More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VEA_002611 on replicon NC_013456
Organism: Vibrio sp. Ex25



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013456  VEA_002611  tRNA pseudouridine synthase B  100 
 
 		 317 aa  645    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03394  tRNA pseudouridine synthase B  89.78 
 
 		 314 aa  558  1e-158  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0176  tRNA pseudouridine synthase B  82.26 
 
 		 312 aa  536  1e-151  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.721931  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0600  tRNA pseudouridine synthase B  79.62 
 
 		 318 aa  529  1e-149  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0491  tRNA pseudouridine synthase B  72.26 
 
 		 314 aa  470  1.0000000000000001e-131  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.164014  normal  0.0135399 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3594  tRNA pseudouridine synthase B  66.99 
 
 		 324 aa  443  1e-123  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0311816  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3995  tRNA pseudouridine synthase B  66.99 
 
 		 324 aa  443  1e-123  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.866434  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3728  tRNA pseudouridine synthase B  66.99 
 
 		 324 aa  443  1e-123  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.124557  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0992  tRNA pseudouridine synthase B  66.56 
 
 		 317 aa  439  9.999999999999999e-123  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.358844  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03033  tRNA pseudouridine synthase B  66.13 
 
 		 314 aa  428  1e-119  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.975802  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0539  tRNA pseudouridine synthase B  66.13 
 
 		 314 aa  428  1e-119  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3058  tRNA pseudouridine synthase B  64.74 
 
 		 315 aa  428  1e-119  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.538597  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3358  tRNA pseudouridine synthase B  66.13 
 
 		 314 aa  428  1e-119  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.928747  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02984  hypothetical protein  66.13 
 
 		 314 aa  428  1e-119  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3462  tRNA pseudouridine synthase B  66.13 
 
 		 314 aa  428  1e-119  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.266438 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0532  tRNA pseudouridine synthase B  66.13 
 
 		 314 aa  428  1e-119  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000405191 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3603  tRNA pseudouridine synthase B  66.13 
 
 		 314 aa  427  1e-119  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0328137 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3605  tRNA pseudouridine synthase B  65.81 
 
 		 314 aa  426  1e-118  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3650  tRNA pseudouridine synthase B  65.81 
 
 		 314 aa  426  1e-118  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0587  tRNA pseudouridine synthase B  65.48 
 
 		 314 aa  424  1e-118  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.25247  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4487  tRNA pseudouridine synthase B  66.13 
 
 		 314 aa  426  1e-118  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3473  tRNA pseudouridine synthase B  65.16 
 
 		 314 aa  422  1e-117  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3387  tRNA pseudouridine synthase B  65.4 
 
 		 321 aa  422  1e-117  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00448784 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3463  tRNA pseudouridine synthase B  65.48 
 
 		 318 aa  422  1e-117  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3559  tRNA pseudouridine synthase B  64.54 
 
 		 317 aa  423  1e-117  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000961174 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2825  tRNA pseudouridine synthase B  68.25 
 
 		 315 aa  421  1e-117  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.791691  hitchhiker  0.00423146 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0963  tRNA pseudouridine synthase B  67.62 
 
 		 315 aa  422  1e-117  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0397132  normal  0.0378785 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3542  tRNA pseudouridine synthase B  64.52 
 
 		 314 aa  419  1e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1028  tRNA pseudouridine synthase B  67.95 
 
 		 317 aa  418  1e-116  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000142961 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1093  tRNA pseudouridine synthase B  66.67 
 
 		 317 aa  419  1e-116  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0247742 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3473  tRNA pseudouridine synthase B  64.52 
 
 		 314 aa  419  1e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0810  tRNA pseudouridine synthase B  65.81 
 
 		 314 aa  420  1e-116  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.384443  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0819  tRNA pseudouridine synthase B  69.71 
 
 		 310 aa  420  1e-116  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0113178 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3641  tRNA pseudouridine synthase B  64.19 
 
 		 314 aa  416  9.999999999999999e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3579  tRNA pseudouridine synthase B  63.87 
 
 		 314 aa  417  9.999999999999999e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.911389  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1032  tRNA pseudouridine synthase B  66.99 
 
 		 317 aa  416  9.999999999999999e-116  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.358719  hitchhiker  0.0000301922 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2205  tRNA pseudouridine synthase B  62.22 
 
 		 318 aa  409  1e-113  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.344514  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3344  tRNA pseudouridine synthase B  63.73 
 
 		 318 aa  408  1e-113  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2832  tRNA pseudouridine synthase B  66.45 
 
 		 318 aa  410  1e-113  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.478015  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1009  tRNA pseudouridine synthase B  66.45 
 
 		 317 aa  401  1e-111  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1130  tRNA pseudouridine synthase B  66.04 
 
 		 321 aa  401  1e-111  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0346458  unclonable  0.00000000000626709 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3237  tRNA pseudouridine synthase B  66.04 
 
 		 321 aa  402  1e-111  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3415  tRNA pseudouridine synthase B  65.72 
 
 		 321 aa  400  9.999999999999999e-111  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.630967  hitchhiker  0.000684703 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3278  tRNA pseudouridine synthase B  65.72 
 
 		 321 aa  400  9.999999999999999e-111  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.922634  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1697  tRNA pseudouridine synthase B  62.62 
 
 		 317 aa  394  1e-109  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0823  tRNA pseudouridine synthase B  56.96 
 
 		 308 aa  349  4e-95  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.939729  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0629  tRNA pseudouridine synthase B  51.5 
 
 		 317 aa  327  1.0000000000000001e-88  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01762  tRNA pseudouridine synthase B  55.08 
 
 		 323 aa  319  3e-86  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0258018  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0565  tRNA pseudouridine synthase B  51.99 
 
 		 309 aa  316  4e-85  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1598  tRNA pseudouridine synthase B  51.66 
 
 		 309 aa  312  4.999999999999999e-84  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00177839  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2118  tRNA pseudouridine synthase B  51.79 
 
 		 308 aa  309  5e-83  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.206379  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0069  tRNA pseudouridine synthase B  50.97 
 
 		 302 aa  306  2.0000000000000002e-82  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00601892  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4575  tRNA pseudouridine synthase B  51.15 
 
 		 305 aa  301  1e-80  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0935427  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4178  tRNA pseudouridine synthase B  51.15 
 
 		 305 aa  300  2e-80  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.224491  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3346  tRNA pseudouridine synthase B  51.27 
 
 		 307 aa  300  2e-80  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.115237  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0781  tRNA pseudouridine synthase B  50.49 
 
 		 305 aa  300  3e-80  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00899616  normal  0.133836 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0723  tRNA pseudouridine synthase B  50.82 
 
 		 305 aa  300  3e-80  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.806567  normal  0.0309098 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4710  tRNA pseudouridine synthase B  50.49 
 
 		 305 aa  299  5e-80  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.201435 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3606  tRNA pseudouridine synthase B  50.16 
 
 		 306 aa  297  1e-79  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.825741  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4488  tRNA pseudouridine synthase B  50.49 
 
 		 305 aa  296  2e-79  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.140717  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1005  tRNA pseudouridine synthase B  50 
 
 		 307 aa  297  2e-79  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.319279  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1747  tRNA pseudouridine synthase B  50 
 
 		 304 aa  290  2e-77  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.108245  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1946  tRNA pseudouridine synthase B  50.16 
 
 		 308 aa  288  9e-77  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0313874 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3072  tRNA pseudouridine synthase B  47.42 
 
 		 307 aa  287  2e-76  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62730  tRNA pseudouridine synthase B  48.85 
 
 		 304 aa  285  8e-76  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5460  tRNA pseudouridine synthase B  48.85 
 
 		 304 aa  285  1.0000000000000001e-75  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.525904  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1465  tRNA pseudouridine synthase B  47.8 
 
 		 318 aa  284  2.0000000000000002e-75  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42800  tRNA pseudouridine synthase B  48.52 
 
 		 305 aa  283  2.0000000000000002e-75  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2706  tRNA pseudouridine synthase B  49.68 
 
 		 313 aa  273  3e-72  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.106094 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1029  tRNA pseudouridine synthase B  47.45 
 
 		 308 aa  269  4e-71  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0136597  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1753  tRNA pseudouridine synthase B  48.04 
 
 		 310 aa  268  8.999999999999999e-71  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0346238 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1478  tRNA pseudouridine synthase B  47.37 
 
 		 310 aa  267  2e-70  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0173  tRNA pseudouridine synthase B  47.73 
 
 		 321 aa  266  2.9999999999999995e-70  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.016553  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1917  tRNA pseudouridine synthase B  47.73 
 
 		 302 aa  266  2.9999999999999995e-70  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.274314  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1505  tRNA pseudouridine synthase B  47.73 
 
 		 321 aa  266  2.9999999999999995e-70  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0993  tRNA pseudouridine synthase B  47.73 
 
 		 302 aa  266  2.9999999999999995e-70  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.423513  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1022  tRNA pseudouridine synthase B  47.37 
 
 		 310 aa  266  2.9999999999999995e-70  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1502  tRNA pseudouridine synthase B  47.37 
 
 		 310 aa  266  2.9999999999999995e-70  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.424281  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1764  tRNA pseudouridine synthase B  47.73 
 
 		 302 aa  266  2.9999999999999995e-70  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.701485  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1059  tRNA pseudouridine synthase B  47.73 
 
 		 311 aa  266  4e-70  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00436099  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1727  tRNA pseudouridine synthase B  46.6 
 
 		 309 aa  266  4e-70  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.577271  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2562  tRNA pseudouridine synthase B  47.73 
 
 		 311 aa  265  7e-70  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0616361  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1742  tRNA pseudouridine synthase B  47.4 
 
 		 302 aa  264  1e-69  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.00438072  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2450  tRNA pseudouridine synthase B  46.47 
 
 		 299 aa  264  2e-69  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.226071  normal  0.847147 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1424  tRNA pseudouridine synthase B  47.06 
 
 		 310 aa  260  2e-68  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0157045 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4643  tRNA pseudouridine synthase B  47.39 
 
 		 322 aa  260  2e-68  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0247266  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1384  tRNA pseudouridine synthase B  47.06 
 
 		 310 aa  260  2e-68  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1291  tRNA pseudouridine synthase B  47.63 
 
 		 314 aa  259  4e-68  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.227253  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2687  tRNA pseudouridine synthase B  44.41 
 
 		 303 aa  259  6e-68  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2818  tRNA pseudouridine synthase B  46.1 
 
 		 311 aa  256  3e-67  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0130681  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1694  tRNA pseudouridine synthase B  43.63 
 
 		 328 aa  256  3e-67  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00112277  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2818  tRNA pseudouridine synthase B  43.75 
 
 		 303 aa  255  6e-67  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0557  tRNA pseudouridine synthase B  44.3 
 
 		 293 aa  254  1.0000000000000001e-66  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.492745 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0393  tRNA pseudouridine synthase B  44.3 
 
 		 293 aa  254  1.0000000000000001e-66  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2029  tRNA pseudouridine synthase B  46.95 
 
 		 314 aa  254  1.0000000000000001e-66  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0245667  normal  0.0911973 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2026  tRNA pseudouridine synthase B  47.1 
 
 		 315 aa  253  2.0000000000000002e-66  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1634  tRNA pseudouridine synthase B  44.95 
 
 		 311 aa  251  9.000000000000001e-66  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.767781  hitchhiker  0.000962415 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0695  tRNA pseudouridine synthase B  45 
 
 		 298 aa  250  2e-65  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.392139  normal  0.247417 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1212  tRNA pseudouridine synthase B  50.74 
 
 		 318 aa  248  8e-65  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.193622  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1119  tRNA pseudouridine synthase B  50.37 
 
 		 318 aa  248  8e-65  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.717594  normal  0.307912 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>