More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VEA_002979 on replicon NC_013456
Organism: Vibrio sp. Ex25



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013456  VEA_002979  transcriptional regulator for fatty acid degradation FadR GntR family  100 
 
 
279 aa  583  1e-165  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02929  fatty acid metabolism regulator  93.19 
 
 
279 aa  552  1e-156  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1490  fatty acid metabolism regulator  86.02 
 
 
279 aa  508  1e-143  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2147  fatty acid metabolism regulator  76.43 
 
 
280 aa  441  1e-123  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0102966  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2109  fatty acid metabolism regulator  53.99 
 
 
239 aa  285  8e-76  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.109018  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1999  fatty acid metabolism regulator  53.99 
 
 
239 aa  285  8e-76  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00814717  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2363  fatty acid metabolism regulator  53.99 
 
 
239 aa  285  8e-76  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.000339682  normal  0.326287 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2748  fatty acid metabolism regulator  53.26 
 
 
239 aa  283  2e-75  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000401699  decreased coverage  3.63622e-05 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1332  fatty acid metabolism regulator  52.92 
 
 
239 aa  281  1e-74  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  3.05633e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1345  fatty acid metabolism regulator  52.92 
 
 
239 aa  281  1e-74  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00238872  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1290  fatty acid metabolism regulator  52.92 
 
 
239 aa  281  1e-74  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  5.57847e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1674  fatty acid metabolism regulator  52.92 
 
 
239 aa  281  1e-74  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  6.16517e-06  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1962  fatty acid metabolism regulator  52.92 
 
 
239 aa  281  1e-74  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000133841  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01172  hypothetical protein  52.92 
 
 
239 aa  281  1e-74  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  4.80756e-07  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01162  fatty acid metabolism regulator  52.92 
 
 
239 aa  281  1e-74  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  7.99515e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2438  fatty acid metabolism regulator  52.92 
 
 
239 aa  281  1e-74  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000216625  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2461  fatty acid metabolism transcriptional regulator FadR  52.92 
 
 
239 aa  281  1e-74  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  4.944e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2244  fatty acid metabolism regulator  54.51 
 
 
239 aa  280  2e-74  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0118438  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2365  fatty acid metabolism regulator  53.28 
 
 
239 aa  280  2e-74  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000203201  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2003  fatty acid metabolism regulator  52.55 
 
 
239 aa  279  3e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.69959  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1943  fatty acid metabolism regulator  52.55 
 
 
239 aa  279  3e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0247778  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1947  fatty acid metabolism regulator  52.55 
 
 
239 aa  279  3e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0438592  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1513  fatty acid metabolism regulator  52.55 
 
 
239 aa  279  3e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.127061  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1328  fatty acid metabolism regulator  52.55 
 
 
239 aa  279  3e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  2.24704e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1948  fatty acid metabolism regulator  53.62 
 
 
239 aa  278  6e-74  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00527579  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2003  fatty acid metabolism regulator  53.62 
 
 
239 aa  276  2e-73  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  1.20819e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1983  fatty acid metabolism regulator  53.62 
 
 
239 aa  276  3e-73  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0199399  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2794  fatty acid metabolism regulator  52.17 
 
 
236 aa  274  9e-73  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00556903  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3488  fatty acid metabolism regulator  50.54 
 
 
237 aa  270  2e-71  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  decreased coverage  0.00186982  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01148  fatty acid metabolism regulator  46.74 
 
 
236 aa  259  3e-68  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0433911  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1635  fatty acid metabolism regulator  47.31 
 
 
241 aa  248  7e-65  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  6.15714e-07  normal  0.0628183 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2438  fatty acid metabolism regulator  46.95 
 
 
239 aa  248  8e-65  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  5.09997e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1568  fatty acid metabolism regulator  48 
 
 
241 aa  248  8e-65  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  5.21117e-09  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1683  fatty acid metabolism regulator  46.76 
 
 
238 aa  247  2e-64  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  3.33704e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1635  fatty acid metabolism regulator  46.59 
 
 
239 aa  247  2e-64  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  1.15144e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2885  fatty acid metabolism regulator  46.24 
 
 
240 aa  247  2e-64  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1643  fatty acid metabolism regulator  47.99 
 
 
241 aa  244  9e-64  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  8.3399e-07  hitchhiker  0.00573009 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1924  fatty acid metabolism regulator  46.93 
 
 
240 aa  244  9e-64  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  8.76108e-09  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1815  fatty acid metabolism regulator  46.4 
 
 
238 aa  243  3e-63  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  1.26065e-07  normal  0.682144 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1771  fatty acid metabolism regulator  46.4 
 
 
238 aa  243  3e-63  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  3.43571e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2507  fatty acid metabolism regulator  46.4 
 
 
238 aa  242  6e-63  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  4.37817e-08  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1743  fatty acid metabolism regulator  45.52 
 
 
239 aa  241  1e-62  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1778  fatty acid metabolism regulator  46.38 
 
 
238 aa  240  2e-62  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  7.19025e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2174  fatty acid metabolism regulator  47.96 
 
 
253 aa  239  3e-62  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  3.0216e-08  normal  0.0239474 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2689  fatty acid metabolism regulator  47.37 
 
 
249 aa  233  2e-60  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  4.49481e-08  normal  0.614012 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2512  fatty acid metabolism regulator  45.72 
 
 
249 aa  227  2e-58  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  9.12913e-08  normal  0.579868 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0623  fatty acid metabolism regulator  40.07 
 
 
239 aa  207  1e-52  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  1.68386e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1661  fatty acid metabolism regulator  39.86 
 
 
236 aa  199  3e-50  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0855025  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2617  regulatory protein GntR HTH  32.3 
 
 
230 aa  128  1e-28  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0357  regulatory protein GntR HTH  33.33 
 
 
235 aa  124  1e-27  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000241267  n/a   
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5646  regulatory protein GntR HTH  26.92 
 
 
227 aa  93.2  4e-18  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  normal  0.149338 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2087  fatty acid responsive transcription factor FadR domain protein  26.84 
 
 
233 aa  89.4  7e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.30946e-19 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2130  regulatory protein GntR HTH  26.41 
 
 
233 aa  87.8  2e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0857174  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6769  regulatory protein GntR HTH  28.89 
 
 
261 aa  74.7  1e-12  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2942  regulatory protein GntR, HTH  37.89 
 
 
240 aa  72.8  6e-12  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0684718  normal  0.415025 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2771  GntR family transcriptional regulator  29.51 
 
 
239 aa  69.7  5e-11  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.908882  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2727  GntR family transcriptional regulator  29.51 
 
 
239 aa  69.7  5e-11  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.45563  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10597  GntR family transcriptional regulator  28.68 
 
 
240 aa  68.6  1e-10  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2757  GntR family transcriptional regulator  30.4 
 
 
239 aa  68.2  2e-10  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.578268  normal  0.348506 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7456  regulatory protein GntR HTH  35.92 
 
 
237 aa  64.3  2e-09  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0768739  normal  0.406938 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0011  GntR family transcriptional regulator  27.87 
 
 
249 aa  63.5  4e-09  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10503  GntR family transcriptional regulator  34.23 
 
 
242 aa  63.5  4e-09  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000487705  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1321  regulatory protein GntR HTH  38.14 
 
 
240 aa  63.2  5e-09  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    decreased coverage  2.57427e-29 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1310  GntR family transcriptional regulator  51.92 
 
 
249 aa  62.8  5e-09  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.168144  normal  0.307204 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2904  GntR domain protein  38.14 
 
 
240 aa  62  1e-08  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00111996  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4488  regulatory protein GntR HTH  32.63 
 
 
252 aa  62  1e-08  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4413  GntR domain protein  44.44 
 
 
241 aa  60.1  4e-08  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3068  transcriptional regulator NanR  29.82 
 
 
235 aa  58.9  8e-08  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1066  transcriptional regulator NanR  46.55 
 
 
251 aa  58.5  1e-07  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.624285  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5532  putative GntR family transcriptional regulator  30.04 
 
 
267 aa  58.5  1e-07  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0095  transcriptional regulator NanR  45.31 
 
 
237 aa  58.2  1e-07  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0202  GntR-like  41.1 
 
 
257 aa  57.8  2e-07  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1626  GntR family transcriptional regulator  28.78 
 
 
241 aa  57.8  2e-07  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  8.58772e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2670  GntR domain-containing protein  35.05 
 
 
243 aa  57  3e-07  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.015323  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4443  GntR domain-containing protein  50 
 
 
253 aa  57  3e-07  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.552946  hitchhiker  0.00102346 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2241  GntR domain protein  34.75 
 
 
227 aa  57  4e-07  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.328409 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1795  putative regulatory protein  47.37 
 
 
223 aa  56.6  4e-07  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1645  putative regulatory protein  47.37 
 
 
223 aa  56.6  4e-07  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1629  putative regulatory protein  47.37 
 
 
223 aa  56.6  4e-07  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0753  GntR family transcriptional regulator  31.97 
 
 
256 aa  57  4e-07  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1712  putative regulatory protein  47.37 
 
 
223 aa  56.6  4e-07  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2197  GntR domain-containing protein  39.29 
 
 
239 aa  56.2  5e-07  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  9.63165e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4763  transcriptional regulator NanR  28.68 
 
 
235 aa  56.2  6e-07  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.436481  normal  0.284781 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2616  GntR family transcriptional regulator  33.03 
 
 
261 aa  56.2  6e-07  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.23468  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1653  putative regulatory protein  47.37 
 
 
263 aa  55.8  7e-07  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.989828 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5249  regulatory protein GntR HTH  48.15 
 
 
255 aa  55.5  9e-07  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3332  regulatory protein GntR, HTH  48.15 
 
 
255 aa  55.5  9e-07  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.326019  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5035  regulatory protein GntR, HTH  48.15 
 
 
255 aa  55.5  9e-07  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.87866  normal  0.851882 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0471  GntR family transcriptional regulator  36.36 
 
 
221 aa  55.5  9e-07  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.915136  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0628  GntR family transcriptional regulator  34.38 
 
 
251 aa  55.5  9e-07  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4963  GntR domain-containing protein  49.06 
 
 
253 aa  55.1  1e-06  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0466274  normal  0.472298 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5598  GntR domain protein  30.93 
 
 
256 aa  55.5  1e-06  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2064  GntR domain protein  47.46 
 
 
247 aa  55.1  1e-06  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4111  regulatory protein GntR HTH  43.86 
 
 
231 aa  55.5  1e-06  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0277  regulatory protein GntR HTH  37.88 
 
 
229 aa  54.7  2e-06  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.582636  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2067  GntR domain protein  39.06 
 
 
252 aa  54.7  2e-06  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  6.10321e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3603  GntR domain-containing protein  48.15 
 
 
253 aa  53.9  2e-06  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.550725  normal  0.904969 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0426  regulatory protein GntR HTH  36.9 
 
 
243 aa  53.9  3e-06  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4648  transcriptional regulator NanR  28.95 
 
 
234 aa  53.9  3e-06  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.462339  normal  0.769273 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0503  GntR domain protein  38.81 
 
 
234 aa  53.5  3e-06  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.232387 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>