More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VEA_001646 on replicon NC_013456
Organism: Vibrio sp. Ex25



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013456  VEA_001646  transcriptional regulator LuxZ  100 
 
 		 214 aa  446  1.0000000000000001e-124  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.00000706033  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00828  hypothetical protein  69.27 
 
 		 225 aa  297  9e-80  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2702  putative transcriptional regulator, GntR family  50 
 
 		 219 aa  201  9.999999999999999e-51  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2908  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  38.96 
 
 		 231 aa  112  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00158542  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2875  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  38.96 
 
 		 231 aa  112  5e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2783  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  38.96 
 
 		 266 aa  111  9e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.987951  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3083  transcriptional regulator, GntR family  30.35 
 
 		 237 aa  107  1e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3790  GntR family transcriptional regulator  30.05 
 
 		 235 aa  103  1e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000195314  hitchhiker  0.00275233 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0876  GntR family transcriptional regulator  27.36 
 
 		 220 aa  103  2e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.398436  normal  0.0490604 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3108  transcriptional regulator, GntR family  29.27 
 
 		 239 aa  102  5e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00120217  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3165  GntR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 246 aa  102  5e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.728398  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3903  GntR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 246 aa  102  5e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0224  transcriptional regulator, GntR family  31.07 
 
 		 227 aa  100  2e-20  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5719  transcriptional regulator, GntR family  30.1 
 
 		 238 aa  100  2e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3023  GntR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 236 aa  96.3  3e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5982  GntR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 235 aa  94  2e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.28377 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1743  GntR family transcriptional regulator  29.61 
 
 		 219 aa  94  2e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.821551  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4309  GntR family transcriptional regulator  28.08 
 
 		 243 aa  92.8  4e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.405303  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2991  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  29.94 
 
 		 225 aa  92  6e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0247222 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2939  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  29.94 
 
 		 225 aa  92  6e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.150864 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2907  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  29.94 
 
 		 225 aa  92  6e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3096  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  32.03 
 
 		 225 aa  92  6e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.236033  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2974  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  29.94 
 
 		 225 aa  92  6e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.554532  normal  0.0581705 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3933  transcriptional regulator, GntR family  27.94 
 
 		 236 aa  91.7  7e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.787186  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02520  DNA-binding transcriptional dual regulator  33.33 
 
 		 220 aa  90.5  2e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1019  transcriptional regulator, GntR family  33.33 
 
 		 220 aa  90.5  2e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2799  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  33.33 
 
 		 220 aa  90.5  2e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2944  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  33.33 
 
 		 220 aa  90.5  2e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3152  GntR family transcriptional regulator  30.54 
 
 		 235 aa  90.5  2e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.26318  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1042  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  33.33 
 
 		 220 aa  90.5  2e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3906  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  33.33 
 
 		 220 aa  90.5  2e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.429563 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2784  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  33.33 
 
 		 220 aa  90.5  2e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.220351 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5583  GntR family transcriptional regulator  28.08 
 
 		 241 aa  90.1  2e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.42685 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02484  hypothetical protein  33.33 
 
 		 220 aa  90.5  2e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4203  GntR family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 255 aa  89.4  4e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.137174  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3217  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  32.68 
 
 		 220 aa  89  5e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1198  GntR family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 245 aa  89  5e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0156  GntR family transcriptional regulator  33.12 
 
 		 241 aa  89  5e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4641  transcriptional regulator, GntR family  32.18 
 
 		 249 aa  88.6  6e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.220796  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3565  transcriptional regulator, GntR family  32.18 
 
 		 249 aa  88.6  6e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.181866  normal  0.165295 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1997  DNA-binding transcriptional regulator CsiR  32.03 
 
 		 226 aa  89  6e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4140  GntR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 219 aa  88.6  7e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.00242001  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4680  GntR family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 260 aa  87.4  1e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.895143  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0960  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 226 aa  86.3  4e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.411969 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4153  GntR family transcriptional regulator  26.34 
 
 		 244 aa  86.3  4e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.947697  normal  0.614884 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2798  GntR family transcriptional regulator  33.96 
 
 		 253 aa  85.1  8e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.197773  normal  0.303741 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3365  GntR family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 247 aa  84.7  0.000000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2933  GntR family transcriptional regulator  29.94 
 
 		 245 aa  84  0.000000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.312545  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5953  transcriptional regulator, GntR family  24.63 
 
 		 224 aa  83.6  0.000000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.651085  normal  0.0380656 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7093  transcriptional regulator, GntR family  24.63 
 
 		 224 aa  82.4  0.000000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.119669  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0204  GntR family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 262 aa  82.4  0.000000000000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5954  transcriptional regulator, GntR family  29.79 
 
 		 222 aa  81.3  0.000000000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0377161 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5670  GntR family transcriptional regulator  30.46 
 
 		 242 aa  80.9  0.00000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7094  transcriptional regulator, GntR family  29.79 
 
 		 222 aa  81.3  0.00000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.113037  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5700  GntR family transcriptional regulator  25 
 
 		 247 aa  78.2  0.0000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.413406  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1944  hypothetical protein  31.41 
 
 		 234 aa  77  0.0000000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8640  transcriptional regulator, GntR family  29.01 
 
 		 230 aa  77  0.0000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.395019  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5085  transcriptional regulator GntR family  27 
 
 		 246 aa  75.9  0.0000000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.131257  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3918  regulatory protein GntR HTH  25 
 
 		 235 aa  74.3  0.000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.306871  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3459  transcriptional regulator, GntR family  29.76 
 
 		 245 aa  73.2  0.000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4402  transcriptional regulator, GntR family  25.98 
 
 		 223 aa  73.2  0.000000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.225327  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2354  GntR family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 233 aa  72.4  0.000000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000394326  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1716  transcriptional regulator, GntR family  29.51 
 
 		 223 aa  71.2  0.000000000009  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000127588  hitchhiker  0.0000108879 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2747  GntR family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 223 aa  71.2  0.000000000009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00299596  normal  0.0681091 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2633  GntR family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 223 aa  71.2  0.000000000009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0189782  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2668  GntR family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 223 aa  71.2  0.000000000009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000195924  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003675  predicted regulator PutR for proline utilization GntR family  33.33 
 
 		 224 aa  70.5  0.00000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2973  GntR family transcriptional regulator  32 
 
 		 251 aa  70.5  0.00000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1588  GntR family transcriptional regulator  29.14 
 
 		 223 aa  70.1  0.00000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0421437  normal  0.157754 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3037  GntR family transcriptional regulator  25.76 
 
 		 221 aa  69.7  0.00000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1582  GntR family transcriptional regulator  29.14 
 
 		 223 aa  70.1  0.00000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00672922  normal  0.129388 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1521  GntR family transcriptional regulator  29.14 
 
 		 223 aa  69.3  0.00000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000831441  normal  0.527855 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5066  GntR family transcriptional regulator  26.76 
 
 		 232 aa  68.9  0.00000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.219495  normal  0.372207 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1528  GntR family transcriptional regulator  26.42 
 
 		 223 aa  68.6  0.00000000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1484  transcriptional regulator, GntR family  36.13 
 
 		 219 aa  68.6  0.00000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1382  regulatory protein GntR, HTH  27.54 
 
 		 227 aa  68.2  0.00000000009  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000764152  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3795  transcriptional regulator, GntR family  25.81 
 
 		 229 aa  67.4  0.0000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.326665  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3878  transcriptional regulator, GntR family  26.14 
 
 		 229 aa  67.4  0.0000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.709818 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0163  GntR family transcriptional regulator  27.54 
 
 		 229 aa  66.6  0.0000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000281276 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2852  GntR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 223 aa  66.2  0.0000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0181  GntR family transcriptional regulator  26.64 
 
 		 229 aa  66.6  0.0000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.454577  normal  0.894817 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7654  GntR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 248 aa  66.6  0.0000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.589  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4161  GntR family transcriptional regulator  24.87 
 
 		 235 aa  66.6  0.0000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0182  GntR family transcriptional regulator  27.54 
 
 		 229 aa  66.2  0.0000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.167799 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2260  GntR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 232 aa  66.2  0.0000000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0845736  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2825  GntR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 223 aa  65.9  0.0000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.687306  normal  0.544458 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2365  GntR family transcriptional regulator  27.93 
 
 		 223 aa  65.5  0.0000000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000273195  normal  0.0972309 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1551  transcriptional regulator, GntR family protein  30.43 
 
 		 224 aa  65.5  0.0000000006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000349617  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1759  GntR family transcriptional regulator  28.98 
 
 		 223 aa  64.3  0.000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000431204  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2513  GntR family transcriptional regulator  39.02 
 
 		 268 aa  63.9  0.000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.761478  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2768  transcriptional regulator, GntR family  26.07 
 
 		 222 aa  64.3  0.000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.319165  normal  0.0289974 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3523  GntR family transcriptional regulator  25.31 
 
 		 239 aa  63.9  0.000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0140617  normal  0.356265 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2816  GntR family transcriptional regulator  25.77 
 
 		 235 aa  63.9  0.000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00368325  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6303  GntR family transcriptional regulator  23.83 
 
 		 221 aa  63.9  0.000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0088  transcriptional regulator, GntR family  23.75 
 
 		 239 aa  63.9  0.000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2595  GntR domain protein  42.68 
 
 		 227 aa  63.5  0.000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.709124  normal  0.171909 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0081  GntR family transcriptional regulator  30.6 
 
 		 240 aa  63.2  0.000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0384322 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1304  GntR family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 234 aa  62.4  0.000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0497792 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5768  GntR family transcriptional regulator  27.66 
 
 		 221 aa  62.4  0.000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0335  transcriptional regulator, GntR family  25.98 
 
 		 232 aa  62.4  0.000000005  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>