More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VEA_000711 on replicon NC_013457
Organism: Vibrio sp. Ex25



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013457  VEA_000711  enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (FMN)  100 
 
 
356 aa  738    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.00491947  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1940  2-nitropropane dioxygenase, NPD  66.37 
 
 
348 aa  492  9.999999999999999e-139  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0127053 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2656  2-nitropropane dioxygenase NPD  64.69 
 
 
352 aa  472  1e-132  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.0351221 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1878  2-nitropropane dioxygenase, NPD  60.5 
 
 
361 aa  446  1.0000000000000001e-124  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.842086 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3371  2-nitropropane dioxygenase, NPD  58.89 
 
 
354 aa  417  9.999999999999999e-116  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.940632  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2734  putative oxidoreductase protein  57.06 
 
 
348 aa  416  9.999999999999999e-116  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3814  2-nitropropane dioxygenase NPD  58.31 
 
 
349 aa  412  1e-114  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2774  2-nitropropane dioxygenase, NPD  58.75 
 
 
344 aa  412  1e-114  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.0462503 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4010  2-nitropropane dioxygenase NPD  57.73 
 
 
349 aa  409  1e-113  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3888  2-nitropropane dioxygenase NPD  58.31 
 
 
349 aa  409  1e-113  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_3902  2-nitropropane dioxygenase, NPD  58.53 
 
 
346 aa  410  1e-113  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.721372  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0445  2-nitropropane dioxygenase NPD  58.31 
 
 
349 aa  410  1e-113  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0471  dioxygenase  57.06 
 
 
359 aa  403  1e-111  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3247  dioxygenase  60.59 
 
 
352 aa  401  1e-111  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0319665  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0476  2-nitropropane dioxygenase, NPD  56.47 
 
 
353 aa  403  1e-111  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3554  2-nitropropane dioxygenase, NPD  56.47 
 
 
353 aa  399  9.999999999999999e-111  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.138776 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0474  2-nitropropane dioxygenase, NPD  56.1 
 
 
353 aa  397  1e-109  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0562  2-nitropropane dioxygenase, NPD  56.2 
 
 
378 aa  394  1e-108  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000315665 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1908  2-nitropropane dioxygenase, NPD  56.85 
 
 
350 aa  392  1e-108  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.430969  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3305  2-nitropropane dioxygenase NPD  58.36 
 
 
352 aa  391  1e-108  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.830845  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3007  2-nitropropane dioxygenase NPD  59.01 
 
 
353 aa  368  1e-101  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2940  2-nitropropane dioxygenase, NPD  53.1 
 
 
353 aa  364  1e-99  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.917216  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2972  oxidoreductase, 2-nitropropane dioxygenase family  52.21 
 
 
359 aa  355  6.999999999999999e-97  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.24605  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2755  2-nitropropane dioxygenase, NPD  52.51 
 
 
359 aa  354  1e-96  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0669905  normal  0.0255247 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3196  2-nitropropane dioxygenase NPD  51.92 
 
 
358 aa  352  7e-96  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5538  2-nitropropane dioxygenase NPD  50.89 
 
 
364 aa  349  4e-95  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.485511  normal  0.0535988 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3542  2-nitropropane dioxygenase NPD  51.33 
 
 
361 aa  348  1e-94  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0130805 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6840  2-nitropropane dioxygenase NPD  51.48 
 
 
361 aa  342  5.999999999999999e-93  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.437449  normal  0.0843125 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3827  hypothetical protein  51.76 
 
 
361 aa  338  7e-92  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.321595 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1943  2-nitropropane dioxygenase, NPD  52.4 
 
 
361 aa  337  1.9999999999999998e-91  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2091  2-nitropropane dioxygenase NPD  50.47 
 
 
362 aa  332  7.000000000000001e-90  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4714  putative 2-nitropropane dioxygenase  47.67 
 
 
358 aa  328  1.0000000000000001e-88  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.436841  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2259  2-nitropropane dioxygenase, NPD  48.08 
 
 
371 aa  326  4.0000000000000003e-88  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.392208 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3082  2-nitropropane dioxygenase, NPD  48.52 
 
 
354 aa  324  2e-87  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.926981  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4822  2-nitropropane dioxygenase NPD  49.7 
 
 
356 aa  319  6e-86  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3745  2-nitropropane dioxygenase NPD  49.7 
 
 
356 aa  319  6e-86  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3522  2-nitropropane dioxygenase NPD  47.02 
 
 
358 aa  313  2.9999999999999996e-84  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0118514  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4738  2-nitropropane dioxygenase NPD  49.56 
 
 
350 aa  312  5.999999999999999e-84  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.217628  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4565  2-nitropropane dioxygenase NPD  46.67 
 
 
381 aa  310  2.9999999999999997e-83  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.190968 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0781  2-nitropropane dioxygenase, NPD  48.07 
 
 
382 aa  308  1.0000000000000001e-82  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.267134  normal  0.0688656 
 
 
-
 
NC_003296  RS05464  oxidoreductase protein  47.75 
 
 
362 aa  306  4.0000000000000004e-82  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.103651 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3019  2-nitropropane dioxygenase, NPD  46.88 
 
 
358 aa  304  1.0000000000000001e-81  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.978745 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0817  2-nitropropane dioxygenase NPD  47.81 
 
 
356 aa  304  2.0000000000000002e-81  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2278  2-nitropropane dioxygenase, NPD  46.13 
 
 
356 aa  303  3.0000000000000004e-81  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0823525  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3454  2-nitropropane dioxygenase, NPD  48.37 
 
 
356 aa  303  3.0000000000000004e-81  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5374  2-nitropropane dioxygenase NPD  48.37 
 
 
356 aa  303  3.0000000000000004e-81  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.143868  normal  0.0855179 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4912  2-nitropropane dioxygenase, NPD  48.37 
 
 
356 aa  303  3.0000000000000004e-81  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.688478 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5278  2-nitropropane dioxygenase NPD  49.27 
 
 
350 aa  303  4.0000000000000003e-81  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4343  2-nitropropane dioxygenase, NPD  47.62 
 
 
354 aa  301  1e-80  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.147109  hitchhiker  0.000436527 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2433  2-nitropropane dioxygenase, NPD  45.83 
 
 
358 aa  300  2e-80  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.769638  normal  0.0464074 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5205  2-nitropropane dioxygenase NPD  48.51 
 
 
350 aa  291  2e-77  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.512596  normal  0.256944 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1015  2-nitropropane dioxygenase, NPD  43.44 
 
 
367 aa  285  5.999999999999999e-76  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2147  2-nitropropane dioxygenase NPD  43.95 
 
 
354 aa  269  5.9999999999999995e-71  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1549  2-nitropropane dioxygenase NPD  40.06 
 
 
366 aa  227  3e-58  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.486705  normal  0.142209 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5128  2-nitropropane dioxygenase, NPD  37.94 
 
 
376 aa  222  8e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.241888  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6375  2-nitropropane dioxygenase NPD  36.47 
 
 
353 aa  222  8e-57  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09580  hypothetical protein  38.24 
 
 
351 aa  219  3.9999999999999997e-56  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0896  hypothetical protein  37.96 
 
 
351 aa  216  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.467811  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7097  2-nitropropane dioxygenase NPD  40.26 
 
 
366 aa  216  4e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3310  2-nitropropane dioxygenase, NPD  37.25 
 
 
350 aa  216  5e-55  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4574  2-nitropropane dioxygenase NPD  37.5 
 
 
360 aa  215  9e-55  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6745  2-nitropropane dioxygenase NPD  38.26 
 
 
367 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.566568 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3136  2-nitropropane dioxygenase, NPD  39.02 
 
 
351 aa  215  9.999999999999999e-55  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.278577  normal  0.604759 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1628  2-nitropropane dioxygenase NPD  40.4 
 
 
366 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.879013 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2942  2-nitropropane dioxygenase NPD  38.9 
 
 
350 aa  214  2.9999999999999995e-54  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1606  2-nitropropane dioxygenase, NPD  40.4 
 
 
366 aa  212  7.999999999999999e-54  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.433617  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4869  2-nitropropane dioxygenase, NPD  40.4 
 
 
366 aa  211  1e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.171146 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1318  2-nitropropane dioxygenase NPD  40 
 
 
354 aa  210  3e-53  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3992  2-nitropropane dioxygenase, NPD  37.57 
 
 
361 aa  210  4e-53  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0279  2-nitropropane dioxygenase NPD  37.54 
 
 
357 aa  204  1e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8522  2-nitropropane dioxygenase NPD  42.61 
 
 
351 aa  201  9.999999999999999e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4144  2-nitropropane dioxygenase NPD  39.65 
 
 
366 aa  202  9.999999999999999e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1418  2-nitropropane dioxygenase NPD  38 
 
 
357 aa  201  1.9999999999999998e-50  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.382357  normal  0.0781529 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2459  2-nitropropane dioxygenase, NPD  35.14 
 
 
353 aa  199  7e-50  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.36207 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0937  2-nitropropane dioxygenase NPD  36.7 
 
 
355 aa  198  9e-50  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0919  2-nitropropane dioxygenase, NPD  36.7 
 
 
355 aa  198  9e-50  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1290  2-nitropropane dioxygenase NPD  35.65 
 
 
378 aa  194  2e-48  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.62886  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3924  nitropropane dioxygenase  34.04 
 
 
363 aa  192  1e-47  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0756  2-nitropropane dioxygenase NPD  37.64 
 
 
355 aa  190  4e-47  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00998877 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0271  2-nitropropane dioxygenase, NPD  38.76 
 
 
365 aa  188  1e-46  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1526  2-nitropropane dioxygenase  34.72 
 
 
364 aa  187  3e-46  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0207  2-nitropropane dioxygenase NPD  37.35 
 
 
356 aa  187  3e-46  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1419  nitropropane dioxygenase  34.34 
 
 
363 aa  185  1.0000000000000001e-45  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1483  2-nitropropane dioxygenase  34.72 
 
 
364 aa  184  2.0000000000000003e-45  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1255  2-nitropropane dioxygenase (nitroalkane oxidase)  34.21 
 
 
364 aa  184  2.0000000000000003e-45  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1257  2-nitropropane dioxygenase (nitroalkane oxidase)  34.12 
 
 
364 aa  184  2.0000000000000003e-45  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2392  2-nitropropane dioxygenase NPD  36.42 
 
 
363 aa  184  2.0000000000000003e-45  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.895701 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1457  2-nitropropane dioxygenase  33.91 
 
 
365 aa  184  2.0000000000000003e-45  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.907571 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1088  2-nitropropane dioxygenase NPD  34.6 
 
 
363 aa  182  6e-45  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1283  2-nitropropane dioxygenase  33.62 
 
 
364 aa  182  7e-45  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1385  2-nitropropane dioxygenase  33.62 
 
 
364 aa  182  7e-45  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1140  hypothetical protein  35.19 
 
 
355 aa  181  1e-44  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1135  hypothetical protein  35.1 
 
 
350 aa  176  4e-43  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0188  2-nitropropane dioxygenase, NPD  38.35 
 
 
354 aa  175  9.999999999999999e-43  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1176  2-nitropropane dioxygenase, NPD  32.54 
 
 
348 aa  174  9.999999999999999e-43  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.829209  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0191  2-nitropropane dioxygenase, NPD  35.65 
 
 
359 aa  173  5e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3380  2-nitropropane dioxygenase, NPD  34.29 
 
 
359 aa  170  3e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3501  2-nitropropane dioxygenase, NPD  34.01 
 
 
356 aa  171  3e-41  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2684  2-nitropropane dioxygenase NPD  37.57 
 
 
344 aa  168  1e-40  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4328  putative 2-nitropropane dioxygenase  36.5 
 
 
368 aa  163  3e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>