More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VEA_000050 on replicon NC_013457
Organism: Vibrio sp. Ex25



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013457  VEA_000050  transcriptional regulator LysR family  100 
 
 
300 aa  625  1e-178  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.385466  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0257  LysR family transcriptional regulator  54.33 
 
 
299 aa  343  1e-93  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001225  transcriptional regulator LysR family  53.33 
 
 
299 aa  333  3e-90  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.338504  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4691  LysR family substrate binding transcriptional regulator  48.67 
 
 
300 aa  327  1.0000000000000001e-88  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1423  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  49.67 
 
 
311 aa  317  2e-85  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1689  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  47 
 
 
300 aa  302  4.0000000000000003e-81  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3712  LysR family transcriptional regulator  46.53 
 
 
304 aa  300  2e-80  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.75932 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3853  LysR family transcriptional regulator  46.31 
 
 
306 aa  296  4e-79  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.134116  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05092  transcriptional regulator  51.02 
 
 
245 aa  269  5e-71  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  43.9 
 
 
298 aa  249  4e-65  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  43.77 
 
 
295 aa  246  2e-64  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  43.55 
 
 
298 aa  245  6.999999999999999e-64  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  43.77 
 
 
296 aa  243  1.9999999999999999e-63  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  43.21 
 
 
298 aa  241  1e-62  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  43.42 
 
 
298 aa  241  1e-62  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  43.42 
 
 
298 aa  241  2e-62  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  43.06 
 
 
299 aa  239  2.9999999999999997e-62  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  43.42 
 
 
298 aa  238  5.999999999999999e-62  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  42.35 
 
 
303 aa  236  3e-61  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  40.83 
 
 
335 aa  234  2.0000000000000002e-60  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2292  LysR family transcriptional regulator  41.99 
 
 
299 aa  231  1e-59  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2632  LysR family transcriptional regulator  36.95 
 
 
291 aa  226  5.0000000000000005e-58  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  39.5 
 
 
307 aa  221  9.999999999999999e-57  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  38.79 
 
 
302 aa  220  1.9999999999999999e-56  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  39.5 
 
 
306 aa  218  8.999999999999998e-56  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4684  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  39.12 
 
 
318 aa  218  1e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  38.06 
 
 
305 aa  216  2.9999999999999998e-55  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2957  transcriptional regulator, LysR family  37.84 
 
 
306 aa  214  9.999999999999999e-55  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0014906 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1239  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 
323 aa  213  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  37.32 
 
 
297 aa  213  2.9999999999999995e-54  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50600  transcriptional regulator  36.39 
 
 
304 aa  212  4.9999999999999996e-54  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.857605  normal  0.0631781 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0131  LysR family transcriptional regulator  37.24 
 
 
294 aa  211  9e-54  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2924  LysR family transcriptional regulator  37.24 
 
 
294 aa  211  9e-54  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.842726  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3311  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 
294 aa  211  2e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1994  LysR family transcriptional regulator  37.07 
 
 
305 aa  209  6e-53  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.728993  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3304  transcriptional regulator, LysR family  37.94 
 
 
306 aa  208  9e-53  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0406781  hitchhiker  0.00949003 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0129  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 
294 aa  208  1e-52  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.868323  normal  0.261598 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1952  LysR family transcriptional regulator  36.14 
 
 
301 aa  208  1e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.514142 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  36.55 
 
 
305 aa  207  1e-52  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0145  LysR family transcriptional regulator  36.9 
 
 
294 aa  207  1e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.640079  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2050  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 
301 aa  207  2e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.777492  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1079  LysR family transcriptional regulator  47.42 
 
 
205 aa  207  2e-52  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.435292 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5398  transcriptional regulator, LysR family  37.89 
 
 
295 aa  207  2e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.187721  normal  0.0384441 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1211  LysR family transcriptional regulator  37.89 
 
 
296 aa  207  2e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.159802  normal  0.291896 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6027  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 
301 aa  207  2e-52  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2006  LysR family transcriptional regulator  39.1 
 
 
290 aa  207  2e-52  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.126264  normal  0.0111016 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 
298 aa  206  3e-52  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5359  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 
307 aa  206  4e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.409076  normal  0.253591 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0121  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 
296 aa  206  4e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.92229  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2081  LysR family transcriptional regulator  35.99 
 
 
294 aa  206  6e-52  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2069  LysR family transcriptional regulator  35.44 
 
 
301 aa  206  6e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.783577 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3607  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.92 
 
 
302 aa  205  7e-52  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.335248 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2082  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 
301 aa  205  9e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1787  transcriptional regulator, LysR family  35.81 
 
 
301 aa  204  1e-51  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1199  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  36.11 
 
 
300 aa  204  1e-51  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0816  LysR family transcriptional regulator  37.14 
 
 
289 aa  204  2e-51  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.65888  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 
309 aa  204  2e-51  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2452  LysR family transcriptional regulator  35.15 
 
 
300 aa  203  2e-51  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4262  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 
350 aa  204  2e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.294051  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2663  LysR family transcriptional regulator  35.42 
 
 
328 aa  203  2e-51  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0493  transcriptional regulator, LysR family  37.93 
 
 
298 aa  203  3e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.145809 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4209  LysR family transcriptional regulator  38.03 
 
 
304 aa  203  3e-51  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 
294 aa  202  4e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1344  transcriptional regulator, LysR family  36.84 
 
 
296 aa  203  4e-51  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  decreased coverage  0.00247694  normal  0.0669225 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4177  transcriptional regulator  38.1 
 
 
304 aa  202  4e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0160681  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4311  transcriptional regulator  36.39 
 
 
304 aa  202  4e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6129  LysR family transcriptional regulator  36.68 
 
 
305 aa  202  5e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.111933 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1227  LysR family transcriptional regulator  34.74 
 
 
301 aa  202  5e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.181175 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0131  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 
296 aa  202  6e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_48770  putative transcriptional regulator  38.78 
 
 
304 aa  202  6e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.120965  hitchhiker  0.00000153166 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7085  LysR family transcriptional regulator  35.94 
 
 
295 aa  202  7e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0953  transcriptional regulator, LysR family  35.62 
 
 
300 aa  202  7e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.255638  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1588  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 
300 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0535581  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2615  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 
300 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.116489  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 
313 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2473  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 
327 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1363  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 
327 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.659256  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2090  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 
300 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.000497433  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3222  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 
300 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2526  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 
300 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.181377  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2278  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 
304 aa  200  1.9999999999999998e-50  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.255279  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1970  LysR family transcriptional regulator  36.45 
 
 
299 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.330952  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4604  transcriptional regulator, LysR family  37.41 
 
 
299 aa  200  1.9999999999999998e-50  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3528  transcriptional regulator, LysR family  37.41 
 
 
299 aa  200  1.9999999999999998e-50  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.365912  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1070  transcriptional regulator, LysR family  35.14 
 
 
310 aa  200  3e-50  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.651506  decreased coverage  0.00634214 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2085  transcriptional regulator, LysR family  38.41 
 
 
301 aa  200  3e-50  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.722074  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1586  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  34.9 
 
 
303 aa  199  3e-50  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.274123  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2703  LysR family transcriptional regulator  35.42 
 
 
303 aa  200  3e-50  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.637197 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0372  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 
292 aa  199  3.9999999999999996e-50  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0746  LysR family transcriptional regulator  35.23 
 
 
306 aa  199  3.9999999999999996e-50  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1743  carbonate dehydratase  34.8 
 
 
310 aa  199  3.9999999999999996e-50  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.933417  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  35.66 
 
 
299 aa  199  3.9999999999999996e-50  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1970  LysR family transcriptional regulator  37.94 
 
 
399 aa  199  5e-50  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  34.13 
 
 
293 aa  199  5e-50  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5143  transcriptional regulator, LysR family  37.85 
 
 
305 aa  199  6e-50  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1996  LysR family transcriptional regulator  35.44 
 
 
327 aa  199  7e-50  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0901826  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0833  transcriptional regulator, LysR family  35.27 
 
 
300 aa  198  7e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2062  transcriptional regulator, LysR family  34.8 
 
 
310 aa  198  7.999999999999999e-50  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.238573  hitchhiker  0.00696993 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3910  LysR family transcriptional regulator  33.91 
 
 
302 aa  198  9e-50  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.268348  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3230  regulatory protein, LysR  38.46 
 
 
298 aa  198  9e-50  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.796191 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>