More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VEA_003921 on replicon NC_013456
Organism: Vibrio sp. Ex25



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008309  HS_0256  cytochrome D ubiquinol oxidase, subunit I  65.64 
 
 
521 aa  715  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  1.01407e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0327  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  58.4 
 
 
532 aa  657  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  hitchhiker  1.96917e-08 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1505  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  69.75 
 
 
524 aa  772  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.781971  unclonable  5.06966e-12 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2993  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  77.69 
 
 
518 aa  840  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.335828  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2876  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit I  75.77 
 
 
522 aa  835  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0645445  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2828  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  65.44 
 
 
526 aa  705  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01602  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit I  96.02 
 
 
528 aa  1050  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0785  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit I  74.18 
 
 
522 aa  815  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  3.21454e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1086  cytochrome bd-II oxidase, subunit I  62.65 
 
 
514 aa  654  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0761  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit I  74.18 
 
 
522 aa  815  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0041514  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1093  cytochrome bd-II oxidase, subunit I  63.04 
 
 
514 aa  658  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.209075  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3118  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  76.71 
 
 
518 aa  832  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.358034  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1271  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  75.19 
 
 
522 aa  830  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.286336  hitchhiker  0.000221787 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1318  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  76.52 
 
 
518 aa  831  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0277706  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3137  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  77.69 
 
 
518 aa  839  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0660944  normal  0.733432 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0484  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  65.3 
 
 
526 aa  703  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1388  cytochrome D ubiquinol oxidase subunit I  75.77 
 
 
522 aa  835  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.037967  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1435  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit I  89.2 
 
 
541 aa  993  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  2.98443e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0365  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit I  79.51 
 
 
530 aa  879  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1310  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  78.86 
 
 
518 aa  855  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0091188  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1142  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  77.28 
 
 
518 aa  839  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2877  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  65.43 
 
 
525 aa  702  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2817  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  65.44 
 
 
526 aa  704  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1241  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  79.06 
 
 
518 aa  857  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00294724  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2349  cytochrome bd-I oxidase subunit I  78.08 
 
 
518 aa  845  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.00263445  normal  0.814005 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0720  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  71.43 
 
 
526 aa  783  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0148  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit I  64.63 
 
 
531 aa  709  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.524931  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1441  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit I  64.63 
 
 
531 aa  709  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.778663  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2979  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  77.69 
 
 
518 aa  839  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  5.59301e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0545  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit I  64.63 
 
 
531 aa  709  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.214152  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0561  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit I  64.63 
 
 
531 aa  709  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2868  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit I  64.63 
 
 
531 aa  709  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1302  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  78.67 
 
 
518 aa  852  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  6.43415e-05  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1230  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  74.76 
 
 
522 aa  826  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.531516  normal  0.162694 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2641  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  77.1 
 
 
518 aa  841  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  3.51887e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2964  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  75.77 
 
 
522 aa  835  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2618  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  62.65 
 
 
514 aa  654  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00990367 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0776  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit I  75.68 
 
 
522 aa  823  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00128366  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1342  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit I  62.9 
 
 
514 aa  661  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0836  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit I  75.68 
 
 
522 aa  823  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.664102  normal  0.640825 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1526  cytochrome D ubiquinol oxidase subunit 1  62.7 
 
 
514 aa  660  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.383883 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1890  cytochrome d ubiquinol oxidase subunit I  85.04 
 
 
529 aa  940  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0835  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit I  74.18 
 
 
522 aa  815  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0025291  normal  0.492796 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1214  cytochrome bd-II oxidase, subunit I  63.04 
 
 
514 aa  658  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1384  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  77.69 
 
 
518 aa  840  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.362762  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19890  Cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  73.58 
 
 
537 aa  802  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1148  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  74.62 
 
 
522 aa  823  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00988  hypothetical protein  62.65 
 
 
514 aa  654  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.660273  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2910  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  75.44 
 
 
521 aa  815  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.928794  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1241  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  75.19 
 
 
522 aa  820  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.476445  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2738  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  71.76 
 
 
525 aa  792  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1535  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  71.93 
 
 
525 aa  786  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.131601  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3095  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  75.38 
 
 
522 aa  820  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00681  hypothetical protein  74.18 
 
 
522 aa  815  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.159246  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03804  putative cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit I  67.27 
 
 
526 aa  711  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2923  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  74.18 
 
 
522 aa  815  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.672765  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0755  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit I  74.18 
 
 
522 aa  815  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0332587  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2139  cytochrome bd-II oxidase, subunit I  63.04 
 
 
514 aa  658  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.996707 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1565  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  78.06 
 
 
518 aa  831  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.576411  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2735  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  65.62 
 
 
525 aa  706  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.105689  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0299  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  64.48 
 
 
529 aa  697  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0654  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit I  74.18 
 
 
522 aa  815  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00624409  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2337  cytochrome bd-II oxidase, subunit I  62.85 
 
 
514 aa  656  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0568  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  64.67 
 
 
530 aa  695  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0497351 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2712  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  62.45 
 
 
527 aa  643  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00013587  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0803  cytochrome d ubiquinol oxidase subunit I  75.68 
 
 
522 aa  823  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0327801  normal  0.446057 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1930  cytochrome D ubiquinol oxidase subunit 1  62.9 
 
 
514 aa  662  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0867  cytochrome d ubiquinol oxidase subunit I  75.68 
 
 
522 aa  823  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.608673  normal  0.0630477 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1990  cytochrome D ubiquinol oxidase subunit 1  62.9 
 
 
514 aa  661  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0898  cytochrome d ubiquinol oxidase subunit I  75.68 
 
 
522 aa  823  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.346957  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1934  cytochrome D ubiquinol oxidase subunit I  62.9 
 
 
514 aa  664  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003921  cytochrome d ubiquinol oxidase subunit I  100 
 
 
528 aa  1083  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  9.34813e-06  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2903  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  74.18 
 
 
522 aa  815  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00339201  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1239  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  78.86 
 
 
518 aa  855  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0361828  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00692  cytochrome d terminal oxidase, subunit I  74.18 
 
 
522 aa  815  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.117055  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6147  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  65.38 
 
 
526 aa  707  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.413393  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3178  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit I  64.63 
 
 
531 aa  709  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00981  cytochrome bd-II oxidase, subunit I  62.65 
 
 
514 aa  654  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.824239  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2666  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  62.65 
 
 
514 aa  654  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.660733  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2362  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  59.04 
 
 
524 aa  645  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.549668  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1274  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  75.78 
 
 
521 aa  826  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  1.1303e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1105  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit I  65.38 
 
 
525 aa  725  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4148  putative cytochrome bd ubiquinol oxidase,subunit I  64.73 
 
 
535 aa  697  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0454  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit I  63.69 
 
 
531 aa  702  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0929  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  68.53 
 
 
524 aa  733  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  hitchhiker  0.00513286  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1908  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  64.73 
 
 
535 aa  697  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.522276  normal  0.0809617 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1210  cytochrome d ubiquinol oxidase subunit I  60.83 
 
 
510 aa  659  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3286  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit I  77.89 
 
 
518 aa  840  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2203  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  65.44 
 
 
526 aa  704  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.48101  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1204  cytochrome d ubiquinol oxidase subunit I  61.03 
 
 
510 aa  660  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1452  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  69.13 
 
 
528 aa  757  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  1.41499e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1876  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit I  70.18 
 
 
528 aa  780  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0888533  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0729  cytochrome d ubiquinol oxidase subunit I  64.63 
 
 
531 aa  709  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0163663  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3367  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  59.09 
 
 
534 aa  629  1e-179  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6119  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  59.52 
 
 
526 aa  625  1e-178  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0261371  normal  0.512967 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1360  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  59.88 
 
 
529 aa  625  1e-178  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.182452  normal  0.201851 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1560  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  60.08 
 
 
529 aa  627  1e-178  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0517929  normal 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6534  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  59.72 
 
 
526 aa  625  1e-178  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.324444 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2397  cytochrome bd ubiquinol oxidase subunit I  60.2 
 
 
528 aa  626  1e-178  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.174405  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0510  cytochrome d ubiquinol oxidase, subunit I  58.93 
 
 
525 aa  621  1e-177  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>