More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VEA_003545 on replicon NC_013456
Organism: Vibrio sp. Ex25



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011312  VSAL_I0098  transporter, BCCT family  67.18 
 
 		 526 aa  757    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003545  choline-glycine betaine transporter  100 
 
 		 526 aa  1050    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0049  choline/carnitine/betaine transporter  68.52 
 
 		 523 aa  761    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.335489  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2323  glycine betaine transporter  66.22 
 
 		 525 aa  729    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.100678  hitchhiker  0.00817837 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01883  choline/carnitine/betaine transporter  66.79 
 
 		 529 aa  730    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06429  hypothetical protein  86.31 
 
 		 535 aa  919    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0433  transporter, BCCT family  70.93 
 
 		 531 aa  764    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003138  High-affinity choline uptake protein BetT  68.46 
 
 		 450 aa  640    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000429409  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0898  BCCT family transporter  66.6 
 
 		 540 aa  732    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1809  choline/carnitine/betaine transporter  67.64 
 
 		 526 aa  753    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1282  transporter, BCCT family  57.66 
 
 		 534 aa  649    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0969  choline/carnitine/betaine transporter  66.79 
 
 		 525 aa  743    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.375142  normal  0.0777887 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4336  choline/carnitine/betaine transporter  59.32 
 
 		 529 aa  617  1e-175  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2045  choline/carnitine/betaine transporter  56.61 
 
 		 554 aa  602  1.0000000000000001e-171  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0189191  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2003  choline/carnitine/betaine transport family protein  58.49 
 
 		 535 aa  587  1e-166  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0023  choline/carnitine/betaine transporter  59.27 
 
 		 539 aa  585  1e-166  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.16107 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2648  choline/carnitine/betaine transporter  56.4 
 
 		 534 aa  583  1.0000000000000001e-165  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0237  choline/carnitine/betaine transporter  54.18 
 
 		 550 aa  546  1e-154  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.000527978  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2125  choline/carnitine/betaine transport  53.17 
 
 		 549 aa  535  1e-151  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3080  BCCT family choline/carnitine/betaine transporter  52.33 
 
 		 551 aa  513  1e-144  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3807  choline/carnitine/betaine transporter  52.33 
 
 		 551 aa  513  1e-144  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  hitchhiker  0.00825508  normal  0.301611 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0835  choline/carnitine/betaine transporter  51.22 
 
 		 574 aa  509  1e-143  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.475223  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3038  choline/carnitine/betaine transporter  51.12 
 
 		 554 aa  506  9.999999999999999e-143  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02455  choline/carnitine/betaine transporter  49.63 
 
 		 582 aa  503  1e-141  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0980  choline/carnitine/betaine transport  52.17 
 
 		 548 aa  503  1e-141  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003606  High-affinity choline uptake protein BetT  50.28 
 
 		 553 aa  502  1e-141  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4552  choline/carnitine/betaine transporter  51.03 
 
 		 555 aa  500  1e-140  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2505  choline/carnitine/betaine transporter  49.91 
 
 		 541 aa  493  9.999999999999999e-139  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3129  choline/carnitine/betaine transporter  52.35 
 
 		 554 aa  487  1e-136  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.32452  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3929  hypothetical protein  50.65 
 
 		 551 aa  484  1e-135  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.720842  normal  0.613133 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4548  choline/carnitine/betaine transporter  50.93 
 
 		 551 aa  475  1e-133  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1888  choline/carnitine/betaine transporter  47.63 
 
 		 606 aa  461  9.999999999999999e-129  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.541906  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1003  choline/carnitine/betaine transporter  43.54 
 
 		 553 aa  414  1e-114  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.399191 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3305  choline/carnitine/betaine transport  45.44 
 
 		 545 aa  405  1.0000000000000001e-112  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4819  choline/carnitine/betaine transporter  45.79 
 
 		 538 aa  408  1.0000000000000001e-112  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0648582  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0600  choline/carnitine/betaine transporter  42.5 
 
 		 584 aa  400  9.999999999999999e-111  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  unclonable  0.0000000000857259  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0293  choline/carnitine/betaine transporter  42.15 
 
 		 637 aa  397  1e-109  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0308209  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4866  choline/carnitine/betaine transporter  42.97 
 
 		 659 aa  393  1e-108  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0140106 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4403  choline/carnitine/betaine transporter  42.77 
 
 		 659 aa  391  1e-107  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0066  choline/carnitine/betaine transporter  43.81 
 
 		 583 aa  387  1e-106  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.432279  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2472  choline/carnitine/betaine transporter  41.62 
 
 		 667 aa  387  1e-106  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01813  Choline-glycine betaine transporter  42.12 
 
 		 656 aa  383  1e-105  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000594064  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1610  hypothetical protein  40.76 
 
 		 646 aa  380  1e-104  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  unclonable  0.00096761  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3576  choline/carnitine/betaine transporter  42.58 
 
 		 567 aa  377  1e-103  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.440158  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3957  choline/carnitine/betaine transporter family protein  41.58 
 
 		 657 aa  372  1e-102  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0148602  normal  0.612846 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1805  choline/carnitine/betaine transporter  41.77 
 
 		 664 aa  372  1e-102  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.376035  hitchhiker  0.00814736 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3532  choline/carnitine/betaine transporter  41.99 
 
 		 556 aa  374  1e-102  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.825969 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2741  choline/carnitine/betaine transporter  42.45 
 
 		 661 aa  369  1e-101  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1362  choline/carnitine/betaine transport  41.33 
 
 		 673 aa  369  1e-101  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000623924  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1542  choline/carnitine/betaine transporter  41.88 
 
 		 658 aa  370  1e-101  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.869304  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2804  choline/carnitine/betaine transporter  41.88 
 
 		 658 aa  370  1e-101  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1576  choline/carnitine/betaine transporter  41.88 
 
 		 658 aa  370  1e-101  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.823699 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3164  choline/carnitine/betaine transporter  42.17 
 
 		 660 aa  367  1e-100  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1505  choline/carnitine/betaine transporter  42.03 
 
 		 668 aa  367  1e-100  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1546  choline/carnitine/betaine transporter  41.68 
 
 		 658 aa  365  1e-100  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04148  secondary glycine betaine transporter BetU  41.06 
 
 		 667 aa  365  1e-99  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0174  choline/carnitine/betaine transporter  41.31 
 
 		 541 aa  365  1e-99  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.525828  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04111  hypothetical protein  41.06 
 
 		 667 aa  365  1e-99  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2364  choline/carnitine/betaine transporter  41.22 
 
 		 685 aa  365  1e-99  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1909  choline/carnitine/betaine transport  38.96 
 
 		 660 aa  364  2e-99  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.30039  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4042  choline/carnitine/betaine transporter  38.75 
 
 		 526 aa  364  2e-99  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0608  choline/carnitine/betaine transporter  38.44 
 
 		 490 aa  363  3e-99  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1055  choline/carnitine/betaine transporter  43.79 
 
 		 520 aa  363  3e-99  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.144567  normal  0.0392371 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0764  transporter, BCCT family  40.86 
 
 		 667 aa  363  3e-99  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.846408  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1441  choline/carnitine/betaine transporter  41.48 
 
 		 658 aa  363  4e-99  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4850  BCCT family transporter  40.67 
 
 		 667 aa  362  6e-99  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0421  choline/carnitine/betaine transporter  41.15 
 
 		 661 aa  363  6e-99  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.45567  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1175  choline/carnitine/betaine transport  41.52 
 
 		 658 aa  360  3e-98  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0833615  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0154  choline/carnitine/betaine transporter  41.01 
 
 		 682 aa  359  6e-98  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69850  putative choline transporter  39.84 
 
 		 661 aa  358  9.999999999999999e-98  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.545233 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1384  choline/carnitine/betaine transporter  42.8 
 
 		 524 aa  358  9.999999999999999e-98  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.095402  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4027  BCCT family transporter  39.45 
 
 		 530 aa  357  1.9999999999999998e-97  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2552  choline/carnitine/betaine transporter  40.68 
 
 		 658 aa  357  1.9999999999999998e-97  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000125111  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1301  BCCT family betaine/choline/carnitine/glycine transporter  40.12 
 
 		 682 aa  357  2.9999999999999997e-97  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2619  choline/carnitine/betaine transporter  40.48 
 
 		 658 aa  356  5.999999999999999e-97  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000908403  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6064  putative choline transporter  40.04 
 
 		 661 aa  355  8.999999999999999e-97  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0845  choline/carnitine/betaine transport  39.22 
 
 		 551 aa  355  1e-96  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.626779  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1219  choline/carnitine/betaine transporter  39.62 
 
 		 503 aa  355  1e-96  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2719  choline/carnitine/betaine transporter  40.28 
 
 		 658 aa  355  1e-96  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0826  BCCT family choline/carnitine/betaine transporter  41.67 
 
 		 550 aa  353  2.9999999999999997e-96  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0130314 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01511  putative high-affinity choline transport protein  41.62 
 
 		 676 aa  351  2e-95  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2475  choline/carnitine/betaine transporter  40.52 
 
 		 538 aa  349  6e-95  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.172611  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4324  choline/carnitine/betaine transporter  38 
 
 		 494 aa  349  6e-95  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0727  BCCT family choline/carnitine/betaine transporter  39.35 
 
 		 681 aa  348  1e-94  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_01010  choline/carnitine/betaine transport  38.25 
 
 		 573 aa  346  5e-94  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.883034  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0160  choline/carnitine/betaine transporter  38.96 
 
 		 497 aa  346  8e-94  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3772  choline/carnitine/betaine transporter  39.58 
 
 		 505 aa  345  8.999999999999999e-94  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2376  choline/carnitine/betaine transporter  38.52 
 
 		 508 aa  343  2.9999999999999997e-93  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0157817  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5411  glycine betaine transporter  38.75 
 
 		 505 aa  342  8e-93  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4919  glycine betaine transporter  38.75 
 
 		 505 aa  342  9e-93  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4934  glycine betaine transporter  38.75 
 
 		 505 aa  342  9e-93  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1109  choline/carnitine/betaine transporter  38.74 
 
 		 676 aa  342  9e-93  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.507446  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5329  glycine betaine transporter  38.75 
 
 		 505 aa  342  9e-93  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.52581e-23 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0240  choline/carnitine/betaine transporter  40.56 
 
 		 662 aa  342  1e-92  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.167365  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4045  choline/carnitine/betaine transporter  40.4 
 
 		 673 aa  342  1e-92  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.158094  normal  0.57128 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4430  choline/carnitine/betaine transporter  40.16 
 
 		 691 aa  341  2e-92  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0877  choline/carnitine/betaine transporter  39.73 
 
 		 542 aa  341  2e-92  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.359976  hitchhiker  0.00000108541 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5089  glycine betaine transporter  38.54 
 
 		 505 aa  340  2.9999999999999998e-92  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5479  glycine betaine transporter  38.54 
 
 		 505 aa  340  2.9999999999999998e-92  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.231091  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2645  choline transport protein BetT  38.72 
 
 		 684 aa  340  2.9999999999999998e-92  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.00290709  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>