More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VEA_000551 on replicon NC_013457
Organism: Vibrio sp. Ex25



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013457  VEA_000551  transcriptional regulator  100 
 
 		 304 aa  624  1e-178  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05338  transcriptional regulator  81.23 
 
 		 304 aa  484  1e-135  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2834  hypothetical protein  36.93 
 
 		 309 aa  223  3e-57  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2222  LysR family transcriptional regulator  35.88 
 
 		 314 aa  210  2e-53  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.176511  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3365  LysR family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 314 aa  209  6e-53  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.599311  normal  0.494502 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2551  LysR family transcriptional regulator  37 
 
 		 314 aa  203  3e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.521467  decreased coverage  0.00635729 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3164  LysR family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 314 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.293544  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1311  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 321 aa  161  1e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.20499  normal  0.840284 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4063  LysR family transcriptional regulator  32.55 
 
 		 310 aa  154  2e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.444174  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00455  transcriptional regulator  34.62 
 
 		 341 aa  154  2e-36  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0253  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 318 aa  150  4e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.88055 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001991  transcriptional regulator  33.92 
 
 		 314 aa  148  1.0000000000000001e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3889  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 300 aa  148  1.0000000000000001e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.246193  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2446  LysR family transcriptional regulator  31.8 
 
 		 327 aa  147  2.0000000000000003e-34  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3445  LysR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 322 aa  147  3e-34  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000626744  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3105  LysR family transcriptional regulator  31.77 
 
 		 302 aa  146  3e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.253115  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0253  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 320 aa  146  3e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0216  transcriptional regulator, LysR family  31.79 
 
 		 313 aa  146  5e-34  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000946054  normal  0.293728 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4244  LysR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 313 aa  145  6e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000170817  hitchhiker  0.00215615 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4123  LysR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 313 aa  145  8.000000000000001e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000527418  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002079  LysR-family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 313 aa  145  9e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3932  transcriptional regulator  31.13 
 
 		 311 aa  144  1e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00420556  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3734  LysR family transcriptional regulator  31.13 
 
 		 311 aa  144  1e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.457361 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3805  LysR family transcriptional regulator  31.13 
 
 		 311 aa  145  1e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.829403  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0214  LysR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 313 aa  145  1e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000152565  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3608  LysR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 309 aa  144  2e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.592433  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3589  LysR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 330 aa  144  2e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1036  transcriptional regulator of LysR family protein  32.99 
 
 		 313 aa  144  2e-33  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3679  transcriptional regulator, LysR family  33.57 
 
 		 306 aa  144  2e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3500  LysR family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 313 aa  144  3e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0910886  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2824  LysR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 302 aa  143  3e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1325  LysR family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 294 aa  142  8e-33  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.138863  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4143  LysR family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 318 aa  142  9.999999999999999e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00216178  hitchhiker  0.000662316 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00357  transcriptional regulator  32.34 
 
 		 323 aa  141  1.9999999999999998e-32  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2971  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  32.08 
 
 		 313 aa  141  1.9999999999999998e-32  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.554453  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2307  LysR family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 302 aa  140  3e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.975385  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4139  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 323 aa  140  3e-32  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0324  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 323 aa  140  3.9999999999999997e-32  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3382  LysR family transcriptional regulator  32 
 
 		 295 aa  139  7.999999999999999e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4718  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.38 
 
 		 300 aa  138  1e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3957  LysR family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 322 aa  138  1e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1485  LysR family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 314 aa  138  1e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.397513  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0296  transcriptional regulator, LysR family protein  31.05 
 
 		 327 aa  137  2e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.35272  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0163  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 432 aa  137  2e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000224126 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1167  LysR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 309 aa  136  3.0000000000000003e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.136839  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1094  LysR family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 304 aa  136  4e-31  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.154385 
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4108  LysR family transcriptional regulator  31.13 
 
 		 312 aa  136  4e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1528  LysR family transcriptional regulator  32.57 
 
 		 298 aa  135  6.0000000000000005e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1799  putative transcriptional regulator  30.64 
 
 		 304 aa  135  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1983  transcriptional regulator, LysR family protein  31.72 
 
 		 306 aa  135  6.0000000000000005e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1735  LysR family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 297 aa  135  7.000000000000001e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.73522  normal  0.158282 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4567  LysR family transcriptional regulator  30.54 
 
 		 332 aa  135  9e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.227329  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4324  LysR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 309 aa  134  9.999999999999999e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.122962  normal  0.0785819 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2535  transcriptional regulator, LysR family  29.87 
 
 		 307 aa  135  9.999999999999999e-31  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.799798 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0274  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 306 aa  134  9.999999999999999e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000255624 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21080  LysR family transcriptional activator  30.64 
 
 		 304 aa  134  9.999999999999999e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1092  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  30.77 
 
 		 300 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3446  LysR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 312 aa  134  1.9999999999999998e-30  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000932924  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3940  LysR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 310 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2165  LysR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 310 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0776573  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3495  regulatory protein, LysR  30.72 
 
 		 322 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.268712  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6977  LysR family transcriptional regulator  27.19 
 
 		 324 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2696  LysR family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 322 aa  134  3e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2005  transcriptional regulator, LysR family  31.8 
 
 		 298 aa  134  3e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.140319 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2409  LysR family transcriptional regulator  31.8 
 
 		 306 aa  132  6e-30  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6632  LysR family transcriptional regulator  30.33 
 
 		 310 aa  132  7.999999999999999e-30  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.946509  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3449  regulatory protein, LysR  32.04 
 
 		 326 aa  132  7.999999999999999e-30  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2991  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  29.82 
 
 		 321 aa  132  9e-30  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2046  LysR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 307 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.663633  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2305  LysR family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 316 aa  130  2.0000000000000002e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0089985 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2473  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.9 
 
 		 309 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.470422  normal  0.100008 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0076  LysR family transcriptional regulator  29.56 
 
 		 323 aa  130  2.0000000000000002e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1659  LysR family transcriptional regulator  32.68 
 
 		 314 aa  130  2.0000000000000002e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.337839  normal  0.66809 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0195  transcriptional regulator, LysR family  31.25 
 
 		 323 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0195  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 323 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3824  LysR family transcriptional regulator  32.24 
 
 		 319 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1164  LysR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 307 aa  130  3e-29  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0213908  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1811  transcriptional regulator, LysR family  32.03 
 
 		 297 aa  130  3e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.193528  hitchhiker  0.00243987 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0378  LysR family transcriptional regulator  31.08 
 
 		 298 aa  130  3e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007641  Rru_B0017  LysR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 301 aa  130  3e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3751  LysR family transcriptional regulator  32.24 
 
 		 319 aa  130  3e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3336  transcriptional regulator, LysR family  29.55 
 
 		 306 aa  130  3e-29  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.347566 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1317  transcriptional regulator, LysR family  32.78 
 
 		 304 aa  130  4.0000000000000003e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.631225  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0978  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 298 aa  129  4.0000000000000003e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00024266 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0095  transcriptional regulator, LysR family  29.25 
 
 		 323 aa  129  4.0000000000000003e-29  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.329429  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2685  putative transcriptional regulator  28.9 
 
 		 310 aa  129  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0437278  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2285  LysR family transcriptional regulator  31.05 
 
 		 306 aa  129  5.0000000000000004e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000341943  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4272  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 323 aa  129  5.0000000000000004e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0731118 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68550  LysR family transcriptional regulator  31.42 
 
 		 302 aa  129  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.505107 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0272  LysR family transcriptional regulator  30.21 
 
 		 305 aa  129  7.000000000000001e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00042007 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3695  LysR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 326 aa  129  7.000000000000001e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3641  LysR family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 297 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.165522  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1347  transcriptional regulator, LysR family  30.82 
 
 		 312 aa  129  8.000000000000001e-29  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0979  LysR family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 301 aa  129  8.000000000000001e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00025121 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3150  LysR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 299 aa  129  9.000000000000001e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.266522  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2064  LysR family transcriptional regulator  31.05 
 
 		 306 aa  129  9.000000000000001e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0265  LysR family transcriptional regulator  30.46 
 
 		 312 aa  129  9.000000000000001e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000318169 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5286  transcriptional regulator LysR family  30.17 
 
 		 333 aa  129  9.000000000000001e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.155705  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4556  LysR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 321 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3949  LysR family transcriptional regulator  32.24 
 
 		 319 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>