More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VEA_003988 on replicon NC_013456
Organism: Vibrio sp. Ex25



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013456  VEA_003988  predicted hydrolase of the metallo-beta-lactamase superfamily  100 
 
 
752 aa  1531    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01534  hypothetical protein  65.96 
 
 
752 aa  1011    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1470  ComEC/rec2 family protein  41.99 
 
 
752 aa  614  9.999999999999999e-175  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0736  putative competence-related protein  34.09 
 
 
768 aa  405  1e-111  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2040  hypothetical protein  34.4 
 
 
763 aa  348  2e-94  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1711  hypothetical protein  33.48 
 
 
737 aa  347  6e-94  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0805358  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1768  hypothetical protein  33.73 
 
 
763 aa  345  2.9999999999999997e-93  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.44185  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2666  hypothetical protein  32.26 
 
 
763 aa  329  1.0000000000000001e-88  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2578  hypothetical protein  32.26 
 
 
763 aa  329  1.0000000000000001e-88  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0251432  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1958  hypothetical protein  32.12 
 
 
763 aa  326  1e-87  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0001218  normal  0.195131 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2310  hypothetical protein  32.11 
 
 
793 aa  304  4.0000000000000003e-81  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2209  hypothetical protein  32.91 
 
 
747 aa  294  4e-78  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.785174  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2585  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  28.55 
 
 
773 aa  286  7e-76  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.13038 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2675  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  28.83 
 
 
783 aa  286  1.0000000000000001e-75  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.923098  normal  0.0587505 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1704  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  29.03 
 
 
783 aa  285  3.0000000000000004e-75  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0286912  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1682  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  28.77 
 
 
783 aa  284  4.0000000000000003e-75  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1667  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  28.72 
 
 
795 aa  277  4e-73  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1011  hypothetical protein  30.76 
 
 
754 aa  275  3e-72  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00460048  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1769  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  30.04 
 
 
812 aa  275  3e-72  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.479237  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2493  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  27.71 
 
 
773 aa  273  7e-72  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.105792  normal  0.137051 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2423  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  27.58 
 
 
773 aa  273  8.000000000000001e-72  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.395966 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2827  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  29.7 
 
 
767 aa  273  9e-72  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0829289 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1432  hypothetical protein  30.59 
 
 
754 aa  273  9e-72  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0687894  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1556  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  29.82 
 
 
774 aa  270  5e-71  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1022  recombination protein 2  28.31 
 
 
808 aa  270  5e-71  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.949854  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2207  hypothetical protein  30.88 
 
 
754 aa  270  5.9999999999999995e-71  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.01066  normal  0.239269 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1074  hypothetical protein  30.88 
 
 
754 aa  270  8e-71  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.361238  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1097  hypothetical protein  30.41 
 
 
756 aa  270  1e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2803  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  28.5 
 
 
769 aa  266  7e-70  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1818  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  29.86 
 
 
765 aa  266  7e-70  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0856288  normal  0.218544 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1081  hypothetical protein  30.3 
 
 
737 aa  264  4e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.30814  normal  0.0474337 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0989  hypothetical protein  30.56 
 
 
737 aa  262  2e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1016  hypothetical protein  29.18 
 
 
737 aa  262  2e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.619127  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00917  conserved inner membrane protein  30.13 
 
 
754 aa  261  3e-68  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.578469  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2730  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  30.13 
 
 
754 aa  261  3e-68  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.170872  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00924  hypothetical protein  30.13 
 
 
754 aa  261  3e-68  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.630751  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1779  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  30.68 
 
 
762 aa  261  3e-68  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2683  hypothetical protein  30.13 
 
 
754 aa  261  3e-68  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.692344  normal  0.226957 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2389  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  25.96 
 
 
831 aa  259  1e-67  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00142105  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1637  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  29.95 
 
 
761 aa  258  3e-67  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.594703  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1048  hypothetical protein  30.61 
 
 
737 aa  257  5e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.486822 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0899  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  31.16 
 
 
798 aa  250  6e-65  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.383263  normal  0.740662 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2124  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  28.37 
 
 
860 aa  246  1.9999999999999999e-63  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.118158  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0957  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  27.21 
 
 
841 aa  237  6e-61  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2672  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  29.13 
 
 
784 aa  233  1e-59  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4178  DNA internalization-like competence protein ComEC/Rec2  29.27 
 
 
747 aa  228  2e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.145225  normal  0.646667 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0680  hypothetical protein  29.01 
 
 
735 aa  221  3.9999999999999997e-56  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1336  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  26.9 
 
 
765 aa  219  1e-55  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.62013 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2476  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  29.32 
 
 
766 aa  218  4e-55  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2627  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  31.28 
 
 
801 aa  217  5.9999999999999996e-55  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0663  hypothetical protein  27.53 
 
 
735 aa  216  1.9999999999999998e-54  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3404  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  29.91 
 
 
747 aa  214  7e-54  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0403  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  27.95 
 
 
878 aa  213  1e-53  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.105029 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2093  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  30.02 
 
 
802 aa  209  1e-52  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.35183  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1059  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  28.03 
 
 
839 aa  208  3e-52  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1352  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  28.19 
 
 
948 aa  208  4e-52  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.0141053 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1702  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  28.22 
 
 
839 aa  204  6e-51  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.0283023 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0386  DNA uptake protein  27.79 
 
 
825 aa  203  9.999999999999999e-51  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1368  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  27.12 
 
 
770 aa  202  1.9999999999999998e-50  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1744  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  29.33 
 
 
806 aa  202  1.9999999999999998e-50  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1205  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  29.45 
 
 
845 aa  202  1.9999999999999998e-50  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.285892 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0933  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  28.21 
 
 
861 aa  201  3e-50  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.337545  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0350  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  27.93 
 
 
822 aa  201  3.9999999999999996e-50  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1429  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  27.39 
 
 
840 aa  201  6e-50  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1079  ComEC/Rec2-related protein:DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  28.38 
 
 
800 aa  201  6e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.723493  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1043  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  28.1 
 
 
851 aa  201  6e-50  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.605949 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1897  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  27.53 
 
 
737 aa  199  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000116946 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1159  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  27.38 
 
 
819 aa  198  3e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00785752 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1443  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  27.39 
 
 
843 aa  196  1e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3158  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  28.61 
 
 
860 aa  196  2e-48  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0990853  normal  0.446106 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0963  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  28.97 
 
 
840 aa  196  2e-48  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.116554  normal  0.0504124 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2564  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  26.64 
 
 
929 aa  195  2e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0267783  normal  0.0941772 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1508  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  27.8 
 
 
737 aa  195  3e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2554  putative transporter DNA uptake transmembrane protein  27.74 
 
 
846 aa  194  3e-48  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1569  ComEC/Rec2-related protein  26.28 
 
 
801 aa  194  4e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.304315 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3817  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  27.13 
 
 
738 aa  194  4e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.925349  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5080  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  26.71 
 
 
832 aa  193  8e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.411729  normal  0.0251813 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00591  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  28.64 
 
 
776 aa  192  2e-47  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0903265  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1473  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  29.35 
 
 
738 aa  190  8e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5417  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  26.54 
 
 
830 aa  186  1.0000000000000001e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.560238  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1395  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  28.4 
 
 
799 aa  186  1.0000000000000001e-45  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.751306  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2832  ComEC/Rec2-related protein:DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  28.53 
 
 
772 aa  185  2.0000000000000003e-45  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.395271  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1202  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  27.24 
 
 
776 aa  185  2.0000000000000003e-45  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.177641 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1120  putative transporter DNA uptake transmembrane protein  27.7 
 
 
847 aa  185  3e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0978754  normal  0.511509 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2129  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  27.17 
 
 
829 aa  185  3e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.326593  normal  0.0900672 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2506  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  30.2 
 
 
766 aa  184  5.0000000000000004e-45  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1990  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  28.74 
 
 
835 aa  184  7e-45  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1632  ComEC/Rec2-related protein:DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  28.77 
 
 
738 aa  183  8.000000000000001e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.599163 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1465  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  27.45 
 
 
801 aa  183  1e-44  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1759  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  27.21 
 
 
778 aa  183  1e-44  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2177  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  29.76 
 
 
740 aa  182  2e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.589266  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5966  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  26.26 
 
 
829 aa  180  9e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.814009  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01854  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  25.84 
 
 
867 aa  180  9e-44  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2111  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  26.26 
 
 
829 aa  180  9e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.261797  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2148  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  26.4 
 
 
829 aa  177  6e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.705314  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2411  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2 homolog  33.64 
 
 
343 aa  176  1.9999999999999998e-42  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2021  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  25.84 
 
 
833 aa  174  5.999999999999999e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.130557 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2449  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  26.47 
 
 
759 aa  171  5e-41  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.327807  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3051  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  24.81 
 
 
780 aa  169  1e-40  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.755952  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1890  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  24.23 
 
 
845 aa  167  5.9999999999999996e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>