179 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VEA_rna008 on replicon NC_013457
Organism: Vibrio sp. Ex25



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013457  VEA_rna008  tRNA-Leu  100 
 
 		 84 bp  167  5e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000945853  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna115  tRNA-Leu  98.81 
 
 		 84 bp  159  1e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000448705  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06707  tRNA-Leu  98.77 
 
 		 81 bp  153  8e-36  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03400  tRNA-Leu  98.77 
 
 		 81 bp  153  8e-36  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0170  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 84 bp  143  7e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000159829  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3125t  tRNA-Leu  95.12 
 
 		 82 bp  123  7e-27  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.556265  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0053  tRNA-Leu  93.48 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.406818  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt43  tRNA-Leu  91.3 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt43  tRNA-Leu  91.3 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0055  tRNA-Leu  87.1 
 
 		 84 bp  60  0.00000009  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.796576  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0634  tRNA-Leu  91.3 
 
 		 91 bp  60  0.00000009  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.323401  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0140  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 87 bp  58  0.0000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.180283  normal  0.042622 
 
 
-
 
NC_006368  lpp3045  hypothetical protein  91.11 
 
 		 98 bp  58  0.0000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0122  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 87 bp  58  0.0000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000181545  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0123  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 87 bp  58  0.0000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000143364  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00058  tRNA-Leu  89.58 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.293441  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0010  tRNA-Leu  89.58 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.410025  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3470  tRNA-Leu  89.58 
 
 		 89 bp  56  0.000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00513731  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0047  tRNA-Leu  85.94 
 
 		 84 bp  56  0.000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3481  tRNA-Leu  89.58 
 
 		 89 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3551  tRNA-Leu  89.58 
 
 		 89 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0012  tRNA-Leu  89.58 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000313153 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3587  tRNA-Leu  89.58 
 
 		 89 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.453688  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3660  tRNA-Leu  89.58 
 
 		 89 bp  56  0.000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0342114  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5072  tRNA-Leu  89.58 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000520026  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3649  tRNA-Leu  89.58 
 
 		 89 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3481  tRNA-Leu  89.58 
 
 		 89 bp  56  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.241057  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4496  tRNA-Leu  89.58 
 
 		 89 bp  56  0.000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00806213  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0078  tRNA-Leu  89.58 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0071  tRNA-Leu  89.58 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.64652  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4701  tRNA-Leu  89.58 
 
 		 89 bp  56  0.000001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000616666  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0025  tRNA-Leu  89.36 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.116004  normal  0.383928 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0011  tRNA-Leu  92.31 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0552759  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_R0031  tRNA-Leu  100 
 
 		 84 bp  54  0.000005  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0099  tRNA-Leu  92.31 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.116508  normal  0.84635 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0107  tRNA-Leu  92.31 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.57373  normal  0.74255 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_16310  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 86 bp  54  0.000005  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.352958  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0082  tRNA-Leu  89.36 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000269162  normal  0.128864 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t58  tRNA-Leu  92.11 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.544778  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t59  tRNA-Leu  92.11 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.523446  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA2  tRNA-Leu  92.11 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA3  tRNA-Leu  92.11 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R10  tRNA-Leu  92.11 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.919208  normal  0.123252 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62800  tRNA-Leu  89.13 
 
 		 83 bp  52  0.00002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0019  tRNA-Leu  96.67 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0020  tRNA-Leu  89.13 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.424906  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60360  tRNA-Leu  89.13 
 
 		 83 bp  52  0.00002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0065  tRNA-Leu  89.13 
 
 		 86 bp  52  0.00002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5466  tRNA-Leu  89.13 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.138574  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3989  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 89 bp  50.1  0.00008  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000460311  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0018  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 87 bp  50.1  0.00008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.296928  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0066  tRNA-Leu  93.94 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0038  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.544461  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1379  tRNA-Leu  93.94 
 
 		 91 bp  50.1  0.00008  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.107567 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0012  tRNA-Leu  93.94 
 
 		 88 bp  50.1  0.00008  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.594813  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0643  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  50.1  0.00008  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.149876  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0051  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 87 bp  50.1  0.00008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00811518  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0019  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 87 bp  50.1  0.00008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.369555  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4277  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 89 bp  50.1  0.00008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000111824  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0645  tRNA-Leu  90.24 
 
 		 88 bp  50.1  0.00008  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.481512  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0048  tRNA-Leu  93.94 
 
 		 85 bp  50.1  0.00008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Leu-4  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0045  tRNA-Leu  93.75 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.102095 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0074  tRNA-Leu  93.75 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0021  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0058  tRNA-Leu  93.75 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0282506 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0069  tRNA-Leu  93.75 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.365522  normal  0.0296897 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0027  tRNA-Leu  93.75 
 
 		 88 bp  48.1  0.0003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0625  tRNA-Leu  84.38 
 
 		 86 bp  48.1  0.0003  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  decreased coverage  0.00420103  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0070  tRNA-Leu  93.75 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.128359 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10180  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 89 bp  48.1  0.0003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  unclonable  0.000000392924  hitchhiker  0.000000470652 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0029  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 88 bp  48.1  0.0003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000498774  normal  0.0770032 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07180  tRNA-Leu  96.43 
 
 		 89 bp  48.1  0.0003  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.0000122258  normal  0.69512 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0034  tRNA-Leu  100 
 
 		 89 bp  48.1  0.0003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.670287  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0063  tRNA-Leu  100 
 
 		 89 bp  48.1  0.0003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.381313  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0066  tRNA-Leu  93.75 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.421355 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0026  tRNA-Leu  93.75 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  decreased coverage  0.00329777  normal  0.13088 
 
 
-
 
NC_003295  RS03461  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0132208  normal  0.375056 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Leu-6  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.247975  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA_tRNA-Leu-1  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0055  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 86 bp  46.1  0.001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.924042  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0008  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0100798  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1434  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.354876  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2360  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R11  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.537713  normal  0.124684 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0076  tRNA-Leu  100 
 
 		 82 bp  46.1  0.001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000000606872  normal  0.134188 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_BR0006  tRNA-Leu  100 
 
 		 82 bp  46.1  0.001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.831303  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0013  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0000000338637  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0072  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_R0076  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.243521  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0030  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.389067 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0010  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.0000141712  hitchhiker  0.00444268 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0068  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  unclonable  0.000000000144281  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_R0079  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0546464 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0066  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.0000299649  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_R0076  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.445287  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0045  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 89 bp  46.1  0.001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.259532  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_R0080  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_R0084  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0386736 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0068  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  decreased coverage  0.0000000478917  normal  0.0818589 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>