More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VEA_001734 on replicon NC_013456
Organism: Vibrio sp. Ex25



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013456  VEA_001734  LSU ribosomal protein L29p (L35e)  100 
 
 
63 aa  125  3e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000790983  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00738  50S ribosomal protein L29  98.41 
 
 
63 aa  123  8.000000000000001e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0413  ribosomal protein L29  82.54 
 
 
63 aa  105  2e-22  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0200811  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0331  ribosomal protein L29  82.54 
 
 
63 aa  105  2e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.0000705173  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0239  50S ribosomal protein L29  80.95 
 
 
63 aa  102  1e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0067  50S ribosomal protein L29  84.13 
 
 
63 aa  103  1e-21  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0207  50S ribosomal protein L29  80.95 
 
 
63 aa  102  1e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000132572  unclonable  0.0000000000150964 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0202  50S ribosomal protein L29  80.95 
 
 
63 aa  102  1e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000242804  hitchhiker  0.00159664 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0207  50S ribosomal protein L29  80.95 
 
 
63 aa  102  1e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000114763  hitchhiker  0.00000000110485 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0221  50S ribosomal protein L29  80.95 
 
 
63 aa  102  1e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000000322056  unclonable  0.0000065932 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3751  50S ribosomal protein L29  80.95 
 
 
63 aa  102  1e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000000462888  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3993  ribosomal protein L29  80.95 
 
 
63 aa  102  2e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.0000756359  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3814  ribosomal protein L29  80.95 
 
 
63 aa  102  2e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000290872  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4309  50S ribosomal protein L29  79.37 
 
 
63 aa  100  6e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000213718  unclonable  0.0000000000409482 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4682  50S ribosomal protein L29  79.37 
 
 
63 aa  100  6e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000000146545  unclonable  0.0000000112365 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4048  50S ribosomal protein L29  79.37 
 
 
63 aa  99.8  1e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000000921137  unclonable  0.00000000000376809 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4162  50S ribosomal protein L29  79.37 
 
 
63 aa  99.8  1e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000000240623  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0204  50S ribosomal protein L29  79.37 
 
 
63 aa  99.8  1e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000392928  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0208  50S ribosomal protein L29  79.37 
 
 
63 aa  99.8  1e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000719733  unclonable  0.00000802476 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2166  50S ribosomal protein L29  95.24 
 
 
63 aa  99  2e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000149227  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0166  50S ribosomal protein L29  77.78 
 
 
63 aa  99.4  2e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000300233  hitchhiker  0.000293635 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0192  50S ribosomal protein L29  77.78 
 
 
63 aa  98.6  3e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000996098  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0178  50S ribosomal protein L29  77.78 
 
 
63 aa  98.2  4e-20  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000674798  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0156  50S ribosomal protein L29  77.78 
 
 
63 aa  98.2  4e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.0000000000636656  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0727  ribosomal protein L29  75.81 
 
 
63 aa  94.7  3e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.000905771  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00453  50S ribosomal protein L29  73.02 
 
 
63 aa  93.2  1e-18  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.17025  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08930  50S ribosomal protein L29  70.97 
 
 
63 aa  90.5  6e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0335078 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0845  50S ribosomal protein L29  70.97 
 
 
63 aa  90.5  6e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.318231  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3516  ribosomal protein L29  73.02 
 
 
63 aa  90.1  8e-18  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.000165704  hitchhiker  0.00000095159 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0328  50S ribosomal protein L29  92.06 
 
 
63 aa  90.1  1e-17  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000164942  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06330  50S ribosomal protein L29  69.35 
 
 
63 aa  88.6  3e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.674769  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0291  50S ribosomal protein L29  85.71 
 
 
63 aa  87.8  4e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000000493457  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0592  50S ribosomal protein L29  85.71 
 
 
63 aa  87.8  4e-17  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000000721048  normal  0.404222 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3907  50S ribosomal protein L29  85.71 
 
 
63 aa  87.8  4e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000021139  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0492  50S ribosomal protein L29  67.74 
 
 
64 aa  87.4  5e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.27234  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4741  50S ribosomal protein L29  67.74 
 
 
64 aa  87.4  5e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0297311  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0462  50S ribosomal protein L29  67.74 
 
 
63 aa  87.4  6e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.748609  hitchhiker  0.00000252348 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0634  ribosomal protein L29  67.74 
 
 
63 aa  87.4  6e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.000013157  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0495  50S ribosomal protein L29  67.74 
 
 
63 aa  87.4  6e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0000115788  normal  0.157162 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4540  50S ribosomal protein L29  67.74 
 
 
63 aa  87.4  6e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.115011 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5071  50S ribosomal protein L29  67.74 
 
 
63 aa  87.4  6e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000034517  normal  0.129995 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3628  50S ribosomal protein L29  84.13 
 
 
63 aa  87  7e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.010107  normal  0.873226 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3799  50S ribosomal protein L29  84.13 
 
 
63 aa  87  7e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0247375  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3736  50S ribosomal protein L29  84.13 
 
 
63 aa  87  7e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.0036533  normal  0.0206693 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3628  50S ribosomal protein L29  84.13 
 
 
63 aa  87  7e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000000395897  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3701  50S ribosomal protein L29  84.13 
 
 
63 aa  87  7e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.000648368  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4268  ribosomal protein L29  70.97 
 
 
63 aa  86.3  1e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000037065  unclonable  0.00000000000267825 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4536  50S ribosomal protein L29  85.48 
 
 
63 aa  86.3  1e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000000789645  hitchhiker  0.00157361 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03163  50S ribosomal protein L29  82.54 
 
 
63 aa  85.1  3e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00161399  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0401  ribosomal protein L29  82.54 
 
 
63 aa  85.1  3e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000919914  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4635  50S ribosomal protein L29  82.54 
 
 
63 aa  85.1  3e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000000441605  normal  0.182648 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03114  hypothetical protein  82.54 
 
 
63 aa  85.1  3e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00150195  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3697  50S ribosomal protein L29  82.54 
 
 
63 aa  85.1  3e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000365786  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3795  50S ribosomal protein L29  82.54 
 
 
63 aa  85.1  3e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000391075  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3506  50S ribosomal protein L29  82.54 
 
 
63 aa  85.1  3e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000164539  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0401  50S ribosomal protein L29  82.54 
 
 
63 aa  85.1  3e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000329963  hitchhiker  0.0000645786 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3607  50S ribosomal protein L29  82.54 
 
 
63 aa  85.1  3e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000124478  normal  0.0140967 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3743  50S ribosomal protein L29P  84.13 
 
 
63 aa  84.3  5e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000000379102  hitchhiker  0.00355064 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0336  ribosomal protein L29  65.08 
 
 
63 aa  83.2  0.000000000000001  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.296704  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2364  ribosomal protein L29  64.52 
 
 
65 aa  79.7  0.00000000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.649847  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0429  50S ribosomal protein L29P  79.03 
 
 
63 aa  79.7  0.00000000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.164508  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0262  50S ribosomal protein L29  61.9 
 
 
66 aa  78.6  0.00000000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.582427  normal  0.636432 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1964  50S ribosomal protein L29  60.32 
 
 
74 aa  76.3  0.0000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0409879  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3330  50S ribosomal protein L29  62.9 
 
 
64 aa  74.7  0.0000000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00000258995  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1225  50S ribosomal protein L29  59.68 
 
 
66 aa  74.7  0.0000000000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1188  50S ribosomal protein L29  59.68 
 
 
66 aa  74.7  0.0000000000004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.328591  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0303  ribosomal protein L29  62.07 
 
 
62 aa  74.7  0.0000000000004  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00299137  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3171  50S ribosomal protein L29  65.08 
 
 
64 aa  74.3  0.0000000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.0000183391  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3309  50S ribosomal protein L29  65.08 
 
 
64 aa  74.3  0.0000000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00000526811  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3011  50S ribosomal protein L29  65.57 
 
 
64 aa  73.9  0.0000000000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000000636591  normal  0.0461975 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0402  50S ribosomal protein L29  55.74 
 
 
64 aa  72.8  0.000000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0377  50S ribosomal protein L29  55.74 
 
 
64 aa  72.8  0.000000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0287  50S ribosomal protein L29P  61.9 
 
 
69 aa  72.8  0.000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00000000866901  hitchhiker  0.00000164935 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3289  50S ribosomal protein L29  63.93 
 
 
64 aa  72.8  0.000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.0000215489  hitchhiker  0.00000182798 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1670  50S ribosomal protein L29  53.97 
 
 
66 aa  72.4  0.000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0221065  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0466  50S ribosomal protein L29  61.9 
 
 
65 aa  72.8  0.000000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2942  50S ribosomal protein L29  63.93 
 
 
64 aa  72.8  0.000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  0.000229225  hitchhiker  0.00000342543 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1257  50S ribosomal protein L29  60 
 
 
68 aa  72  0.000000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.681642  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0477  50S ribosomal protein L29  71.43 
 
 
63 aa  72  0.000000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0320734  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3901  50S ribosomal protein L29  66.13 
 
 
63 aa  72  0.000000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00385077  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0865  ribosomal protein L29  72.58 
 
 
63 aa  70.5  0.000000000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.8068  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2832  50S ribosomal protein L29  62.9 
 
 
65 aa  70.5  0.000000000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000129889  normal  0.463435 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0322  50S ribosomal protein L29  62.9 
 
 
64 aa  70.5  0.000000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000137645  decreased coverage  0.00229804 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3636  50S ribosomal protein L29  62.9 
 
 
64 aa  70.5  0.000000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.0000030517  decreased coverage  0.00000000000115697 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2316  ribosomal protein L29  63.33 
 
 
66 aa  70.1  0.000000000009  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000905483  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1622  50S ribosomal protein L29  53.23 
 
 
64 aa  69.7  0.00000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.173705  normal  0.463697 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0767  ribosomal protein L29  54.1 
 
 
92 aa  69.7  0.00000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.211892  normal  0.786467 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0764  50S ribosomal protein L29  57.89 
 
 
61 aa  68.9  0.00000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.000255511  normal  0.10736 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0293  50S ribosomal protein L29  56.67 
 
 
68 aa  68.9  0.00000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1687  50S ribosomal protein L29  58.33 
 
 
70 aa  69.3  0.00000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  hitchhiker  0.000000411175  hitchhiker  0.00000000390358 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2526  50S ribosomal protein L29  53.97 
 
 
67 aa  68.9  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0331  ribosomal protein L29  57.14 
 
 
65 aa  68.9  0.00000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  0.00000295668  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3738  50S ribosomal protein L29  61.29 
 
 
64 aa  68.2  0.00000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.000269759  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1932  50S ribosomal protein L29  61.29 
 
 
64 aa  68.2  0.00000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.000000362681  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2624  50S ribosomal protein L29  61.29 
 
 
64 aa  68.2  0.00000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.319258  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3486  50S ribosomal protein L29  61.29 
 
 
64 aa  68.2  0.00000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.000914257  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3768  50S ribosomal protein L29  61.29 
 
 
64 aa  68.2  0.00000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00000105209  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3060  50S ribosomal protein L29  61.29 
 
 
64 aa  68.2  0.00000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000156067  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3161  50S ribosomal protein L29  61.29 
 
 
64 aa  68.2  0.00000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000176836  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3796  50S ribosomal protein L29  61.29 
 
 
64 aa  68.2  0.00000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>