178 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VEA_002309 on replicon NC_013456
Organism: Vibrio sp. Ex25



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013456  VEA_002309  predicted transcriptional regulator  100 
 
 		 179 aa  369  1e-102  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00046  transcriptional regulator  96.09 
 
 		 201 aa  361  2e-99  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2223  hypothetical protein  85.47 
 
 		 179 aa  325  2.0000000000000001e-88  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000756416  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1892  PadR-like family transcriptional regulator  36.93 
 
 		 176 aa  131  3.9999999999999996e-30  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.481903  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1345  transcriptional regulator, PadR-like family  39.56 
 
 		 190 aa  129  2.0000000000000002e-29  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05461  hypothetical protein  38.07 
 
 		 178 aa  121  5e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.797488  normal  0.144264 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2248  PadR family transcriptional regulator  35 
 
 		 183 aa  119  1.9999999999999998e-26  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0137325  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2017  Transcriptional regulator PadR-like protein  35.23 
 
 		 181 aa  119  1.9999999999999998e-26  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  decreased coverage  0.00625751  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3741  transcriptional regulator, PadR-like family  35.8 
 
 		 179 aa  117  9.999999999999999e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4818  transcriptional regulator, PadR-like family  35.8 
 
 		 179 aa  117  9.999999999999999e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.683048  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11201  hypothetical protein  34.76 
 
 		 189 aa  116  1.9999999999999998e-25  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.705014  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4576  PadR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 181 aa  114  5e-25  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0813  PadR family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 195 aa  109  2.0000000000000002e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.403384 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2496  transcriptional regulator, PadR-like family  33.15 
 
 		 177 aa  105  4e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0617263  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1272  transcriptional regulator  35.84 
 
 		 185 aa  101  7e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.546135  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3673  PadR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 189 aa  100  2e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5591  PadR family transcriptional regulator  31.35 
 
 		 196 aa  99  3e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6303  transcriptional regulator, PadR-like family  32.78 
 
 		 188 aa  99.4  3e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.113883  normal  0.109812 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1600  PadR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 185 aa  98.2  5e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.797294  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0095  PadR-like family regulatory protein  35.62 
 
 		 196 aa  97.8  6e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1517  PadR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 196 aa  97.8  6e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.178756  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0862  PadR-like family transcriptional regulator  30.11 
 
 		 202 aa  94.7  6e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1343  PadR-like family transcriptional regulator  30.11 
 
 		 202 aa  94.7  6e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1322  PadR-like family transcriptional regulator  29.83 
 
 		 183 aa  94.4  7e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.704884 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4824  transcriptional regulator, PadR-like family  32.24 
 
 		 184 aa  92.4  3e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1923  transcriptional regulator, PadR-like family  35.62 
 
 		 184 aa  90.9  9e-18  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.870316 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0010  PadR family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 216 aa  90.1  1e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.341135  normal  0.976075 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4476  PadR family transcriptional regulator  29.14 
 
 		 192 aa  89.7  2e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.949846  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4271  PadR-like family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 179 aa  88.6  4e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0469605  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1493  PadR family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 204 aa  85.9  3e-16  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.170448  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2628  transcriptional regulator, PadR-like family  30.37 
 
 		 183 aa  81.3  0.000000000000006  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0144  transcriptional regulator, PadR-like family  28.07 
 
 		 179 aa  81.3  0.000000000000008  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.0154267  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0871  PadR-like family transcriptional regulator  30.81 
 
 		 168 aa  79.7  0.00000000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.138524  normal  0.0913911 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3692  transcriptional regulator, PadR-like family  28.74 
 
 		 176 aa  79.7  0.00000000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.466556 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0225  transcriptional regulator, PadR-like family  41.67 
 
 		 187 aa  78.6  0.00000000000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0779  transcriptional regulator, PadR-like family  32.84 
 
 		 184 aa  77.4  0.00000000000009  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.125594  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0613  transcriptional regulator, PadR-like family  28.73 
 
 		 185 aa  77.4  0.00000000000009  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.121754  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0838  transcriptional regulator, PadR-like family  33.62 
 
 		 305 aa  76.6  0.0000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1267  transcriptional regulator, PadR-like family  28.89 
 
 		 185 aa  75.9  0.0000000000003  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5461  PadR-like family transcriptional regulator  29.83 
 
 		 175 aa  75.5  0.0000000000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.399504 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0172  PadR-like family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 242 aa  75.1  0.0000000000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.786766 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26090  predicted transcriptional regulator  34.78 
 
 		 194 aa  74.7  0.0000000000007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1627  transcriptional regulator protein-like protein  29.41 
 
 		 168 aa  71.2  0.000000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.155416 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1257  transcriptional regulator  34.04 
 
 		 174 aa  70.9  0.00000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.287326 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_06690  predicted transcriptional regulator  33.93 
 
 		 191 aa  70.9  0.00000000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  unclonable  0.00000111873  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1076  PadR-like family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 182 aa  68.6  0.00000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.973287 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5568  transcriptional regulator, PadR-like family  37.62 
 
 		 176 aa  68.2  0.00000000006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.630063  normal  0.41654 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2505  Transcriptional regulator PadR-like protein  32.04 
 
 		 195 aa  68.2  0.00000000007  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.774349  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2019  transcriptional regulator, PadR-like family  35.71 
 
 		 160 aa  66.6  0.0000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.41981 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2204  PadR family transcriptional regulator  29.32 
 
 		 179 aa  65.5  0.0000000004  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0586729  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1415  transcriptional regulator, PadR-like family  34.86 
 
 		 194 aa  63.9  0.000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0975835  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4651  PadR family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 191 aa  63.2  0.000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0244523  normal  0.199079 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5734  transcriptional regulator, PadR-like family  37.35 
 
 		 172 aa  63.2  0.000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.667437 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1942  transcriptional regulator, PadR-like family  37.93 
 
 		 190 aa  63.2  0.000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.649518  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_05950  predicted transcriptional regulator  33.33 
 
 		 188 aa  62.8  0.000000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.836167 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3551  transcriptional regulator, PadR-like family  29.28 
 
 		 210 aa  62.8  0.000000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3110  transcriptional regulator, PadR-like family  29 
 
 		 325 aa  62  0.000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000271029  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2598  transcriptional regulator PadR family protein  29.06 
 
 		 203 aa  62  0.000000004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.10372  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3146  PadR-like family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 185 aa  62.4  0.000000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.280559 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0079  PadR-like family transcriptional regulator  36.14 
 
 		 184 aa  62  0.000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0615  PadR-like family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 212 aa  61.2  0.000000007  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.169768  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5238  PadR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 173 aa  60.8  0.000000009  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4870  PadR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 173 aa  60.5  0.00000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4959  PadR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 173 aa  60.5  0.00000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4863  transcriptional regulator, PadR-like family  28.65 
 
 		 186 aa  60.1  0.00000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.149571  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1331  PadR-like family transcriptional regulator  28.15 
 
 		 187 aa  60.1  0.00000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.673499  normal  0.512456 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8052  transcriptional regulator protein-like protein  36.28 
 
 		 175 aa  59.7  0.00000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.440354  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3512  transcriptional repressor PadR  28 
 
 		 179 aa  57  0.0000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_02430  transcriptional regulator, PadR family  36.78 
 
 		 174 aa  57  0.0000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.467679  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2526  PadR-like family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 183 aa  57  0.0000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0713427  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0680  PadR family transcriptional regulator  30 
 
 		 179 aa  56.6  0.0000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_13740  predicted transcriptional regulator  32.14 
 
 		 196 aa  56.2  0.0000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1669  PadR family transcriptional regulator  28 
 
 		 179 aa  55.8  0.0000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.107785  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1645  transcriptional regulator  28 
 
 		 179 aa  55.8  0.0000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1946  transcriptional regulator, PadR family  28 
 
 		 179 aa  55.8  0.0000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.145779  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2234  PadR-like family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 174 aa  55.1  0.0000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.156481  decreased coverage  0.00573263 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1999  transcriptional regulator, PadR-like family  29 
 
 		 198 aa  54.7  0.0000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.893773  normal  0.663907 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4160  transcriptional regulator, PadR-like family  37.86 
 
 		 222 aa  54.7  0.0000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.354182  normal  0.0431624 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1318  transcriptional regulator, PadR-like family  29.13 
 
 		 185 aa  54.7  0.0000008  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1910  PadR family transcriptional regulator  27 
 
 		 174 aa  53.9  0.000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0279  PadR family transcriptional regulator  36.78 
 
 		 221 aa  53.5  0.000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2796  PadR-like family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 187 aa  53.9  0.000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000783217 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3845  transcriptional regulator, PadR-like family  31.4 
 
 		 174 aa  53.5  0.000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0288  PadR family transcriptional regulator  36.78 
 
 		 248 aa  53.1  0.000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.716542  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0298  PadR family transcriptional regulator  36.78 
 
 		 248 aa  53.1  0.000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.432439 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1561  transcriptional regulator, PadR-like family  34.12 
 
 		 187 aa  52.4  0.000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7926  transcriptional regulator, PadR-like family  34.48 
 
 		 178 aa  52.8  0.000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4806  transcriptional regulator, PadR-like family  34.65 
 
 		 200 aa  52.4  0.000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0865  hypothetical protein  33.75 
 
 		 179 aa  52.4  0.000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3472  transcriptional regulator, PadR-like family  28.43 
 
 		 174 aa  52  0.000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.287641  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2808  PadR-like family transcriptional regulator  27.07 
 
 		 180 aa  52  0.000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3177  transcriptional regulator, PadR-like family  25.58 
 
 		 204 aa  51.6  0.000006  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.556918  normal  0.03966 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4387  transcriptional regulator  31.46 
 
 		 175 aa  51.6  0.000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0173311  normal  0.0793988 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3827  transcriptional regulator, PadR-like family  33.33 
 
 		 179 aa  50.4  0.00001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.207978  normal  0.108117 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1371  transcriptional regulator, PadR-like family  35.14 
 
 		 182 aa  49.7  0.00002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0218081  normal  0.0807721 
 
 
-
 
NC_009341  Mflv_5605  PadR-like family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 207 aa  50.1  0.00002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0554701  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6781  transcriptional regulator, PadR-like family  32.18 
 
 		 174 aa  50.1  0.00002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0701  transcriptional regulator, PadR-like family  28.83 
 
 		 242 aa  48.9  0.00003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0527  PadR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 175 aa  48.9  0.00004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4729  transcriptional regulator, PadR-like family  26.36 
 
 		 197 aa  48.5  0.00005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>