More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VEA_001062 on replicon NC_013457
Organism: Vibrio sp. Ex25



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013457  VEA_001062  vibrioferrin decarboxylase protein PvsE  100 
 
 
400 aa  831    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1275  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  57.64 
 
 
421 aa  467  9.999999999999999e-131  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.548043  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3140  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  56.41 
 
 
392 aa  456  1e-127  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3096  diaminopimelate decarboxylase  56.52 
 
 
394 aa  422  1e-117  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.294938  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09300  diaminopimelate decarboxylase  56.01 
 
 
396 aa  400  9.999999999999999e-111  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.000620759  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01927  diaminopimelate decarboxylase  53.62 
 
 
398 aa  389  1e-107  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4782  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  48.47 
 
 
408 aa  367  1e-100  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.49913  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0717  diaminopimelate decarboxylase  47.12 
 
 
402 aa  341  1e-92  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.0591874 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2585  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2:Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  45.06 
 
 
402 aa  334  2e-90  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.126508  decreased coverage  0.000677908 
 
 
-
 
NC_003296  RS00881  diaminopimelate decarboxylase protein  44.53 
 
 
413 aa  332  7.000000000000001e-90  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0145136  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2676  Diaminopimelate decarboxylase  44.84 
 
 
418 aa  332  8e-90  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.438266  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1110  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  43.42 
 
 
397 aa  323  3e-87  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.585964  normal  0.770001 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0114  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  42.03 
 
 
400 aa  322  6e-87  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0110  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  42.03 
 
 
400 aa  322  6e-87  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0584  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  41.11 
 
 
405 aa  303  4.0000000000000003e-81  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000391397  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4867  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  42.44 
 
 
373 aa  288  1e-76  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00155396  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8366  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  42.78 
 
 
392 aa  267  2e-70  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6954  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  38.01 
 
 
403 aa  266  5e-70  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.160275  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2972  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  40.41 
 
 
362 aa  264  2e-69  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.980745 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3735  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  37.63 
 
 
388 aa  247  3e-64  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0413562  normal  0.130406 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4053  diaminopimelate decarboxylase  34.81 
 
 
484 aa  174  2.9999999999999996e-42  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1392  pyridoxal-dependent decarboxylase, exosortase system type 1 associated  30.84 
 
 
415 aa  172  6.999999999999999e-42  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0214918  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2019  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  31.79 
 
 
419 aa  169  6e-41  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.225254 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2528  pyridoxal-dependent decarboxylase, exosortase system type 1 associated  30.34 
 
 
416 aa  169  1e-40  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.0397628 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0136  pyridoxal-dependent decarboxylase, exosortase system type 1 associated  30.59 
 
 
402 aa  164  3e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1957  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  29.6 
 
 
410 aa  162  9e-39  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.47769  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2669  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  30.26 
 
 
410 aa  162  1e-38  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.499942  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2435  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  31.37 
 
 
412 aa  161  2e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1565  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  29.03 
 
 
411 aa  158  1e-37  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0421  putative Orn/DAP/Arg decarboxylase  30.05 
 
 
402 aa  158  2e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0126  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  30.29 
 
 
411 aa  157  3e-37  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3255  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  29.95 
 
 
415 aa  156  5.0000000000000005e-37  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0700  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  31.45 
 
 
414 aa  156  7e-37  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7006  pyridoxal-dependent decarboxylase, exosortase system type 1 associated  30.45 
 
 
408 aa  152  8.999999999999999e-36  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0015439 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3620  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  28.35 
 
 
429 aa  152  1e-35  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0244678 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0113  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  28.98 
 
 
442 aa  152  1e-35  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0528354  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3425  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  28.72 
 
 
431 aa  150  6e-35  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.569361  normal  0.792047 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3879  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  30.96 
 
 
508 aa  149  8e-35  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00597643  normal  0.0295865 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4274  pyridoxal-dependent decarboxylase, exosortase system type 1 associated  30.29 
 
 
402 aa  148  2.0000000000000003e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000282467 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0663  diaminopimelate decarboxylase  31.64 
 
 
453 aa  148  2.0000000000000003e-34  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.897652 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1835  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  29.55 
 
 
430 aa  147  3e-34  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.59311  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3734  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  28.72 
 
 
428 aa  146  6e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0098  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  29.54 
 
 
440 aa  144  2e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2078  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  28.97 
 
 
428 aa  143  6e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.192664  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2511  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  27.11 
 
 
416 aa  142  8e-33  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0390  diaminopimelate decarboxylase  29.58 
 
 
414 aa  142  9e-33  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.584204  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4030  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  28.53 
 
 
413 aa  142  9.999999999999999e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.157056  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4492  putative pyridoxal-dependent decarboxylase  29.76 
 
 
415 aa  141  1.9999999999999998e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.799972  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0377  diaminopimelate decarboxylase  28 
 
 
414 aa  139  8.999999999999999e-32  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3805  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  27.97 
 
 
404 aa  138  1e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1929  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  30.99 
 
 
409 aa  139  1e-31  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0336  diaminopimelate decarboxylase  27.13 
 
 
402 aa  137  3.0000000000000003e-31  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1665  diaminopimelate decarboxylase  27.06 
 
 
399 aa  137  4e-31  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2337  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  31.27 
 
 
408 aa  137  4e-31  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0359  diaminopimelate decarboxylase  27.13 
 
 
402 aa  136  6.0000000000000005e-31  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.604138  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1651  diaminopimelate decarboxylase  26.86 
 
 
402 aa  136  6.0000000000000005e-31  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.0000231454  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0486  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  28.31 
 
 
417 aa  136  8e-31  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.252649  normal  0.657753 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2420  diaminopimelate decarboxylase  27.42 
 
 
417 aa  134  3.9999999999999996e-30  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  1.04804e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3634  diaminopimelate decarboxylase  28 
 
 
414 aa  133  6e-30  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.239025  normal  0.49264 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0391  diaminopimelate decarboxylase  28 
 
 
414 aa  133  6.999999999999999e-30  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0390  diaminopimelate decarboxylase  28 
 
 
414 aa  132  9e-30  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4130  diaminopimelate decarboxylase  27.89 
 
 
414 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.638139 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4309  diaminopimelate decarboxylase  27.93 
 
 
414 aa  132  2.0000000000000002e-29  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1301  diaminopimelate decarboxylase  27.56 
 
 
412 aa  131  2.0000000000000002e-29  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0444  diaminopimelate decarboxylase  28.39 
 
 
414 aa  132  2.0000000000000002e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.249159  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0322  diaminopimelate decarboxylase  26.47 
 
 
414 aa  130  3e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.475449  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2332  diaminopimelate decarboxylase  27.86 
 
 
384 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.247782  normal  0.140029 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3135  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  30.16 
 
 
404 aa  129  6e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0167539  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1775  diaminopimelate decarboxylase  28.84 
 
 
447 aa  130  6e-29  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1588  diaminopimelate decarboxylase  28.76 
 
 
407 aa  129  1.0000000000000001e-28  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0353  diaminopimelate decarboxylase  28.42 
 
 
416 aa  128  2.0000000000000002e-28  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00862567 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1290  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  26.18 
 
 
414 aa  125  9e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1746  diaminopimelate decarboxylase  27.03 
 
 
435 aa  125  1e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.147436  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3897  diaminopimelate decarboxylase  28.25 
 
 
414 aa  125  1e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.024639 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3974  diaminopimelate decarboxylase  28.25 
 
 
414 aa  125  2e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1499  diaminopimelate decarboxylase  27.54 
 
 
416 aa  125  2e-27  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00000178536  normal  0.848919 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3996  diaminopimelate decarboxylase  28.25 
 
 
414 aa  124  3e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.950752  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4090  diaminopimelate decarboxylase  28.25 
 
 
414 aa  124  3e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.0466551 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1648  diaminopimelate decarboxylase  28.02 
 
 
417 aa  123  6e-27  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00420158  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0522  diaminopimelate decarboxylase  26.4 
 
 
420 aa  123  6e-27  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000495897  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1362  diaminopimelate decarboxylase  26.67 
 
 
401 aa  123  7e-27  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.884156  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0226  diaminopimelate decarboxylase  27.55 
 
 
414 aa  122  9.999999999999999e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.148169 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0976  diaminopimelate decarboxylase  28.61 
 
 
416 aa  121  1.9999999999999998e-26  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.351187  normal  0.117285 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1109  diaminopimelate decarboxylase  28.38 
 
 
418 aa  121  1.9999999999999998e-26  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4070  diaminopimelate decarboxylase  29.13 
 
 
427 aa  121  1.9999999999999998e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1468  diaminopimelate decarboxylase  28.72 
 
 
423 aa  122  1.9999999999999998e-26  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0086  diaminopimelate decarboxylase  27.08 
 
 
432 aa  120  3e-26  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG2188  diaminopimelate decarboxylase  29.25 
 
 
382 aa  120  3e-26  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1439  diaminopimelate decarboxylase  26.96 
 
 
412 aa  121  3e-26  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2472  diaminopimelate decarboxylase  24.15 
 
 
412 aa  120  3.9999999999999996e-26  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.255967  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4218  diaminopimelate decarboxylase  28.87 
 
 
427 aa  120  3.9999999999999996e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.15741  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0486  diaminopimelate decarboxylase  25.94 
 
 
414 aa  120  4.9999999999999996e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.012167  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_17190  diaminopimelate decarboxylase  25.32 
 
 
395 aa  120  6e-26  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.479032  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3139  diaminopimelate decarboxylase  27.22 
 
 
419 aa  119  7e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.167339  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002110  diaminopimelate decarboxylase  27.2 
 
 
417 aa  119  7e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1724  diaminopimelate decarboxylase  28.19 
 
 
435 aa  119  7.999999999999999e-26  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3583  diaminopimelate decarboxylase  29.22 
 
 
414 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4193  diaminopimelate decarboxylase  28.61 
 
 
427 aa  119  9.999999999999999e-26  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4073  diaminopimelate decarboxylase  26.72 
 
 
415 aa  119  9.999999999999999e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0696  diaminopimelate decarboxylase  27.08 
 
 
431 aa  119  9.999999999999999e-26  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>