66 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VEA_002873 on replicon NC_013456
Organism: Vibrio sp. Ex25



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013456  VEA_002873  AAA ATPase  100 
 
 
1454 aa  2778    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03102  hypothetical protein  64.48 
 
 
1482 aa  1589    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0519  hypothetical protein  46.73 
 
 
1621 aa  380  1e-104  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1074  hypothetical protein  42.2 
 
 
1273 aa  251  6e-65  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1394  ATPase  26.61 
 
 
1408 aa  122  3.9999999999999996e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1651  hypothetical protein  26.95 
 
 
945 aa  109  4e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000121455  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2151  hypothetical protein  30.15 
 
 
937 aa  105  7e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.00179894  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2442  hypothetical protein  27.32 
 
 
1097 aa  100  2e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.39531  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2985  hypothetical protein  26.67 
 
 
1135 aa  99.4  5e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.00018881  normal  0.421866 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1485  ATPase  27.68 
 
 
1761 aa  99  6e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0130947  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1490  hypothetical protein  27.62 
 
 
1124 aa  98.6  8e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00398816  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1425  hypothetical protein  27.62 
 
 
1129 aa  98.6  9e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000113276  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1478  hypothetical protein  27.91 
 
 
1115 aa  97.4  2e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000313073  normal  0.981736 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2743  hypothetical protein  27.35 
 
 
1147 aa  95.9  5e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000711361  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1616  hypothetical protein  27.35 
 
 
1148 aa  95.1  9e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000783547  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2837  hypothetical protein  27.35 
 
 
1149 aa  94.7  1e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00137938  hitchhiker  0.00529506 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2760  hypothetical protein  27.35 
 
 
1143 aa  94.7  1e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.0000120005  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1807  putative membrane protein; K07288 uncharacterized membrane protein  34.09 
 
 
822 aa  89  6e-16  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2082  Tfp pilus assembly protein FimV-like  38.46 
 
 
1245 aa  87.4  0.000000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0604144  normal  0.660247 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3804  hypothetical protein  22.98 
 
 
1162 aa  87.4  0.000000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.866063  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1616  hypothetical protein  25 
 
 
957 aa  86.7  0.000000000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0172271  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1561  tetratricopeptide TPR_4  39.58 
 
 
1057 aa  85.5  0.000000000000007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2307  hypothetical protein  29.64 
 
 
895 aa  84.3  0.00000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00252843  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3069  hypothetical protein  26.97 
 
 
1110 aa  83.2  0.00000000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1992  Tfp pilus assembly protein FimV-like protein  24.33 
 
 
336 aa  73.2  0.00000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.274788  normal  0.303251 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1988  Tfp pilus assembly protein FimV-like protein  29.81 
 
 
323 aa  70.5  0.0000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.686168  normal  0.436452 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3362  ATPase  22.68 
 
 
1247 aa  68.2  0.000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.592552  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1263  FimV protein  25.65 
 
 
897 aa  67  0.000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3768  peptidoglycan-binding LysM  25.82 
 
 
911 aa  67.4  0.000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.853067  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34230  hypothetical protein  28.57 
 
 
946 aa  65.9  0.000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1661  hypothetical protein  29.26 
 
 
948 aa  65.5  0.000000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1993  peptidoglycan-binding LysM  28.17 
 
 
911 aa  64.7  0.00000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.650593  normal  0.139886 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1232  hypothetical protein  29.65 
 
 
806 aa  65.1  0.00000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.755816  normal  0.21821 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1249  Tfp pilus assembly protein FimV-like protein  32.32 
 
 
914 aa  63.5  0.00000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.358578  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0725  hypothetical protein  27.41 
 
 
640 aa  64.3  0.00000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3818  hypothetical protein  27.96 
 
 
947 aa  64.3  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.899071  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0641  hypothetical protein  27.41 
 
 
640 aa  64.3  0.00000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1527  peptidoglycan-binding LysM  27.36 
 
 
912 aa  62.4  0.00000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.417424  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2018  hypothetical protein  25.43 
 
 
927 aa  62.4  0.00000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0727508  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2718  Tfp pilus assembly protein FimV-like protein  27.18 
 
 
931 aa  61.2  0.0000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.513981  normal  0.0374909 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1730  Tfp pilus assembly protein FimV-like protein  41.03 
 
 
731 aa  60.1  0.0000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0317233  hitchhiker  0.00941699 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1895  peptidoglycan-binding LysM  28.43 
 
 
883 aa  60.1  0.0000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2072  hypothetical protein  41.03 
 
 
722 aa  60.5  0.0000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.813162  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1554  peptidoglycan-binding LysM  28.57 
 
 
896 aa  58.9  0.0000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.380472 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2039  Tfp pilus assembly protein FimV-like protein  42.37 
 
 
744 aa  57.8  0.000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.177645  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23830  pilus assembly protein  24.69 
 
 
924 aa  56.6  0.000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0199592  normal  0.717366 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1017  hypothetical protein  37.84 
 
 
888 aa  55.8  0.000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1679  putative transmembrane protein  32.08 
 
 
883 aa  54.7  0.00001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2160  putative transmembrane protein  37.08 
 
 
870 aa  53.5  0.00003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.12077 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01203  AAA ATPase containing von Willebrand factor type A (vWA)  39.73 
 
 
1359 aa  52.4  0.00006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2309  peptidoglycan-binding LysM  47.62 
 
 
952 aa  51.6  0.0001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01264  FimV  37.8 
 
 
658 aa  50.4  0.0002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20860  putative Tfp pilus assembly protein FimV  34.15 
 
 
681 aa  50.8  0.0002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0661  hypothetical protein  43.64 
 
 
392 aa  48.9  0.0008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1986  hypothetical protein  38.75 
 
 
962 aa  48.5  0.0009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.722287  normal  0.124787 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3355  hypothetical protein  29.41 
 
 
307 aa  48.1  0.001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1918  hypothetical protein  36.36 
 
 
828 aa  46.6  0.003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.123699  normal  0.927889 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2470  peptidoglycan-binding LysM  41.27 
 
 
940 aa  47  0.003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.343292 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3494  hypothetical protein  40 
 
 
386 aa  46.2  0.004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0458  hypothetical protein  40 
 
 
384 aa  45.8  0.005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3671  response regulator receiver protein  40 
 
 
391 aa  45.8  0.007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3066  putative type 4 pilus biogenesis  37.93 
 
 
1027 aa  45.4  0.008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1915  transmembrane protein  28.57 
 
 
279 aa  45.4  0.009  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.678129  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2589  putative transmembrane protein  37.68 
 
 
885 aa  45.4  0.009  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3236  putative transmembrane protein  38.24 
 
 
918 aa  45.1  0.01  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1701  hypothetical protein  33.33 
 
 
1041 aa  45.1  0.01  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.0554599 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>