More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VEA_004133 on replicon NC_013456
Organism: Vibrio sp. Ex25



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013456  VEA_004133  transcriptional activator RfaH  100 
 
 		 166 aa  344  3e-94  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01331  transcriptional activator RfaH  89.76 
 
 		 166 aa  311  1.9999999999999998e-84  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0511  transcriptional activator RfaH  64.85 
 
 		 165 aa  228  4e-59  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0826  transcriptional activator RfaH  55.21 
 
 		 165 aa  208  2e-53  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3937  transcriptional activator RfaH  48.12 
 
 		 161 aa  155  2e-37  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3907  transcriptional activator RfaH  47.5 
 
 		 162 aa  155  2e-37  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.519229  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0279  transcriptional activator RfaH  48.12 
 
 		 162 aa  155  2e-37  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1908  transcriptional activator RfaH  47.5 
 
 		 162 aa  152  1e-36  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00305393 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3755  transcriptional activator RfaH  47.53 
 
 		 162 aa  152  2.9999999999999998e-36  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0256  transcriptional activator RfaH  46.88 
 
 		 162 aa  151  4e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.108005 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03733  transcriptional activator RfaH  44.79 
 
 		 162 aa  149  1e-35  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4139  transcriptional acivator RfaH  44.79 
 
 		 162 aa  149  1e-35  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03682  hypothetical protein  44.79 
 
 		 162 aa  149  1e-35  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4064  transcriptional activator RfaH  44.79 
 
 		 162 aa  149  1e-35  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4168  transcriptional activator RfaH  44.79 
 
 		 162 aa  149  1e-35  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00131258 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4311  transcriptional activator RfaH  44.79 
 
 		 162 aa  149  1e-35  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4360  transcriptional activator RfaH  44.79 
 
 		 162 aa  149  1e-35  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.659634  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5280  transcriptional activator RfaH  44.79 
 
 		 162 aa  149  1e-35  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.311175  normal  0.111679 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4222  transcriptional activator RfaH  44.79 
 
 		 162 aa  149  1e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00601937 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4048  transcriptional activator RfaH  46.3 
 
 		 162 aa  149  2e-35  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4364  transcriptional activator RfaH  45.96 
 
 		 162 aa  149  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.394669  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4304  transcriptional activator RfaH  45.34 
 
 		 162 aa  148  4e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4208  transcriptional activator RfaH  45.34 
 
 		 162 aa  148  4e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4239  transcriptional activator RfaH  46.06 
 
 		 162 aa  148  4e-35  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4185  transcriptional activator RfaH  45.34 
 
 		 162 aa  148  4e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.143916  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4257  transcriptional activator RfaH  45.34 
 
 		 162 aa  148  4e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3953  transcriptional activator RfaH  44.72 
 
 		 163 aa  143  9e-34  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.038453 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3466  NusG antitermination factor  38.79 
 
 		 169 aa  127  7.000000000000001e-29  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2142  transcription antitermination protein nusG  38 
 
 		 182 aa  112  2.0000000000000002e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.592011  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2484  transcriptional activator RfaH  34.57 
 
 		 174 aa  100  8e-21  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0093  transcription antitermination protein nusG  33.73 
 
 		 177 aa  99.8  1e-20  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2812  transcription antitermination protein nusG  36.2 
 
 		 178 aa  97.8  5e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2672  transcriptional activator RfaH  34.16 
 
 		 166 aa  95.1  4e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000489964  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3444  transcriptional activator RfaH  32.93 
 
 		 170 aa  94.4  7e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3226  transcriptional activator RfaH  32.1 
 
 		 170 aa  92.8  2e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.493951 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0891  transcriptional activator  33.54 
 
 		 167 aa  92.4  2e-18  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15910  transcriptional activator RfaH  34.19 
 
 		 153 aa  91.7  4e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1124  transcriptional activator RfaH  33.54 
 
 		 167 aa  92  4e-18  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3194  transcriptional activator rfaH, putative  36.42 
 
 		 166 aa  90.5  9e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3033  NusG antitermination factor  33.14 
 
 		 179 aa  89.7  2e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.201282  hitchhiker  0.00738104 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2904  transcriptional acivator RfaH  33.93 
 
 		 168 aa  89.4  2e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00160957  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3036  transcriptional acivator RfaH  33.93 
 
 		 168 aa  89.4  2e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00758207  normal  0.29399 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1469  transcriptional acivator RfaH  33.93 
 
 		 168 aa  89.4  2e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000410204  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2894  transcriptional acivator RfaH  36.36 
 
 		 168 aa  88.6  3e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000245267  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2544  NusG antitermination factor  34.91 
 
 		 168 aa  89  3e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2844  NusG antitermination factor  35.03 
 
 		 170 aa  88.6  4e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.117724  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1394  transcriptional acivator RfaH  31.79 
 
 		 173 aa  85.9  2e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0133861  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1374  transcription antitermination protein nusG  33.96 
 
 		 166 aa  85.1  4e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000000814975  hitchhiker  0.00000420235 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1314  transcription antitermination protein nusG  35.1 
 
 		 166 aa  84  8e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0397005  normal  0.368263 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1381  transcription antitermination protein nusG  35.1 
 
 		 166 aa  84  8e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.111282  normal  0.154927 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1398  NusG antitermination factor  32.54 
 
 		 175 aa  83.6  0.000000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000128095  normal  0.158725 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1650  transcriptional acivator RfaH  30.86 
 
 		 179 aa  84  0.000000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0204524  normal  1 
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0058  transcriptional activator  31.52 
 
 		 159 aa  81.6  0.000000000000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2265  transcriptional activator rfaH, putative  32.75 
 
 		 167 aa  80.1  0.00000000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000106043  hitchhiker  0.00695369 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2265  NusG antitermination factor  28.57 
 
 		 175 aa  79.7  0.00000000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3198  NusG antitermination factor  25.47 
 
 		 184 aa  66.6  0.0000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.243646 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3605  NusG antitermination factor  23.46 
 
 		 174 aa  65.5  0.0000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.358379  hitchhiker  0.000423635 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3134  NusG antitermination factor  24.54 
 
 		 182 aa  65.5  0.0000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3398  NusG antitermination factor  24.39 
 
 		 174 aa  64.3  0.0000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.191132  normal  0.539584 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1589  NusG antitermination factor  27.22 
 
 		 184 aa  64.3  0.0000000008  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.262291  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2803  NusG antitermination factor  27.98 
 
 		 207 aa  63.9  0.0000000009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4020  NusG antitermination factor  26.29 
 
 		 189 aa  63.5  0.000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.579663  normal  0.523412 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1511  NusG antitermination factor  25.95 
 
 		 172 aa  63.9  0.000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0643  NusG antitermination factor  28.18 
 
 		 190 aa  62.8  0.000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.313093  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1068  Transcription antiterminator-like protein  26.32 
 
 		 266 aa  62  0.000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.740991 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0357  NusG antitermination factor  27.61 
 
 		 154 aa  62.4  0.000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2687  NusG antitermination factor  29.78 
 
 		 185 aa  62  0.000000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00303522  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1181  NusG antitermination factor  26.97 
 
 		 185 aa  61.6  0.000000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00327311  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1699  NusG antitermination factor  25 
 
 		 212 aa  61.6  0.000000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.341221 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3892  NGN domain protein  25 
 
 		 176 aa  61.2  0.000000006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0146  NusG antitermination factor  27.01 
 
 		 180 aa  60.8  0.000000008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000173451  normal  0.0355944 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4091  hypothetical protein  29.8 
 
 		 174 aa  60.8  0.000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.177028 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0626  NusG antitermination factor  27.1 
 
 		 196 aa  59.3  0.00000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000497813  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3736  transcription antitermination protein NusG  27.01 
 
 		 181 aa  59.7  0.00000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.192921  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3890  transcription antitermination protein NusG  27.01 
 
 		 181 aa  59.7  0.00000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0134744  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0172  NusG antitermination factor  27.43 
 
 		 183 aa  59.7  0.00000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000325102  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2659  transcription antitermination protein NusG  27.91 
 
 		 250 aa  58.9  0.00000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.208003  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1665  NusG antitermination factor  25 
 
 		 170 aa  58.9  0.00000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1824  NusG antitermination factor  26.35 
 
 		 201 aa  58.2  0.00000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0200  transcription antitermination protein NusG  26.44 
 
 		 181 aa  58.2  0.00000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00968308  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0497  transcription termination/antitermination factor NusG  25.86 
 
 		 181 aa  58.2  0.00000005  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0205  transcription antitermination protein NusG  26.44 
 
 		 181 aa  58.2  0.00000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000145742  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0307  transcription antitermination protein nusG  27.84 
 
 		 180 aa  57.4  0.00000008  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.0000000000000733893  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1930  NusG antitermination factor  23.7 
 
 		 175 aa  57.4  0.00000009  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000062864  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03858  transcription antitermination protein NusG  25.86 
 
 		 181 aa  57  0.0000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.00000783565  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4013  NusG antitermination factor  25.86 
 
 		 181 aa  57  0.0000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000017638  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4215  transcription antitermination protein NusG  25.86 
 
 		 181 aa  57  0.0000001  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  1.3776099999999998e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4521  transcription antitermination protein NusG  25.86 
 
 		 181 aa  57  0.0000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000238759  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4430  transcription antitermination protein NusG  25.86 
 
 		 181 aa  57  0.0000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000000852563  hitchhiker  0.00000586315 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03811  hypothetical protein  25.86 
 
 		 181 aa  57  0.0000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.00000794784  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5091  transcription antitermination protein NusG  24.71 
 
 		 177 aa  56.6  0.0000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000183077  normal  0.524031 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4043  transcription antitermination protein NusG  25.86 
 
 		 181 aa  57  0.0000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000183625  hitchhiker  0.00769513 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4470  transcription antitermination protein NusG  25.86 
 
 		 181 aa  57  0.0000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000671893  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4480  transcription antitermination protein NusG  25.86 
 
 		 181 aa  57  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.0050057  decreased coverage  0.0000000000000047886 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4390  transcription antitermination protein NusG  25.86 
 
 		 181 aa  57  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000000826486  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5447  transcription antitermination protein NusG  25.86 
 
 		 181 aa  57  0.0000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000061444  hitchhiker  0.00794731 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4554  transcription antitermination protein NusG  25.86 
 
 		 181 aa  57  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0154777  hitchhiker  0.000000000000240769 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4358  transcription antitermination protein NusG  25.86 
 
 		 181 aa  57  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00203543  normal  0.568115 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4477  transcription antitermination protein NusG  25.86 
 
 		 181 aa  57  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00122338  hitchhiker  0.00131185 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0149  NusG antitermination factor  27.22 
 
 		 197 aa  56.2  0.0000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.114969  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>