More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VEA_003082 on replicon NC_013456
Organism: Vibrio sp. Ex25



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013456  VEA_003082  transcriptional regulator Crp/Fnr family  100 
 
 
231 aa  476  1e-133  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00863529  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3367  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.79 
 
 
230 aa  112  7.000000000000001e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03580  putative transcriptional regulator  31.75 
 
 
228 aa  109  3e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.000980911  hitchhiker  0.0000000000977836 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0351  putative transcriptional regulator  30.73 
 
 
228 aa  106  2e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4353  CRP/FNR family transcriptional regulator  32.26 
 
 
227 aa  105  9e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS01902  putative transcription regulator protein  32.99 
 
 
239 aa  102  6e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.980965  normal  0.145891 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0027  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
237 aa  100  2e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7045  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.73 
 
 
237 aa  97.8  1e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.601598  normal  0.0108856 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01198  cyclic nucleotide-binding protein  27.68 
 
 
229 aa  97.8  1e-19  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1943  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.37 
 
 
239 aa  97.1  2e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1779  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.37 
 
 
239 aa  97.1  2e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.72161  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2959  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.65 
 
 
241 aa  96.7  3e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4483  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.25 
 
 
243 aa  95.1  8e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.183908 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3075  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.53 
 
 
239 aa  95.1  8e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.193734 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4617  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.25 
 
 
243 aa  95.1  8e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.652735  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0199  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.35 
 
 
227 aa  94.7  1e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3326  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.05 
 
 
239 aa  94.7  1e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2630  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.53 
 
 
239 aa  94  2e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00642792  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3287  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.15 
 
 
239 aa  94.4  2e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.370075  normal  0.683237 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1951  Crp/FNR family transcriptional regulator  34.07 
 
 
234 aa  92  6e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.1084 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0681  Crp/FNR family transcriptional regulator  25 
 
 
234 aa  91.3  1e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0670228  normal  0.546641 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0324  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.15 
 
 
226 aa  91.3  1e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.105795  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2565  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.4 
 
 
235 aa  90.5  2e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0695171  normal  0.0307054 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1929  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.4 
 
 
235 aa  90.5  2e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.589711  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2541  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.4 
 
 
235 aa  90.5  2e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000812643  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1092  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.19 
 
 
234 aa  89.7  3e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2589  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.88 
 
 
235 aa  89.7  4e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0679634  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0517  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.91 
 
 
224 aa  89  5e-17  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4308  cyclic nucleotide-binding protein  26.15 
 
 
239 aa  88.6  7e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0411784  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1913  CRP/FNR family transcriptional regulator  28.93 
 
 
241 aa  88.2  1e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.205993  normal  0.953786 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2608  CRP/FNR family transcriptional regulator  27.27 
 
 
239 aa  87.8  1e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.700213  normal  0.0258786 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2459  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.4 
 
 
235 aa  88.2  1e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000341213 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1379  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.58 
 
 
245 aa  87.4  2e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.231738  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2386  CRP/FNR family transcriptional regulator  26.03 
 
 
225 aa  87  2e-16  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5808  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.33 
 
 
231 aa  86.3  3e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.254135  normal  0.0101482 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4994  cyclic nucleotide-binding protein  31.82 
 
 
247 aa  86.7  3e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.103725  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3511  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.56 
 
 
233 aa  85.9  5e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2102  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.27 
 
 
226 aa  85.1  8e-16  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000889631  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4520  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.92 
 
 
236 aa  84.7  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5872  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.78 
 
 
235 aa  84.3  0.000000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.142608  normal  0.264846 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0755  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.78 
 
 
235 aa  84.3  0.000000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.027549  normal  0.149867 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0894  cyclic nucleotide-binding  27.75 
 
 
226 aa  84  0.000000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0747  transcriptional regulator, putative  25.45 
 
 
266 aa  84  0.000000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.59923  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2143  putative transcriptional regulator  25 
 
 
251 aa  83.6  0.000000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2266  transcriptional regulator, putative  25 
 
 
251 aa  83.6  0.000000000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.578468  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1089  cyclic nucleotide-binding protein  25 
 
 
251 aa  83.6  0.000000000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.30583  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0934  cyclic nucleotide-binding  25 
 
 
251 aa  83.6  0.000000000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.059861  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0938  cyclic nucleotide-binding protein  25 
 
 
251 aa  83.6  0.000000000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.914927  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2706  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.82 
 
 
228 aa  83.2  0.000000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.154877  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0778  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.5 
 
 
236 aa  83.2  0.000000000000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000312841  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4102  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.98 
 
 
251 aa  83.2  0.000000000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.363021  normal  0.0126572 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3129  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.23 
 
 
224 aa  82.8  0.000000000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0256895  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4881  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.84 
 
 
278 aa  82.4  0.000000000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.484233  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0754  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.54 
 
 
236 aa  82.8  0.000000000000005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.0000212493  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1814  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.67 
 
 
225 aa  82.4  0.000000000000005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25400  cAMP-binding protein  28.11 
 
 
225 aa  82  0.000000000000007  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5745  transcriptional regulator  25.81 
 
 
243 aa  81.6  0.000000000000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.810963  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0303  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.67 
 
 
228 aa  80.9  0.00000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3427  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.77 
 
 
223 aa  80.5  0.00000000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0598833  hitchhiker  0.00496827 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1803  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.22 
 
 
249 aa  80.5  0.00000000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0808632  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0259  cyclic nucleotide-binding protein  27.55 
 
 
222 aa  80.1  0.00000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26230  cAMP-binding protein  26.73 
 
 
225 aa  79.7  0.00000000000003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.466611  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2118  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.06 
 
 
227 aa  80.1  0.00000000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.545546  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3468  CRP/FNR family transcriptional regulator  26.98 
 
 
236 aa  79.7  0.00000000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3035  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.11 
 
 
224 aa  80.1  0.00000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.738115  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4850  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.02 
 
 
228 aa  79.3  0.00000000000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4045  GntR family transcriptional regulator  31.18 
 
 
260 aa  79.3  0.00000000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.385107  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0824  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.66 
 
 
225 aa  79.3  0.00000000000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0928817  normal  0.0486748 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2580  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.35 
 
 
231 aa  79  0.00000000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.117752 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0204  Crp/Fnr family transcriptional regulator  28.44 
 
 
226 aa  79.3  0.00000000000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0718939  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1995  transcriptional regulator  27.23 
 
 
224 aa  79.3  0.00000000000005  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0253  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.56 
 
 
224 aa  79  0.00000000000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0292  CRP/FNR family transcriptional regulator  25.12 
 
 
224 aa  78.6  0.00000000000007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.210312  normal  0.0189188 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1641  cyclic nucleotide-binding  26.05 
 
 
267 aa  78.2  0.00000000000009  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2665  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.34 
 
 
239 aa  78.2  0.00000000000009  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0675619  normal  0.290328 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1058  CRP/FNR family transcriptional regulator  27.68 
 
 
258 aa  77.8  0.0000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0117  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  27.23 
 
 
228 aa  77.8  0.0000000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0213  cyclic nucleotide-binding protein  25 
 
 
259 aa  78.2  0.0000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0976  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.68 
 
 
258 aa  77.8  0.0000000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.859751  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1169  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.59 
 
 
227 aa  77.8  0.0000000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0303416  normal  0.0506186 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0550  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.68 
 
 
224 aa  78.2  0.0000000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0723  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.6 
 
 
228 aa  78.2  0.0000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.362046  normal  0.190371 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0781  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.25 
 
 
236 aa  77.4  0.0000000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0113537  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1798  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.58 
 
 
224 aa  77  0.0000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.112724  normal  0.701218 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04890  cAMP-binding protein  27.96 
 
 
226 aa  76.6  0.0000000000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.84759 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5944  cyclic nucleotide-binding  23.6 
 
 
228 aa  76.3  0.0000000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36130  cAMP-binding protein  28.7 
 
 
224 aa  76.3  0.0000000000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.758224 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0757  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.75 
 
 
236 aa  76.3  0.0000000000004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0100726  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0339  cyclic nucleotide-binding  28.64 
 
 
225 aa  75.9  0.0000000000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3095  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.39 
 
 
220 aa  75.9  0.0000000000005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000148221 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3408  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.37 
 
 
243 aa  75.5  0.0000000000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.258046 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3445  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.34 
 
 
228 aa  75.1  0.0000000000009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.90711  unclonable  0.00000836213 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2085  cyclic nucleotide binding protein  26.39 
 
 
238 aa  74.3  0.000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8903  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.81 
 
 
224 aa  74.3  0.000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0252  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.12 
 
 
218 aa  74.3  0.000000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  unclonable  0.00000185636  normal  0.131428 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0248  cyclic nucleotide-binding  27.46 
 
 
224 aa  74.3  0.000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0018  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.75 
 
 
232 aa  74.3  0.000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3062  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.37 
 
 
232 aa  73.6  0.000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0468  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.83 
 
 
226 aa  73.6  0.000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.974187 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0505  cyclic nucleotide-binding protein  28.7 
 
 
224 aa  73.6  0.000000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.287437  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>