111 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VIBHAR_01116 on replicon NC_009783
Organism: Vibrio harveyi ATCC BAA-1116



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009783  VIBHAR_01116  hypothetical protein  100 
 
 		 400 aa  835    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3537  putative type I restriction-modification system, S subunit  34.6 
 
 		 419 aa  196  5.000000000000001e-49  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3673  restriction modification system DNA specificity subunit  31.87 
 
 		 410 aa  183  4.0000000000000006e-45  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4163  restriction modification system DNA specificity subunit  34.25 
 
 		 405 aa  177  2e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.864984  normal  0.0584456 
 
 
-
 
NC_009036  Sbal_4462  restriction modification system DNA specificity subunit  37.8 
 
 		 349 aa  167  4e-40  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4083  restriction modification system DNA specificity subunit  31.57 
 
 		 409 aa  166  5.9999999999999996e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0750  restriction endonuclease S subunit  27.64 
 
 		 387 aa  155  9e-37  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2621  restriction modification system DNA specificity domain protein  39.9 
 
 		 400 aa  153  5.9999999999999996e-36  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0347  type I restriction-modification system, S subunit  30.64 
 
 		 390 aa  142  9.999999999999999e-33  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00000269296  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1960  restriction endonuclease S subunit  28.44 
 
 		 413 aa  138  2e-31  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.323459  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1914  restriction modification system DNA specificity domain  29.81 
 
 		 386 aa  135  9.999999999999999e-31  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00381757 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0500  restriction modification system DNA specificity subunit  36.84 
 
 		 413 aa  134  3.9999999999999996e-30  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.565018  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1536  restriction modification system DNA specificity domain  38.76 
 
 		 364 aa  131  2.0000000000000002e-29  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.856573  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1954  restriction modification system DNA specificity subunit  46.15 
 
 		 406 aa  126  8.000000000000001e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0005  restriction modification system DNA specificity domain protein  36.27 
 
 		 378 aa  124  3e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1544  restriction modification system DNA specificity domain protein  42.76 
 
 		 374 aa  123  5e-27  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2869  type I restriction-modification system, S subunit  35.05 
 
 		 448 aa  120  3.9999999999999996e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0947716  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0076  type I restriction-modification system subunit S  32.84 
 
 		 464 aa  116  7.999999999999999e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0030  restriction modification system DNA specificity subunit  35.11 
 
 		 435 aa  115  2.0000000000000002e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.534213  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6044  type I restriction-modification system subunit S  36.05 
 
 		 547 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.061065  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3571  hypothetical protein  34.38 
 
 		 458 aa  110  4.0000000000000004e-23  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1496  restriction modification system DNA specificity domain protein  31.4 
 
 		 427 aa  110  4.0000000000000004e-23  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.136919  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1327  restriction modification system DNA specificity subunit  33.52 
 
 		 431 aa  109  1e-22  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.280518 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2722  restriction modification system DNA specificity domain protein  29.18 
 
 		 385 aa  106  8e-22  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3951  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.57 
 
 		 406 aa  103  4e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3777  restriction endonuclease S subunits-like protein  32.79 
 
 		 419 aa  99.4  1e-19  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3850  restriction endonuclease S subunits-like protein  32.79 
 
 		 419 aa  99.4  1e-19  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.554786  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0446  restriction modification system DNA specificity subunit  24.59 
 
 		 434 aa  90.9  4e-17  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000807768  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3549  restriction modification system DNA specificity subunit  25.77 
 
 		 296 aa  90.5  4e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.348533  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1216  restriction modification system DNA specificity subunit  25.98 
 
 		 427 aa  89  1e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0132  restriction modification system DNA specificity subunit  25.24 
 
 		 427 aa  89.4  1e-16  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.47299 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0745  restriction modification system DNA specificity domain  23.1 
 
 		 411 aa  89  1e-16  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.189202  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2724  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.77 
 
 		 409 aa  89.4  1e-16  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2378  type I restriction-modification system, S subunit  24.34 
 
 		 383 aa  86.7  6e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2009  restriction modification system DNA specificity domain  24.34 
 
 		 423 aa  86.7  7e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.999718  normal  0.91224 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1087  restriction modification system DNA specificity subunit  25.82 
 
 		 437 aa  85.1  0.000000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0762586  normal  1 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2397  restriction modification system DNA specificity domain  24.18 
 
 		 417 aa  83.2  0.000000000000007  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000238697  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1071  restriction modification system DNA specificity subunit  21.9 
 
 		 429 aa  82  0.00000000000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3717  restriction modification system DNA specificity subunit  26.69 
 
 		 427 aa  80.1  0.00000000000007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0102  restriction modification system DNA specificity domain protein  18.52 
 
 		 442 aa  75.5  0.000000000001  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3351  type I site-specific deoxyribonuclease S subunit  23.08 
 
 		 354 aa  75.5  0.000000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.00146581  normal  0.0102246 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0951  restriction modification system DNA specificity subunit  20 
 
 		 419 aa  74.3  0.000000000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000406123 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0382  type I restriction-modification system, S subunit  25.14 
 
 		 439 aa  73.9  0.000000000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2682  putative restriction endonuclease S subunit  21.39 
 
 		 400 aa  73.6  0.000000000006  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.845062  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0448  restriction modification system DNA specificity domain  22.99 
 
 		 435 aa  73.2  0.000000000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000159098 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1859  restriction modification system DNA specificity subunit  24.49 
 
 		 409 aa  71.2  0.00000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.777891  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1894  restriction modification system DNA specificity subunit  24.49 
 
 		 409 aa  71.2  0.00000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.850685  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_03130  hypothetical protein  27.06 
 
 		 208 aa  69.7  0.00000000008  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0551237  hitchhiker  0.00000000000000986658 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3352  type I site-specific deoxyribonuclease S subunit  26.04 
 
 		 303 aa  68.6  0.0000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  decreased coverage  0.0000513186  normal  0.0100815 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3953  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.11 
 
 		 413 aa  68.9  0.0000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3653  type I restriction enzyme StySPI specificity protein  24.63 
 
 		 460 aa  67  0.0000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.234587  normal  0.701676 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3793  restriction modification system DNA specificity subunit  23.72 
 
 		 425 aa  66.6  0.0000000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1778  type I restriction-modification system specificity subunit  22.33 
 
 		 419 aa  67  0.0000000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.926504  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1153  restriction modification system DNA specificity subunit  19.95 
 
 		 429 aa  66.2  0.000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.487263  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2792  restriction modification system DNA specificity domain protein  21.15 
 
 		 423 aa  62.4  0.00000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.313089  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2194  restriction modification system DNA specificity subunit  24.62 
 
 		 427 aa  61.2  0.00000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.122675  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0334  restriction modification system DNA specificity domain  25 
 
 		 430 aa  58.9  0.0000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.284396 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2904  restriction modification system DNA specificity subunit  20.97 
 
 		 425 aa  58.2  0.0000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0735  restriction modification system DNA specificity subunit  20.9 
 
 		 392 aa  57.4  0.0000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.142305 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0249  restriction modification system DNA specificity subunit  20.88 
 
 		 393 aa  57  0.0000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0041  restriction modification system DNA specificity subunit  22.67 
 
 		 397 aa  56.6  0.0000007  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2421  restriction modification system DNA specificity subunit  23.12 
 
 		 402 aa  56.2  0.000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.318068 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1452  restriction modification system DNA specificity domain  25.95 
 
 		 392 aa  54.3  0.000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0462219  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3989  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.44 
 
 		 456 aa  53.9  0.000005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0737122 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3144  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.67 
 
 		 412 aa  53.1  0.000009  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.527027  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2471  type I restriction-modification system S subunit  27 
 
 		 381 aa  52.4  0.00001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  decreased coverage  0.0091078  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1435  restriction modification system DNA specificity subunit  23.42 
 
 		 340 aa  52.4  0.00001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2852  restriction endonuclease S subunits-like protein  19.29 
 
 		 412 aa  52.8  0.00001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0584008 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2277  restriction modification system DNA specificity domain protein  21.93 
 
 		 433 aa  52  0.00002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.200455  hitchhiker  0.00000677276 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3768  restriction modification system DNA specificity subunit  21.23 
 
 		 374 aa  52  0.00002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.36553  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2093  restriction modification system DNA specificity subunit  21.2 
 
 		 477 aa  52.4  0.00002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1674  restriction modification system DNA specificity domain protein  20.66 
 
 		 477 aa  52  0.00002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3075  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.09 
 
 		 388 aa  51.6  0.00002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.40504  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5244  restriction modification system DNA specificity domain  21.78 
 
 		 422 aa  51.2  0.00003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12774  type I restriction/modification system specificity determinant hsdS  24.31 
 
 		 364 aa  50.1  0.00007  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0403  restriction modification system DNA specificity subunit  24.46 
 
 		 402 aa  50.1  0.00008  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1672  restriction modification system DNA specificity domain protein  18.36 
 
 		 493 aa  49.7  0.00009  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0836  type I restriction-modification system S subunit  19.32 
 
 		 416 aa  49.3  0.0001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.444813  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0455  restriction modification system DNA specificity subunit  22.53 
 
 		 403 aa  48.9  0.0001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0467  restriction modification system DNA specificity subunit  22.53 
 
 		 403 aa  48.9  0.0001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009661  Shew185_4455  restriction modification system DNA specificity subunit  28.15 
 
 		 388 aa  49.3  0.0001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.353509  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0605  restriction modification system DNA specificity subunit  22.01 
 
 		 453 aa  49.3  0.0001  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02063  type I restriction-modification system, S subunit  20.65 
 
 		 501 aa  49.3  0.0001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2875  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.24 
 
 		 390 aa  49.3  0.0001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0414  restriction modification system DNA specificity subunit  24.29 
 
 		 439 aa  47.8  0.0003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.405933  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1087  type I restriction-modification system, S subunit  21.39 
 
 		 422 aa  47.4  0.0004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.247708  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2257  restriction endonuclease S subunits-like protein  21.88 
 
 		 413 aa  47.8  0.0004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0808  specificity determinant HsdS-like  28.88 
 
 		 363 aa  47.4  0.0005  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.361917  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0333  restriction modification system DNA specificity subunit  20.38 
 
 		 371 aa  47.4  0.0005  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0941  restriction modification system DNA specificity subunit  29.03 
 
 		 195 aa  47.4  0.0005  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.172748  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1144  restriction modification system DNA specificity subunit  27.61 
 
 		 473 aa  47  0.0005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2328  type I restriction-modification system specificity subunit  28.07 
 
 		 404 aa  46.6  0.0007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2910  putative type I restriction-modification system, S subunit  20.65 
 
 		 373 aa  46.6  0.0007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2726  restriction modification system DNA specificity subunit  24.18 
 
 		 500 aa  46.6  0.0007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1481  restriction endonuclease S subunits-like protein  24.51 
 
 		 443 aa  46.2  0.001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0878  type I restriction modification system methylase  26.29 
 
 		 424 aa  45.1  0.002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.707045 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1635  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.51 
 
 		 419 aa  45.1  0.002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0235263  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1357  restriction modification system DNA specificity domain  18.25 
 
 		 425 aa  45.4  0.002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0971497  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1502  restriction modification system DNA specificity domain  17.96 
 
 		 393 aa  45.4  0.002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3471  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.93 
 
 		 419 aa  45.1  0.002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>