More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VIBHAR_02700 on replicon NC_009783
Organism: Vibrio harveyi ATCC BAA-1116



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009783  VIBHAR_02700  hypothetical protein  100 
 
 		 345 aa  726    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1211  putative extracellular solute-binding protein  39.26 
 
 		 495 aa  260  3e-68  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0585  transcriptional regulator SgrR  32.99 
 
 		 555 aa  157  3e-37  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0624  transcriptional regulator SgrR  34.36 
 
 		 553 aa  155  8e-37  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.172958  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05812  hypothetical protein  28.48 
 
 		 568 aa  155  1e-36  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3805  transcriptional regulator SgrR  28.83 
 
 		 552 aa  154  2e-36  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.397454  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2942  transcriptional regulator SgrR  29.28 
 
 		 553 aa  154  2.9999999999999998e-36  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.940242 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3540  transcriptional regulator SgrR  29.28 
 
 		 553 aa  154  2.9999999999999998e-36  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3411  transcriptional regulator SgrR  29.28 
 
 		 553 aa  154  2.9999999999999998e-36  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3616  transcriptional regulator SgrR  28.22 
 
 		 552 aa  154  2.9999999999999998e-36  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.455862  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0118  transcriptional regulator SgrR  32.34 
 
 		 552 aa  153  4e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.217334  normal  0.271533 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0115  transcriptional regulator SgrR  32.34 
 
 		 552 aa  153  4e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4249  HTH-type transcriptional regulator SgrR  28.66 
 
 		 596 aa  152  5.9999999999999996e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0117  transcriptional regulator SgrR  32.01 
 
 		 552 aa  152  1e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.947764  normal  0.240994 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0122  transcriptional regulator SgrR  32.01 
 
 		 552 aa  151  1e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4069  HTH-type transcriptional regulator SgrR  28.66 
 
 		 596 aa  150  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0122  transcriptional regulator SgrR  32.01 
 
 		 552 aa  151  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.40957  decreased coverage  0.00940564 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4141  HTH-type transcriptional regulator SgrR  28.34 
 
 		 596 aa  150  3e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.898899  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4085  HTH-type transcriptional regulator SgrR  28.34 
 
 		 596 aa  150  4e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4191  HTH-type transcriptional regulator SgrR  28.34 
 
 		 596 aa  150  4e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.415119  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000178  SgrR sugar-phosphate stress transcriptional activator of SgrS small RNA  29.47 
 
 		 569 aa  149  8e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.976786  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0074  transcriptional regulator SgrR  30.72 
 
 		 551 aa  147  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00071  DNA-binding transcriptional regulator  30.72 
 
 		 551 aa  147  3e-34  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00070  hypothetical protein  30.72 
 
 		 551 aa  147  3e-34  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3588  transcriptional regulator SgrR  30.72 
 
 		 551 aa  147  3e-34  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000489241 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0076  transcriptional regulator SgrR  30.72 
 
 		 552 aa  147  3e-34  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0074  transcriptional regulator SgrR  30.72 
 
 		 552 aa  147  3e-34  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.492998 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0072  transcriptional regulator SgrR  30.41 
 
 		 551 aa  146  6e-34  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0062  transcriptional regulator SgrR  30.41 
 
 		 551 aa  146  7.0000000000000006e-34  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0738  transcriptional regulator SgrR  29.57 
 
 		 553 aa  145  1e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0616  transcriptional regulator SgrR  29.93 
 
 		 551 aa  143  5e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0296144 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0521  hypothetical protein  27.48 
 
 		 565 aa  142  9e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0653  putative extracellular solute-binding protein  28.19 
 
 		 569 aa  139  7e-32  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0912  extracellular solute-binding protein  30.16 
 
 		 566 aa  139  7e-32  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1103  extracellular solute-binding protein  27.69 
 
 		 575 aa  135  9.999999999999999e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000365076 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0496  extracellular solute-binding protein, family 5  27.63 
 
 		 566 aa  130  3e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0505  extracellular solute-binding protein family 5  27.63 
 
 		 566 aa  129  6e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.679744  normal  0.144898 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0559  extracellular solute-binding protein  27.63 
 
 		 566 aa  129  6e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.111824  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0515  extracellular solute-binding protein, family 5  27.63 
 
 		 566 aa  129  7.000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3084  putative ABC transporter, periplasmic binding protein  27.3 
 
 		 567 aa  129  8.000000000000001e-29  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0617058  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0522  solute-binding family 5 protein  28.29 
 
 		 566 aa  128  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0612149  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3164  extracellular solute-binding protein family 5  27.96 
 
 		 566 aa  128  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001411  putative transport protein  30.67 
 
 		 585 aa  127  2.0000000000000002e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0368  extracellular solute-binding protein  27.96 
 
 		 566 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0488  solute-binding family 5 protein  27.96 
 
 		 566 aa  127  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.189151  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0481  solute-binding family 5 protein  27.96 
 
 		 566 aa  127  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0531  extracellular solute-binding protein  27.96 
 
 		 566 aa  127  3e-28  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.585387  normal  0.74128 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00397  predicted transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  28.29 
 
 		 566 aa  125  7e-28  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3187  extracellular solute-binding protein  28.29 
 
 		 566 aa  125  7e-28  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0538168 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00401  hypothetical protein  28.29 
 
 		 566 aa  125  7e-28  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3045  hypothetical protein  26.97 
 
 		 567 aa  125  1e-27  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3226  extracellular solute-binding protein  26.97 
 
 		 567 aa  125  1e-27  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1253  hypothetical protein  28.79 
 
 		 637 aa  124  2e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00065566  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03322  hypothetical protein  28.42 
 
 		 589 aa  123  5e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2347  extracellular solute-binding protein  26.01 
 
 		 578 aa  121  9.999999999999999e-27  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0243341  normal  0.0193694 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0935  putative ABC transporter, substrate-binding protein  28.97 
 
 		 579 aa  120  3.9999999999999996e-26  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.13566e-23 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1024  putative ABC transporter, substrate-binding protein  28.28 
 
 		 579 aa  120  3.9999999999999996e-26  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1552  extracellular solute-binding protein  28.42 
 
 		 563 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.851364 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0895  putative ABC transporter, substrate-binding protein  27.93 
 
 		 586 aa  120  3.9999999999999996e-26  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2933  putative dipeptide/oligopeptide/nickel ABC-type transport system periplasmic component  28.47 
 
 		 559 aa  120  4.9999999999999996e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000113765 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0932  ABC transporter, substrate-binding protein, putative  28.33 
 
 		 579 aa  119  9e-26  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0799  ABC transporter substrate-binding protein  28.97 
 
 		 579 aa  118  1.9999999999999998e-25  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0748  oligopeptide ABC transporter, solute-binding protein  28.97 
 
 		 579 aa  118  1.9999999999999998e-25  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0230399  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0743  oligopeptide ABC transporter, solute-binding protein  28.28 
 
 		 579 aa  118  1.9999999999999998e-25  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.601164  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0839  ABC transporter substrate-binding protein  28.97 
 
 		 579 aa  118  1.9999999999999998e-25  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.689681  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2898  extracellular solute-binding protein  25.93 
 
 		 578 aa  117  3.9999999999999997e-25  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0908192  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2612  oligopeptide ABC transporter, substrate-binding protein  24.22 
 
 		 578 aa  112  7.000000000000001e-24  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.808743  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2636  oligopeptide ABC transporter, substrate-binding protein  24.55 
 
 		 578 aa  111  2.0000000000000002e-23  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2884  extracellular solute-binding protein  24.55 
 
 		 578 aa  111  2.0000000000000002e-23  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.0154142 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2689  extracellular solute-binding protein  25.25 
 
 		 571 aa  110  4.0000000000000004e-23  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.377797  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2687  solute-binding family 5 protein  24.25 
 
 		 578 aa  108  1e-22  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.240712  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2881  solute-binding family 5 protein  24.25 
 
 		 578 aa  108  1e-22  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.629347  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2920  solute-binding family 5 protein  23.6 
 
 		 578 aa  102  9e-21  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00308535  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2932  extracellular solute-binding protein  23 
 
 		 578 aa  99.4  7e-20  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.0000417004  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06325  hypothetical protein  26.67 
 
 		 536 aa  94.7  2e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1669  extracellular solute-binding protein  32.75 
 
 		 510 aa  87.8  2e-16  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16530  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  30.77 
 
 		 510 aa  86.7  5e-16  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.564688 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1661  extracellular solute-binding protein  32.75 
 
 		 511 aa  85.1  0.000000000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.226847 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3773  extracellular solute-binding protein  33.33 
 
 		 510 aa  82.8  0.000000000000008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.434805  normal  0.505457 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0077  extracellular solute-binding protein family 5  33.73 
 
 		 501 aa  80.1  0.00000000000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3391  extracellular solute-binding protein  30.43 
 
 		 512 aa  79.3  0.00000000000009  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3453  extracellular solute-binding protein  30.43 
 
 		 512 aa  79.3  0.00000000000009  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0954042  normal  0.238639 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3401  extracellular solute-binding protein  30.43 
 
 		 512 aa  79.3  0.00000000000009  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.475057 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2953  ABC transporter substrate-binding protein  27.18 
 
 		 554 aa  78.2  0.0000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0313683  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5088  extracellular solute-binding protein family 5  33.12 
 
 		 553 aa  77.8  0.0000000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.416607 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0271  extracellular solute-binding protein family 5  31.14 
 
 		 516 aa  76.6  0.0000000000006  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.848307  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000690  ABC-type uncharacterized transport system component  23.55 
 
 		 555 aa  76.6  0.0000000000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1843  ABC-type oligopeptide transport system, periplasmic component  23.38 
 
 		 569 aa  75.5  0.000000000001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2761  extracellular solute-binding protein  31.76 
 
 		 515 aa  75.5  0.000000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.364418  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001577  ABC-type uncharacterized transport system component  24.48 
 
 		 551 aa  75.1  0.000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.826243  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3863  extracellular solute-binding protein family 5  29.55 
 
 		 523 aa  74.3  0.000000000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00142419 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1440  extracellular solute-binding protein family 5  34.48 
 
 		 514 aa  73.9  0.000000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.136539  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1284  oligopeptide ABC transporter, solute-binding protein  28.66 
 
 		 545 aa  72.8  0.000000000008  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  decreased coverage  0.000669385  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2741  extracellular solute-binding protein  34.62 
 
 		 502 aa  72.8  0.000000000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000265912 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2032  ABC transporter, periplasmic binding protein  29.32 
 
 		 524 aa  72.4  0.00000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.662418  normal  0.30348 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0015  extracellular solute-binding protein family 5  34.83 
 
 		 516 aa  72.4  0.00000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.406265  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4029  extracellular solute-binding protein  28.5 
 
 		 502 aa  72  0.00000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2619  extracellular solute-binding protein family 5  32.42 
 
 		 512 aa  70.9  0.00000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.181451  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2795  extracellular solute-binding protein family 5  31.98 
 
 		 499 aa  70.5  0.00000000004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.730452 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4285  extracellular solute-binding protein  32.59 
 
 		 530 aa  70.5  0.00000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.261799  normal  0.839381 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>