More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VC0395_A2553 on replicon NC_009457
Organism: Vibrio cholerae O395



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009457  VC0395_A2553  hypothetical protein  100 
 
 
368 aa  744  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  3.55433e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00481  hypothetical protein  83.15 
 
 
368 aa  632  1e-180  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0090  putative multidrug transporter, HlyD family  77.72 
 
 
368 aa  610  1e-173  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001980  probable RND efflux membrane fusion protein  80.71 
 
 
367 aa  606  1e-172  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.979341  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0466  RND family efflux transporter MFP subunit  58.33 
 
 
372 aa  439  1e-122  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.808341  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0358  RND family efflux transporter MFP subunit  59.95 
 
 
372 aa  439  1e-122  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0372  RND family efflux transporter MFP subunit  57.26 
 
 
372 aa  432  1e-120  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3268  HlyD family secretion protein  56.18 
 
 
372 aa  432  1e-120  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4149  RND family efflux transporter MFP subunit  56.72 
 
 
372 aa  429  1e-119  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.815582  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3475  secretion protein HlyD-like protein  56.3 
 
 
373 aa  425  1e-118  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.555415 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4327  HlyD family secretion protein  56.18 
 
 
372 aa  423  1e-117  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56880  putative membrane fusion protein  40.16 
 
 
376 aa  261  1e-68  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4943  RND efflux membrane fusion protein precursor  40.22 
 
 
375 aa  256  4e-67  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0614  membrane fusion protein  38.99 
 
 
404 aa  255  9e-67  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3700  secretion protein HlyD  37.25 
 
 
381 aa  252  7e-66  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1209  RND family efflux transporter MFP subunit  37.89 
 
 
381 aa  241  2e-62  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.421019  normal  0.31825 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1610  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.08 
 
 
372 aa  234  2e-60  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0856  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.62 
 
 
370 aa  233  4e-60  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0946  RND family efflux transporter MFP subunit  36.53 
 
 
382 aa  229  8e-59  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0907  RND efflux membrane fusion protein-related protein  36.53 
 
 
406 aa  228  9e-59  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1650  secretion protein HlyD  36.31 
 
 
397 aa  226  4e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0200  secretion protein HlyD  37.25 
 
 
365 aa  226  6e-58  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1089  hypothetical protein  35.86 
 
 
382 aa  226  7e-58  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4492  secretion protein HlyD  37.5 
 
 
382 aa  225  1e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0226833 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2284  secretion protein HlyD  35.75 
 
 
403 aa  221  1e-56  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.831641  normal  0.154042 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2174  RND family efflux transporter MFP subunit  35.05 
 
 
394 aa  221  2e-56  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.290725  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0930  RND family efflux transporter MFP subunit  35.2 
 
 
366 aa  220  4e-56  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0758  hypothetical protein  33.25 
 
 
420 aa  218  1e-55  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0975  RND family efflux transporter MFP subunit  34.74 
 
 
382 aa  218  1e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0109715 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0787  hypothetical protein  33.25 
 
 
420 aa  218  1e-55  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3803  RND family efflux transporter MFP subunit  36.09 
 
 
376 aa  218  1e-55  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.591559 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1194  acriflavin resistance periplasmic protein  34.82 
 
 
380 aa  218  2e-55  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0706  secretion protein HlyD  34.66 
 
 
366 aa  215  1e-54  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  3.31728e-06  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1554  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.69 
 
 
363 aa  214  2e-54  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0484603  hitchhiker  1.5248e-07 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1809  secretion protein HlyD  37.1 
 
 
397 aa  214  2e-54  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1879  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.69 
 
 
363 aa  214  2e-54  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2700  secretion protein HlyD  35.47 
 
 
403 aa  212  1e-53  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3650  secretion protein HlyD  35.65 
 
 
397 aa  211  1e-53  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.521212 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1439  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.62 
 
 
380 aa  210  3e-53  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0465471  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4297  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.8 
 
 
397 aa  208  1e-52  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.430357  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1497  RND family efflux transporter MFP subunit  37.57 
 
 
391 aa  208  1e-52  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0655249  normal  0.432966 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2802  multidrug/cation efflux pump, membrane fusion protein subunit  37.57 
 
 
391 aa  208  1e-52  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2846  putative RND efflux membrane fusion protein precursor  35.96 
 
 
396 aa  206  4e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2243  RND family efflux transporter MFP subunit  33.89 
 
 
376 aa  206  4e-52  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1288  RND family efflux transporter MFP subunit  35.24 
 
 
365 aa  205  9e-52  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1057  RND family efflux transporter MFP subunit  33.51 
 
 
373 aa  204  2e-51  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.347653 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1496  RND family efflux transporter MFP subunit  36.96 
 
 
365 aa  203  3e-51  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1580  RND family efflux transporter MFP subunit  36.96 
 
 
365 aa  203  3e-51  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.610408  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0078  RND family efflux transporter MFP subunit  36.96 
 
 
365 aa  203  5e-51  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0031  RND family efflux transporter MFP subunit  36.96 
 
 
365 aa  203  5e-51  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0383  RND family efflux transporter MFP subunit  36.96 
 
 
365 aa  203  5e-51  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1044  RND family efflux transporter MFP subunit  36.96 
 
 
365 aa  203  5e-51  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1201  RND family efflux transporter MFP subunit  36.96 
 
 
365 aa  203  5e-51  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0341767  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2619  RND family efflux transporter MFP subunit  33.58 
 
 
405 aa  198  1e-49  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2738  putative RND efflux membrane fusion protein  34.79 
 
 
371 aa  198  1e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.254191  normal  0.757777 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1154  RND family efflux transporter MFP subunit  36.54 
 
 
375 aa  197  3e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.504084  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0944  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.35 
 
 
387 aa  197  3e-49  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00241764 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3495  RND family efflux transporter MFP subunit  32.58 
 
 
365 aa  197  3e-49  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0091  RND family efflux transporter MFP subunit  34.1 
 
 
394 aa  196  6e-49  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.666427  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5959  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.44 
 
 
383 aa  194  2e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.42426  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1119  RND family efflux transporter MFP subunit  32.96 
 
 
369 aa  194  2e-48  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  3.71819e-11  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0527  RND family efflux transporter MFP subunit  34.17 
 
 
376 aa  189  5e-47  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7712  RND family efflux transporter MFP subunit  33.24 
 
 
383 aa  188  1e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0892  RND efflux membrane fusion protein precursor  34.34 
 
 
370 aa  187  3e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2410  RND family efflux transporter MFP subunit  34.4 
 
 
383 aa  186  5e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2952  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.29 
 
 
374 aa  185  1e-45  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0944  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.67 
 
 
356 aa  184  3e-45  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0623416  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1989  RND family efflux transporter MFP subunit  32.87 
 
 
379 aa  183  3e-45  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1050  hypothetical protein  32.2 
 
 
328 aa  183  4e-45  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2781  RND family efflux transporter MFP subunit  35.69 
 
 
372 aa  182  9e-45  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00032103  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2237  secretion protein HlyD  33.13 
 
 
377 aa  182  1e-44  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0767  RND family efflux transporter MFP subunit  32.49 
 
 
372 aa  182  1e-44  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00075698  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1580  RND family efflux transporter MFP subunit  35.76 
 
 
365 aa  179  5e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.186167  normal  0.460313 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0109  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.09 
 
 
360 aa  176  6e-43  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0110  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.09 
 
 
360 aa  176  6e-43  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1637  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.89 
 
 
377 aa  175  1e-42  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3140  secretion protein HlyD  32.94 
 
 
360 aa  173  5e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.203317  normal  0.359518 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1710  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.62 
 
 
377 aa  172  7e-42  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2064  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.44 
 
 
365 aa  172  8e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3679  RND family efflux transporter MFP subunit  35.44 
 
 
365 aa  172  1e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3735  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.56 
 
 
362 aa  172  1e-41  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.532617  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09530  RND efflux membrane fusion protein precursor  34.89 
 
 
370 aa  170  3e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1815  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.09 
 
 
388 aa  164  2e-39  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.100454  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1999  RND family efflux transporter MFP subunit  30.43 
 
 
390 aa  164  2e-39  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00132105  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0266  RND family efflux transporter MFP subunit  30.23 
 
 
375 aa  164  3e-39  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.987776 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1023  RND family efflux transporter MFP subunit  32.54 
 
 
378 aa  163  4e-39  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.866452  normal  0.121232 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2282  secretion protein HlyD  36.51 
 
 
467 aa  163  6e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1036  RND family efflux transporter MFP subunit  32.77 
 
 
354 aa  161  1e-38  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0703  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.86 
 
 
355 aa  159  8e-38  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3371  secretion protein HlyD  32.71 
 
 
370 aa  158  1e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.165029  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1186  RND family efflux transporter MFP subunit  28.34 
 
 
374 aa  157  4e-37  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.425099  normal  0.0297054 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1681  RND family efflux transporter MFP subunit  36.1 
 
 
434 aa  156  5e-37  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0776882  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2001  secretion protein HlyD  31.48 
 
 
375 aa  156  6e-37  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.167131  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2657  cation or acridine efflux membrane fusion protein  30.66 
 
 
357 aa  154  2e-36  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0870  acriflavin resistance periplasmic protein  31.94 
 
 
351 aa  155  2e-36  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1146  RND family efflux transporter MFP subunit  31.94 
 
 
351 aa  154  3e-36  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01736  HlyD family secretion protein  28.81 
 
 
349 aa  151  2e-35  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3927  RND family efflux transporter MFP subunit  30.46 
 
 
392 aa  150  3e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1739  RND family efflux transporter MFP subunit  31.52 
 
 
366 aa  148  1e-34  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0779  RND family efflux transporter MFP subunit  30.58 
 
 
415 aa  147  2e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.521132  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>