More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VEA_002079 on replicon NC_013456
Organism: Vibrio sp. Ex25



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013456  VEA_002079  LysR-family transcriptional regulator  100 
 
 
313 aa  643    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00357  transcriptional regulator  92.01 
 
 
323 aa  582  1.0000000000000001e-165  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2446  LysR family transcriptional regulator  77.96 
 
 
327 aa  516  1.0000000000000001e-145  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2991  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  60.66 
 
 
321 aa  380  1e-104  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0296  transcriptional regulator, LysR family protein  47.17 
 
 
327 aa  303  3.0000000000000004e-81  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.35272  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0253  LysR family transcriptional regulator  46.33 
 
 
320 aa  291  1e-77  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0324  LysR family transcriptional regulator  46.5 
 
 
323 aa  291  1e-77  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3957  LysR family transcriptional regulator  45.37 
 
 
322 aa  290  2e-77  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4139  LysR family transcriptional regulator  46.06 
 
 
323 aa  286  2.9999999999999996e-76  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0253  LysR family transcriptional regulator  45.86 
 
 
318 aa  286  4e-76  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.88055 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3589  LysR family transcriptional regulator  44.41 
 
 
330 aa  283  3.0000000000000004e-75  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0195  transcriptional regulator, LysR family  46.69 
 
 
323 aa  281  1e-74  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3824  LysR family transcriptional regulator  47 
 
 
319 aa  281  1e-74  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3751  LysR family transcriptional regulator  47 
 
 
319 aa  280  2e-74  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4272  LysR family transcriptional regulator  46.37 
 
 
323 aa  279  4e-74  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.0731118 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3949  LysR family transcriptional regulator  47 
 
 
319 aa  279  5e-74  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0195  LysR family transcriptional regulator  46.06 
 
 
323 aa  277  1e-73  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3495  regulatory protein, LysR  44.34 
 
 
322 aa  277  2e-73  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.268712  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4556  LysR family transcriptional regulator  47 
 
 
321 aa  275  5e-73  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3449  regulatory protein, LysR  45.69 
 
 
326 aa  269  4e-71  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0214  LysR family transcriptional regulator  43.75 
 
 
313 aa  263  2e-69  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000152565  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0216  transcriptional regulator, LysR family  43.75 
 
 
313 aa  264  2e-69  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000946054  normal  0.293728 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4123  LysR family transcriptional regulator  43.75 
 
 
313 aa  263  2e-69  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000527418  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4244  LysR family transcriptional regulator  43.75 
 
 
313 aa  263  4e-69  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000170817  hitchhiker  0.00215615 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3805  LysR family transcriptional regulator  44.41 
 
 
311 aa  262  4.999999999999999e-69  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.829403  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3500  LysR family transcriptional regulator  43.75 
 
 
313 aa  260  2e-68  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0910886  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3734  LysR family transcriptional regulator  44.08 
 
 
311 aa  260  2e-68  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.457361 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3932  transcriptional regulator  44.08 
 
 
311 aa  258  1e-67  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00420556  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1917  LysR family transcriptional regulator  43.6 
 
 
310 aa  250  2e-65  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000018485  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2677  LysR family transcriptional regulator  42.81 
 
 
314 aa  247  2e-64  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.297592  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0544  transcriptional regulator, substrate-binding, LysR family protein  43.12 
 
 
285 aa  243  3e-63  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00000427319  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0342  LysR family transcriptional regulator  43.09 
 
 
335 aa  241  1e-62  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1773  LysR family transcriptional regulator  41.64 
 
 
306 aa  237  2e-61  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1311  LysR family transcriptional regulator  38.16 
 
 
321 aa  200  1.9999999999999998e-50  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.20499  normal  0.840284 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4525.1  LysR family transcriptional regulator  42.59 
 
 
243 aa  180  2e-44  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2060  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 
306 aa  179  4.999999999999999e-44  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.670506  unclonable  0.00000000000294805 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2064  LysR family transcriptional regulator  33.01 
 
 
306 aa  179  7e-44  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2402  LysR family transcriptional regulator  32.35 
 
 
306 aa  176  6e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.298095  unclonable  0.0000087148 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2352  transcriptional regulator, LysR family protein  34.92 
 
 
314 aa  173  3.9999999999999995e-42  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000117377  decreased coverage  0.00000015924 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2285  LysR family transcriptional regulator  32.03 
 
 
306 aa  172  5.999999999999999e-42  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000341943  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0076  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
323 aa  172  7.999999999999999e-42  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0095  transcriptional regulator, LysR family  33.44 
 
 
323 aa  172  1e-41  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.329429  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2409  LysR family transcriptional regulator  31.7 
 
 
306 aa  170  3e-41  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1983  transcriptional regulator, LysR family protein  33.33 
 
 
306 aa  169  5e-41  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2834  hypothetical protein  31.7 
 
 
309 aa  169  7e-41  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3446  LysR family transcriptional regulator  32.78 
 
 
312 aa  169  8e-41  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000932924  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2971  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  33.44 
 
 
313 aa  166  4e-40  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.554453  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4143  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 
318 aa  165  1.0000000000000001e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00216178  hitchhiker  0.000662316 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3945  LysR family transcriptional regulator  30.99 
 
 
315 aa  165  1.0000000000000001e-39  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2073  transcriptional regulator, LysR family protein  34.63 
 
 
303 aa  162  8.000000000000001e-39  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2857  LysR family transcriptional regulator  34.2 
 
 
298 aa  161  1e-38  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0265  LysR family transcriptional regulator  31.65 
 
 
312 aa  162  1e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000318169 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00455  transcriptional regulator  33.33 
 
 
341 aa  160  2e-38  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0136  LysR family transcriptional regulator  31.07 
 
 
333 aa  160  2e-38  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.0532671 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0266  LysR family transcriptional regulator  30.79 
 
 
311 aa  159  4e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0296308 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02537  transcriptional regulator  30.79 
 
 
378 aa  158  9e-38  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001991  transcriptional regulator  33.65 
 
 
314 aa  158  1e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1036  transcriptional regulator of LysR family protein  31.96 
 
 
313 aa  157  2e-37  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4256  transcriptional regulator, LysR family  33.78 
 
 
319 aa  157  3e-37  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4072  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  33.33 
 
 
319 aa  155  6e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4129  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  33.33 
 
 
319 aa  155  6e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.176556  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4057  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  33.33 
 
 
319 aa  155  6e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.873373  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4236  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  33.33 
 
 
319 aa  155  6e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.253513  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03595  predicted DNA-binding transcriptional regulator  33.44 
 
 
319 aa  155  7e-37  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4220  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  33.44 
 
 
319 aa  155  7e-37  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03539  hypothetical protein  33.44 
 
 
319 aa  155  7e-37  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4211  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  33.44 
 
 
319 aa  155  7e-37  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3925  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  33.44 
 
 
319 aa  155  7e-37  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4283  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  33.44 
 
 
319 aa  155  7e-37  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4078  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  33.44 
 
 
319 aa  155  8e-37  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2235  LysR family transcriptional regulator  34.81 
 
 
314 aa  154  1e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.130762  decreased coverage  0.000140411 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2696  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 
322 aa  154  2e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4179  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  33 
 
 
319 aa  154  2.9999999999999998e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.542905  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4643  LysR family transcriptional regulator  31.68 
 
 
315 aa  153  2.9999999999999998e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5142  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  33.11 
 
 
319 aa  153  2.9999999999999998e-36  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.276657 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2042  LysR family transcriptional regulator  32.6 
 
 
314 aa  153  4e-36  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.557762  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0274  LysR family transcriptional regulator  32.69 
 
 
306 aa  152  5e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  unclonable  0.0000000255624 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001149  putative LysR-family transcriptional regulator YidZ  33.87 
 
 
322 aa  151  1e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0365295  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0820  transcriptional regulator, LysR family  32.34 
 
 
310 aa  150  2e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.24868  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1485  LysR family transcriptional regulator  30.62 
 
 
314 aa  150  2e-35  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.397513  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003578  LysR-family transcriptional regulator  29.87 
 
 
315 aa  150  4e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3947  LysR family transcriptional regulator  31 
 
 
321 aa  149  5e-35  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2994  LysR family transcriptional regulator  32.48 
 
 
310 aa  149  5e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2165  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 
310 aa  149  6e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0776573  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2081  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 
308 aa  149  6e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0112  LysR family transcriptional regulator  29.11 
 
 
319 aa  148  9e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2535  transcriptional regulator, LysR family  32.69 
 
 
307 aa  148  1.0000000000000001e-34  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.799798 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2175  transcriptional regulator, LysR family  32.44 
 
 
314 aa  148  1.0000000000000001e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.415931  normal  0.0244247 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0158  LysR family transcriptional regulator  28.75 
 
 
342 aa  148  1.0000000000000001e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0000138303  normal  0.930835 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1878  LysR family transcriptional regulator  31.15 
 
 
305 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3138  transcriptional regulator, LysR family protein  31.69 
 
 
316 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.27318  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2046  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 
307 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.663633  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2436  LysR family transcriptional regulator  29.61 
 
 
308 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1852  transcriptional regulator, LysR family  32.44 
 
 
314 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0106414 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3940  LysR family transcriptional regulator  32.05 
 
 
310 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3695  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 
326 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3259  LysR family transcriptional regulator  29.61 
 
 
307 aa  147  3e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.48256  normal  0.503791 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0052  LysR family transcriptional regulator  32.23 
 
 
307 aa  147  3e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1481  LysR family transcriptional regulator  32.23 
 
 
308 aa  147  3e-34  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0044  LysR family transcriptional regulator  32.23 
 
 
307 aa  147  3e-34  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>