseudouridine synthase B  69.06 
 
 		 310 aa  415  9.999999999999999e-116  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0113178 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0963  tRNA pseudouridine synthase B  67.2 
 
 		 315 aa  417  9.999999999999999e-116  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0397132  normal  0.0378785 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2205  tRNA pseudouridine synthase B  63.49 
 
 		 318 aa  412  1e-114  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.344514  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0810  tRNA pseudouridine synthase B  64.52 
 
 		 314 aa  414  1e-114  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.384443  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3463  tRNA pseudouridine synthase B  64.84 
 
 		 318 aa  412  1e-114  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2825  tRNA pseudouridine synthase B  66.88 
 
 		 315 aa  408  1e-113  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.791691  hitchhiker  0.00423146 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2832  tRNA pseudouridine synthase B  66.45 
 
 		 318 aa  407  1.0000000000000001e-112  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.478015  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3344  tRNA pseudouridine synthase B  63.07 
 
 		 318 aa  404  1e-111  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1028  tRNA pseudouridine synthase B  64.86 
 
 		 317 aa  402  1e-111  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000142961 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1093  tRNA pseudouridine synthase B  63.9 
 
 		 317 aa  404  1e-111  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0247742 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1032  tRNA pseudouridine synthase B  64.86 
 
 		 317 aa  403  1e-111  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.358719  hitchhiker  0.0000301922 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1009  tRNA pseudouridine synthase B  64.97 
 
 		 317 aa  394  1e-109  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3415  tRNA pseudouridine synthase B  64.87 
 
 		 321 aa  392  1e-108  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.630967  hitchhiker  0.000684703 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3237  tRNA pseudouridine synthase B  64.56 
 
 		 321 aa  394  1e-108  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3278  tRNA pseudouridine synthase B  64.87 
 
 		 321 aa  392  1e-108  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.922634  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1697  tRNA pseudouridine synthase B  60.76 
 
 		 317 aa  392  1e-108  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1130  tRNA pseudouridine synthase B  65.19 
 
 		 321 aa  393  1e-108  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0346458  unclonable  0.00000000000626709 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0823  tRNA pseudouridine synthase B  57.69 
 
 		 308 aa  348  5e-95  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.939729  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01762  tRNA pseudouridine synthase B  56.13 
 
 		 323 aa  324  9e-88  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0258018  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0629  tRNA pseudouridine synthase B  51.16 
 
 		 317 aa  322  3e-87  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0565  tRNA pseudouridine synthase B  49.67 
 
 		 309 aa  308  9e-83  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1598  tRNA pseudouridine synthase B  49.34 
 
 		 309 aa  304  1.0000000000000001e-81  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00177839  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2118  tRNA pseudouridine synthase B  49.51 
 
 		 308 aa  296  4e-79  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.206379  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4178  tRNA pseudouridine synthase B  49.84 
 
 		 305 aa  295  5e-79  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.224491  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1005  tRNA pseudouridine synthase B  50.33 
 
 		 307 aa  295  6e-79  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.319279  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0069  tRNA pseudouridine synthase B  49.68 
 
 		 302 aa  295  8e-79  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00601892  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4710  tRNA pseudouridine synthase B  48.85 
 
 		 305 aa  293  3e-78  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.201435 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3606  tRNA pseudouridine synthase B  48.85 
 
 		 306 aa  293  4e-78  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.825741  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4488  tRNA pseudouridine synthase B  49.18 
 
 		 305 aa  292  6e-78  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.140717  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4575  tRNA pseudouridine synthase B  48.85 
 
 		 305 aa  291  7e-78  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0935427  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0781  tRNA pseudouridine synthase B  48.2 
 
 		 305 aa  291  1e-77  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00899616  normal  0.133836 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1465  tRNA pseudouridine synthase B  50.16 
 
 		 318 aa  291  1e-77  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3346  tRNA pseudouridine synthase B  49.36 
 
 		 307 aa  291  1e-77  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.115237  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0723  tRNA pseudouridine synthase B  48.52 
 
 		 305 aa  291  1e-77  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.806567  normal  0.0309098 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3072  tRNA pseudouridine synthase B  47.57 
 
 		 307 aa  286  4e-76  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1946  tRNA pseudouridine synthase B  48.71 
 
 		 308 aa  285  8e-76  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0313874 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1747  tRNA pseudouridine synthase B  48.4 
 
 		 304 aa  283  2.0000000000000002e-75  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.108245  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42800  tRNA pseudouridine synthase B  47.21 
 
 		 305 aa  280  3e-74  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62730  tRNA pseudouridine synthase B  47.54 
 
 		 304 aa  278  1e-73  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5460  tRNA pseudouridine synthase B  47.54 
 
 		 304 aa  276  2e-73  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.525904  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2706  tRNA pseudouridine synthase B  50.47 
 
 		 313 aa  276  4e-73  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.106094 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2562  tRNA pseudouridine synthase B  47.73 
 
 		 311 aa  270  2.9999999999999997e-71  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0616361  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1478  tRNA pseudouridine synthase B  47.87 
 
 		 310 aa  269  5e-71  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1029  tRNA pseudouridine synthase B  46.58 
 
 		 308 aa  268  8e-71  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0136597  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1022  tRNA pseudouridine synthase B  47.54 
 
 		 310 aa  267  1e-70  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1502  tRNA pseudouridine synthase B  47.54 
 
 		 310 aa  267  1e-70  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.424281  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1753  tRNA pseudouridine synthase B  47.88 
 
 		 310 aa  267  2e-70  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0346238 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1694  tRNA pseudouridine synthase B  44.9 
 
 		 328 aa  266  4e-70  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00112277  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1059  tRNA pseudouridine synthase B  47.73 
 
 		 311 aa  265  5e-70  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00436099  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0173  tRNA pseudouridine synthase B  47.73 
 
 		 321 aa  266  5e-70  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.016553  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1764  tRNA pseudouridine synthase B  47.73 
 
 		 302 aa  266  5e-70  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.701485  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1917  tRNA pseudouridine synthase B  47.73 
 
 		 302 aa  266  5e-70  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.274314  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1505  tRNA pseudouridine synthase B  47.73 
 
 		 321 aa  266  5e-70  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0993  tRNA pseudouridine synthase B  47.73 
 
 		 302 aa  266  5e-70  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.423513  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1384  tRNA pseudouridine synthase B  47.56 
 
 		 310 aa  263  2e-69  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1742  tRNA pseudouridine synthase B  47.4 
 
 		 302 aa  264  2e-69  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.00438072  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1424  tRNA pseudouridine synthase B  47.56 
 
 		 310 aa  262  4e-69  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0157045 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1291  tRNA pseudouridine synthase B  49.03 
 
 		 314 aa  262  4.999999999999999e-69  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.227253  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4643  tRNA pseudouridine synthase B  47.88 
 
 		 322 aa  262  4.999999999999999e-69  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0247266  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2450  tRNA pseudouridine synthase B  45.51 
 
 		 299 aa  260  2e-68  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.226071  normal  0.847147 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1727  tRNA pseudouridine synthase B  46.6 
 
 		 309 aa  261  2e-68  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.577271  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2818  tRNA pseudouridine synthase B  45.45 
 
 		 311 aa  257  2e-67  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0130681  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1634  tRNA pseudouridine synthase B  44.95 
 
 		 311 aa  255  8e-67  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.767781  hitchhiker  0.000962415 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1212  tRNA pseudouridine synthase B  47.77 
 
 		 318 aa  254  1.0000000000000001e-66  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.193622  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2026  tRNA pseudouridine synthase B  47.1 
 
 		 315 aa  254  1.0000000000000001e-66  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1119  tRNA pseudouridine synthase B  47.45 
 
 		 318 aa  254  1.0000000000000001e-66  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.717594  normal  0.307912 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2687  tRNA pseudouridine synthase B  43.75 
 
 		 303 aa  253  2.0000000000000002e-66  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2818  tRNA pseudouridine synthase B  43.42 
 
 		 303 aa  253  3e-66  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0557  tRNA pseudouridine synthase B  44.97 
 
 		 293 aa  251  2e-65  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.492745 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2029  tRNA pseudouridine synthase B  45.95 
 
 		 314 aa  251  2e-65  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0245667  normal  0.0911973 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0393  tRNA pseudouridine synthase B  44.97 
 
 		 293 aa  251  2e-65  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1862  tRNA pseudouridine synthase B  42.81 
 
 		 313 aa  250  3e-65  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.552372  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>