265 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VIBHAR_03322 on replicon NC_009783
Organism: Vibrio harveyi ATCC BAA-1116



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009783  VIBHAR_03322  hypothetical protein  100 
 
 		 589 aa  1223    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001411  putative transport protein  40.92 
 
 		 585 aa  470  1.0000000000000001e-131  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1253  hypothetical protein  37.65 
 
 		 637 aa  441  9.999999999999999e-123  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00065566  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06325  hypothetical protein  38.49 
 
 		 536 aa  401  9.999999999999999e-111  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0122  transcriptional regulator SgrR  25.17 
 
 		 552 aa  185  2.0000000000000003e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.40957  decreased coverage  0.00940564 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0118  transcriptional regulator SgrR  25.17 
 
 		 552 aa  185  2.0000000000000003e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.217334  normal  0.271533 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0117  transcriptional regulator SgrR  25 
 
 		 552 aa  184  3e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.947764  normal  0.240994 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0115  transcriptional regulator SgrR  25 
 
 		 552 aa  183  7e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0122  transcriptional regulator SgrR  24.83 
 
 		 552 aa  183  7e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0062  transcriptional regulator SgrR  25.7 
 
 		 551 aa  181  4.999999999999999e-44  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0074  transcriptional regulator SgrR  25.52 
 
 		 551 aa  181  4.999999999999999e-44  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0616  transcriptional regulator SgrR  24.31 
 
 		 551 aa  179  1e-43  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0296144 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00071  DNA-binding transcriptional regulator  25.52 
 
 		 551 aa  178  2e-43  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00070  hypothetical protein  25.52 
 
 		 551 aa  178  2e-43  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3588  transcriptional regulator SgrR  25.35 
 
 		 551 aa  178  2e-43  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000489241 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0624  transcriptional regulator SgrR  26.48 
 
 		 553 aa  177  4e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.172958  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0076  transcriptional regulator SgrR  25.52 
 
 		 552 aa  177  7e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0585  transcriptional regulator SgrR  25 
 
 		 555 aa  176  9.999999999999999e-43  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0521  hypothetical protein  26.68 
 
 		 565 aa  176  9.999999999999999e-43  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0074  transcriptional regulator SgrR  25.17 
 
 		 552 aa  176  9.999999999999999e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.492998 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0072  transcriptional regulator SgrR  25.17 
 
 		 551 aa  175  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000178  SgrR sugar-phosphate stress transcriptional activator of SgrS small RNA  26.83 
 
 		 569 aa  172  2e-41  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.976786  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05812  hypothetical protein  26.2 
 
 		 568 aa  172  2e-41  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0738  transcriptional regulator SgrR  24.96 
 
 		 553 aa  165  2.0000000000000002e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3805  transcriptional regulator SgrR  23.6 
 
 		 552 aa  159  9e-38  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.397454  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4069  HTH-type transcriptional regulator SgrR  24.62 
 
 		 596 aa  154  4e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3616  transcriptional regulator SgrR  23.25 
 
 		 552 aa  153  8.999999999999999e-36  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.455862  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4085  HTH-type transcriptional regulator SgrR  24.44 
 
 		 596 aa  152  1e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2933  putative dipeptide/oligopeptide/nickel ABC-type transport system periplasmic component  23.53 
 
 		 559 aa  151  3e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000113765 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4191  HTH-type transcriptional regulator SgrR  24.27 
 
 		 596 aa  151  3e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.415119  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4249  HTH-type transcriptional regulator SgrR  24.27 
 
 		 596 aa  151  4e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4141  HTH-type transcriptional regulator SgrR  24.27 
 
 		 596 aa  150  7e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.898899  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3540  transcriptional regulator SgrR  23.29 
 
 		 553 aa  149  1.0000000000000001e-34  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3411  transcriptional regulator SgrR  23.29 
 
 		 553 aa  149  1.0000000000000001e-34  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2942  transcriptional regulator SgrR  23.64 
 
 		 553 aa  148  2.0000000000000003e-34  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.940242 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0653  putative extracellular solute-binding protein  28.66 
 
 		 569 aa  135  1.9999999999999998e-30  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1103  extracellular solute-binding protein  21.84 
 
 		 575 aa  134  3.9999999999999996e-30  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000365076 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3226  extracellular solute-binding protein  19.9 
 
 		 567 aa  123  9e-27  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3045  hypothetical protein  19.9 
 
 		 567 aa  122  9.999999999999999e-27  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3084  putative ABC transporter, periplasmic binding protein  19.73 
 
 		 567 aa  122  3e-26  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0617058  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2347  extracellular solute-binding protein  22.5 
 
 		 578 aa  119  1.9999999999999998e-25  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0243341  normal  0.0193694 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0488  solute-binding family 5 protein  20.03 
 
 		 566 aa  116  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.189151  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2898  extracellular solute-binding protein  22.67 
 
 		 578 aa  116  1.0000000000000001e-24  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0908192  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0481  solute-binding family 5 protein  20.03 
 
 		 566 aa  115  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0368  extracellular solute-binding protein  20.03 
 
 		 566 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0522  solute-binding family 5 protein  20.03 
 
 		 566 aa  114  3e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0612149  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0531  extracellular solute-binding protein  20.03 
 
 		 566 aa  115  3e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.585387  normal  0.74128 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2612  oligopeptide ABC transporter, substrate-binding protein  20.98 
 
 		 578 aa  114  4.0000000000000004e-24  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.808743  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2636  oligopeptide ABC transporter, substrate-binding protein  20.81 
 
 		 578 aa  114  5e-24  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00397  predicted transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  19.86 
 
 		 566 aa  112  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3164  extracellular solute-binding protein family 5  20.1 
 
 		 566 aa  112  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3187  extracellular solute-binding protein  19.86 
 
 		 566 aa  112  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0538168 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2687  solute-binding family 5 protein  20.54 
 
 		 578 aa  113  1.0000000000000001e-23  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.240712  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2884  extracellular solute-binding protein  20.98 
 
 		 578 aa  112  1.0000000000000001e-23  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.0154142 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2881  solute-binding family 5 protein  20.54 
 
 		 578 aa  113  1.0000000000000001e-23  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.629347  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00401  hypothetical protein  19.86 
 
 		 566 aa  112  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02700  hypothetical protein  28.42 
 
 		 345 aa  110  9.000000000000001e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0496  extracellular solute-binding protein, family 5  18.85 
 
 		 566 aa  107  6e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0912  extracellular solute-binding protein  19.6 
 
 		 566 aa  106  1e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0559  extracellular solute-binding protein  18.68 
 
 		 566 aa  105  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.111824  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0515  extracellular solute-binding protein, family 5  18.68 
 
 		 566 aa  105  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0505  extracellular solute-binding protein family 5  18.68 
 
 		 566 aa  104  4e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.679744  normal  0.144898 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2932  extracellular solute-binding protein  21.56 
 
 		 578 aa  101  4e-20  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.0000417004  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1552  extracellular solute-binding protein  21.08 
 
 		 563 aa  98.6  3e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.851364 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0895  putative ABC transporter, substrate-binding protein  21.14 
 
 		 586 aa  90.5  8e-17  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2920  solute-binding family 5 protein  20.78 
 
 		 578 aa  89.7  1e-16  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00308535  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0748  oligopeptide ABC transporter, solute-binding protein  20.94 
 
 		 579 aa  89.7  1e-16  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0230399  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0935  putative ABC transporter, substrate-binding protein  21.61 
 
 		 579 aa  90.1  1e-16  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.13566e-23 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1024  putative ABC transporter, substrate-binding protein  21.27 
 
 		 579 aa  87.8  5e-16  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0743  oligopeptide ABC transporter, solute-binding protein  21.33 
 
 		 579 aa  87.8  6e-16  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.601164  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2689  extracellular solute-binding protein  23.87 
 
 		 571 aa  86.7  0.000000000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.377797  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0799  ABC transporter substrate-binding protein  20.94 
 
 		 579 aa  85.5  0.000000000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0839  ABC transporter substrate-binding protein  20.94 
 
 		 579 aa  85.5  0.000000000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.689681  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0932  ABC transporter, substrate-binding protein, putative  20.77 
 
 		 579 aa  82.8  0.00000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1211  putative extracellular solute-binding protein  23.89 
 
 		 495 aa  79.3  0.0000000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000690  ABC-type uncharacterized transport system component  21.29 
 
 		 555 aa  77  0.0000000000008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1135  4-phytase  25.51 
 
 		 520 aa  71.2  0.00000000005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00134056  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1843  ABC-type oligopeptide transport system, periplasmic component  24.92 
 
 		 569 aa  69.3  0.0000000002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3746  extracellular solute-binding protein family 5  29.17 
 
 		 513 aa  68.9  0.0000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2844  extracellular solute-binding protein  32.64 
 
 		 534 aa  66.6  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.922612  normal  0.415189 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2843  extracellular solute-binding protein  28.79 
 
 		 535 aa  64.7  0.000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.430895 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0111  extracellular solute-binding protein family 5  25.78 
 
 		 517 aa  63.9  0.000000008  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3479  extracellular solute-binding protein  27.16 
 
 		 546 aa  63.5  0.00000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.116614  normal  0.0951056 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3524  ABC peptide transporter, periplasmic binding protein  31.25 
 
 		 534 aa  63.2  0.00000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.413747  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6105  extracellular solute-binding protein family 5  25.43 
 
 		 518 aa  62.8  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.0000312198  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3168  extracellular solute-binding protein  31.25 
 
 		 534 aa  62.8  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.114782 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3169  extracellular solute-binding protein  27.27 
 
 		 535 aa  62.4  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.116403 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1599  extracellular solute-binding protein family 5  27.32 
 
 		 535 aa  62.8  0.00000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.525219 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3525  ABC peptide transporter, periplasmic binding protein  27.27 
 
 		 535 aa  62  0.00000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0161  extracellular solute-binding protein family 5  26.49 
 
 		 505 aa  60.8  0.00000007  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1445  extracellular solute-binding protein family 5  26.78 
 
 		 495 aa  60.5  0.00000008  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.777078 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2323  extracellular solute-binding protein family 5  36.56 
 
 		 518 aa  60.1  0.0000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.250322  normal  0.0484761 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0112  extracellular solute-binding protein family 5  23.78 
 
 		 524 aa  58.9  0.0000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.214652  normal  0.175509 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1596  extracellular solute-binding protein family 5  20.94 
 
 		 572 aa  58.2  0.0000004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0368881  unclonable  7.93881e-23 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0484  extracellular solute-binding protein  22.54 
 
 		 523 aa  57.4  0.0000007  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.036637  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001577  ABC-type uncharacterized transport system component  22.43 
 
 		 551 aa  57.4  0.0000008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.826243  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4344  extracellular solute-binding protein  26.86 
 
 		 526 aa  57  0.0000009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.133353  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5067  extracellular solute-binding protein  24.21 
 
 		 495 aa  56.6  0.000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.68424  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1979  oligopeptide ABC transporter, solute-binding protein  28.12 
 
 		 516 aa  55.8  0.000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2530  putative ABC transporter  24.83 
 
 		 553 aa  55.8  0.000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.745103 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>