More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VIBHAR_02917 on replicon NC_009783
Organism: Vibrio harveyi ATCC BAA-1116



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009783  VIBHAR_02917  rRNA ribosomal pseudouridine synthase  100 
 
 
339 aa  703  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002989  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  96.79 
 
 
314 aa  627  1e-179  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0445865  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1614  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  81.21 
 
 
315 aa  548  1e-155  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  1.09224e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2234  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C (rRNA uridine isomerase C) (rRNA pseudouridylate synthase C)  79.17 
 
 
315 aa  522  1e-147  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0928032  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2041  23S rRNA pseudouridylate synthase C  67.74 
 
 
319 aa  415  1e-115  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  7.73418e-10  hitchhiker  0.000351853 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2510  23S rRNA pseudouridylate synthase C  65.7 
 
 
318 aa  417  1e-115  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  5.92786e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1601  23S rRNA pseudouridylate synthase C  67.53 
 
 
315 aa  417  1e-115  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000249423  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2001  23S rRNA pseudouridylate synthase C  67.42 
 
 
319 aa  412  1e-114  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  2.44921e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2515  23S rRNA pseudouridylate synthase C  67.74 
 
 
319 aa  414  1e-114  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  4.44551e-07  hitchhiker  9.16413e-05 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1255  23S rRNA pseudouridylate synthase C  67.74 
 
 
319 aa  414  1e-114  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0242253  normal  0.194151 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1299  23S rRNA pseudouridylate synthase C  67.74 
 
 
319 aa  414  1e-114  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.547954  hitchhiker  1.78257e-07 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1284  23S rRNA pseudouridylate synthase C  67.74 
 
 
319 aa  414  1e-114  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0174547  hitchhiker  2.20374e-09 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2239  23S rRNA pseudouridylate synthase C  67.42 
 
 
319 aa  412  1e-114  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  1.98156e-15  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1208  23S rRNA pseudouridylate synthase C  67.74 
 
 
319 aa  414  1e-114  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  1.1451e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1208  23S rRNA pseudouridylate synthase C  67.74 
 
 
319 aa  414  1e-114  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  5.72174e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01090  hypothetical protein  67.74 
 
 
319 aa  414  1e-114  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  5.57514e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1616  pseudouridine synthase, RluA family  66.13 
 
 
320 aa  413  1e-114  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  1.33866e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1464  23S rRNA pseudouridylate synthase C  67.74 
 
 
319 aa  413  1e-114  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  2.20754e-06  hitchhiker  1.72116e-09 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01082  23S rRNA pseudouridylate synthase  67.74 
 
 
319 aa  414  1e-114  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  7.78536e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2815  23S rRNA pseudouridylate synthase C  64.72 
 
 
318 aa  412  1e-114  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  4.64709e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0714  23S rRNA pseudouridylate synthase C  64.54 
 
 
326 aa  414  1e-114  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2561  pseudouridine synthase, RluA family  67.74 
 
 
319 aa  414  1e-114  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  4.99668e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2185  23S rRNA pseudouridylate synthase C  67.74 
 
 
319 aa  414  1e-114  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.012302  hitchhiker  1.36846e-10 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1899  23S rRNA pseudouridylate synthase C  68.81 
 
 
320 aa  411  1e-113  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  5.84108e-09  hitchhiker  5.01686e-05 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1594  RluA family pseudouridine synthase  62.7 
 
 
329 aa  407  1e-112  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0260553  normal  0.0130241 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2503  RluA family pseudouridine synthase  62.18 
 
 
319 aa  403  1e-111  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.721496  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1988  pseudouridylate synthase  62.18 
 
 
330 aa  401  1e-111  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00771455  normal  0.0114075 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1491  pseudouridine synthase, RluA family protein  61.27 
 
 
318 aa  401  1e-110  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.446351  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1580  pseudouridine synthase, RluA family  64.31 
 
 
319 aa  400  1e-110  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000241554  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2404  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  60.97 
 
 
329 aa  397  1e-109  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  1.51583e-06  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2474  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  60.97 
 
 
329 aa  397  1e-109  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0799284  normal  0.0195489 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1574  RluA family pseudouridine synthase  60.44 
 
 
330 aa  394  1e-109  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00553384  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2133  RluA family pseudouridine synthase  63.61 
 
 
318 aa  392  1e-108  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1711  RluA family pseudouridine synthase  60.65 
 
 
329 aa  391  1e-108  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  3.34248e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1708  RluA family pseudouridine synthase  60.65 
 
 
329 aa  391  1e-108  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  1.90104e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1678  23S rRNA pseudouridylate synthase C  65.05 
 
 
320 aa  394  1e-108  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  9.01915e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1570  23S rRNA pseudouridylate synthase C  65.05 
 
 
320 aa  394  1e-108  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  5.17495e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2656  pseudouridine synthase, RluA family  60.65 
 
 
319 aa  391  1e-108  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0425559  hitchhiker  0.000122586 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1751  RluA family pseudouridine synthase  60.65 
 
 
329 aa  392  1e-108  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000123206  normal  0.30128 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3506  23S rRNA pseudouridylate synthase C  65.05 
 
 
320 aa  392  1e-108  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  6.97428e-06  normal  0.0147626 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2566  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  60.32 
 
 
329 aa  393  1e-108  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00643292  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2033  RluA family pseudouridine synthase  60.91 
 
 
319 aa  392  1e-108  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.904373  normal  0.0708013 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2301  pseudouridine synthase, RluD  60.32 
 
 
318 aa  389  1e-107  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00163378  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2633  lysozyme  60.91 
 
 
325 aa  390  1e-107  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000151513 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02339  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C (pseudouridylate synthase) (uracil hydrolyase  60.9 
 
 
313 aa  379  1e-104  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.336245  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2207  pseudouridine synthase, RluA family protein  59.11 
 
 
312 aa  374  1e-102  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.649752  normal  0.163859 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2290  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  59.19 
 
 
360 aa  363  3e-99  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0439  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  58.72 
 
 
322 aa  343  2e-93  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1875  RluA family pseudouridine synthase  51.58 
 
 
317 aa  322  5e-87  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.763374  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1482  RluA family pseudouridine synthase  52.13 
 
 
333 aa  316  4e-85  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00286389  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3808  RluA family pseudouridine synthase  52.15 
 
 
333 aa  315  5e-85  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0127606  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1517  RluA family pseudouridine synthase  52.15 
 
 
333 aa  315  7e-85  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  1.47946e-05  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1479  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  49.37 
 
 
316 aa  313  3e-84  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0352781  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3840  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  54.36 
 
 
318 aa  311  1e-83  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.283554  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1639  pseudouridine synthase, RluD  54 
 
 
318 aa  310  2e-83  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.289887 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1620  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  50.61 
 
 
332 aa  310  2e-83  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00181118  normal  0.877955 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1620  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  53.59 
 
 
321 aa  301  1e-80  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.27015  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4165  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  54.18 
 
 
320 aa  300  2e-80  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0336491  normal  0.921895 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  52.49 
 
 
318 aa  300  3e-80  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0268386  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25580  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  51.62 
 
 
318 aa  298  7e-80  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.050794  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0704  pseudouridine synthase, RluD  45.81 
 
 
312 aa  295  6e-79  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0819  RluA family pseudouridine synthase  47.94 
 
 
353 aa  292  6e-78  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0956515  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1721  pseudouridine synthase, RluD  46.85 
 
 
346 aa  291  8e-78  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2303  RluA family pseudouridine synthase  48.38 
 
 
323 aa  291  9e-78  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1174  RluA family pseudouridine synthase  49.05 
 
 
399 aa  289  6e-77  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.539633  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1593  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  49.05 
 
 
315 aa  283  2e-75  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.102826  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2642  pseudouridine synthase, RluA family  48.1 
 
 
339 aa  282  5e-75  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.704369  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2219  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  51.16 
 
 
317 aa  281  9e-75  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.654666  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1873  pseudouridine synthase, RluA family  51.16 
 
 
317 aa  281  9e-75  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0755786  normal  0.858498 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0591  RluA family pseudouridine synthase  47.78 
 
 
322 aa  281  1e-74  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0464018 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5281  RluA family pseudouridine synthase  46.86 
 
 
362 aa  280  2e-74  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0773013  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2274  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  47.62 
 
 
352 aa  280  4e-74  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0988  RluA family pseudouridine synthase  48.72 
 
 
334 aa  279  4e-74  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0596  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  48.68 
 
 
308 aa  279  5e-74  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  5.79613e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1589  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  48.68 
 
 
308 aa  279  6e-74  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0462053  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01518  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  48.87 
 
 
313 aa  278  6e-74  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0992  RluA family pseudouridine synthase  48.87 
 
 
316 aa  278  8e-74  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2921  pseudouridine synthase, RluA family  46.35 
 
 
341 aa  278  1e-73  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  9.00564e-07  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2677  pseudouridine synthase, RluA family  48.25 
 
 
324 aa  278  1e-73  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.304816 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2439  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  47.77 
 
 
338 aa  276  2e-73  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.122309  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1063  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  47.12 
 
 
323 aa  276  3e-73  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0781222  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0906  pseudouridine synthase, RluA family  49.03 
 
 
344 aa  276  4e-73  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.447686  normal  0.0333397 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1041  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C protein  49.03 
 
 
331 aa  276  5e-73  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.017285  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1112  RluA family pseudouridine synthase  47 
 
 
334 aa  275  7e-73  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.594641  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0971  pseudouridine synthase, RluA family  48.7 
 
 
344 aa  275  7e-73  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.158596 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0632  pseudouridine synthase, RluD  47 
 
 
334 aa  275  7e-73  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00978655  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14830  Pseudouridine synthase, RluC  53.9 
 
 
278 aa  275  8e-73  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.300608  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2844  pseudouridine synthase, RluD  47.78 
 
 
324 aa  274  1e-72  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.546073  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1070  RluA family pseudouridine synthase  47.13 
 
 
316 aa  273  3e-72  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0527141  normal  0.0360601 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3659  pseudouridine synthase, RluD  44.18 
 
 
378 aa  272  6e-72  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1241  RluA family pseudouridine synthase  45.69 
 
 
325 aa  271  1e-71  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4224  pseudouridine synthase, RluD  47.12 
 
 
334 aa  271  1e-71  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.613812  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2175  pseudouridylate synthase  46.65 
 
 
330 aa  270  2e-71  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2087  RluA family pseudouridine synthase  46.33 
 
 
330 aa  269  6e-71  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1379  pseudouridine synthase, RluA family  43.57 
 
 
370 aa  268  7e-71  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1429  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  47.23 
 
 
327 aa  268  8e-71  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.550632 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3085  RluA family pseudouridine synthase  44.21 
 
 
398 aa  268  1e-70  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.780286  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4787  RluA family pseudouridine synthase  44.17 
 
 
334 aa  266  4e-70  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.495822 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0657  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  45.28 
 
 
320 aa  265  1e-69  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.422678 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1563  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  46.56 
 
 
322 aa  263  3e-69  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.151804 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>