250 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VEA_001819 on replicon NC_013456
Organism: Vibrio sp. Ex25



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009783  VIBHAR_00655  50S ribosomal protein L33  100 
 
 
56 aa  115  9.999999999999999e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001819  LSU ribosomal protein L33p  100 
 
 
56 aa  115  9.999999999999999e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000000810994  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2600  50S ribosomal protein L33  94.34 
 
 
55 aa  107  7.000000000000001e-23  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  2.19047e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0190  50S ribosomal protein L33  88.68 
 
 
55 aa  101  4e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.00000760061  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1996  ribosomal protein L33  83.93 
 
 
56 aa  99.8  1e-20  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.76258  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0630  ribosomal protein L33  82.14 
 
 
56 aa  98.6  3e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000311792 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3835  50S ribosomal protein L33  85.96 
 
 
57 aa  98.2  3e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0015523  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4559  50S ribosomal protein L33  85.96 
 
 
57 aa  97.4  5e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00166068  hitchhiker  0.00000473608 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0328  50S ribosomal protein L33  85.96 
 
 
57 aa  97.4  5e-20  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.101866  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0387  50S ribosomal protein L33  85.96 
 
 
57 aa  97.4  5e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00101939  hitchhiker  0.000000105802 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0145a  50S ribosomal protein L33  83.93 
 
 
56 aa  97.4  5e-20  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00313343  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3826  50S ribosomal protein L33  85.96 
 
 
57 aa  97.4  5e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.513891  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0324  50S ribosomal protein L33  86.79 
 
 
55 aa  97.4  6e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0329  50S ribosomal protein L33  85.96 
 
 
57 aa  97.4  6e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000323722  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0161  ribosomal protein L33  84.91 
 
 
55 aa  95.9  1e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.490413  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0464  50S ribosomal protein L33  84.21 
 
 
57 aa  95.5  2e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000104252  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3479  50S ribosomal protein L33  84.21 
 
 
57 aa  95.5  2e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0020759  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0057  50S ribosomal protein L33  84.91 
 
 
55 aa  94.7  3e-19  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000161244  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4153  50S ribosomal protein L33  84.91 
 
 
55 aa  94.7  3e-19  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000000365361  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0063  50S ribosomal protein L33  84.91 
 
 
55 aa  94.7  3e-19  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000004658  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4388  50S ribosomal protein L33  84.91 
 
 
55 aa  94.7  3e-19  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00246794  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0390  50S ribosomal protein L33  82.46 
 
 
57 aa  94.7  4e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000114738  hitchhiker  0.0000558553 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4246  50S ribosomal protein L33  82.46 
 
 
57 aa  94.7  4e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0378  50S ribosomal protein L33  82.46 
 
 
57 aa  94.7  4e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00128986  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0404  50S ribosomal protein L33  82.46 
 
 
57 aa  94.7  4e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000033956  hitchhiker  0.000000000114944 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3595  50S ribosomal protein L33  82.46 
 
 
57 aa  94.7  4e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0317217  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0361  50S ribosomal protein L33  82.46 
 
 
57 aa  94.7  4e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.129931  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3768  50S ribosomal protein L33  82.46 
 
 
57 aa  94.7  4e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.299368  normal  0.753148 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0379  50S ribosomal protein L33  82.46 
 
 
57 aa  94.7  4e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000434735  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0103  50S ribosomal protein L33  83.02 
 
 
55 aa  94.4  5e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00224042  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4840  50S ribosomal protein L33  84.91 
 
 
55 aa  94.4  5e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000872233  hitchhiker  0.0000324961 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4098  ribosomal protein L33  84.91 
 
 
55 aa  94  6e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0806085  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03493  50S ribosomal protein L33  83.02 
 
 
55 aa  93.6  7e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00189168  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0069  ribosomal protein L33  83.02 
 
 
55 aa  93.6  7e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000995391  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0075  50S ribosomal protein L33  83.02 
 
 
55 aa  93.6  7e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.000000811631  hitchhiker  0.00000127096 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4137  50S ribosomal protein L33  83.02 
 
 
55 aa  93.6  7e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000329563  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3845  50S ribosomal protein L33  83.02 
 
 
55 aa  93.6  7e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  1.4911399999999998e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3958  ribosomal protein L33  83.02 
 
 
55 aa  94  7e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0656644  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4007  50S ribosomal protein L33  83.02 
 
 
55 aa  93.6  7e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.207966  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3971  50S ribosomal protein L33  83.02 
 
 
55 aa  93.6  7e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000410217  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3926  50S ribosomal protein L33  83.02 
 
 
55 aa  93.6  7e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0224319  hitchhiker  0.00115915 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03445  hypothetical protein  83.02 
 
 
55 aa  93.6  7e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00223356  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3944  50S ribosomal protein L33  83.02 
 
 
55 aa  93.6  7e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.019564  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4061  50S ribosomal protein L33  83.02 
 
 
55 aa  93.6  7e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000165182  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4053  50S ribosomal protein L33  83.02 
 
 
55 aa  93.6  7e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.247702  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4114  50S ribosomal protein L33  83.02 
 
 
55 aa  93.6  7e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0233686  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5006  50S ribosomal protein L33  83.02 
 
 
55 aa  93.6  7e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000892667  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3680  50S ribosomal protein L33P  86.27 
 
 
51 aa  93.6  8e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00000000213353  normal  0.0395142 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00056  50S ribosomal protein L33  84.31 
 
 
51 aa  92.4  2e-18  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.000125174  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2970  50S ribosomal protein L33P  82.35 
 
 
51 aa  92  3e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0374037  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2313  ribosomal protein L33  75 
 
 
56 aa  91.3  4e-18  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4373  50S ribosomal protein L33  84.31 
 
 
51 aa  90.9  6e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.524051 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0054  50S ribosomal protein L33  84.31 
 
 
51 aa  90.9  6e-18  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.505038  normal  0.0539587 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2022  ribosomal protein L33  82.35 
 
 
51 aa  90.5  6e-18  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  0.00000144183  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6091  50S ribosomal protein L33  84.31 
 
 
51 aa  90.1  8e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0049  50S ribosomal protein L33  82.35 
 
 
51 aa  90.5  8e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.754437  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70180  50S ribosomal protein L33  84.31 
 
 
51 aa  90.1  8e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2340  50S ribosomal protein L33  82.35 
 
 
51 aa  89.4  1e-17  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0210  50S ribosomal protein L33  80.39 
 
 
51 aa  89.7  1e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.088727  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5281  50S ribosomal protein L33  82.35 
 
 
51 aa  89  2e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5191  50S ribosomal protein L33  82.35 
 
 
51 aa  89  2e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.31848  normal  0.271729 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48040  50S ribosomal protein L33  82.35 
 
 
51 aa  89  2e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0189  50S ribosomal protein L33  82.35 
 
 
51 aa  89  2e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000178074 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5332  50S ribosomal protein L33  82.35 
 
 
51 aa  89  2e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.021519 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03239  50S ribosomal protein L33  77.36 
 
 
55 aa  89.4  2e-17  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0090  ribosomal protein L33  82.35 
 
 
51 aa  88.2  3e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.519895  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0225  50S ribosomal protein L33  82.35 
 
 
51 aa  88.2  3e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3566  ribosomal protein L33  82.35 
 
 
51 aa  88.2  3e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0250146  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5536  50S ribosomal protein L33  78.43 
 
 
51 aa  86.7  1e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.140838  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0588  50S ribosomal protein L33  78.43 
 
 
51 aa  86.3  1e-16  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.696444  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5835  50S ribosomal protein L33  77.36 
 
 
55 aa  85.9  2e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.672145 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2421  50S ribosomal protein L33  77.36 
 
 
55 aa  85.9  2e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.170967  hitchhiker  0.000857302 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1892  50S ribosomal protein L33  77.36 
 
 
55 aa  85.9  2e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2642  50S ribosomal protein L33P  72.55 
 
 
51 aa  85.5  2e-16  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2550  50S ribosomal protein L33  77.36 
 
 
55 aa  85.9  2e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2503  50S ribosomal protein L33  77.36 
 
 
55 aa  85.9  2e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.638858  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2528  50S ribosomal protein L33  77.36 
 
 
55 aa  85.9  2e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0547  50S ribosomal protein L33  75 
 
 
54 aa  85.1  3e-16  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2232  50S ribosomal protein L33  75.47 
 
 
55 aa  85.1  3e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1711  50S ribosomal protein L33  76.47 
 
 
51 aa  85.1  3e-16  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2734  50S ribosomal protein L33  73.21 
 
 
56 aa  85.1  3e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1136  50S ribosomal protein L33  75.47 
 
 
55 aa  85.1  3e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.540244  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0779  50S ribosomal protein L33  75.47 
 
 
55 aa  85.1  3e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0583  50S ribosomal protein L33  75.47 
 
 
55 aa  85.1  3e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.643908 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0816  50S ribosomal protein L33  77.36 
 
 
55 aa  85.1  3e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.761124 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1990  50S ribosomal protein L33  76.47 
 
 
51 aa  85.1  3e-16  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2871  50S ribosomal protein L33  73.21 
 
 
56 aa  84.7  3e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0654658  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0792  50S ribosomal protein L33  75.47 
 
 
55 aa  85.1  3e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.696109  normal  0.11426 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0482  50S ribosomal protein L33  75 
 
 
54 aa  85.1  3e-16  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2648  50S ribosomal protein L33  75.47 
 
 
55 aa  85.1  3e-16  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.417421  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1022  50S ribosomal protein L33  75.47 
 
 
55 aa  85.1  3e-16  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.209918  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0977  50S ribosomal protein L33  75.47 
 
 
55 aa  85.1  3e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0982  50S ribosomal protein L33  75.47 
 
 
55 aa  85.1  3e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.392597  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3150  50S ribosomal protein L33  77.36 
 
 
55 aa  85.1  3e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.678006  normal  0.508771 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2101  50S ribosomal protein L33  75.47 
 
 
55 aa  85.1  3e-16  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.278945  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0311  50S ribosomal protein L33  76.47 
 
 
51 aa  84.7  4e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000251757  normal  0.219497 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3950  50S ribosomal protein L33  71.15 
 
 
54 aa  84.3  5e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2641  ribosomal protein L33  74.51 
 
 
51 aa  82.4  0.000000000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1252  50S ribosomal protein L33  69.81 
 
 
55 aa  82.4  0.000000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2714  50S ribosomal protein L33  71.43 
 
 
56 aa  82  0.000000000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>