More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VC0395_A2584 on replicon NC_009457
Organism: Vibrio cholerae O395



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009457  VC0395_A2584  hypothetical protein  100 
 
 		 282 aa  563  1.0000000000000001e-159  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001002  transcriptional regulator RpiR family  69.4 
 
 		 283 aa  409  1e-113  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1259  HTH-type transcription regulator, RpiR family  52.11 
 
 		 267 aa  275  5e-73  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3662  putative DNA-binding transcriptional regulator  45.39 
 
 		 282 aa  226  4e-58  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2734  putative DNA-binding transcriptional regulator  43.13 
 
 		 282 aa  214  1.9999999999999998e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2838  putative DNA-binding transcriptional regulator  43.13 
 
 		 282 aa  213  2.9999999999999995e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2950  putative DNA-binding transcriptional regulator  42.75 
 
 		 282 aa  212  5.999999999999999e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2775  putative DNA-binding transcriptional regulator  42.75 
 
 		 282 aa  212  5.999999999999999e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2815  putative DNA-binding transcriptional regulator  42.75 
 
 		 282 aa  212  5.999999999999999e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.901844 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1248  putative DNA-binding transcriptional regulator  43.06 
 
 		 279 aa  211  1e-53  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.964935  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3618  putative DNA-binding transcriptional regulator  43.06 
 
 		 279 aa  211  1e-53  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1142  putative DNA-binding transcriptional regulator  43.06 
 
 		 279 aa  211  1e-53  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1234  transcriptional regulator, RpiR family  40.88 
 
 		 285 aa  204  9e-52  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3657  transcriptional regulator, RpiR family  40.88 
 
 		 285 aa  204  1e-51  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2582  RpiR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 285 aa  204  2e-51  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2799  transcriptional regulator, RpiR family  40.51 
 
 		 285 aa  203  2e-51  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.576789  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2713  RpiR family transcriptional regulator  40.51 
 
 		 285 aa  203  3e-51  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3048  putative DNA-binding transcriptional regulator  40.46 
 
 		 282 aa  203  3e-51  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0712519  normal  0.0247781 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1252  RpiR family transcriptional regulator  40.51 
 
 		 285 aa  203  3e-51  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.102619 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2563  RpiR family transcriptional regulator  40.15 
 
 		 285 aa  201  9.999999999999999e-51  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02327  predicted DNA-binding transcriptional regulator  40.15 
 
 		 285 aa  200  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02288  hypothetical protein  40.15 
 
 		 285 aa  200  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3122  RpiR family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 282 aa  197  2.0000000000000003e-49  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02455  predicted DNA-binding transcriptional regulator  38.55 
 
 		 282 aa  189  2.9999999999999997e-47  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1107  transcriptional regulator, RpiR family  38.55 
 
 		 282 aa  189  2.9999999999999997e-47  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.379447  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2714  putative DNA-binding transcriptional regulator  38.55 
 
 		 282 aa  189  2.9999999999999997e-47  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3796  putative DNA-binding transcriptional regulator  38.55 
 
 		 282 aa  189  2.9999999999999997e-47  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.796505  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1116  putative DNA-binding transcriptional regulator  38.55 
 
 		 282 aa  189  2.9999999999999997e-47  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02419  hypothetical protein  38.55 
 
 		 282 aa  189  2.9999999999999997e-47  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2846  putative DNA-binding transcriptional regulator  38.55 
 
 		 282 aa  189  2.9999999999999997e-47  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.632746  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2714  putative DNA-binding transcriptional regulator  38.55 
 
 		 282 aa  189  2.9999999999999997e-47  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2926  putative DNA-binding transcriptional regulator  38.55 
 
 		 282 aa  189  2.9999999999999997e-47  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3802  RpiR family transcriptional regulator  41.53 
 
 		 306 aa  171  9e-42  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0439738  decreased coverage  0.00014335 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4164  RpiR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 282 aa  168  7e-41  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.045816  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07056  hypothetical protein  72.38 
 
 		 109 aa  157  1e-37  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1662  RpiR family transcriptional regulator  32.34 
 
 		 284 aa  144  1e-33  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.574027  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1993  transcriptional regulator, RpiR family  28.96 
 
 		 280 aa  140  1.9999999999999998e-32  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2088  RpiR family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 284 aa  139  4.999999999999999e-32  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0949278  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2295  RpiR family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 284 aa  139  7.999999999999999e-32  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.651664  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2246  transcriptional regulator, RpiR family  30.48 
 
 		 284 aa  137  2e-31  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3077  transcriptional regulator, RpiR family  30.48 
 
 		 284 aa  137  2e-31  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000143664 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1544  transcriptional regulator, RpiR family  31.25 
 
 		 279 aa  137  3.0000000000000003e-31  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2136  transcriptional regulator, RpiR family  28.52 
 
 		 284 aa  135  6.0000000000000005e-31  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  decreased coverage  0.000000108566  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0475  transcriptional regulator, RpiR family  32.62 
 
 		 327 aa  135  9e-31  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.227753  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2756  transcriptional regulator, RpiR family  31.56 
 
 		 298 aa  134  1.9999999999999998e-30  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.688512  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0168  RpiR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 280 aa  134  1.9999999999999998e-30  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.057217  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1776  transcriptional regulator, RpiR family  30.15 
 
 		 281 aa  133  3e-30  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4022  transcriptional regulator, RpiR family  31.07 
 
 		 320 aa  133  3.9999999999999996e-30  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0204031  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1394  transcriptional regulator, RpiR family  32.83 
 
 		 285 aa  132  9e-30  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0784467  normal  0.640102 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0182  RpiR family transcriptional regulator  27.52 
 
 		 279 aa  131  1.0000000000000001e-29  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2581  RpiR family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 278 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0624506  hitchhiker  0.000000255705 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0179  RpiR family transcriptional regulator  27.52 
 
 		 279 aa  130  2.0000000000000002e-29  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.912597  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35980  transcriptional regulator, RpiR family  30.53 
 
 		 333 aa  129  4.0000000000000003e-29  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.309329  normal  0.261129 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5684  putative transcriptional regulator, RpiR family  28.1 
 
 		 299 aa  126  3e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0287132  normal  0.474804 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3209  RpiR family transcriptional regulator  30.92 
 
 		 320 aa  126  3e-28  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1547  RpiR family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 296 aa  125  5e-28  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2323  putative transcriptional regulator  30.5 
 
 		 315 aa  124  2e-27  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0250  DNA-binding transcriptional repressor RpiR  35.16 
 
 		 287 aa  124  2e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1162  RpiR family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 270 aa  123  3e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.164823  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2433  transcriptional regulator, RpiR family  25.83 
 
 		 282 aa  122  6e-27  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00000784459  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0554  RpiR family transcriptional regulator  28.22 
 
 		 282 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.335525  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0580  RpiR family transcriptional regulator  28.22 
 
 		 282 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.658912  normal  0.89076 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0269  transcriptional regulator, RpiR family  30.08 
 
 		 304 aa  120  1.9999999999999998e-26  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.409833  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2984  sugar isomerase (SIS)  30.15 
 
 		 319 aa  120  1.9999999999999998e-26  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.389067 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1044  RpiR family transcriptional regulator  29.96 
 
 		 338 aa  120  1.9999999999999998e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.408154  normal  0.734102 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1970  RpiR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 299 aa  120  3e-26  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3745  RpiR family transcriptional regulator  27.87 
 
 		 282 aa  119  3.9999999999999996e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.767556 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1468  transcriptional regulator, RpiR family  30.68 
 
 		 286 aa  119  3.9999999999999996e-26  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.0000610661  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1080  RpiR family transcriptional regulator  29.84 
 
 		 318 aa  117  1.9999999999999998e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0801962  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0176  RpiR family transcriptional regulator  28.35 
 
 		 282 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4516  transcriptional regulator, RpiR family  31.3 
 
 		 322 aa  117  1.9999999999999998e-25  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.937314 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0659  RpiR family transcriptional regulator  28.35 
 
 		 282 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.78991  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0626  RpiR family transcriptional regulator  28.35 
 
 		 282 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4460  putative transcriptional regulator, RpiR family  29.57 
 
 		 287 aa  117  3e-25  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.857974 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0875  putative transcriptional regulator, RpiR family  29.57 
 
 		 287 aa  117  3e-25  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0731  RpiR family transcriptional regulator  29.57 
 
 		 287 aa  117  3e-25  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0986  putative transcriptional regulator, RpiR family  29.57 
 
 		 287 aa  117  3e-25  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1406  RpiR family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 292 aa  116  3e-25  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2724  RpiR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 282 aa  117  3e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1297  RpiR family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 292 aa  116  3e-25  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0782  RpiR family transcriptional regulator  29.57 
 
 		 287 aa  116  3.9999999999999997e-25  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0821  RpiR family transcriptional regulator  29.57 
 
 		 287 aa  116  3.9999999999999997e-25  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0588  RpiR family transcriptional regulator  28.46 
 
 		 273 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.189062  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0917  putative transcriptional regulator, RpiR family  29.57 
 
 		 287 aa  116  3.9999999999999997e-25  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.47337e-41 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3507  transcriptional regulator, RpiR family  33.07 
 
 		 342 aa  116  5e-25  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0619346 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2771  RpiR family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 292 aa  116  5e-25  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00114132 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3960  RpiR family transcriptional regulator  29.56 
 
 		 304 aa  115  6e-25  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.162661  normal  0.59815 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0731  RpiR family transcriptional regulator  29.18 
 
 		 287 aa  115  6.9999999999999995e-25  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0912  RpiR family transcriptional regulator  29.57 
 
 		 287 aa  115  7.999999999999999e-25  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0717  RpiR family transcriptional regulator  29.57 
 
 		 287 aa  115  7.999999999999999e-25  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1770  transcriptional regulator  26.79 
 
 		 283 aa  115  7.999999999999999e-25  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.000030583  hitchhiker  0.000572207 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2822  RpiR family transcriptional regulator  29.23 
 
 		 290 aa  115  8.999999999999998e-25  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3371  transcriptional regulator, RpiR family  27.59 
 
 		 281 aa  115  8.999999999999998e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0964604  hitchhiker  0.00000000707391 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5642  RpiR family transcriptional regulator  29.58 
 
 		 288 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.118263 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0338  transcriptional regulator, RpiR family  28.89 
 
 		 282 aa  114  2.0000000000000002e-24  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1200  transcriptional regulator, RpiR family  30.86 
 
 		 304 aa  112  5e-24  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5399  RpiR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 288 aa  112  8.000000000000001e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0126961 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5127  RpiR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 288 aa  112  9e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.334763 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5350  RpiR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 288 aa  112  9e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.767126  hitchhiker  0.00410686 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5258  RpiR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 288 aa  112  9e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.658899 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>