More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VEA_004196 on replicon NC_013456
Organism: Vibrio sp. Ex25



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009783  VIBHAR_01258  pseudouridylate synthase  94.29 
 
 		 384 aa  753    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004196  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  100 
 
 		 385 aa  795    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00815873  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1816  pseudouridine synthase family 1 protein  67.79 
 
 		 340 aa  516  1.0000000000000001e-145  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1987  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  68 
 
 		 314 aa  381  1e-105  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.514849  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2613  RNA pseudouridine synthase family protein  68.78 
 
 		 298 aa  337  9.999999999999999e-92  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2299  ribosomal large subunit pseudouridine synthase f  68.78 
 
 		 298 aa  337  1.9999999999999998e-91  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1235  pseudouridine synthase  67.92 
 
 		 248 aa  334  1e-90  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.176862  normal  0.0316242 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1646  pseudouridine synthase, Rsu  64.63 
 
 		 317 aa  321  9.999999999999999e-87  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2242  pseudouridine synthase  68.28 
 
 		 318 aa  320  3.9999999999999996e-86  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.708681 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0236  pseudouridine synthase  63.79 
 
 		 272 aa  314  1.9999999999999998e-84  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0916  RNA pseudouridine synthase family protein  64.29 
 
 		 314 aa  310  2e-83  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6011  pseudouridine synthase  64.19 
 
 		 389 aa  304  2.0000000000000002e-81  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01765  RNA pseudouridine synthase family protein  62.39 
 
 		 248 aa  293  2e-78  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.00504065  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3854  pseudouridine synthase  46.74 
 
 		 348 aa  293  3e-78  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2192  RNA-binding S4 domain-containing protein  63.47 
 
 		 235 aa  289  7e-77  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.731966  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2990  23S rRNA pseudouridine synthase F  57.89 
 
 		 290 aa  288  9e-77  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3069  23S rRNA pseudouridine synthase F  57.89 
 
 		 290 aa  288  1e-76  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2488  RNA pseudouridine synthase family protein  61.78 
 
 		 235 aa  288  1e-76  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.970242  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2974  RNA pseudouridine synthase family protein  61.78 
 
 		 235 aa  287  2e-76  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.462691 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2403  RNA pseudouridine synthase family protein  63.01 
 
 		 235 aa  287  2e-76  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2221  RNA pseudouridylate synthase  63.01 
 
 		 238 aa  287  2e-76  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2160  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  63.01 
 
 		 238 aa  287  2e-76  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.28876  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2144  tRNA pseudouridine synthase A  63.01 
 
 		 238 aa  287  2e-76  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3815  23S rRNA pseudouridine synthase F  60.52 
 
 		 332 aa  288  2e-76  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2386  RNA pseudouridine synthase family protein  63.01 
 
 		 238 aa  287  2e-76  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1204  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  61.28 
 
 		 240 aa  287  2e-76  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.501525  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2353  RNA pseudouridine synthase family protein  61.78 
 
 		 235 aa  287  2e-76  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2417  RNA pseudouridylate synthase family protein  61.33 
 
 		 238 aa  285  7e-76  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4444  23S rRNA pseudouridine synthase F  62.76 
 
 		 289 aa  285  7e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4530  23S rRNA pseudouridine synthase F  62.76 
 
 		 289 aa  285  1.0000000000000001e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.115437  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4405  23S rRNA pseudouridine synthase F  62.76 
 
 		 289 aa  285  1.0000000000000001e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.15276 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2928  pseudouridine synthase  60.44 
 
 		 477 aa  284  1.0000000000000001e-75  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4528  23S rRNA pseudouridine synthase F  62.76 
 
 		 289 aa  285  1.0000000000000001e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.358582 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03894  23S rRNA pseudouridine synthase  62.76 
 
 		 290 aa  284  2.0000000000000002e-75  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3975  pseudouridine synthase  62.76 
 
 		 290 aa  284  2.0000000000000002e-75  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03854  hypothetical protein  62.76 
 
 		 290 aa  284  2.0000000000000002e-75  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4604  23S rRNA pseudouridine synthase F  62.76 
 
 		 289 aa  284  2.0000000000000002e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13243  pseudouridine synthase, Rsu  60.52 
 
 		 244 aa  283  3.0000000000000004e-75  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4525  23S rRNA pseudouridine synthase F  62.34 
 
 		 290 aa  283  5.000000000000001e-75  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4258  23S rRNA pseudouridine synthase F  62.34 
 
 		 290 aa  282  5.000000000000001e-75  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.520843  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4566  23S rRNA pseudouridine synthase F  62.34 
 
 		 290 aa  283  5.000000000000001e-75  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4483  23S rRNA pseudouridine synthase F  62.34 
 
 		 290 aa  283  5.000000000000001e-75  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.429263 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5500  23S rRNA pseudouridine synthase F  62.34 
 
 		 290 aa  283  5.000000000000001e-75  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4008  23S rRNA pseudouridine synthase F  62.34 
 
 		 290 aa  283  5.000000000000001e-75  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.098553 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2938  23S rRNA pseudouridine synthase F  47.2 
 
 		 355 aa  282  6.000000000000001e-75  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.367273  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0601  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  63.35 
 
 		 240 aa  279  7e-74  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.624758  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_14081  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal small subunit  63.35 
 
 		 240 aa  279  7e-74  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.484902  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_12541  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal small subunit  63.23 
 
 		 240 aa  278  1e-73  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.558344  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0226  23S rRNA pseudouridine synthase F  61.09 
 
 		 289 aa  278  1e-73  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.387458  normal  0.300617 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_12681  pseudouridine synthase, Rsu  62.39 
 
 		 240 aa  276  3e-73  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.850167  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0782  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  55.77 
 
 		 324 aa  276  6e-73  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.168526  normal  0.0685581 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3971  23S rRNA pseudouridine synthase F  60.68 
 
 		 286 aa  275  8e-73  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1228  pseudouridine synthase  58.87 
 
 		 240 aa  275  1.0000000000000001e-72  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.481726  normal  0.0793814 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1748  23S rRNA pseudouridine synthase F  58.05 
 
 		 309 aa  275  1.0000000000000001e-72  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.442205  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0603  23S rRNA pseudouridine synthase F  55.93 
 
 		 293 aa  274  2.0000000000000002e-72  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.10967  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_12611  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal small subunit  62.21 
 
 		 240 aa  273  3e-72  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.594453  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04827  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  58.01 
 
 		 240 aa  270  2.9999999999999997e-71  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0855  23S rRNA pseudouridine synthase F  57.08 
 
 		 332 aa  269  5e-71  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.532937 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0908  23S rRNA pseudouridine synthase F  53.78 
 
 		 328 aa  265  7e-70  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.500296  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3586  pseudouridine synthase  53.5 
 
 		 266 aa  262  1e-68  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.280598  normal  0.134237 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4664  RNA pseudouridine synthase family protein  56.19 
 
 		 229 aa  258  9e-68  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000338172 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0577  RNA pseudouridine synthase family protein  56.56 
 
 		 229 aa  258  1e-67  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4284  pseudouridylate synthase  55.75 
 
 		 229 aa  258  2e-67  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4674  RNA pseudouridylate synthase family protein  57.78 
 
 		 229 aa  256  6e-67  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4446  RNA pseudouridylate synthase  55.75 
 
 		 229 aa  255  1.0000000000000001e-66  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4661  RNA pseudouridine synthase family protein  56.89 
 
 		 229 aa  255  1.0000000000000001e-66  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.636337  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4792  RNA pseudouridine synthase family protein  55.75 
 
 		 229 aa  255  1.0000000000000001e-66  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4677  RNA pseudouridine synthase family protein  56.44 
 
 		 229 aa  253  5.000000000000001e-66  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000310773  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4295  tRNA pseudouridine synthase A  54.87 
 
 		 229 aa  253  6e-66  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.502862  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4379  pseudouridine synthase  56.44 
 
 		 229 aa  251  1e-65  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3238  pseudouridine synthase  57.59 
 
 		 229 aa  247  3e-64  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.643571  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0987  ribosomal large subunit pseudouridine synthase f  51.34 
 
 		 228 aa  241  2e-62  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1151  RNA pseudouridine synthase family protein  51.34 
 
 		 228 aa  240  2.9999999999999997e-62  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000576228  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0944  pseudouridine synthase, Rsu  47.75 
 
 		 261 aa  219  7.999999999999999e-56  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000200951  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3461  pseudouridine synthase  42.92 
 
 		 242 aa  192  6e-48  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3582  pseudouridine synthase  44.1 
 
 		 236 aa  191  2e-47  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.299626 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0902  pseudouridine synthase  42.79 
 
 		 236 aa  190  4e-47  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0952  pseudouridine synthase, Rsu  41.05 
 
 		 236 aa  188  1e-46  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.823269  normal  0.19606 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1367  pseudouridine synthase  45.5 
 
 		 228 aa  187  3e-46  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3385  pseudouridine synthase  41.67 
 
 		 242 aa  186  6e-46  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0058  pseudouridine synthase  43.81 
 
 		 241 aa  186  7e-46  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0922  pseudouridine synthase  42.61 
 
 		 242 aa  185  1.0000000000000001e-45  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0916  pseudouridine synthase, Rsu  40.17 
 
 		 236 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.659376  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0917  pseudouridine synthase, Rsu  40.17 
 
 		 241 aa  182  1e-44  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.81174 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3180  pseudouridine synthase  39.24 
 
 		 238 aa  175  9.999999999999999e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1834  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  41.55 
 
 		 281 aa  173  3.9999999999999995e-42  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.954651  normal  0.0468047 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3873  pseudouridine synthase  38.36 
 
 		 245 aa  171  2e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00341682 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3936  pseudouridine synthase  41.05 
 
 		 261 aa  170  3e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.348402  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1167  RNA-binding S4 domain protein  40.18 
 
 		 228 aa  167  4e-40  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0572  pseudouridine synthase, Rsu  39.15 
 
 		 238 aa  166  5.9999999999999996e-40  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0328  pseudouridine synthase  40.68 
 
 		 567 aa  166  9e-40  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.106742 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1403  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41.2 
 
 		 247 aa  165  2.0000000000000002e-39  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.645637  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0675  pseudouridine synthase  38.2 
 
 		 238 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1217  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.57 
 
 		 258 aa  164  3e-39  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000897909  hitchhiker  0.000000206079 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0685  pseudouridine synthase, Rsu  38.63 
 
 		 238 aa  164  3e-39  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.301358  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0143  pseudouridylate synthase (ribosomal large subunit pseudouridine synthase B)  41.63 
 
 		 562 aa  163  5.0000000000000005e-39  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.303983 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0441  pseudouridine synthase  38.78 
 
 		 248 aa  163  5.0000000000000005e-39  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00343055  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0806  pseudouridine synthase  39.33 
 
 		 274 aa  162  9e-39  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.316767  normal  0.474505 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1172  pseudouridine synthase  39.06 
 
 		 266 aa  159  8e-38  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.8005300000000004e-32 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3919  pseudouridine synthase  39.91 
 
 		 555 aa  159  8e-38  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>