More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VEA_000396 on replicon NC_013457
Organism: Vibrio sp. Ex25



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009901  Spea_4071  choline/carnitine/betaine transporter  71.72 
 
 		 650 aa  867    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03056  hypothetical protein  80.86 
 
 		 632 aa  992    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000396  choline-glycine betaine transporter  100 
 
 		 593 aa  1202    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4104  choline/carnitine/betaine transporter  70.78 
 
 		 650 aa  874    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0014  choline/carnitine/betaine transporter  61.38 
 
 		 584 aa  660    Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0977143 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00106  putative choline-glycine betaine transporter  66.26 
 
 		 586 aa  691    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2691  choline transporter  47.86 
 
 		 540 aa  493  9.999999999999999e-139  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2637  choline transporter  47.86 
 
 		 540 aa  493  9.999999999999999e-139  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2179  choline/carnitine/betaine transporter  48.69 
 
 		 540 aa  489  1e-137  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1338  choline/carnitine/betaine transporter  40.42 
 
 		 542 aa  354  2.9999999999999997e-96  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4909  choline/carnitine/betaine transporter  40.33 
 
 		 527 aa  344  2e-93  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3247  BCCT transporter  36.01 
 
 		 532 aa  338  9.999999999999999e-92  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2342  BCCT transporter  38.74 
 
 		 525 aa  317  6e-85  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2215  choline/carnitine/betaine transporter  40.5 
 
 		 523 aa  316  9e-85  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4862  putative carnitine transporter CglC  38.26 
 
 		 513 aa  313  4.999999999999999e-84  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.905862 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1754  putative transporter  33.67 
 
 		 548 aa  313  7.999999999999999e-84  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000362629 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1261  choline/carnitine/betaine transporter family protein  37.79 
 
 		 522 aa  312  1e-83  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0177229  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1515  putative transporter  33.47 
 
 		 548 aa  312  1e-83  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1618  putative transporter  33.47 
 
 		 548 aa  312  1e-83  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0569  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  37.64 
 
 		 507 aa  310  2.9999999999999997e-83  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1219  choline/carnitine/betaine transporter  38.21 
 
 		 503 aa  310  5.9999999999999995e-83  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1387  putative transporter  35.11 
 
 		 536 aa  307  3e-82  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.216138  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2195  putative transporter  35.23 
 
 		 532 aa  306  5.0000000000000004e-82  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.528619  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2027  putative transporter  34.91 
 
 		 536 aa  306  9.000000000000001e-82  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.12575  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2527  putative transporter  34.91 
 
 		 536 aa  305  2.0000000000000002e-81  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.951849  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1889  putative transporter  34.91 
 
 		 536 aa  305  2.0000000000000002e-81  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01771  predicted transporter  35.17 
 
 		 481 aa  303  8.000000000000001e-81  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01759  hypothetical protein  35.17 
 
 		 481 aa  303  8.000000000000001e-81  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1832  putative transporter  35.17 
 
 		 481 aa  303  8.000000000000001e-81  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.301874 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1842  choline/carnitine/betaine transporter  35.03 
 
 		 476 aa  301  2e-80  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.220871  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1731  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  36.52 
 
 		 508 aa  292  1e-77  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4403  choline/carnitine/betaine transporter  36.07 
 
 		 659 aa  288  2e-76  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4866  choline/carnitine/betaine transporter  36.07 
 
 		 659 aa  287  2.9999999999999996e-76  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0140106 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0845  choline/carnitine/betaine transport  36.05 
 
 		 551 aa  283  4.0000000000000003e-75  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.626779  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2098  choline/carnitine/betaine transporter  36.46 
 
 		 498 aa  278  2e-73  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0081  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  35.35 
 
 		 505 aa  274  4.0000000000000004e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0078  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  35.35 
 
 		 505 aa  274  4.0000000000000004e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.901874  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0078  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  35.35 
 
 		 505 aa  274  4.0000000000000004e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0080  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  35.35 
 
 		 505 aa  274  4.0000000000000004e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.682648  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0082  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  35.35 
 
 		 505 aa  274  4.0000000000000004e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.508572 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3426  choline/carnitine/betaine transporter  38.22 
 
 		 531 aa  273  7e-72  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0758867  normal  0.343027 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2320  choline/carnitine/betaine transporter  34.55 
 
 		 530 aa  273  8.000000000000001e-72  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.439021  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3957  choline/carnitine/betaine transporter family protein  36.74 
 
 		 657 aa  270  4e-71  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0148602  normal  0.612846 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2475  choline/carnitine/betaine transporter  35.77 
 
 		 538 aa  270  5e-71  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.172611  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2216  choline/carnitine/betaine transporter  37.17 
 
 		 520 aa  270  7e-71  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2255  choline/carnitine/betaine transporter  37.17 
 
 		 520 aa  270  7e-71  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0826  BCCT family choline/carnitine/betaine transporter  37.23 
 
 		 550 aa  270  7e-71  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0130314 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3615  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  34.98 
 
 		 504 aa  268  2e-70  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0720919 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0041  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  34.98 
 
 		 504 aa  268  2e-70  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.206145  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0757  choline/carnitine/betaine transport  38.9 
 
 		 525 aa  268  2e-70  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.26622  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0293  choline/carnitine/betaine transporter  30.86 
 
 		 637 aa  268  2e-70  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0308209  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0920  choline/carnitine/betaine transporter  33.33 
 
 		 546 aa  268  2.9999999999999995e-70  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0705081  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0608  choline/carnitine/betaine transporter  36.02 
 
 		 490 aa  267  4e-70  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3559  choline/carnitine/betaine transporter  34.98 
 
 		 504 aa  267  5e-70  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0042  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  34.98 
 
 		 504 aa  267  5e-70  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0044  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  34.98 
 
 		 504 aa  267  5e-70  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2667  choline/carnitine/betaine transporter  32.43 
 
 		 606 aa  266  7e-70  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0383388 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00044  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  34.75 
 
 		 504 aa  266  8e-70  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.757112  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00043  hypothetical protein  34.75 
 
 		 504 aa  266  8e-70  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.721093  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0044  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  34.75 
 
 		 504 aa  262  1e-68  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0877  choline/carnitine/betaine transporter  36.15 
 
 		 542 aa  262  1e-68  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.359976  hitchhiker  0.00000108541 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2609  choline/carnitine/betaine transporter  38.27 
 
 		 573 aa  262  1e-68  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0501554  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25390  choline/carnitine/betaine transport  34.97 
 
 		 514 aa  262  1e-68  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.229483  normal  0.345378 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1736  choline/carnitine/betaine transporter  35.89 
 
 		 506 aa  261  2e-68  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00814809  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2376  choline/carnitine/betaine transporter  34.17 
 
 		 508 aa  261  3e-68  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0157817  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5089  glycine betaine transporter  34.55 
 
 		 505 aa  260  4e-68  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5479  glycine betaine transporter  34.55 
 
 		 505 aa  260  4e-68  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.231091  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2906  choline/carnitine/betaine transporter  35.32 
 
 		 577 aa  260  4e-68  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5032  choline/carnitine/betaine transporter  34.96 
 
 		 504 aa  260  5.0000000000000005e-68  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0160  choline/carnitine/betaine transporter  36.83 
 
 		 497 aa  260  5.0000000000000005e-68  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5358  glycine betaine transporter  33.48 
 
 		 505 aa  259  8e-68  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3305  choline/carnitine/betaine transport  37.05 
 
 		 545 aa  259  9e-68  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2851  choline/carnitine/betaine transporter  34.9 
 
 		 600 aa  259  9e-68  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.152332  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5411  glycine betaine transporter  33.48 
 
 		 505 aa  259  1e-67  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4919  glycine betaine transporter  33.48 
 
 		 505 aa  259  1e-67  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4934  glycine betaine transporter  33.48 
 
 		 505 aa  259  1e-67  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69850  putative choline transporter  34.24 
 
 		 661 aa  259  1e-67  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.545233 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5329  glycine betaine transporter  33.48 
 
 		 505 aa  259  1e-67  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.52581e-23 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3745  choline/carnitine/betaine transporter  35.63 
 
 		 724 aa  258  2e-67  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3107  choline/carnitine/betaine transporter  35.15 
 
 		 539 aa  258  2e-67  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3803  choline/carnitine/betaine transporter  37.37 
 
 		 531 aa  258  2e-67  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.19587 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1410  choline/carnitine/betaine transporter  34.1 
 
 		 548 aa  257  4e-67  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  decreased coverage  0.0000212445  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0044  choline/carnitine/betaine transporter  35.35 
 
 		 610 aa  257  4e-67  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3857  putative transporter  32.31 
 
 		 548 aa  257  4e-67  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.187176  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1437  choline/carnitine/betaine transporter  34.1 
 
 		 548 aa  257  4e-67  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.000110122  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5593  glycine betaine transporter  33.26 
 
 		 504 aa  257  5e-67  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000183656 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5363  glycine betaine transporter  33.26 
 
 		 504 aa  256  9e-67  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4702  choline/carnitine/betaine transporter  36.13 
 
 		 583 aa  255  1.0000000000000001e-66  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.911193  decreased coverage  0.0031512 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3532  choline/carnitine/betaine transporter  33.4 
 
 		 556 aa  255  1.0000000000000001e-66  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.825969 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3229  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  34.09 
 
 		 514 aa  256  1.0000000000000001e-66  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2914  choline/carnitine/betaine transporter  36.32 
 
 		 611 aa  256  1.0000000000000001e-66  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.34631  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4027  BCCT family transporter  34.27 
 
 		 530 aa  255  2.0000000000000002e-66  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_04020  choline/carnitine/betaine transport  35.44 
 
 		 609 aa  254  2.0000000000000002e-66  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0187444  normal  0.0477577 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6064  putative choline transporter  33.78 
 
 		 661 aa  254  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0404  choline/carnitine/betaine transporter  33.02 
 
 		 667 aa  254  3e-66  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.766464 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3576  choline/carnitine/betaine transporter  34.57 
 
 		 567 aa  254  5.000000000000001e-66  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.440158  normal  1 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4752  BCCT transporter  34.48 
 
 		 536 aa  253  5.000000000000001e-66  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.337094  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3772  choline/carnitine/betaine transporter  31.84 
 
 		 505 aa  253  5.000000000000001e-66  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1909  choline/carnitine/betaine transport  32.26 
 
 		 660 aa  253  6e-66  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.30039  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4934  choline/carnitine/betaine transporter  33.08 
 
 		 667 aa  253  6e-66  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.205263  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>