More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VEA_002364 on replicon NC_013456
Organism: Vibrio sp. Ex25



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013456  VEA_002364  MSHA biogenesis protein MshH  100 
 
 		 669 aa  1396    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.90325  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0465  regulatory protein CsrD  51.04 
 
 		 661 aa  699    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.367243  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03702  regulatory protein CsrD  89.82 
 
 		 676 aa  1265    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2816  regulatory protein CsrD  62.44 
 
 		 673 aa  872    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0397  regulatory protein CsrD  34.01 
 
 		 638 aa  385  1e-105  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.793153  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0464  regulatory protein CsrD  34.12 
 
 		 638 aa  385  1e-105  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.01356  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4412  regulatory protein CsrD  32.39 
 
 		 643 aa  381  1e-104  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000683384  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1199  regulatory protein CsrD  34.01 
 
 		 637 aa  381  1e-104  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00499457  normal  0.0245438 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3836  regulatory protein CsrD  32.09 
 
 		 648 aa  370  1e-101  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.00572517  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3678  regulatory protein CsrD  32.08 
 
 		 640 aa  365  1e-99  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.012256  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0251  regulatory protein CsrD  31.72 
 
 		 645 aa  354  2e-96  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0597228  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3688  regulatory protein CsrD  31.67 
 
 		 646 aa  353  5.9999999999999994e-96  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000764521  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0262  regulatory protein CsrD  31.46 
 
 		 645 aa  350  4e-95  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0339804  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3547  regulatory protein CsrD  31.83 
 
 		 646 aa  346  8e-94  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000352708  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3736  regulatory protein CsrD  31.67 
 
 		 646 aa  345  2e-93  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000469652  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3284  regulatory protein CsrD  31.67 
 
 		 646 aa  345  2e-93  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000365395  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4568  regulatory protein CsrD  31.67 
 
 		 646 aa  343  4e-93  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00218723  normal  0.217152 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03111  conserved inner membrane protein  31.67 
 
 		 646 aa  343  5e-93  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0526547  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0455  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.67 
 
 		 646 aa  343  5e-93  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000410805  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0455  regulatory protein CsrD  31.67 
 
 		 646 aa  343  5e-93  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0016698  normal  0.930829 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03062  hypothetical protein  31.67 
 
 		 646 aa  343  5e-93  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0482106  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3442  regulatory protein CsrD  31.67 
 
 		 646 aa  343  5e-93  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000473717  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3566  regulatory protein CsrD  31.2 
 
 		 646 aa  327  4.0000000000000003e-88  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.0000976452  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3567  regulatory protein CsrD  31.2 
 
 		 646 aa  327  4.0000000000000003e-88  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.212504  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3638  regulatory protein CsrD  31.2 
 
 		 646 aa  327  4.0000000000000003e-88  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00473792 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3673  regulatory protein CsrD  31.2 
 
 		 646 aa  327  5e-88  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.157127  normal  0.111128 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3735  regulatory protein CsrD  31.2 
 
 		 646 aa  327  6e-88  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.374197  normal  0.0143461 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4116  regulatory protein CsrD  30.25 
 
 		 631 aa  308  2.0000000000000002e-82  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0461  regulatory protein CsrD  30.83 
 
 		 636 aa  308  2.0000000000000002e-82  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0449  regulatory protein CsrD  29.06 
 
 		 635 aa  307  4.0000000000000004e-82  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3668  regulatory protein CsrD  30.83 
 
 		 636 aa  307  4.0000000000000004e-82  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3840  regulatory protein CsrD  30.11 
 
 		 647 aa  302  1e-80  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0479  regulatory protein CsrD  29.95 
 
 		 647 aa  301  3e-80  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0500  regulatory protein CsrD  29.95 
 
 		 647 aa  301  3e-80  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0555  regulatory protein CsrD  29.58 
 
 		 634 aa  300  7e-80  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0503  regulatory protein CsrD  29.95 
 
 		 647 aa  299  1e-79  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0384  regulatory protein CsrD  31.21 
 
 		 636 aa  299  1e-79  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3491  regulatory protein CsrD  30.35 
 
 		 636 aa  298  3e-79  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4422  regulatory protein CsrD  30.92 
 
 		 637 aa  294  4e-78  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3352  regulatory protein CsrD  27.81 
 
 		 657 aa  290  6e-77  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3756  regulatory protein CsrD  29.25 
 
 		 636 aa  283  6.000000000000001e-75  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0539  regulatory protein CsrD  29.86 
 
 		 636 aa  280  5e-74  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3773  regulatory protein CsrD  28.98 
 
 		 635 aa  266  8.999999999999999e-70  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1912  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.02 
 
 		 634 aa  144  7e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00115301  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2167  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.79 
 
 		 634 aa  142  1.9999999999999998e-32  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000207311  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0816  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.09 
 
 		 642 aa  141  3e-32  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0124446  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2507  GGDEF domain-containing protein  25.78 
 
 		 634 aa  141  3.9999999999999997e-32  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2063  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.57 
 
 		 634 aa  140  6e-32  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000511285  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2113  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.06 
 
 		 634 aa  139  1e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000494856  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0131  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.11 
 
 		 648 aa  138  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.825955 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2272  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.88 
 
 		 634 aa  137  9e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000104677  normal  0.665936 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1559  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.41 
 
 		 703 aa  135  3e-30  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.311559  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4544  hypothetical protein  24.41 
 
 		 634 aa  134  6e-30  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2258  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.41 
 
 		 634 aa  134  6e-30  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000255268  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2066  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.17 
 
 		 634 aa  133  1.0000000000000001e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000803773  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1851  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.84 
 
 		 634 aa  132  2.0000000000000002e-29  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000212765  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3896  hypothetical protein  24.89 
 
 		 650 aa  132  3e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.165202  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1829  putative diguanylate phosphodiesterase  24.09 
 
 		 646 aa  131  5.0000000000000004e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0228515  normal  0.151789 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2045  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.94 
 
 		 632 aa  130  6e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.289313  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45930  hypothetical protein  26.01 
 
 		 650 aa  129  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1808  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.16 
 
 		 650 aa  125  3e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.38633  normal  0.679968 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0165  GGDEF domain-containing protein  24.89 
 
 		 648 aa  124  5e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000075441 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0184  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.66 
 
 		 648 aa  123  9e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.181368  normal  0.144967 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3354  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25 
 
 		 637 aa  123  9e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.79801  normal  0.640846 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5064  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.43 
 
 		 648 aa  123  9e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.303176  normal  0.479686 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3058  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  23.15 
 
 		 650 aa  120  6e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1217  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  22.52 
 
 		 650 aa  120  6e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2555  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.24 
 
 		 634 aa  120  7e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.151279  normal  0.188336 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0183  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.2 
 
 		 648 aa  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.475151 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1106  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.08 
 
 		 730 aa  117  7.999999999999999e-25  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.148996 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2065  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.84 
 
 		 642 aa  116  1.0000000000000001e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000551747  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02531  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.89 
 
 		 644 aa  116  2.0000000000000002e-24  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.419727  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2200  GGDEF/EAL domain-containing protein  22.65 
 
 		 634 aa  115  3e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0308  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.08 
 
 		 637 aa  115  3e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2171  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  21.33 
 
 		 632 aa  113  1.0000000000000001e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00000155509  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2352  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.2 
 
 		 638 aa  112  2.0000000000000002e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000161586  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1862  GGDEF domain-containing protein  21.98 
 
 		 631 aa  110  1e-22  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0100434  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3441  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.72 
 
 		 663 aa  108  2e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2061  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  25.46 
 
 		 900 aa  107  9e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.130432  normal  0.0846587 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1571  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.63 
 
 		 583 aa  105  2e-21  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.260448  normal  0.637098 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0807  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.02 
 
 		 803 aa  105  3e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1884  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25 
 
 		 900 aa  104  5e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.996671  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1109  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.59 
 
 		 942 aa  104  5e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.339045  normal  0.881736 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2197  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22 
 
 		 623 aa  103  1e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.482206  normal  0.318033 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0245  signal transduction protein containing a membrane domain an EAL and a GGDEF domain  24.01 
 
 		 1076 aa  102  2e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02471  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.83 
 
 		 645 aa  102  2e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.323013  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0378  sensory box protein  22.43 
 
 		 1491 aa  102  2e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.0214422 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3774  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  23.66 
 
 		 1487 aa  102  2e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.293426  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2740  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.07 
 
 		 1016 aa  101  4e-20  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0891  hypothetical protein  22.32 
 
 		 639 aa  101  5e-20  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0208  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  21.46 
 
 		 645 aa  100  7e-20  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1770  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  23.87 
 
 		 769 aa  99.8  1e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0395066  normal  0.809527 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3764  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.8 
 
 		 637 aa  100  1e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0409  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor  24.07 
 
 		 925 aa  99.4  2e-19  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.231334  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0860  hypothetical protein  22.77 
 
 		 639 aa  99.8  2e-19  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3878  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  23.81 
 
 		 892 aa  99.4  2e-19  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1380  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.77 
 
 		 715 aa  98.6  3e-19  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.923401  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3309  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  23.26 
 
 		 900 aa  98.6  3e-19  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.269875  normal  0.342346 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1350  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.77 
 
 		 715 aa  99  3e-19  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1079  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.32 
 
 		 663 aa  99  3e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>