More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VEA_000744 on replicon NC_013457
Organism: Vibrio sp. Ex25



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013457  VEA_000744  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  100 
 
 
248 aa  504  9.999999999999999e-143  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04905  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  68.58 
 
 
225 aa  314  8e-85  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0953  lytic transglycosylase, catalytic  46.15 
 
 
556 aa  143  3e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1995  lytic transglycosylase, catalytic  51.39 
 
 
539 aa  142  4e-33  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0964783  normal  0.42715 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1537  lytic transglycosylase, catalytic  43.79 
 
 
580 aa  140  1.9999999999999998e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.324928  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01980  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  41.18 
 
 
554 aa  140  3e-32  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.531039  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1998  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  41.82 
 
 
552 aa  136  3.0000000000000003e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3715  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  41.34 
 
 
530 aa  136  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.284464  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2063  lytic transglycosylase, catalytic  45.89 
 
 
498 aa  136  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.829079  normal  0.0945255 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1760  peptidoglycan-binding LysM:SLT:MLTD_N  41.34 
 
 
534 aa  136  4e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.721447 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1378  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  48.61 
 
 
495 aa  135  8e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1320  peptidoglycan-binding LysM:lytic transglycosylase, catalytic  43.71 
 
 
512 aa  135  8e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000367153  normal  0.0421613 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2022  lytic transglycosylase, catalytic  47.68 
 
 
518 aa  135  8e-31  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000299101  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1894  lytic transglycosylase, catalytic  44.52 
 
 
553 aa  134  9.999999999999999e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0630277  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1189  SLT:MLTD_N  47.92 
 
 
507 aa  133  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.103616 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0087  Lytic transglycosylase catalytic  42.37 
 
 
620 aa  134  1.9999999999999998e-30  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2028  membrane-bound lytic murein transglycosylase, putative  46.53 
 
 
562 aa  133  3e-30  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0421  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  45.16 
 
 
612 aa  133  3e-30  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0583  Lytic transglycosylase catalytic  45.16 
 
 
612 aa  133  3e-30  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1730  MLTD_N domain protein  45.81 
 
 
516 aa  132  3.9999999999999996e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0587435  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4145  lytic murein transglycosylase D  42.77 
 
 
476 aa  132  5e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.895478  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1516  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase-like lipoprotein  45.81 
 
 
451 aa  132  6e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.892802  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3484  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  45.89 
 
 
515 aa  132  6e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0499239  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1720  MltD domain-containing protein  42.77 
 
 
476 aa  132  6e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.131331  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2038  MLTD_N domain protein  45.81 
 
 
516 aa  132  6.999999999999999e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.464579  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41090  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  47.14 
 
 
534 aa  131  7.999999999999999e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2787  membrane-bound lytic murein transglycosylase D, putative  45.16 
 
 
531 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.0000000442386  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0499  lytic transglycosylase, catalytic  41.04 
 
 
524 aa  130  2.0000000000000002e-29  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0979868 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1259  lytic transglycosylase catalytic  42.51 
 
 
525 aa  129  3e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  decreased coverage  0.00000000373485  normal  0.0984249 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1469  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  44.52 
 
 
530 aa  129  3e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.554784  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2032  lytic transglycosylase catalytic  42.51 
 
 
528 aa  129  3e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  decreased coverage  0.00000000277955  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1499  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  44.52 
 
 
530 aa  129  3e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.261564  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3470  MltD domain-containing protein  45.21 
 
 
473 aa  129  3e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.898295  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1177  lytic transglycosylase catalytic  42.51 
 
 
529 aa  129  3e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  unclonable  0.00000000111267  normal  0.0154135 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0807  lytic transglycosylase, catalytic  42.51 
 
 
525 aa  129  3e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  unclonable  0.0000000488034  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3717  MltD domain-containing protein  45.21 
 
 
476 aa  129  3e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1165  lytic transglycosylase, catalytic  42.51 
 
 
529 aa  129  3e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.00000346061  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1288  lytic transglycosylase, catalytic  42.51 
 
 
525 aa  129  3e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  unclonable  0.000000000451956  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0559  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase D  44.52 
 
 
530 aa  129  4.0000000000000003e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0766  membrane-bound lytic murein transglycosylase D, putative  44.52 
 
 
530 aa  129  4.0000000000000003e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1276  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase D  44.52 
 
 
530 aa  129  4.0000000000000003e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.633105  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0592  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase D  44.52 
 
 
553 aa  129  4.0000000000000003e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1603  putative exported transglycosylase protein  44.52 
 
 
552 aa  129  4.0000000000000003e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2183  lytic transglycosylase, catalytic  45.21 
 
 
492 aa  129  6e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.96919  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00204  predicted membrane-bound lytic murein transglycosylase D  43.75 
 
 
452 aa  128  9.000000000000001e-29  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.133928  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0225  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  43.75 
 
 
406 aa  128  9.000000000000001e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.459174  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3454  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  43.75 
 
 
452 aa  128  9.000000000000001e-29  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00209  hypothetical protein  43.75 
 
 
452 aa  128  9.000000000000001e-29  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.133083  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0207  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  43.75 
 
 
452 aa  128  9.000000000000001e-29  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0223  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  43.75 
 
 
406 aa  128  9.000000000000001e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0216  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  43.75 
 
 
452 aa  128  9.000000000000001e-29  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.806422  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0215  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  43.75 
 
 
452 aa  128  9.000000000000001e-29  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00533886  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1123  hypothetical protein  39.16 
 
 
442 aa  127  1.0000000000000001e-28  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1257  hypothetical protein  39.52 
 
 
479 aa  127  1.0000000000000001e-28  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1403  membrane-bound lytic murein transglycosylase  44.52 
 
 
401 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1256  hypothetical protein  39.52 
 
 
479 aa  127  2.0000000000000002e-28  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0304  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  37.77 
 
 
455 aa  127  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0290  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  37.77 
 
 
406 aa  127  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.720037 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0871  lytic transglycosylase catalytic  43.23 
 
 
561 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.000448288  normal  0.420997 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0285  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  37.77 
 
 
406 aa  127  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0283  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  37.77 
 
 
406 aa  127  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.632709  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0298  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  37.77 
 
 
406 aa  127  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.349591  normal  0.759355 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29630  Peptidoglycan-binding LysM:SLT:MLTD_N domain protein  40.24 
 
 
446 aa  126  3e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0925428  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1127  hypothetical protein  39.16 
 
 
442 aa  126  3e-28  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4430  lytic transglycosylase like protein  41.92 
 
 
524 aa  126  3e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000000408016  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1976  Lytic transglycosylase catalytic  44.52 
 
 
504 aa  126  3e-28  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1742  lytic transglycosylase, catalytic  44.52 
 
 
504 aa  126  3e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.785643  normal  0.0879149 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1482  lytic transglycosylase, catalytic  43.23 
 
 
518 aa  126  4.0000000000000003e-28  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00124104  normal  0.157348 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2278  lytic transglycosylase, catalytic  45.16 
 
 
467 aa  125  5e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1829  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  44.19 
 
 
532 aa  125  5e-28  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1988  lytic transglycosylase, catalytic  46.71 
 
 
474 aa  125  5e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.49985  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1677  lytic transglycosylase, catalytic  45.03 
 
 
524 aa  125  6e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.728963 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0590  lytic transglycosylase, catalytic  43.87 
 
 
515 aa  125  7e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.76249 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2186  peptidoglycan-binding LysM:lytic transglycosylase, catalytic:MLTD_N  42.51 
 
 
557 aa  124  1e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1205  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  47.62 
 
 
426 aa  124  1e-27  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.627815  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2744  Lytic transglycosylase catalytic  41.14 
 
 
448 aa  124  1e-27  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  decreased coverage  6.42143e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2205  lytic transglycosylase, catalytic  42.51 
 
 
570 aa  124  1e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.803173  normal  0.257061 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2208  lytic transglycosylase, catalytic  44.37 
 
 
517 aa  124  1e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.738412  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0411  Lytic transglycosylase catalytic  44.76 
 
 
447 aa  123  2e-27  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000674118  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4898  lytic transglycosylase catalytic  43.23 
 
 
511 aa  123  3e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1857  lytic transglycosylase, catalytic  47.18 
 
 
485 aa  123  3e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0420  Slt family transglycosylase  44.14 
 
 
487 aa  122  4e-27  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00605393  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1051  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  35.58 
 
 
459 aa  122  4e-27  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.550893  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1767  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  44.14 
 
 
499 aa  122  4e-27  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.247006  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1583  lytic transglycosylase, catalytic  44.3 
 
 
1079 aa  122  4e-27  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.000168341  normal  0.0166212 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1461  lytic transglycosylase, catalytic  42.17 
 
 
509 aa  122  4e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.0063107  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1105  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  35.58 
 
 
472 aa  122  4e-27  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2337  Lytic transglycosylase catalytic  43.87 
 
 
538 aa  122  5e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.627607  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1254  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  41.94 
 
 
564 aa  122  5e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.000724921  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2870  Lytic transglycosylase catalytic  41.94 
 
 
564 aa  122  6e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.00000269929  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1988  lytic transglycosylase, catalytic  38.07 
 
 
519 aa  122  6e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.010206  hitchhiker  0.00147511 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0908  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  34.47 
 
 
475 aa  122  7e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0745  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  41.67 
 
 
455 aa  121  9e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.551604  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1701  lytic transglycosylase catalytic  41.94 
 
 
548 aa  121  9.999999999999999e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000779386  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2686  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  38.82 
 
 
395 aa  120  9.999999999999999e-27  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.83719  normal  0.0402839 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3139  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  41.67 
 
 
457 aa  121  9.999999999999999e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.336186  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2530  membrane-bound lytic murein transglycosylase D, putative  41.94 
 
 
547 aa  120  1.9999999999999998e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.171076  normal  0.494902 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1973  lytic transglycosylase catalytic  39.88 
 
 
578 aa  120  1.9999999999999998e-26  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.203467 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2115  lytic transglycosylase, catalytic  39.02 
 
 
511 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000101549  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2728  Lytic transglycosylase catalytic  38.71 
 
 
547 aa  120  1.9999999999999998e-26  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>