205 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VEA_000400 on replicon NC_013457
Organism: Vibrio sp. Ex25



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013457  VEA_000400  ABC transporter substrate-binding protein  100 
 
 		 414 aa  862    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1835  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid-binding protein  71.43 
 
 		 415 aa  640    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.133741  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2607  putative branched-chain amino acid ABC transporter  70.29 
 
 		 414 aa  629  1e-179  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3133  putative branched-chain amino acid ABC transporter  71.17 
 
 		 415 aa  615  1e-175  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.401616  normal  0.899973 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3413  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid-binding protein  69.32 
 
 		 419 aa  602  1.0000000000000001e-171  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3506  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  65.05 
 
 		 408 aa  548  1e-155  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4179  putative branched-chain amino acid ABC transport system substrate-binding protein  48.24 
 
 		 438 aa  423  1e-117  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1566  putative branched-chain amino acid ABC transport system substrate-binding protein  47.54 
 
 		 426 aa  421  1e-117  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.293644  normal  0.470298 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4575  ABC transporter substrate-binding protein  49.27 
 
 		 426 aa  416  9.999999999999999e-116  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0300  putative branched-chain amino acid ABC transport system substrate-binding protein  51 
 
 		 426 aa  414  1e-114  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.652614  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1556  branched chain amino-acid ABC transporter substrate-binding protein  49.13 
 
 		 426 aa  404  1e-111  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2305  putative branched-chain amino acid ABC transport system substrate-binding protein  49.75 
 
 		 424 aa  389  1e-107  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.883037  normal  0.020868 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5718  branched-chain amino acid ABC transporter  48.51 
 
 		 428 aa  387  1e-106  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.133365  normal  0.764362 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1864  branched-chain amino acid ABC transport system substrate-binding protein  46.34 
 
 		 426 aa  373  1e-102  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.397842  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2285  Extracellular ligand-binding receptor  38.5 
 
 		 385 aa  254  3e-66  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.399222  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1594  Extracellular ligand-binding receptor  31.4 
 
 		 394 aa  197  3e-49  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2427  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  30.35 
 
 		 403 aa  180  4.999999999999999e-44  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0626  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  30.3 
 
 		 410 aa  177  2e-43  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.741534  normal  0.166856 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0542  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  30.3 
 
 		 420 aa  174  3.9999999999999995e-42  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5010  hypothetical protein  24.55 
 
 		 443 aa  81.3  0.00000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3839  extracellular ligand-binding receptor  21.31 
 
 		 397 aa  79.3  0.0000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0951081  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3611  hypothetical protein  24.48 
 
 		 442 aa  79  0.0000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.426846 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0600  hypothetical protein  24.22 
 
 		 444 aa  77  0.0000000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2379  Extracellular ligand-binding receptor  23.18 
 
 		 397 aa  76.3  0.0000000000008  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0404  Extracellular ligand-binding receptor  20.97 
 
 		 389 aa  76.3  0.000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0466  hypothetical protein  22.59 
 
 		 441 aa  75.1  0.000000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.909099  normal  0.128387 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0457  hypothetical protein  22.59 
 
 		 441 aa  74.7  0.000000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.734895  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2357  extracellular ligand-binding receptor  19.03 
 
 		 389 aa  73.9  0.000000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0768636  normal  0.579443 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3538  hypothetical protein  24.58 
 
 		 437 aa  74.3  0.000000000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.000073392  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0139  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component  21.18 
 
 		 402 aa  73.2  0.000000000008  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4065  extracellular ligand-binding receptor  21.85 
 
 		 391 aa  70.9  0.00000000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3153  extracellular ligand-binding receptor  29.86 
 
 		 398 aa  70.5  0.00000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.154593  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0029  extracellular ligand-binding receptor  21.25 
 
 		 393 aa  69.3  0.0000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1546  branched chain amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  20.19 
 
 		 404 aa  68.9  0.0000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.102523  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0920  extracellular ligand-binding receptor  33.13 
 
 		 382 aa  67.4  0.0000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4184  extracellular ligand-binding receptor  29.56 
 
 		 377 aa  67.4  0.0000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.891545 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1734  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  20.26 
 
 		 380 aa  65.1  0.000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.534498  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0942  putative lipoprotein  23.39 
 
 		 428 aa  63.9  0.000000005  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0813941  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3438  hypothetical protein  23.16 
 
 		 443 aa  63.2  0.000000008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0135692 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0531  extracellular ligand-binding receptor  20.31 
 
 		 386 aa  62.8  0.00000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000267349  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2131  extracellular ligand-binding receptor  23.58 
 
 		 379 aa  61.6  0.00000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0617424  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3001  extracellular ligand-binding receptor  33.91 
 
 		 392 aa  61.2  0.00000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3597  extracellular ligand-binding receptor  23.72 
 
 		 398 aa  60.5  0.00000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43720  hypothetical protein  22.08 
 
 		 446 aa  60.1  0.00000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.35207  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2334  Extracellular ligand-binding receptor  29.08 
 
 		 388 aa  60.1  0.00000008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.10397  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2845  extracellular ligand-binding receptor  29.08 
 
 		 388 aa  60.1  0.00000008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7159  hypothetical protein  23.94 
 
 		 442 aa  59.3  0.0000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.907788  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2189  Extracellular ligand-binding receptor  20.73 
 
 		 379 aa  58.9  0.0000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4482  extracellular ligand-binding receptor  23.28 
 
 		 371 aa  58.2  0.0000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2721  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  22.91 
 
 		 441 aa  57.8  0.0000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.178646  normal  0.248413 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2752  hypothetical protein  22.83 
 
 		 444 aa  57.4  0.0000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7650  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  24.12 
 
 		 395 aa  57  0.0000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.394273 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3822  Extracellular ligand-binding receptor  21.79 
 
 		 394 aa  56.6  0.0000007  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.0000000102798  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1155  hypothetical protein  20.92 
 
 		 438 aa  56.6  0.0000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0965806  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3001  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  22.83 
 
 		 444 aa  57  0.0000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.137427  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2038  Extracellular ligand-binding receptor  20 
 
 		 379 aa  56.6  0.0000008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000518039 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1671  extracellular ligand-binding receptor  26.47 
 
 		 379 aa  56.2  0.0000009  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0752  extracellular ligand-binding receptor  25.86 
 
 		 405 aa  55.8  0.000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.284007  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3540  extracellular ligand-binding receptor  27.46 
 
 		 377 aa  55.5  0.000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.229705  normal  0.129038 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0264  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  23.84 
 
 		 445 aa  55.5  0.000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.122395  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5396  extracellular ligand-binding receptor  20.05 
 
 		 378 aa  55.5  0.000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1861  Extracellular ligand-binding receptor  21.2 
 
 		 379 aa  55.5  0.000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.571716  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3111  Extracellular ligand-binding receptor  22.22 
 
 		 385 aa  55.1  0.000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2746  Extracellular ligand-binding receptor  22.22 
 
 		 385 aa  55.5  0.000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12331  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4342  extracellular ligand-binding receptor  28.83 
 
 		 373 aa  55.5  0.000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.688129 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3815  extracellular ligand-binding receptor  28 
 
 		 368 aa  55.1  0.000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2733  Extracellular ligand-binding receptor  26.09 
 
 		 407 aa  54.3  0.000004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0487  extracellular ligand-binding receptor  29.93 
 
 		 367 aa  54.3  0.000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2130  extracellular ligand-binding receptor  19.06 
 
 		 380 aa  54.3  0.000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.482674  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7651  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  32.53 
 
 		 415 aa  53.9  0.000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.99279  normal  0.165016 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4295  hypothetical protein  23.61 
 
 		 447 aa  53.9  0.000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.33353  decreased coverage  0.00229611 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1050  extracellular ligand-binding receptor  20.97 
 
 		 381 aa  53.9  0.000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.464924 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2547  hypothetical protein  24.93 
 
 		 429 aa  53.5  0.000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.53503  normal  0.845689 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1661  hypothetical protein  27.33 
 
 		 430 aa  53.5  0.000007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.429909  normal  0.749387 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3606  extracellular ligand-binding receptor  26.67 
 
 		 395 aa  53.5  0.000007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.316629 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5035  hypothetical protein  20.9 
 
 		 441 aa  53.1  0.000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4650  putative ABC transporter (substrate-binding protein); putative branched-chain amino acid transporter  21.9 
 
 		 400 aa  53.1  0.000009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0038  extracellular ligand-binding receptor  30.2 
 
 		 406 aa  52.8  0.00001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1137  Extracellular ligand-binding receptor  22.27 
 
 		 393 aa  52.8  0.00001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0165472  normal  0.816566 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1860  Extracellular ligand-binding receptor  24.36 
 
 		 382 aa  52.8  0.00001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.153544  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2751  hypothetical protein  22.85 
 
 		 446 aa  51.6  0.00002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.563573  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0874  putative amino-acid ABC transport system, periplasmic binding protein  34.02 
 
 		 406 aa  52  0.00002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.034766  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0700  urea ABC transporter, urea binding protein  23.93 
 
 		 463 aa  52  0.00002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0172324  hitchhiker  0.0000000649369 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2750  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.45 
 
 		 425 aa  52  0.00002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0109739  normal  0.254921 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0121  extracellular ligand-binding receptor  30.87 
 
 		 406 aa  52.4  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.455844 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0583  Extracellular ligand-binding receptor  34.23 
 
 		 406 aa  52.4  0.00002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.981919  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3494  hypothetical protein  23.06 
 
 		 457 aa  52.4  0.00002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.943914  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3867  extracellular ligand-binding receptor  20.85 
 
 		 421 aa  52  0.00002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1131  extracellular ligand-binding receptor  27.72 
 
 		 385 aa  51.6  0.00002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0826  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  21.96 
 
 		 428 aa  51.6  0.00002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7160  hypothetical protein  21.68 
 
 		 449 aa  51.2  0.00003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.108123  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2864  Leu/Ile/Val-binding signal peptide protein  29.17 
 
 		 385 aa  51.2  0.00003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.110112  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0796  extracellular ligand-binding receptor  34.02 
 
 		 406 aa  51.2  0.00003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4876  extracellular ligand-binding receptor  27.08 
 
 		 378 aa  51.2  0.00003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.983185  normal  0.391676 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0565  hypothetical protein  23.03 
 
 		 440 aa  51.2  0.00003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0304954 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3802  hypothetical protein  23.06 
 
 		 457 aa  50.8  0.00004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0819187  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0253  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  22.95 
 
 		 440 aa  50.8  0.00004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0750632  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_813  ABC-type branched-chain amino acid transport systems, periplasmic component  22.31 
 
 		 428 aa  50.8  0.00004  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4614  extracellular ligand-binding receptor  34.02 
 
 		 406 aa  51.2  0.00004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0921  extracellular ligand-binding receptor  26.51 
 
 		 382 aa  50.4  0.00005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.589524  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>