More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VEA_003864 on replicon NC_013456
Organism: Vibrio sp. Ex25



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013456  VEA_003864  oxidoreductase short-chain dehydrogenase/reductase family  100 
 
 		 241 aa  502  1e-141  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.013707  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01815  short chain dehydrogenase  81.33 
 
 		 241 aa  417  1e-116  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0637  short chain dehydrogenase  60.17 
 
 		 241 aa  310  1e-83  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000368636  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2097  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.97 
 
 		 238 aa  256  2e-67  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.434652  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01434  Short chain dehydrogenase family protein  48.29 
 
 		 239 aa  224  1e-57  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2775  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.22 
 
 		 238 aa  221  4.9999999999999996e-57  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.88847  normal  0.739494 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1481  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.22 
 
 		 240 aa  214  9.999999999999999e-55  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1490  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.68 
 
 		 239 aa  212  4.9999999999999996e-54  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1329  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.11 
 
 		 238 aa  210  2e-53  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.371699  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1000  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.11 
 
 		 240 aa  209  3e-53  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3371  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.96 
 
 		 239 aa  207  1e-52  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1178  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.57 
 
 		 239 aa  207  1e-52  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.300792  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1238  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.08 
 
 		 266 aa  200  1.9999999999999998e-50  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1168  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.08 
 
 		 266 aa  198  5e-50  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1167  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.08 
 
 		 266 aa  197  1.0000000000000001e-49  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2712  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.86 
 
 		 275 aa  197  1.0000000000000001e-49  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3209  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45 
 
 		 266 aa  195  7e-49  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.857449 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3052  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45 
 
 		 266 aa  194  7e-49  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1311  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45 
 
 		 266 aa  193  2e-48  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.978372 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0813  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  45.06 
 
 		 253 aa  193  2e-48  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3066  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.42 
 
 		 266 aa  192  6e-48  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3382  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  43.27 
 
 		 266 aa  187  2e-46  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3034  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.53 
 
 		 249 aa  178  7e-44  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.377805  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1382  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  40.17 
 
 		 251 aa  169  5e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0851667  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2469  TonB-dependent receptor  40.96 
 
 		 265 aa  167  9e-41  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4073  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.52 
 
 		 252 aa  164  1.0000000000000001e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.576341  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3172  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.02 
 
 		 250 aa  161  7e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0471693  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0727  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.39 
 
 		 245 aa  157  1e-37  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.00978147  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2737  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  39.92 
 
 		 250 aa  155  4e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.420132  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3016  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.96 
 
 		 250 aa  155  6e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0463  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.3 
 
 		 264 aa  155  7e-37  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1484  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.02 
 
 		 260 aa  155  8e-37  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.591298  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0959  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.68 
 
 		 262 aa  148  9e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2099  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.17 
 
 		 250 aa  145  7.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1175  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.03 
 
 		 254 aa  144  1e-33  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1069  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.66 
 
 		 251 aa  143  3e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1398  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.1 
 
 		 249 aa  142  3e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.646056  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1440  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.55 
 
 		 277 aa  136  3.0000000000000003e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.313918 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1619  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.13 
 
 		 277 aa  135  7.000000000000001e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.44916 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0729  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.1 
 
 		 259 aa  132  5e-30  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.503076  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1362  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.6 
 
 		 282 aa  130  1.0000000000000001e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.390824  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4738  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.16 
 
 		 260 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.9226  normal  0.284155 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0085  gluconate 5-dehydrogenase  35.81 
 
 		 256 aa  128  1.0000000000000001e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1119  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  35.59 
 
 		 262 aa  125  5e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1222  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.76 
 
 		 258 aa  123  3e-27  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.461582  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1889  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.73 
 
 		 256 aa  122  6e-27  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1974  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.67 
 
 		 258 aa  121  9.999999999999999e-27  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1455  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.62 
 
 		 260 aa  119  3e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.271159  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0408  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.47 
 
 		 240 aa  117  9.999999999999999e-26  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0468  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.05 
 
 		 257 aa  117  1.9999999999999998e-25  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1903  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.63 
 
 		 242 aa  115  6e-25  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1059  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.34 
 
 		 300 aa  114  1.0000000000000001e-24  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.261261  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2391  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.83 
 
 		 260 aa  114  1.0000000000000001e-24  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2964  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.27 
 
 		 260 aa  113  3e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.166977 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0496  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.47 
 
 		 251 aa  111  1.0000000000000001e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.661007 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1727  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.93 
 
 		 265 aa  111  1.0000000000000001e-23  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.218017  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1087  short-chain dehydrogenase/reductase family protein  30.93 
 
 		 245 aa  109  4.0000000000000004e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.3765  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2750  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.93 
 
 		 245 aa  109  4.0000000000000004e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0379321  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0375  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.53 
 
 		 254 aa  108  9.000000000000001e-23  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.187579 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4129  short chain dehydrogenase  30.89 
 
 		 270 aa  106  3e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2941  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.93 
 
 		 245 aa  106  4e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.19024  normal  0.201158 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0286  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.06 
 
 		 267 aa  105  9e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3487  short chain dehydrogenase  30.49 
 
 		 270 aa  104  1e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6102  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.62 
 
 		 264 aa  103  2e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0605001  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0371  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.09 
 
 		 243 aa  102  4e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0230  hypothetical protein  32.02 
 
 		 261 aa  102  8e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.599536 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1220  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.41 
 
 		 267 aa  101  1e-20  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0396452 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3863  short chain dehydrogenase  28.92 
 
 		 260 aa  99.8  4e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.331172  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5880  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.74 
 
 		 263 aa  99  7e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.195504 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6048  short chain dehydrogenase  29.71 
 
 		 266 aa  98.2  1e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.549002  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3307  short chain dehydrogenase  27.87 
 
 		 261 aa  97.1  2e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0864591  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2904  short chain dehydrogenase  27.87 
 
 		 261 aa  97.1  2e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.000166666  decreased coverage  0.000436169 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04715  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.18 
 
 		 249 aa  96.3  4e-19  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.863639  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1537  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.96 
 
 		 255 aa  95.1  9e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0427  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.56 
 
 		 256 aa  94  2e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0946  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.07 
 
 		 255 aa  93.6  3e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.841301 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2453  short chain dehydrogenase  28.63 
 
 		 261 aa  92.8  4e-18  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4205  short chain dehydrogenase  33.51 
 
 		 249 aa  92.8  4e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2676  short chain dehydrogenase  27.13 
 
 		 264 aa  92.4  6e-18  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.989358 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0085  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.71 
 
 		 250 aa  92  7e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2618  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.53 
 
 		 260 aa  91.7  1e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1126  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.47 
 
 		 338 aa  90.5  2e-17  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0185  short chain dehydrogenase  28.76 
 
 		 256 aa  89  7e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1905  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.23 
 
 		 271 aa  88.6  9e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1405  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.85 
 
 		 256 aa  87.8  1e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.565969  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3312  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.49 
 
 		 260 aa  88.2  1e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0130  short chain dehydrogenase  28.03 
 
 		 265 aa  87.8  2e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.727225  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4895  short chain dehydrogenase  27.5 
 
 		 258 aa  87  2e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000739396  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4914  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  32.63 
 
 		 254 aa  86.7  3e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2785  short chain dehydrogenase  28.51 
 
 		 254 aa  86.7  3e-16  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.73728  normal  0.939169 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1233  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.86 
 
 		 269 aa  87  3e-16  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4248  short chain dehydrogenase  27.27 
 
 		 259 aa  87  3e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.215124 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2637  short chain dehydrogenase  31.89 
 
 		 249 aa  87  3e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.880192  normal  0.691513 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1917  short chain dehydrogenase  32.6 
 
 		 248 aa  85.9  5e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.242165  hitchhiker  0.00000598098 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3645  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.46 
 
 		 268 aa  85.9  5e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2812  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.51 
 
 		 257 aa  85.9  6e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.197802 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_05911  short chain dehydrogenase  30.95 
 
 		 244 aa  85.5  6e-16  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3453  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.63 
 
 		 267 aa  85.5  7e-16  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.282255  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2791  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.97 
 
 		 249 aa  85.1  8e-16  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.786749  normal  0.588294 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0044  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.69 
 
 		 264 aa  85.1  8e-16  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>