More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VEA_004252 on replicon NC_013456
Organism: Vibrio sp. Ex25



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013456  VEA_004252  glycine cleavage system transcriptional activator GcvA  100 
 
 
306 aa  632  1e-180  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000016906  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01183  DNA-binding transcriptional activator GcvA  98.69 
 
 
306 aa  623  1e-177  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0418  DNA-binding transcriptional activator GcvA  89 
 
 
306 aa  563  1.0000000000000001e-159  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000171121  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0691  DNA-binding transcriptional activator GcvA  81.79 
 
 
302 aa  527  1e-148  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.652779  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  71.48 
 
 
305 aa  460  9.999999999999999e-129  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3805  DNA-binding transcriptional activator GcvA  71.81 
 
 
305 aa  459  9.999999999999999e-129  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000401969  unclonable  0.0000000245083 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  71.48 
 
 
305 aa  460  9.999999999999999e-129  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  71.48 
 
 
305 aa  460  9.999999999999999e-129  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  71.48 
 
 
305 aa  460  9.999999999999999e-129  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  71.48 
 
 
305 aa  460  9.999999999999999e-129  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  71.14 
 
 
305 aa  454  1e-127  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  71.14 
 
 
305 aa  454  1e-127  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  71.14 
 
 
305 aa  454  1e-127  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  71.14 
 
 
305 aa  454  1e-127  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02620  hypothetical protein  71.14 
 
 
305 aa  454  1e-127  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  71.14 
 
 
305 aa  454  1e-127  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  71.14 
 
 
305 aa  454  1e-127  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  71.14 
 
 
305 aa  454  1e-127  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  71.14 
 
 
305 aa  454  1e-127  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  72.66 
 
 
303 aa  452  1.0000000000000001e-126  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0999  DNA-binding transcriptional activator GcvA  70.9 
 
 
305 aa  453  1.0000000000000001e-126  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272283  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1052  DNA-binding transcriptional activator GcvA  70.9 
 
 
305 aa  453  1.0000000000000001e-126  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  70.47 
 
 
304 aa  451  1.0000000000000001e-126  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3178  DNA-binding transcriptional activator GcvA  70.81 
 
 
308 aa  451  1.0000000000000001e-126  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.604913  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  70.3 
 
 
303 aa  451  1.0000000000000001e-126  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  70.9 
 
 
305 aa  453  1.0000000000000001e-126  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000086091  normal  0.146962 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2994  DNA-binding transcriptional activator GcvA  70.47 
 
 
308 aa  448  1e-125  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  74.05 
 
 
303 aa  450  1e-125  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2783  DNA-binding transcriptional activator GcvA  72.32 
 
 
303 aa  449  1e-125  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.029199  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3377  DNA-binding transcriptional activator GcvA  70.47 
 
 
307 aa  448  1e-125  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.649245  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  71 
 
 
303 aa  445  1.0000000000000001e-124  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1364  DNA-binding transcriptional activator GcvA  72.32 
 
 
303 aa  445  1.0000000000000001e-124  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0933505  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1282  DNA-binding transcriptional activator GcvA  72.66 
 
 
303 aa  446  1.0000000000000001e-124  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433323  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2996  DNA-binding transcriptional activator GcvA  72.32 
 
 
303 aa  445  1.0000000000000001e-124  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.174451  hitchhiker  0.00000205749 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1350  DNA-binding transcriptional activator GcvA  72.32 
 
 
303 aa  445  1.0000000000000001e-124  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.960187  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2724  DNA-binding transcriptional activator GcvA  72.32 
 
 
303 aa  446  1.0000000000000001e-124  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000916948  normal  0.0913399 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1389  DNA-binding transcriptional activator GcvA  72.32 
 
 
303 aa  445  1.0000000000000001e-124  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.13608 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2795  DNA-binding transcriptional activator GcvA  72.32 
 
 
303 aa  446  1.0000000000000001e-124  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119571  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2894  DNA-binding transcriptional activator GcvA  72.32 
 
 
303 aa  446  1.0000000000000001e-124  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00417784  hitchhiker  0.00000518904 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0927  DNA-binding transcriptional activator GcvA  70.13 
 
 
307 aa  447  1.0000000000000001e-124  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00141405  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  73.01 
 
 
303 aa  446  1.0000000000000001e-124  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1533  DNA-binding transcriptional activator GcvA  71.63 
 
 
303 aa  441  1e-123  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2203  DNA-binding transcriptional activator GcvA  68.46 
 
 
303 aa  442  1e-123  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0223993  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2984  DNA-binding transcriptional activator GcvA  71.28 
 
 
303 aa  439  9.999999999999999e-123  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0851103  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02566  DNA-binding transcriptional activator GcvA  67 
 
 
300 aa  422  1e-117  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.169781  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3544  DNA-binding transcriptional activator GcvA  64.38 
 
 
310 aa  424  1e-117  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.00470366  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0495  DNA-binding transcriptional activator GcvA  46.98 
 
 
301 aa  302  5.000000000000001e-81  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.0000126497  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1692  LysR family transcriptional regulator  44.37 
 
 
305 aa  251  8.000000000000001e-66  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2443  DNA-binding transcriptional activator GcvA  46.62 
 
 
300 aa  244  9.999999999999999e-64  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.586469  normal  0.671238 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  44.97 
 
 
314 aa  239  5.999999999999999e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.42879  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2214  LysR family transcriptional regulator  43.81 
 
 
308 aa  236  3e-61  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7137  DNA-binding transcriptional activator GcvA  43.96 
 
 
306 aa  233  4.0000000000000004e-60  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.126779  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2531  transcriptional regulator, LysR family  42.41 
 
 
295 aa  231  1e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1699  LysR family transcriptional regulator  39.02 
 
 
311 aa  227  2e-58  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00239277  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2809  LysR family transcriptional regulator  40.45 
 
 
315 aa  225  6e-58  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000226254  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3270  LysR family transcriptional regulator  41.89 
 
 
318 aa  225  6e-58  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.321515  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3368  LysR family transcriptional regulator  43.39 
 
 
307 aa  225  9e-58  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1268  LysR family transcriptional regulator  41.55 
 
 
317 aa  221  9.999999999999999e-57  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2385  transcriptional regulator, LysR family  43.88 
 
 
323 aa  219  6e-56  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.297689  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2331  LysR family transcriptional regulator  41.3 
 
 
305 aa  218  1e-55  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0724376  normal  0.145615 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6126  transcriptional regulator, LysR family  40 
 
 
299 aa  216  2.9999999999999998e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6137  transcriptional regulator, LysR family  41.96 
 
 
296 aa  211  1e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.955342  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0381  LysR family transcriptional regulator  40.4 
 
 
327 aa  209  4e-53  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.54152  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2761  transcription regulator protein  39.8 
 
 
308 aa  209  7e-53  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.21868  normal  0.56038 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0785  LysR family transcriptional regulator  39.13 
 
 
311 aa  207  3e-52  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2590  transcriptional regulator, LysR family  39.19 
 
 
308 aa  206  4e-52  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3000  transcriptional regulator, LysR family  39.19 
 
 
308 aa  206  5e-52  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1680  LysR substrate-binding  40.27 
 
 
312 aa  205  6e-52  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.915427  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1999  transcriptional regulator, LysR family  39.93 
 
 
312 aa  204  1e-51  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0119555  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2215  LysR family transcriptional regulator  36.89 
 
 
317 aa  204  2e-51  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.230967  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0279  transcriptional regulator, LysR family  40 
 
 
308 aa  202  7e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.126577  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5146  LysR family transcriptional regulator  40.4 
 
 
297 aa  202  8e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.981039 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2879  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 
305 aa  200  3e-50  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.105069 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3250  transcriptional regulator, LysR family  37.13 
 
 
314 aa  199  3.9999999999999996e-50  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.228941  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0519  LysR family transcriptional regulator  38.7 
 
 
305 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2586  LysR family transcriptional regulator  38.7 
 
 
305 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0491  LysR family transcriptional regulator  38.7 
 
 
305 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.978551 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0550  putative transcriptional regulator  36.33 
 
 
302 aa  199  7e-50  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.540128  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05850  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 
302 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3606  LysR family transcriptional regulator  39.3 
 
 
305 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.613812  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0214  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.86 
 
 
334 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0501  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.49 
 
 
322 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0370633 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3246  LysR family transcriptional regulator  38.54 
 
 
300 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0769279  normal  0.647025 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1201  LysR family transcriptional regulator  36.12 
 
 
313 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0253  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.51 
 
 
293 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.208187  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4415  LysR family transcriptional regulator  39.32 
 
 
295 aa  197  2.0000000000000003e-49  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2404  LysR family transcriptional regulator  36.9 
 
 
305 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.772401  normal  0.186962 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4145  LysR family transcriptional regulator  40.55 
 
 
299 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.323905 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0083  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.51 
 
 
309 aa  196  4.0000000000000005e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.363159  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6398  LysR family transcriptional regulator  39.09 
 
 
306 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.737732  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1431  LysR family transcriptional regulator  39.09 
 
 
306 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.53118  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4417  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.52 
 
 
307 aa  195  8.000000000000001e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.838235  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1385  LysR family transcriptional regulator  37.38 
 
 
311 aa  194  1e-48  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.765137  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3693  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 
296 aa  194  2e-48  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.330059 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4817  LysR family transcriptional regulator  38.91 
 
 
299 aa  194  2e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.92045  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0248  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 
302 aa  193  3e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.319703  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0383  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.21 
 
 
320 aa  193  3e-48  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5069  LysR family transcriptional regulator  36.82 
 
 
302 aa  193  3e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00568872  normal  0.0350365 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6449  LysR family transcriptional regulator  36.95 
 
 
309 aa  192  5e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.585538  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6156  LysR family transcriptional regulator  36.58 
 
 
308 aa  192  6e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>