More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VIBHAR_00816 on replicon NC_009783
Organism: Vibrio harveyi ATCC BAA-1116



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011312  VSAL_I0376  3-isopropylmalate dehydrogenase  89.26 
 
 
363 aa  679    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2066  3-isopropylmalate dehydrogenase  90.63 
 
 
363 aa  694    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001657  3-isopropylmalate dehydrogenase  97.25 
 
 
363 aa  731    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00816  3-isopropylmalate dehydrogenase  100 
 
 
363 aa  748    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0631  3-isopropylmalate dehydrogenase  75.63 
 
 
363 aa  576  1.0000000000000001e-163  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.305099  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0593  3-isopropylmalate dehydrogenase  75.35 
 
 
363 aa  577  1.0000000000000001e-163  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0744  3-isopropylmalate dehydrogenase  74.79 
 
 
363 aa  571  1.0000000000000001e-162  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3796  3-isopropylmalate dehydrogenase  75.63 
 
 
363 aa  573  1.0000000000000001e-162  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2937  3-isopropylmalate dehydrogenase  74.58 
 
 
363 aa  567  1e-161  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3536  3-isopropylmalate dehydrogenase  74.58 
 
 
363 aa  567  1e-161  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0124  3-isopropylmalate dehydrogenase  74.79 
 
 
363 aa  566  1e-160  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.736589  normal  0.998111 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00075  3-isopropylmalate dehydrogenase  75.35 
 
 
363 aa  565  1e-160  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3525  3-isopropylmalate dehydrogenase  75.35 
 
 
363 aa  565  1e-160  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00074  hypothetical protein  75.35 
 
 
363 aa  565  1e-160  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0123  3-isopropylmalate dehydrogenase  74.79 
 
 
363 aa  566  1e-160  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0556005 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0078  3-isopropylmalate dehydrogenase  75.14 
 
 
363 aa  567  1e-160  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.656199 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0128  3-isopropylmalate dehydrogenase  74.79 
 
 
363 aa  566  1e-160  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3584  3-isopropylmalate dehydrogenase  75.35 
 
 
363 aa  565  1e-160  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00038703 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0621  3-isopropylmalate dehydrogenase  75.07 
 
 
363 aa  564  1e-160  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0240916 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0128  3-isopropylmalate dehydrogenase  74.79 
 
 
363 aa  566  1e-160  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0349763 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0121  3-isopropylmalate dehydrogenase  74.79 
 
 
363 aa  566  1e-160  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.165091  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0078  3-isopropylmalate dehydrogenase  75.35 
 
 
363 aa  565  1e-160  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0076  3-isopropylmalate dehydrogenase  75.35 
 
 
363 aa  565  1e-160  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0080  3-isopropylmalate dehydrogenase  75.07 
 
 
363 aa  565  1e-160  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3406  3-isopropylmalate dehydrogenase  74.02 
 
 
363 aa  563  1.0000000000000001e-159  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0067  3-isopropylmalate dehydrogenase  75.07 
 
 
363 aa  563  1.0000000000000001e-159  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3608  3-isopropylmalate dehydrogenase  74.79 
 
 
363 aa  548  1e-155  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0391  3-isopropylmalate dehydrogenase  72.55 
 
 
358 aa  548  1e-155  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4235  3-isopropylmalate dehydrogenase  70.47 
 
 
364 aa  536  1e-151  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3471  3-isopropylmalate dehydrogenase  71.59 
 
 
364 aa  534  1e-151  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.556446 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3587  3-isopropylmalate dehydrogenase  70.47 
 
 
364 aa  535  1e-151  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0369  3-isopropylmalate dehydrogenase  70.75 
 
 
364 aa  537  1e-151  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3760  3-isopropylmalate dehydrogenase  70.47 
 
 
364 aa  536  1e-151  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.930795  normal  0.184493 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0412  3-isopropylmalate dehydrogenase  70.75 
 
 
364 aa  532  1e-150  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000160123 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0398  3-isopropylmalate dehydrogenase  70.75 
 
 
364 aa  532  1e-150  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00047099 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0387  3-isopropylmalate dehydrogenase  70.47 
 
 
364 aa  532  1e-150  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0386  3-isopropylmalate dehydrogenase  70.75 
 
 
364 aa  532  1e-150  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0472  3-isopropylmalate dehydrogenase  70.19 
 
 
364 aa  529  1e-149  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3827  3-isopropylmalate dehydrogenase  70.47 
 
 
364 aa  530  1e-149  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3819  3-isopropylmalate dehydrogenase  69.64 
 
 
364 aa  529  1e-149  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0394  3-isopropylmalate dehydrogenase  70.75 
 
 
364 aa  521  1e-147  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000221943 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4549  3-isopropylmalate dehydrogenase  71.31 
 
 
364 aa  523  1e-147  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.412128  normal  0.012049 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0335  3-isopropylmalate dehydrogenase  68.25 
 
 
364 aa  521  1e-147  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0336  3-isopropylmalate dehydrogenase  71.03 
 
 
364 aa  518  1e-146  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.309261  normal  0.513692 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3269  3-isopropylmalate dehydrogenase  65.46 
 
 
366 aa  475  1e-133  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1904  3-isopropylmalate dehydrogenase  62.81 
 
 
365 aa  472  1e-132  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000997715  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4209  3-isopropylmalate dehydrogenase  62.75 
 
 
362 aa  469  1.0000000000000001e-131  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0908  3-isopropylmalate dehydrogenase  64.43 
 
 
362 aa  466  9.999999999999999e-131  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0378851  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03086  3-isopropylmalate dehydrogenase  64.07 
 
 
365 aa  467  9.999999999999999e-131  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3353  3-isopropylmalate dehydrogenase  64.15 
 
 
362 aa  462  1e-129  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.133211 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0045  3-isopropylmalate dehydrogenase  62.92 
 
 
362 aa  463  1e-129  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0146911  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0348  3-isopropylmalate dehydrogenase  62.64 
 
 
363 aa  459  9.999999999999999e-129  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000128786  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0602  3-isopropylmalate dehydrogenase  63.56 
 
 
362 aa  460  9.999999999999999e-129  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000206723  normal  0.0345378 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0785  3-isopropylmalate dehydrogenase  62.19 
 
 
369 aa  457  1e-127  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.537709  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1045  3-isopropylmalate dehydrogenase  64.99 
 
 
362 aa  455  1e-127  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.18231  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2879  3-isopropylmalate dehydrogenase  62.15 
 
 
362 aa  451  1e-125  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2095  3-isopropylmalate dehydrogenase  62.29 
 
 
358 aa  432  1e-120  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0016  3-isopropylmalate dehydrogenase  61.73 
 
 
358 aa  429  1e-119  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1888  3-isopropylmalate dehydrogenase  61.73 
 
 
358 aa  430  1e-119  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0128  3-isopropylmalate dehydrogenase  59.1 
 
 
356 aa  419  1e-116  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2099  3-isopropylmalate dehydrogenase  59.27 
 
 
355 aa  416  9.999999999999999e-116  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000153808  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0381  3-isopropylmalate dehydrogenase  57.79 
 
 
354 aa  408  1e-113  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0364  3-isopropylmalate dehydrogenase  57.79 
 
 
354 aa  408  1e-113  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0017  3-isopropylmalate dehydrogenase  58.59 
 
 
355 aa  402  1e-111  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2209  3-isopropylmalate dehydrogenase  57.18 
 
 
362 aa  402  1e-111  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.000258319  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1193  3-isopropylmalate dehydrogenase  56.7 
 
 
363 aa  401  9.999999999999999e-111  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0387  3-isopropylmalate dehydrogenase  54.93 
 
 
357 aa  395  1e-109  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.603311  normal  0.830854 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23790  3-isopropylmalate dehydrogenase  54.72 
 
 
360 aa  395  1e-109  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0915643 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0036  3-isopropylmalate dehydrogenase  55.99 
 
 
355 aa  392  1e-108  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.246582  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1988  3-isopropylmalate dehydrogenase  54.72 
 
 
360 aa  388  1e-107  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.325379  normal  0.0231665 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3771  3-isopropylmalate dehydrogenase  54.72 
 
 
360 aa  388  1e-107  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0288  3-isopropylmalate dehydrogenase  57.91 
 
 
356 aa  390  1e-107  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0648  3-isopropylmalate dehydrogenase  55.31 
 
 
358 aa  389  1e-107  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0597503  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2093  3-isopropylmalate dehydrogenase  55.08 
 
 
359 aa  389  1e-107  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0127981  normal  0.7067 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1794  3-isopropylmalate dehydrogenase  55.15 
 
 
358 aa  388  1e-107  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.741097 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3663  3-isopropylmalate dehydrogenase  56.56 
 
 
347 aa  391  1e-107  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.185216  normal  0.76534 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1365  3-isopropylmalate dehydrogenase  55.43 
 
 
356 aa  389  1e-107  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.528909  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1563  3-isopropylmalate dehydrogenase  53.95 
 
 
357 aa  390  1e-107  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.27267  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1519  3-isopropylmalate dehydrogenase  54.72 
 
 
360 aa  388  1e-107  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.676476  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2015  3-isopropylmalate dehydrogenase  54.72 
 
 
360 aa  391  1e-107  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.021307  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0797  3-isopropylmalate dehydrogenase  53.39 
 
 
357 aa  385  1e-106  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000426941  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2592  3-isopropylmalate dehydrogenase  53.89 
 
 
371 aa  387  1e-106  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.229971  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2721  3-isopropylmalate dehydrogenase  54.75 
 
 
360 aa  387  1e-106  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0190941  normal  0.0566777 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1810  3-isopropylmalate dehydrogenase  54.8 
 
 
356 aa  387  1e-106  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.704264  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2063  3-isopropylmalate dehydrogenase  54.24 
 
 
360 aa  382  1e-105  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1740  3-isopropylmalate dehydrogenase  54.57 
 
 
357 aa  383  1e-105  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1100  3-isopropylmalate dehydrogenase  54.34 
 
 
363 aa  383  1e-105  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.757445  normal  0.166084 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1892  3-isopropylmalate dehydrogenase  53.89 
 
 
360 aa  384  1e-105  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.154027  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0860  3-isopropylmalate dehydrogenase  54.87 
 
 
371 aa  382  1e-105  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3068  3-isopropylmalate dehydrogenase  53.24 
 
 
354 aa  382  1e-105  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.787339  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1101  3-isopropylmalate dehydrogenase  55.03 
 
 
355 aa  379  1e-104  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.815797  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2084  3-isopropylmalate dehydrogenase  54.47 
 
 
357 aa  380  1e-104  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.157532  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34260  3-isopropylmalate dehydrogenase  54.24 
 
 
360 aa  379  1e-104  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_17341  3-isopropylmalate dehydrogenase  52.79 
 
 
357 aa  379  1e-104  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3358  3-isopropylmalate dehydrogenase  54.02 
 
 
360 aa  379  1e-104  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1551  3-isopropylmalate dehydrogenase  54.72 
 
 
360 aa  381  1e-104  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.346494 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02610  3-isopropylmalate dehydrogenase  53.39 
 
 
357 aa  380  1e-104  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0864  3-isopropylmalate dehydrogenase  54.26 
 
 
350 aa  377  1e-103  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000147801  hitchhiker  0.00313755 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1732  3-isopropylmalate dehydrogenase  53.52 
 
 
358 aa  377  1e-103  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.00156138  hitchhiker  0.00249428 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2075  3-isopropylmalate dehydrogenase  53.52 
 
 
358 aa  377  1e-103  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>