153 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VEA_003156 on replicon NC_013456
Organism: Vibrio sp. Ex25



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008345  Sfri_0688  aromatic amino acid permease  82.59 
 
 
419 aa  672  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1344  serine transporter  87.05 
 
 
416 aa  718  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0919  serine transporter  90.17 
 
 
417 aa  714  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  1.10337e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01909  hypothetical protein  95.44 
 
 
422 aa  756  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003156  serine transporter  100 
 
 
417 aa  835  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.524012  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3262  amino acid transporter, transmembrane  55.16 
 
 
430 aa  463  1e-129  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3365  serine transporter, putative  55.88 
 
 
430 aa  463  1e-129  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3552  aromatic amino acid permease  55.9 
 
 
431 aa  459  1e-128  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0765  aromatic amino acid permease  55.9 
 
 
431 aa  459  1e-128  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3674  aromatic amino acid permease  55.9 
 
 
431 aa  459  1e-128  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.13608 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0761  amino acid transporter, transmembrane  54.92 
 
 
430 aa  460  1e-128  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0919  serine transporter, putative  56.59 
 
 
430 aa  461  1e-128  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3483  aromatic amino acid permease  55.9 
 
 
431 aa  459  1e-128  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0861  aromatic amino acid permease  55.19 
 
 
431 aa  455  1e-127  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0858  aromatic amino acid permease  56.65 
 
 
423 aa  454  1e-126  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0863  aromatic amino acid permease  55.77 
 
 
423 aa  454  1e-126  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2772  amino acid transporter, transmembrane  54.37 
 
 
438 aa  454  1e-126  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0771  aromatic amino acid permease  53.9 
 
 
428 aa  447  1e-124  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.630004  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0739  aromatic amino acid permease  55.21 
 
 
423 aa  448  1e-124  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05580  hypothetical protein  52.08 
 
 
418 aa  436  1e-121  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1630  serine transporter  52.79 
 
 
431 aa  429  1e-119  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.80045  hitchhiker  0.00253041 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001600  serine transporter  51.68 
 
 
418 aa  430  1e-119  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2939  serine transporter  51.65 
 
 
429 aa  425  1e-118  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.557142  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2127  serine transporter, putative  50.68 
 
 
453 aa  424  1e-117  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3396  aromatic amino acid permease  53.96 
 
 
426 aa  422  1e-117  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.252294  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1339  serine transporter  51.65 
 
 
429 aa  424  1e-117  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2656  serine transporter  52.1 
 
 
433 aa  422  1e-117  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2739  serine transporter  52.1 
 
 
433 aa  422  1e-117  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1242  serine transporter  50 
 
 
427 aa  418  1e-116  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0363509  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1550  serine transporter  51.87 
 
 
440 aa  419  1e-116  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3193  serine transporter family protein  52.59 
 
 
429 aa  415  1e-115  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.472945  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3293  serine transporter family protein  52.59 
 
 
429 aa  415  1e-115  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.412902  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3178  serine transporter family protein  52.59 
 
 
429 aa  415  1e-115  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.509174 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3130  serine transporter family protein  52.59 
 
 
429 aa  415  1e-115  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.805755  normal  0.595643 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3113  serine transporter family protein  52.59 
 
 
429 aa  415  1e-115  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.109135  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2940  serine transporter family protein  51.89 
 
 
429 aa  411  1e-114  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.271081  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02641  predicted serine transporter  51.89 
 
 
429 aa  411  1e-114  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.581837  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0892  serine transporter  51.89 
 
 
429 aa  411  1e-114  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0202457  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3101  serine transporter family protein  52.12 
 
 
429 aa  413  1e-114  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.41481  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02603  hypothetical protein  51.89 
 
 
429 aa  411  1e-114  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.649204  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4060  serine transporter family protein  51.89 
 
 
429 aa  411  1e-114  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0533017  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3249  serine transporter  52.36 
 
 
429 aa  411  1e-113  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.416009  normal  0.367748 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0916  serine transporter  51.65 
 
 
429 aa  409  1e-113  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2936  serine transporter family protein  51.89 
 
 
429 aa  411  1e-113  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0834253  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3076  serine transporter family protein  51.89 
 
 
429 aa  411  1e-113  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.119779  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2666  serine transporter  50.36 
 
 
427 aa  410  1e-113  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.973532  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3633  threonine/serine transporter  50.86 
 
 
425 aa  404  1e-111  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.04757 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2269  hypothetical protein  49.4 
 
 
431 aa  398  1e-110  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2241  hypothetical protein  49.4 
 
 
431 aa  399  1e-110  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2397  putative serine transporter  48.82 
 
 
430 aa  397  1e-109  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0919  serine transporter  49.65 
 
 
433 aa  392  1e-108  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1262  serine transporter  51.96 
 
 
417 aa  394  1e-108  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.040396  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1760  threonine/serine transporter  49.63 
 
 
425 aa  385  1e-106  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2804  amino acid transporter transmembrane  48.91 
 
 
425 aa  384  1e-105  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.733608  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2327  aromatic amino acid permease  48.19 
 
 
426 aa  381  1e-104  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.904494  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2183  aromatic amino acid permease  48.18 
 
 
426 aa  380  1e-104  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3589  aromatic amino acid ABC transporter permease  48.18 
 
 
426 aa  379  1e-104  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3149  putative serine transporter  48.24 
 
 
430 aa  376  1e-103  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0084  L-serine transporter  45.06 
 
 
440 aa  350  2e-95  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1985  serine transporter  44.52 
 
 
440 aa  346  5e-94  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0423  serine transporter  43.98 
 
 
413 aa  344  1e-93  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3412  threonine/serine transporter TdcC  42.08 
 
 
443 aa  340  3e-92  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0582  threonine/serine transporter TdcC  42.08 
 
 
443 aa  340  3e-92  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.090832  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02983  L-threonine/L-serine transporter  42.31 
 
 
443 aa  340  3e-92  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0587  serine transporter  42.31 
 
 
443 aa  340  3e-92  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4429  threonine/serine transporter TdcC  42.31 
 
 
443 aa  340  3e-92  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.0929595 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02934  hypothetical protein  42.31 
 
 
443 aa  340  3e-92  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3304  threonine/serine transporter TdcC  42.31 
 
 
443 aa  340  3e-92  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.078969  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3590  threonine/serine transporter TdcC  42.31 
 
 
443 aa  340  3e-92  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3505  threonine/serine transporter TdcC  42.53 
 
 
443 aa  340  4e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3241  threonine/serine transporter TdcC  42.08 
 
 
443 aa  340  4e-92  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3431  threonine/serine transporter TdcC  41.95 
 
 
443 aa  338  9e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3538  threonine/serine transporter TdcC  41.95 
 
 
443 aa  338  9e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.457036  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3434  threonine/serine transporter TdcC  41.95 
 
 
443 aa  338  9e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3601  threonine/serine transporter TdcC  41.95 
 
 
443 aa  338  9e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0882  serine transporter  41.02 
 
 
413 aa  331  1e-89  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_19520  amino acid permease  43.99 
 
 
428 aa  331  2e-89  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.349906  normal  0.0310661 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3563  threonine/serine transporter TdcC  42.4 
 
 
443 aa  328  1e-88  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3306  serine/threonine transporter family protein  41.92 
 
 
439 aa  321  1e-86  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.243696  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3286  serine/threonine transporter family protein  42.86 
 
 
439 aa  321  1e-86  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3066  serine/threonine transporter family protein  41.92 
 
 
439 aa  321  1e-86  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.619234  n/a   
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5569  aromatic amino acid permease  43.58 
 
 
439 aa  321  1e-86  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  normal  0.179015 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2484  serine/threonine transporter family protein  42.96 
 
 
439 aa  320  3e-86  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3146  aromatic amino acid permease  42.86 
 
 
439 aa  315  1e-84  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0568777  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3106  serine transporter  43.34 
 
 
439 aa  315  1e-84  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1840  serine/threonine transporter family protein  43.1 
 
 
439 aa  313  3e-84  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.781271 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3427  serine/threonine transporter family protein  43.1 
 
 
439 aa  313  3e-84  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3177  serine transporter  43.34 
 
 
439 aa  312  6e-84  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00205118  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3415  serine/threonine transporter family protein  43.34 
 
 
439 aa  312  7e-84  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3407  serine/threonine transporter family protein  43.1 
 
 
439 aa  312  7e-84  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.368535  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3416  serine transporter  43.34 
 
 
439 aa  311  1e-83  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.365375  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3207  serine/threonine transporter family protein  42.36 
 
 
439 aa  311  1e-83  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3451  serine/threonine transporter family protein  43.24 
 
 
439 aa  310  2e-83  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.305913  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3198  serine/threonine transporter family protein  43.24 
 
 
439 aa  310  2e-83  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0885914  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2139  serine transporter  41.06 
 
 
427 aa  308  9e-83  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.41295  normal  0.95428 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1616  serine transporter  40.05 
 
 
416 aa  285  8e-76  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.973383  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1797  serine transporter  40.05 
 
 
416 aa  285  1e-75  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3015  serine transporter family protein  34.07 
 
 
409 aa  239  6e-62  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3302  spore germination protein  34.46 
 
 
409 aa  236  4e-61  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3167  serine transporter family protein  34.24 
 
 
409 aa  236  5e-61  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>