180 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VEA_003235 on replicon NC_013456
Organism: Vibrio sp. Ex25



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013456  VEA_003235  type I restriction-modification system specificity subunit S  100 
 
 
437 aa  897  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0193  type I restriction-modification system specificity determinant  35.43 
 
 
416 aa  272  7e-72  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.311495 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2939  type I restriction-modification system  35.21 
 
 
432 aa  245  1e-63  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.0304782 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0777  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  34.95 
 
 
422 aa  220  3e-56  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  decreased coverage  0.00318537  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0487  restriction modification system DNA specificity subunit  32.58 
 
 
438 aa  214  2e-54  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.700794  normal  0.0187002 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0842  hypothetical protein  32.79 
 
 
446 aa  206  8e-52  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.229597  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1858  restriction modification system DNA specificity subunit  29.96 
 
 
456 aa  185  2e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1366  hypothetical protein  33.05 
 
 
462 aa  182  1e-44  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3940  restriction modification system DNA specificity domain protein  30.54 
 
 
453 aa  181  3e-44  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0750  putative type I restriction-modification system  29.71 
 
 
436 aa  180  6e-44  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.769779  normal  0.272821 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1064  type I restriction-modification  29.69 
 
 
453 aa  177  3e-43  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  8.98872e-06  normal  0.027841 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1783  restriction modification system DNA specificity subunit  32.9 
 
 
448 aa  176  6e-43  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.311566 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2214  restriction modification system DNA specificity domain protein  36.46 
 
 
457 aa  175  2e-42  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0414  restriction modification system DNA specificity subunit  29.16 
 
 
439 aa  175  2e-42  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.405933  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0233  restriction modification system DNA specificity subunit  29.85 
 
 
461 aa  174  3e-42  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0967889  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0599  type I restriction-modification system, S subunit  36.13 
 
 
458 aa  172  7e-42  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6260  restriction modification system DNA specificity domain protein  29.48 
 
 
441 aa  169  8e-41  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0277  restriction modification system DNA specificity subunit  29.09 
 
 
413 aa  169  1e-40  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1860  type I restriction enzyme, S subunit  28.98 
 
 
474 aa  166  6e-40  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0504746  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1221  restriction modification system DNA specificity subunit  28.73 
 
 
463 aa  166  8e-40  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012794  GWCH70_3443  restriction modification system DNA specificity domain protein  30.04 
 
 
445 aa  164  4e-39  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0277  hypothetical protein  28.73 
 
 
474 aa  160  6e-38  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1015  hypothetical protein  29.66 
 
 
477 aa  158  2e-37  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4472  restriction modification system DNA specificity subunit  31.85 
 
 
415 aa  156  6e-37  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.270866  normal  0.0902542 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1327  restriction modification system DNA specificity subunit  33.26 
 
 
431 aa  156  7e-37  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.280518 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2607  restriction modification system DNA specificity subunit  29.31 
 
 
462 aa  156  9e-37  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3571  hypothetical protein  28.82 
 
 
458 aa  155  9e-37  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3132  restriction modification system DNA specificity domain protein  36.15 
 
 
424 aa  154  4e-36  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.474681 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3989  restriction modification system DNA specificity domain protein  29.53 
 
 
456 aa  153  7e-36  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.0737122 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0308  restriction modification system DNA specificity domain  33.46 
 
 
456 aa  152  1e-35  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0548885  normal  0.428283 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2200  type I restriction-modification system specificity subunit  26.16 
 
 
461 aa  150  6e-35  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.844306  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0416  type I restriction-modification system S subunit  29.75 
 
 
457 aa  150  6e-35  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.0531711 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4252  restriction modification system DNA specificity domain protein  35.44 
 
 
462 aa  147  4e-34  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.132013  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4761  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  31.14 
 
 
428 aa  145  2e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0076  type I restriction-modification system subunit S  27.73 
 
 
464 aa  145  2e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1366  putative type I site-specific restriction-modification system, S subunit  27.23 
 
 
422 aa  137  4e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0493853  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0658  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.41 
 
 
473 aa  137  5e-31  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0796  restriction modification system DNA specificity domain  26.62 
 
 
441 aa  135  1e-30  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00343889 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19070  hypothetical protein  35 
 
 
425 aa  134  2e-30  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.0871344 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1496  restriction modification system DNA specificity domain protein  31.29 
 
 
427 aa  135  2e-30  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.136919  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2268  putative type I restriction enzyme, S subunit  26.45 
 
 
457 aa  133  5e-30  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1153  restriction modification system DNA specificity subunit  26.98 
 
 
429 aa  132  1e-29  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.487263  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0448  restriction modification system DNA specificity domain  28.78 
 
 
435 aa  132  2e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  hitchhiker  1.59098e-06 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1481  restriction endonuclease S subunits-like protein  29.53 
 
 
443 aa  129  9e-29  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2176  restriction modification system DNA specificity subunit  26.74 
 
 
444 aa  128  2e-28  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.962317  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2869  type I restriction-modification system, S subunit  26.39 
 
 
448 aa  126  8e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0947716  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1978  restriction modification system DNA specificity subunit  38.89 
 
 
616 aa  125  1e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1357  restriction modification system DNA specificity domain  29.26 
 
 
425 aa  124  2e-27  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0971497  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3358  restriction modification system DNA specificity subunit  27.46 
 
 
429 aa  122  1e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0521612  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2226  restriction modification system DNA specificity subunit  27.35 
 
 
451 aa  121  3e-26  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.890862  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3653  type I restriction enzyme StySPI specificity protein  29.64 
 
 
460 aa  118  2e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.234587  normal  0.701676 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1307  restriction modification system DNA specificity subunit  26.99 
 
 
285 aa  118  3e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.186237 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0640  restriction modification system DNA specificity subunit  27.65 
 
 
447 aa  117  4e-25  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0959  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.17 
 
 
442 aa  114  2e-24  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1551  type I restriction enzyme  27.57 
 
 
439 aa  115  2e-24  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2688  restriction endonuclease S subunits-like  30.6 
 
 
487 aa  113  5e-24  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.165356  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0607  restriction modification system DNA specificity subunit  28.83 
 
 
438 aa  113  6e-24  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1791  restriction modification system DNA specificity subunit  29.41 
 
 
419 aa  113  7e-24  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.365715  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3599  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.16 
 
 
532 aa  111  2e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.743632  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1220  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.62 
 
 
620 aa  110  4e-23  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009974  Haur_5276  restriction modification system DNA specificity subunit  33.17 
 
 
418 aa  109  8e-23  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1170  restriction modification system DNA specificity subunit  33.89 
 
 
402 aa  108  2e-22  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.249165  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1516  restriction modification system DNA specificity subunit  29.24 
 
 
395 aa  107  4e-22  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.205219 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1674  restriction modification system DNA specificity domain protein  31 
 
 
477 aa  106  9e-22  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0264  restriction modification system DNA specificity subunit  26.98 
 
 
407 aa  104  3e-21  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2606  restriction modification system DNA specificity subunit  32.38 
 
 
429 aa  102  1e-20  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3550  restriction modification system DNA specificity subunit  24.44 
 
 
417 aa  102  1e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.257959  normal  0.256697 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0864  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.39 
 
 
413 aa  100  4e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0689213  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3089  restriction modification system DNA specificity domain protein  28 
 
 
520 aa  100  5e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.497517  normal  0.376247 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2682  putative restriction endonuclease S subunit  31.94 
 
 
400 aa  98.2  3e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.845062  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0128  N-6 DNA methylase  32.28 
 
 
846 aa  97.4  4e-19  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1671  restriction modification system DNA specificity subunit  24.49 
 
 
442 aa  94.7  3e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.517259  hitchhiker  0.00037426 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1176  restriction modification system DNA specificity subunit  25.95 
 
 
408 aa  93.6  6e-18  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.882603  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0455  restriction modification system DNA specificity subunit  31.15 
 
 
403 aa  93.2  8e-18  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3267  restriction modification system DNA specificity subunit  31.54 
 
 
557 aa  93.2  8e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0920403  decreased coverage  0.00535253 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0467  restriction modification system DNA specificity subunit  31.15 
 
 
403 aa  93.2  8e-18  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2698  restriction modification system DNA specificity subunit  28.06 
 
 
267 aa  91.7  2e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0854775  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0507  restriction modification system DNA specificity subunit  23.13 
 
 
429 aa  91.7  2e-17  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0016  restriction modification system DNA specificity subunit  29.21 
 
 
432 aa  90.1  7e-17  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.0597513  hitchhiker  0.0012471 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0149  restriction modification system DNA specificity subunit  30 
 
 
400 aa  89.4  1e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1060  restriction modification system DNA specificity subunit  29.28 
 
 
397 aa  89  2e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.588803  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1027  restriction modification system DNA specificity subunit  32.08 
 
 
420 aa  85.9  1e-15  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3525  restriction modification system DNA specificity subunit  24.91 
 
 
420 aa  84  4e-15  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0287  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.03 
 
 
429 aa  81.3  3e-14  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4821  type I restriction-modification system, endonuclease S subunit  21.66 
 
 
382 aa  79.3  1e-13  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_3109  restriction modification system DNA specificity subunit  26.78 
 
 
426 aa  79  2e-13  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2452  restriction modification system DNA specificity domain-containing protein  29.04 
 
 
419 aa  78.6  2e-13  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.587532 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1219  restriction modification system DNA specificity domain  28.57 
 
 
412 aa  79  2e-13  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20210  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.75 
 
 
565 aa  77.4  4e-13  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.266778  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2086  restriction modification system DNA specificity domain protein  30.14 
 
 
417 aa  77  6e-13  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  6.83293e-08 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1566  restriction modification system DNA specificity subunit  26.37 
 
 
403 aa  77  6e-13  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0293394  unclonable  1.92379e-05 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0347  type I restriction-modification system, S subunit  24.94 
 
 
390 aa  76.6  8e-13  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  2.69296e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0789  type I restriction-modification system, S subunit  21.56 
 
 
407 aa  76.6  9e-13  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.190219  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0132  restriction modification system DNA specificity subunit  26.77 
 
 
427 aa  76.3  1e-12  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.47299 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0841  type I restriction-modification system, S subunit  21.56 
 
 
407 aa  76.3  1e-12  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.629279  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3793  restriction modification system DNA specificity subunit  25.85 
 
 
425 aa  75.9  1e-12  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3540  restriction modification system DNA specificity subunit  24.59 
 
 
387 aa  75.1  2e-12  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0368  type I restriction-modification system, S subunit, putative  34.38 
 
 
562 aa  73.2  8e-12  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1195  type II restriction-modification enzyme  29.79 
 
 
1343 aa  72.8  1e-11  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0508  restriction modification system DNA specificity subunit  26.09 
 
 
511 aa  72.4  2e-11  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>