More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VEA_001725 on replicon NC_013456
Organism: Vibrio sp. Ex25



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013456  VEA_001725  SSU ribosomal protein S5p (S2e)  100 
 
 
167 aa  336  8e-92  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  1.99413e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00747  30S ribosomal protein S5  99.4 
 
 
167 aa  335  2e-91  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2157  30S ribosomal protein S5  96.41 
 
 
167 aa  324  4e-88  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  2.32198e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0337  30S ribosomal protein S5  88.02 
 
 
166 aa  295  2e-79  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00106169  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0230  30S ribosomal protein S5  86.14 
 
 
168 aa  290  8e-78  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  2.59388e-08  unclonable  8.56318e-06 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0077  30S ribosomal protein S5  87.34 
 
 
166 aa  285  2e-76  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0793538  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0165  30S ribosomal protein S5  83.03 
 
 
167 aa  283  7e-76  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  7.86846e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0187  30S ribosomal protein S5  83.03 
 
 
167 aa  283  7e-76  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  8.20766e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0216  30S ribosomal protein S5  83.03 
 
 
167 aa  283  8e-76  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000901319  unclonable  1.54128e-11 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0216  30S ribosomal protein S5  83.03 
 
 
167 aa  283  8e-76  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  2.81151e-09  hitchhiker  1.27878e-09 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0248  30S ribosomal protein S5  83.03 
 
 
167 aa  283  8e-76  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0211  30S ribosomal protein S5  83.03 
 
 
167 aa  283  8e-76  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0010203  hitchhiker  0.00711343 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3742  30S ribosomal protein S5  82.42 
 
 
167 aa  282  1e-75  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  3.426e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4673  30S ribosomal protein S5  82.53 
 
 
168 aa  281  3e-75  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000106514  unclonable  9.08127e-09 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0422  30S ribosomal protein S5  86.08 
 
 
166 aa  280  6e-75  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0728588  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0340  30S ribosomal protein S5  86.08 
 
 
166 aa  280  8e-75  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000106255  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3984  30S ribosomal protein S5  86.08 
 
 
166 aa  280  9e-75  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.183647  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3805  30S ribosomal protein S5  86.08 
 
 
166 aa  280  9e-75  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.000511085  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0213  30S ribosomal protein S5  81.82 
 
 
167 aa  279  1e-74  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  1.21956e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4153  30S ribosomal protein S5  81.82 
 
 
167 aa  279  1e-74  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  3.5229e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4039  30S ribosomal protein S5  81.82 
 
 
167 aa  279  1e-74  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000362616  unclonable  3.0102e-12 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0217  30S ribosomal protein S5  81.82 
 
 
167 aa  279  1e-74  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000106861  hitchhiker  0.000109901 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0201  30S ribosomal protein S5  81.93 
 
 
168 aa  278  2e-74  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  5.49797e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4300  30S ribosomal protein S5  81.21 
 
 
167 aa  278  3e-74  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  2.20088e-08  unclonable  6.04487e-11 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0175  30S ribosomal protein S5  81.21 
 
 
167 aa  276  7e-74  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  4.90298e-05  decreased coverage  5.58993e-05 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3598  30S ribosomal protein S5  85.44 
 
 
167 aa  276  8e-74  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00671988  normal  0.0253177 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3727  30S ribosomal protein S5  85.44 
 
 
167 aa  276  8e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0653825 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3619  30S ribosomal protein S5  85.44 
 
 
167 aa  276  8e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0273199  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3619  30S ribosomal protein S5  85.44 
 
 
167 aa  276  8e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00166416  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0410  30S ribosomal protein S5  85.44 
 
 
167 aa  276  8e-74  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000646681  hitchhiker  2.84656e-06 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3790  30S ribosomal protein S5  85.44 
 
 
167 aa  276  8e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.234503  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3688  30S ribosomal protein S5  85.44 
 
 
167 aa  276  8e-74  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  2.04497e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3497  30S ribosomal protein S5  85.44 
 
 
167 aa  276  8e-74  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  3.13723e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3692  30S ribosomal protein S5  85.44 
 
 
167 aa  276  8e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0779682  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4626  30S ribosomal protein S5  85.44 
 
 
167 aa  276  8e-74  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000983466  normal  0.887849 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0410  ribosomal protein S5  85.44 
 
 
167 aa  276  8e-74  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  1.17054e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3786  30S ribosomal protein S5  85.44 
 
 
167 aa  276  8e-74  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  1.85577e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3734  30S ribosomal protein S5  85.44 
 
 
166 aa  276  9e-74  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000123332  decreased coverage  0.00107093 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4527  30S ribosomal protein S5  85.44 
 
 
167 aa  275  3e-73  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  2.33492e-05  hitchhiker  0.000167424 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3897  30S ribosomal protein S5  85.44 
 
 
167 aa  274  3e-73  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  7.77438e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0300  30S ribosomal protein S5  85.44 
 
 
167 aa  274  3e-73  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  3.91785e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0600  30S ribosomal protein S5  85.44 
 
 
167 aa  274  3e-73  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  1.55795e-09  normal  0.912114 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03105  hypothetical protein  84.81 
 
 
167 aa  274  4e-73  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00221736  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03154  30S ribosomal protein S5  84.81 
 
 
167 aa  274  4e-73  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00387677  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1006  30S ribosomal protein S5  80.61 
 
 
167 aa  269  2e-71  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00241211  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00955  30S ribosomal protein S5  81.82 
 
 
166 aa  267  4e-71  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.136647  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0345  ribosomal protein S5  80.5 
 
 
167 aa  264  5e-70  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.0283353  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3507  30S ribosomal protein S5  78.79 
 
 
167 aa  263  8e-70  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.000462246  hitchhiker  9.28534e-08 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0618  ribosomal protein S5  75.93 
 
 
169 aa  247  4e-65  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0438  30S ribosomal protein S5  69.88 
 
 
166 aa  243  1e-63  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0839334  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0976  30S ribosomal protein S5  71.78 
 
 
170 aa  239  1e-62  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0109709  hitchhiker  3.85854e-05 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0736  30S ribosomal protein S5  72.78 
 
 
166 aa  238  2e-62  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  1.83061e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4259  ribosomal protein S5  70.89 
 
 
166 aa  239  2e-62  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  1.44419e-06  unclonable  2.59852e-12 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0506  30S ribosomal protein S5  69.14 
 
 
171 aa  234  6e-61  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.00232131  hitchhiker  0.00336065 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0501  30S ribosomal protein S5  69.14 
 
 
171 aa  234  6e-61  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  8.46661e-05  normal  0.0709882 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2152  ribosomal protein S5  68.86 
 
 
168 aa  232  2e-60  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0472409  normal  0.352454 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3892  30S ribosomal protein S5  69.7 
 
 
166 aa  232  2e-60  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  9.19521e-07  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09020  30S ribosomal protein S5  69.7 
 
 
166 aa  231  5e-60  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.085618  normal  0.293269 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0854  30S ribosomal protein S5  69.7 
 
 
166 aa  231  5e-60  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.157087  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0443  30S ribosomal protein S5  71.43 
 
 
165 aa  230  6e-60  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  3.13397e-09  hitchhiker  0.000112579 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06420  30S ribosomal protein S5  69.09 
 
 
166 aa  229  1e-59  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0942299  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2307  30S ribosomal protein S5  67.27 
 
 
167 aa  228  4e-59  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.245631  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5062  30S ribosomal protein S5  68.48 
 
 
166 aa  227  5e-59  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  9.56097e-08  normal  0.129275 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4732  30S ribosomal protein S5  67.88 
 
 
166 aa  224  3e-58  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.000128716  normal  0.628759 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0501  30S ribosomal protein S5  67.88 
 
 
166 aa  224  3e-58  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  2.60695e-06  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0504  30S ribosomal protein S5  67.88 
 
 
166 aa  224  3e-58  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  5.66357e-05  normal  0.161255 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0471  30S ribosomal protein S5  67.88 
 
 
166 aa  224  3e-58  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0107379  hitchhiker  3.05269e-06 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0643  ribosomal protein S5  67.88 
 
 
166 aa  224  6e-58  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00626233  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4531  30S ribosomal protein S5  67.88 
 
 
166 aa  224  6e-58  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00205716  normal  0.206831 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2355  30S ribosomal protein S5  69.48 
 
 
169 aa  220  8e-57  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.105704  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0841  30S ribosomal protein S5  65.66 
 
 
167 aa  220  9e-57  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04503  30S ribosomal protein S5  67.07 
 
 
180 aa  219  2e-56  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.271958  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0773  30S ribosomal protein S5  64.63 
 
 
180 aa  216  1e-55  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.554764  normal  0.012841 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0340  ribosomal protein S5  63.98 
 
 
171 aa  216  1e-55  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  5.1388e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0475  30S ribosomal protein S5  67.09 
 
 
166 aa  213  8e-55  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0336  30S ribosomal protein S5  62.42 
 
 
175 aa  212  2e-54  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  1.98476e-06  unclonable  4.50156e-08 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0450  30S ribosomal protein S5  67.32 
 
 
179 aa  211  4e-54  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.948242  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3300  30S ribosomal protein S5  63.03 
 
 
172 aa  211  5e-54  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.969556  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2307  30S ribosomal protein S5  62.35 
 
 
170 aa  210  9e-54  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  1.94348e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3162  30S ribosomal protein S5  61.82 
 
 
172 aa  209  2e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.02216  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0511  30S ribosomal protein S5  66.67 
 
 
179 aa  209  2e-53  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.478223  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2822  30S ribosomal protein S5  61.18 
 
 
172 aa  204  5e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.137287  normal  0.25953 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3787  30S ribosomal protein S5  61.18 
 
 
172 aa  204  6e-52  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.773313  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3729  30S ribosomal protein S5  61.18 
 
 
172 aa  204  6e-52  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00614597  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3495  30S ribosomal protein S5  61.18 
 
 
172 aa  204  6e-52  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.578239  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2615  30S ribosomal protein S5  61.18 
 
 
172 aa  204  6e-52  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.052569  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1941  30S ribosomal protein S5  61.18 
 
 
172 aa  204  6e-52  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.337273  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3759  30S ribosomal protein S5  61.18 
 
 
172 aa  204  6e-52  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0375867  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3152  30S ribosomal protein S5  61.18 
 
 
172 aa  204  6e-52  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0293332  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0266  30S ribosomal protein S5  61.18 
 
 
172 aa  204  6e-52  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.118791  hitchhiker  0.0081122 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3002  30S ribosomal protein S5  60.59 
 
 
172 aa  203  8e-52  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.214721  normal  0.0562945 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0354  30S ribosomal protein S5  62.03 
 
 
168 aa  203  1e-51  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  2.4846e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0331  30S ribosomal protein S5  60.59 
 
 
172 aa  202  1e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0109277  decreased coverage  0.00358329 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1837  30S ribosomal protein S5  62.03 
 
 
168 aa  203  1e-51  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.470796  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2933  30S ribosomal protein S5  60.59 
 
 
172 aa  202  1e-51  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  hitchhiker  9.7006e-07 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3627  30S ribosomal protein S5  61.18 
 
 
172 aa  203  1e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  3.56902e-05  hitchhiker  1.60734e-11 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3051  30S ribosomal protein S5  61.18 
 
 
172 aa  203  1e-51  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0155994  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3280  30S ribosomal protein S5  60.59 
 
 
172 aa  202  1e-51  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.00328937  hitchhiker  6.84502e-05 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0293  30S ribosomal protein S5  60.59 
 
 
172 aa  202  2e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  4.23701e-06  normal  0.0414454 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0344  30S ribosomal protein S5  60.59 
 
 
172 aa  202  2e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.023774  normal  0.0422128 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>