More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VEA_001510 on replicon NC_013457
Organism: Vibrio sp. Ex25



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013457  VEA_001510  Rtn protein  100 
 
 
490 aa  1004    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05448  hypothetical protein  59.5 
 
 
489 aa  582  1.0000000000000001e-165  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3729  diguanylate phosphodiesterase  31.65 
 
 
506 aa  221  3e-56  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0705  diguanylate phosphodiesterase  31.05 
 
 
506 aa  217  2.9999999999999998e-55  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3538  diguanylate phosphodiesterase  31.05 
 
 
506 aa  216  5e-55  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.506628  decreased coverage  0.0000122226 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3606  diguanylate phosphodiesterase  31.05 
 
 
506 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3821  rtn protein  31.24 
 
 
515 aa  213  4.9999999999999996e-54  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0777  EAL domain-containing protein  32.57 
 
 
519 aa  207  2e-52  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0814  EAL domain-containing protein  31.78 
 
 
514 aa  206  6e-52  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0122  EAL  37 
 
 
525 aa  196  1e-48  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2339  aminoglycoside response regulator  30.41 
 
 
526 aa  191  2e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  unclonable  0.000320511  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4488  EAL domain protein  29.07 
 
 
534 aa  189  9e-47  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3245  hypothetical protein  40.23 
 
 
528 aa  188  1e-46  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0153368 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1616  diguanylate phosphodiesterase  30.05 
 
 
500 aa  183  5.0000000000000004e-45  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.59158  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4205  EAL domain protein  28.87 
 
 
535 aa  182  1e-44  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0343  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  37.25 
 
 
819 aa  178  2e-43  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0947891  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4373  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  38.11 
 
 
1076 aa  177  4e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1646  diguanylate phosphodiesterase  28.47 
 
 
501 aa  173  6.999999999999999e-42  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2811  EAL domain-containing protein  38.02 
 
 
538 aa  172  7.999999999999999e-42  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0278286 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5136  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.59 
 
 
897 aa  172  7.999999999999999e-42  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000208588 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1905  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.82 
 
 
568 aa  172  9e-42  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00246734  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0585  sensory box/GGDEF family protein  38.43 
 
 
689 aa  172  1e-41  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01143  conserved inner membrane protein  27.35 
 
 
507 aa  171  2e-41  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2325  hypothetical protein  28.7 
 
 
518 aa  171  2e-41  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.802767  hitchhiker  0.00255877 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01151  hypothetical protein  27.35 
 
 
507 aa  171  2e-41  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1264  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  27.35 
 
 
521 aa  171  3e-41  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0322571  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0517  sensory box/GGDEF family protein  37.6 
 
 
689 aa  170  4e-41  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0460  sensory box/GGDEF family protein  37.6 
 
 
689 aa  170  4e-41  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.193635  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0549  sensory box/GGDEF family protein  37.6 
 
 
689 aa  170  4e-41  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.7749100000000004e-26 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0548  sensory box/GGDEF family protein  37.6 
 
 
689 aa  170  4e-41  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2458  diguanylate phosphodiesterase  27.35 
 
 
521 aa  171  4e-41  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.577985  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0463  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.43 
 
 
689 aa  171  4e-41  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3569  sensory box protein  34.63 
 
 
1071 aa  170  5e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2480  diguanylate phosphodiesterase  27.35 
 
 
521 aa  170  6e-41  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0186873  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4753  sensory box/GGDEF family protein  38.02 
 
 
689 aa  169  7e-41  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.410613  hitchhiker  0.000000000267919 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5008  diguanylate phosphodiesterase  28.63 
 
 
534 aa  169  7e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5852  diguanylate phosphodiesterase  28.63 
 
 
534 aa  169  7e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1307  cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  27.35 
 
 
521 aa  169  8e-41  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.654083  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0624  sensory box/GGDEF family protein  37.6 
 
 
689 aa  169  9e-41  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0603  sensory box/GGDEF family protein  37.6 
 
 
702 aa  169  1e-40  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1268  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  26.4 
 
 
504 aa  169  1e-40  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.585411 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3868  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.28 
 
 
1021 aa  169  1e-40  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0383  hypothetical protein  27.03 
 
 
516 aa  169  1e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0298247  normal  0.0200463 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4193  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.69 
 
 
703 aa  169  1e-40  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.950963  normal  0.519215 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0463  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.9 
 
 
577 aa  168  2e-40  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1481  diguanylate phosphodiesterase  28.47 
 
 
518 aa  168  2e-40  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0849847  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2314  hypothetical protein  28.47 
 
 
518 aa  168  2e-40  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0404  EAL domain protein  29.8 
 
 
538 aa  168  2e-40  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0754229  normal  0.162888 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0782  hypothetical protein  28.47 
 
 
518 aa  168  2e-40  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2772  hypothetical protein  28.54 
 
 
518 aa  168  2e-40  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0456  sensory box/GGDEF family protein  37.19 
 
 
689 aa  168  2e-40  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1471  hypothetical protein  28.47 
 
 
518 aa  168  2e-40  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000861353  normal  0.0219942 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2920  diguanylate phosphodiesterase  27.37 
 
 
511 aa  168  2e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0937134  normal  0.688785 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3314  hypothetical protein  28.47 
 
 
497 aa  168  2e-40  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0795943  normal  0.253919 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0134  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.07 
 
 
1077 aa  168  2e-40  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.0105152 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0128  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.07 
 
 
1077 aa  168  2e-40  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.184244 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4327  diguanylate phosphodiesterase  28.29 
 
 
534 aa  168  2.9999999999999998e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0532926 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03877  Putative signal protein with EAL domain  34.62 
 
 
374 aa  167  2.9999999999999998e-40  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2474  hypothetical protein  28.47 
 
 
518 aa  168  2.9999999999999998e-40  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.505117  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0374  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain-containing protein  26.83 
 
 
516 aa  167  2.9999999999999998e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.0285785 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02106  hypothetical protein  28.47 
 
 
518 aa  167  4e-40  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02065  hypothetical protein  28.47 
 
 
518 aa  167  4e-40  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1089  diguanylate phosphodiesterase  25.63 
 
 
512 aa  167  4e-40  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.725575  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0436  cyclic diguanylate phosphodiesterase  26.63 
 
 
516 aa  167  4e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0237258  hitchhiker  0.0000188077 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3319  sensory box protein  36.82 
 
 
733 aa  166  5.9999999999999996e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0669106 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5097  EAL domain-containing protein  38.4 
 
 
542 aa  167  5.9999999999999996e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.217688 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2262  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.45 
 
 
853 aa  166  5.9999999999999996e-40  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0397  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.5 
 
 
818 aa  166  5.9999999999999996e-40  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0133  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.07 
 
 
1077 aa  166  5.9999999999999996e-40  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.0355057 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0596  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.7 
 
 
1471 aa  166  6.9999999999999995e-40  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2783  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  34.32 
 
 
1101 aa  166  6.9999999999999995e-40  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5218  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.34 
 
 
580 aa  166  6.9999999999999995e-40  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0126538 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05545  sensory transduction protein kinase  28.36 
 
 
506 aa  166  9e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1286  hypothetical protein  36.33 
 
 
521 aa  166  9e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0131  EAL domain containing protein  35.35 
 
 
535 aa  166  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0148  EAL domain-containing protein  38.67 
 
 
535 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0849  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.4 
 
 
593 aa  166  1.0000000000000001e-39  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.386146  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0596  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.14 
 
 
965 aa  166  1.0000000000000001e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.694888  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0820  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.4 
 
 
593 aa  166  1.0000000000000001e-39  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5086  diguanylate phosphodiesterase  29.01 
 
 
546 aa  166  1.0000000000000001e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1429  GGDEF domain-containing protein  36.51 
 
 
894 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0869668  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3702  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.25 
 
 
863 aa  165  2.0000000000000002e-39  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.170309 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0376  cyclic diguanylate phosphodiesterase (EAL) domain protein  26.63 
 
 
516 aa  164  2.0000000000000002e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000844741  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7217  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.35 
 
 
980 aa  165  2.0000000000000002e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.249898  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14530  hypothetical protein  35.21 
 
 
523 aa  165  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0146  EAL domain-containing protein  38.28 
 
 
532 aa  165  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.85827  normal  0.927101 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2448  sensory box protein  37.35 
 
 
1036 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1563  diguanylate phosphodiesterase  35.54 
 
 
505 aa  164  3e-39  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.0699243 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4577  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.04 
 
 
797 aa  164  3e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00450628 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06253  sensory transduction protein kinase  38.4 
 
 
763 aa  164  3e-39  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0138  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  35.25 
 
 
1074 aa  164  4.0000000000000004e-39  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0048  EAL  36.94 
 
 
538 aa  164  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.215998 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2992  diguanylate phosphodiesterase  29.66 
 
 
522 aa  164  4.0000000000000004e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.748885 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1108  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.88 
 
 
596 aa  164  4.0000000000000004e-39  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0147764  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3236  diguanylate phosphodiesterase  28.4 
 
 
546 aa  164  4.0000000000000004e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.406194 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3532  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.74 
 
 
744 aa  164  5.0000000000000005e-39  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.543005 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3337  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  38.02 
 
 
1020 aa  164  5.0000000000000005e-39  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0133  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  35.25 
 
 
1074 aa  163  6e-39  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1355  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.48 
 
 
929 aa  163  6e-39  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.968718  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1893  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with Chase sensor  35.48 
 
 
865 aa  163  6e-39  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.64169e-22 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>