More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VIBHAR_00384 on replicon NC_009783
Organism: Vibrio harveyi ATCC BAA-1116



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009783  VIBHAR_00384  translation factor  100 
 
 
185 aa  384  1e-106  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002065  YrdC family protein  92.97 
 
 
185 aa  357  7e-98  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.694724  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2466  Sua5/YciO/YrdC family protein  65.41 
 
 
188 aa  266  1e-70  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00622558  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0082  hypothetical protein  63.78 
 
 
185 aa  251  6e-66  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.687702  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3714  putative ribosome maturation factor  59.46 
 
 
200 aa  234  7e-61  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0011772  normal  0.0258765 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3706  putative ribosome maturation factor  61.14 
 
 
190 aa  226  2e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00895861  normal  0.0457985 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3598  putative ribosome maturation factor  61.14 
 
 
190 aa  226  2e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  3.92621e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3785  SUA5/yciO/yrdC domain protein  57.54 
 
 
189 aa  226  2e-58  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.000349894  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3599  putative ribosome maturation factor  61.14 
 
 
190 aa  225  2e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0165088  normal  0.792171 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3769  putative ribosome maturation factor  61.14 
 
 
190 aa  226  2e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.124598  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3578  putative ribosome maturation factor  58.99 
 
 
190 aa  225  3e-58  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000356689  normal  0.210928 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3667  putative ribosome maturation factor  58.99 
 
 
205 aa  225  3e-58  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  3.09494e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3765  putative ribosome maturation factor  58.99 
 
 
205 aa  225  3e-58  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  5.51499e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3964  SUA5/yciO/yrdC domain protein  57.54 
 
 
189 aa  224  4e-58  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0237739  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3476  putative ribosome maturation factor  58.99 
 
 
205 aa  224  4e-58  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  4.39267e-11  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03133  predicted ribosome maturation factor  58.99 
 
 
190 aa  224  4e-58  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00993988  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03084  hypothetical protein  58.99 
 
 
190 aa  224  4e-58  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.017933  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0431  SUA5/yciO/yrdC domain protein  58.99 
 
 
190 aa  224  4e-58  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  1.49236e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0431  putative ribosome maturation factor  58.99 
 
 
190 aa  224  4e-58  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000651725  hitchhiker  0.00293146 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4605  putative ribosome maturation factor  58.99 
 
 
190 aa  224  5e-58  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00037483  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3671  putative ribosome maturation factor  60.57 
 
 
190 aa  224  7e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0413921  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0360  SUA5/yciO/yrdC domain protein  57.54 
 
 
190 aa  220  9e-57  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.00353678  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4507  putative ribosome maturation factor  55.49 
 
 
189 aa  219  2e-56  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000123843  hitchhiker  0.00015333 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0443  SUA5/yciO/yrdC domain protein  55.98 
 
 
189 aa  218  5e-56  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0414266  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0320  putative ribosome maturation factor  56.42 
 
 
190 aa  214  5e-55  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00340055  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3878  putative ribosome maturation factor  56.42 
 
 
190 aa  214  5e-55  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  5.21724e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0621  putative ribosome maturation factor  56.42 
 
 
190 aa  214  5e-55  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  1.35377e-07  normal  0.0218454 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0029  SUA5/yciO/yrdC-like protein  52.78 
 
 
188 aa  213  1e-54  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00284591  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0029  SUA5/yciO/yrdC domain-containing protein  51.96 
 
 
188 aa  204  8e-52  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.480067  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0041  SUA5/YciO/YrdC/YwlC family protein  51.4 
 
 
185 aa  203  1e-51  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00240763  normal  0.264838 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00027  putative double-stranded RNA-binding protein with unique protein fold, with YrdC/RibB domain  49.72 
 
 
201 aa  203  1e-51  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0029  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  53.76 
 
 
188 aa  201  3e-51  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.864856  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3730  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  56.47 
 
 
185 aa  201  4e-51  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0238268  hitchhiker  0.00736647 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0032  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  54.07 
 
 
188 aa  201  5e-51  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0044  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  51.69 
 
 
185 aa  201  5e-51  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.268227  normal  0.36574 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0036  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  54.07 
 
 
188 aa  201  5e-51  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  7.7729e-08 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0037  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  54.07 
 
 
188 aa  201  5e-51  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0036  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  53.49 
 
 
188 aa  199  2e-50  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000121984 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0049  SUA5/YciO/YrdC-like protein  53.04 
 
 
190 aa  197  7e-50  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.251569 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0037  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  52.6 
 
 
188 aa  197  8e-50  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0037  SUA5/yciO/yrdC domain-containing protein  52 
 
 
187 aa  194  4e-49  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0032  translation factor SUA5  51.45 
 
 
188 aa  194  6e-49  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.86833  normal  0.0329561 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0034  translation factor SUA5  51.45 
 
 
188 aa  194  6e-49  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.12599  hitchhiker  0.00900731 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0040  translation factor SUA5  51.45 
 
 
188 aa  194  7e-49  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.123848  hitchhiker  4.48294e-06 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0027  putative RNA-binding protein  48.89 
 
 
183 aa  184  7e-46  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.667549  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1870  SUA5/yciO/yrdC domain-containing protein  45.56 
 
 
209 aa  183  1e-45  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0028  SUA5/yciO/yrdC-like  46.47 
 
 
187 aa  182  3e-45  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1935  hypothetical protein  45 
 
 
209 aa  179  3e-44  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0072  ribosome maturation factor  50.56 
 
 
191 aa  179  3e-44  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0007  Sua5 family translation factor  45.36 
 
 
192 aa  177  7e-44  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0417  hypothetical protein  45.56 
 
 
198 aa  177  9e-44  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2825  putative translation factor, SUA5/yciO/yrdC-like  49.14 
 
 
185 aa  176  2e-43  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  8.09913e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00240  hypothetical protein  50.86 
 
 
185 aa  175  4e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0190  putative translation factor, SUA5/YciO/YrdC-like protein  46.45 
 
 
190 aa  175  4e-43  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3592  SUA5/yciO/yrdC domain  45.6 
 
 
196 aa  174  5e-43  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.423964  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04048  Sua5/YciO/YrdC family protein  41.99 
 
 
187 aa  173  2e-42  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2278  SUA5/yciO/yrdC domain protein  46.11 
 
 
197 aa  172  3e-42  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.940208  normal  0.0280741 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0023  hypothetical protein  49.71 
 
 
185 aa  171  5e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.841685  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2328  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  45.98 
 
 
191 aa  171  6e-42  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00200  RNA binding yrdC protein  44.75 
 
 
185 aa  166  1e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.0077597  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2103  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  42.86 
 
 
186 aa  166  2e-40  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.345955  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0083  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  42.31 
 
 
186 aa  165  4e-40  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00103971  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0070  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  44.2 
 
 
185 aa  164  6e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0492893  hitchhiker  7.66437e-06 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2864  SUA5/yciO/yrdC-like protein  42.86 
 
 
185 aa  164  9e-40  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0086  SUA5/yciO/yrdC domain-containing protein  43.65 
 
 
185 aa  162  2e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.592452 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2633  SUA5/yciO/yrdC-like protein  43.48 
 
 
190 aa  162  4e-39  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0106917  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0024  translation factor SUA5  43.89 
 
 
191 aa  160  1e-38  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0058  SUA5/yciO/yrdC domain-containing protein  45.56 
 
 
185 aa  159  2e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0089  SUA5/yciO/yrdC domain-containing protein  43.09 
 
 
185 aa  159  2e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.314093  hitchhiker  5.10467e-06 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0022  SUA5/yciO/yrdC, N-terminal  43.65 
 
 
185 aa  159  2e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0174  SUA5/yciO/yrdC family domain protein  43.09 
 
 
185 aa  159  3e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0086  SUA5/yciO/yrdC domain-containing protein  43.09 
 
 
185 aa  159  3e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.835524  hitchhiker  7.33254e-14 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0020  SUA5/yciO/yrdC-like  43.02 
 
 
185 aa  156  1e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  3.04623e-05  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0046  SUA5/yciO/yrdC domain-containing protein  47.03 
 
 
190 aa  155  2e-37  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0347  SUA5/yciO/yrdC-like protein  45.66 
 
 
180 aa  154  9e-37  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0019  SUA5/yciO/yrdC-like  44.38 
 
 
186 aa  153  1e-36  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2838  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  42.29 
 
 
186 aa  152  3e-36  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2091  SUA5/yciO/yrdC domain protein  42.86 
 
 
185 aa  147  9e-35  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0858595  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2460  translation factor SUA5  39.31 
 
 
188 aa  139  2e-32  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2134  hypothetical protein  39.11 
 
 
214 aa  138  4e-32  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.437121 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2462  SUA5/yciO/yrdC-like  38.07 
 
 
214 aa  138  5e-32  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.303461 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0732  SUA5/yciO/yrdC domain-containing protein  36.07 
 
 
185 aa  133  2e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2262  Sua5/YciO/YrdC family protein  33.88 
 
 
186 aa  122  3e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.682974  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1909  SUA5/yciO/yrdC domain  33.88 
 
 
186 aa  122  3e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2376  SUA5/yciO/yrdC domain-containing protein  31.65 
 
 
262 aa  108  6e-23  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1686  Sua5/YciO/YrdC/YwlC  32.24 
 
 
315 aa  105  4e-22  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0075  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  34.57 
 
 
335 aa  104  6e-22  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000138931  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0075  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  35.76 
 
 
335 aa  104  7e-22  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3846  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  33.7 
 
 
347 aa  104  9e-22  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00967711  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3463  translation factor SUA5  34.57 
 
 
211 aa  102  2e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0993793  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0067  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  32.7 
 
 
338 aa  103  2e-21  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0048533  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1813  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  32.93 
 
 
366 aa  102  4e-21  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  decreased coverage  0.00420003  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5452  sua5/yciO/yrdC/ywlC family protein  32.07 
 
 
346 aa  101  5e-21  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0228845  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1588  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  32.58 
 
 
317 aa  101  6e-21  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.704065  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0735  hypothetical protein  33.53 
 
 
325 aa  101  8e-21  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5503  sua5/yciO/yrdC/ywlC family protein  32.07 
 
 
346 aa  100  1e-20  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  1.13963e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5568  sua5/yciO/yrdC/ywlC family protein  32.07 
 
 
346 aa  100  1e-20  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00343157  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5025  sua5/yciO/yrdC/ywlC family protein  32.07 
 
 
346 aa  100  1e-20  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.00487742  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5009  sua5/yciO/yrdC/ywlC family protein  32.07 
 
 
346 aa  100  1e-20  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  8.74149e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5174  sua5/yciO/yrdC/ywlC family protein  32.07 
 
 
346 aa  100  1e-20  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>