253 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VEA_003238 on replicon NC_013456
Organism: Vibrio sp. Ex25



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002977  MCA0274  type I restriction-modification system, R subunit, putative  41.09 
 
 		 1002 aa  709    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.273589  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6264  type III restriction protein res subunit  65.41 
 
 		 1016 aa  1377    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.724284  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2267  type I restriction-modification system endonuclease  40.13 
 
 		 1023 aa  707    Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1859  DEAD/DEAH box helicase-like  43.01 
 
 		 997 aa  749    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.397249  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2197  protein of unknown function DUF450  41.29 
 
 		 999 aa  724    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1218  hypothetical protein  42.02 
 
 		 990 aa  704    Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2175  hypothetical protein  39.56 
 
 		 1031 aa  702    Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.144452  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3575  protein of unknown function DUF450  42.24 
 
 		 976 aa  640    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003238  type I restriction-modification system restriction subunit R  100 
 
 		 1023 aa  2125    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2936  restriction enzyme type I helicase subunit; type I restriction enzyme HsdR  64.74 
 
 		 1034 aa  1385    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.101388 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4471  hypothetical protein  41.89 
 
 		 991 aa  752    Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.756132  normal  0.0586303 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1787  type III restriction enzyme, res subunit  79.96 
 
 		 1011 aa  1694    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.990163  normal  0.226288 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0797  protein of unknown function DUF450  39.1 
 
 		 1000 aa  638    Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00985204 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1363  putative type I restriction enzyme HsdR  93.55 
 
 		 1022 aa  1974    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0659  protein of unknown function DUF450  40 
 
 		 969 aa  640    Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0780  type I site-specific deoxyribonuclease chain R  40.64 
 
 		 971 aa  684    Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.0180253  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3992  type III restriction protein res subunit  37.96 
 
 		 984 aa  635    Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.208178 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0843  hypothetical protein  40.42 
 
 		 983 aa  663    Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.10122  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0749  type III restriction protein res subunit  38.97 
 
 		 992 aa  623  1e-177  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.186322 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1014  type I restriction-modification system restriction subunit  40.46 
 
 		 965 aa  620  1e-176  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4250  protein of unknown function DUF450  37.48 
 
 		 1027 aa  611  1e-173  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0278  hypothetical protein  36.54 
 
 		 989 aa  603  1.0000000000000001e-171  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1553  protein of unknown function DUF450  39 
 
 		 985 aa  587  1e-166  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0265  type III restriction protein res subunit  37.66 
 
 		 1010 aa  565  1.0000000000000001e-159  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.268157  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2685  DEAD/DEAH box helicase  35.85 
 
 		 1009 aa  561  1e-158  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012794  GWCH70_3444  type III restriction protein res subunit  37.35 
 
 		 1012 aa  560  1e-158  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0639  type III restriction enzyme, res subunit  37.86 
 
 		 1009 aa  556  1e-157  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.28859  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19090  helicase, type I site-specific restriction-modification system restriction subunit  36.62 
 
 		 1004 aa  555  1e-156  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.210967 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2695  hypothetical protein  34.63 
 
 		 1008 aa  549  1e-155  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.285383  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3355  hypothetical protein  35.76 
 
 		 1007 aa  550  1e-155  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.18974  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0077  type I restriction-modification system subunit R  35.63 
 
 		 1067 aa  539  1e-151  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1151  hypothetical protein  35.74 
 
 		 1059 aa  538  1e-151  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.255903  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1789  type III restriction enzyme, res subunit  35.02 
 
 		 1029 aa  530  1e-149  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0415  hypothetical protein  35.22 
 
 		 1069 aa  532  1e-149  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.484825  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0598  type I site-specific restriction-modification system, R subunit  33.8 
 
 		 1052 aa  527  1e-148  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0230  hypothetical protein  34.93 
 
 		 1060 aa  525  1e-147  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2607  hypothetical protein  34.93 
 
 		 1022 aa  516  1.0000000000000001e-145  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_4924  hypothetical protein  37.64 
 
 		 1035 aa  513  1e-144  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2689  hypothetical protein  35.15 
 
 		 1063 aa  510  1e-143  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.11077  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2221  type III restriction enzyme, res subunit  38.81 
 
 		 905 aa  512  1e-143  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.432598  normal  0.944916 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1325  type III restriction enzyme, res subunit  33.75 
 
 		 1112 aa  486  1e-136  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2605  type III restriction enzyme, res subunit  34.54 
 
 		 1087 aa  488  1e-136  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0189627  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_22820  type I restriction enzyme R protein  33.62 
 
 		 1006 aa  489  1e-136  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.324704 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0424  type I restriction enzyme, R subunit  34.46 
 
 		 1102 aa  479  1e-133  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1482  hypothetical protein  34.37 
 
 		 1081 aa  479  1e-133  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1497  protein of unknown function DUF450  35.26 
 
 		 1051 aa  476  1e-132  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0324371  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0958  protein of unknown function DUF450  33.94 
 
 		 1067 aa  471  1.0000000000000001e-131  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1065  DEAD/DEAH box helicase-like  35.68 
 
 		 1039 aa  472  1.0000000000000001e-131  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.00124695  normal  0.0212089 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13690  helicase, type I site-specific restriction-modification system restriction subunit  33.95 
 
 		 1073 aa  468  9.999999999999999e-131  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.161894 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0485  hypothetical protein  34.53 
 
 		 1039 aa  462  9.999999999999999e-129  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.646894  decreased coverage  0.000377567 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1859  hypothetical protein  34.42 
 
 		 1033 aa  459  1e-127  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0194  hypothetical protein  33.2 
 
 		 1041 aa  457  1e-127  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.394359 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2870  DEAD/DEAH box helicase-like  31.67 
 
 		 1085 aa  419  9.999999999999999e-116  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.737132  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4762  type I restriction-modification system endonuclease  30.56 
 
 		 1078 aa  414  1e-114  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009661  Shew185_4456  type III restriction protein res subunit  34.32 
 
 		 1079 aa  397  1e-109  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1515  protein of unknown function DUF450  30.21 
 
 		 1142 aa  352  2e-95  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.695629 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0160  type I site-specific restriction-modification system, R subunit (helicase)  27.46 
 
 		 1035 aa  285  3.0000000000000004e-75  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1367  type III restriction enzyme, res subunit  29.23 
 
 		 1289 aa  159  2e-37  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0985  type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  24.47 
 
 		 1023 aa  127  1e-27  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.271239  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3172  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  24.66 
 
 		 995 aa  124  6e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000000000957293 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0504  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  24.88 
 
 		 1067 aa  124  9e-27  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0185  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  24.48 
 
 		 929 aa  123  9.999999999999999e-27  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0180  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  24.48 
 
 		 929 aa  123  9.999999999999999e-27  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.634319  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2923  R (restriction) subunit/helicase  25.08 
 
 		 984 aa  123  1.9999999999999998e-26  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3424  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  24.76 
 
 		 984 aa  121  6e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3606  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  24.92 
 
 		 1000 aa  121  6e-26  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2596  type I restriction-modification system, R subunit  23.05 
 
 		 1059 aa  119  1.9999999999999998e-25  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3150  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  23.87 
 
 		 1000 aa  117  8.999999999999998e-25  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0948  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  24.64 
 
 		 1030 aa  117  1.0000000000000001e-24  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.000221808  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0289  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  23.63 
 
 		 1044 aa  116  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3349  type I restriction-modification system R subunit  24.36 
 
 		 963 aa  116  2.0000000000000002e-24  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.531995  normal  0.015033 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0843  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  23.51 
 
 		 993 aa  115  3e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4244  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  23.4 
 
 		 1084 aa  115  5e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00104553 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1642  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  24.28 
 
 		 1003 aa  113  2.0000000000000002e-23  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2344  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  22.56 
 
 		 1045 aa  113  2.0000000000000002e-23  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0184878 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0608  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  25.54 
 
 		 1006 aa  112  4.0000000000000004e-23  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_17680  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  25.52 
 
 		 1035 aa  112  4.0000000000000004e-23  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4822  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  23.12 
 
 		 1020 aa  112  4.0000000000000004e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.5346  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2793  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  23.83 
 
 		 1012 aa  111  9.000000000000001e-23  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.81193  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3986  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  23.59 
 
 		 1020 aa  111  9.000000000000001e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0288  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  24.62 
 
 		 1003 aa  110  1e-22  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1124  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  24.68 
 
 		 1084 aa  109  2e-22  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3755  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  23.32 
 
 		 1029 aa  109  2e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0174443  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2740  type I restriction-modification system endonuclease  24.59 
 
 		 1051 aa  109  3e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3142  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  24.35 
 
 		 1053 aa  108  4e-22  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.311039  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5242  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  23.4 
 
 		 974 aa  108  4e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04460  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  24.88 
 
 		 1010 aa  108  6e-22  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0101  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  24.43 
 
 		 986 aa  108  7e-22  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4202  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  24.52 
 
 		 1034 aa  108  8e-22  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2251  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  24.46 
 
 		 1044 aa  107  9e-22  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2781  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  24.51 
 
 		 1042 aa  107  1e-21  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.759966 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1213  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  24.84 
 
 		 1074 aa  107  1e-21  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1898  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  24.92 
 
 		 981 aa  107  1e-21  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1534  type I restriction-modification enzyme, R subunit  24.59 
 
 		 1031 aa  107  1e-21  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.0146067  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2911  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  25.65 
 
 		 1079 aa  106  2e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1841  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  23.14 
 
 		 953 aa  106  2e-21  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0616  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  25.24 
 
 		 1024 aa  107  2e-21  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.945786  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0017  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  24.68 
 
 		 1032 aa  105  3e-21  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.13213  hitchhiker  0.00259353 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3053  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  23.34 
 
 		 1038 aa  105  5e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1944  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  24 
 
 		 1034 aa  105  5e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.31477 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>