96 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VC0395_A2472 on replicon NC_009457
Organism: Vibrio cholerae O395



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009457  VC0395_A2472  hypothetical protein  100 
 
 
391 aa  792  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002058  LysM domain-containing protein  54.44 
 
 
364 aa  392  1e-108  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.778363  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00390  hypothetical protein  54.47 
 
 
364 aa  392  1e-108  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0076  putative cell wall degradation enzyme  51.23 
 
 
353 aa  353  2e-96  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0077  peptidoglycan-binding LysM  36.17 
 
 
360 aa  200  3e-50  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.820269 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3735  peptidoglycan-binding LysM  33.88 
 
 
365 aa  185  1e-45  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.315042  hitchhiker  0.00230648 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0025  peptidoglycan-binding LysM  33.15 
 
 
374 aa  184  2e-45  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0039  peptidoglycan-binding LysM  32.88 
 
 
369 aa  184  3e-45  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.357546 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0036  peptidoglycan-binding LysM  33.06 
 
 
367 aa  179  6e-44  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.971795  normal  0.107314 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0032  Peptidoglycan-binding LysM  34.12 
 
 
376 aa  178  1e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  2.35775e-06 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0033  peptidoglycan-binding LysM  34.12 
 
 
376 aa  177  2e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0032  peptidoglycan-binding LysM  34.12 
 
 
376 aa  177  3e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00105156 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0028  peptidoglycan-binding LysM  34.12 
 
 
376 aa  176  5e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3013  peptidoglycan-binding LysM  33.43 
 
 
345 aa  176  5e-43  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0044  LysM domain-containing protein  33.33 
 
 
346 aa  174  2e-42  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.764087  normal  0.149636 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0044  peptidoglycan-binding LysM  30.98 
 
 
338 aa  174  3e-42  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0028  peptidoglycan-binding LysM  33.51 
 
 
374 aa  173  5e-42  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.198583 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0036  peptidoglycan-binding LysM  32.98 
 
 
374 aa  172  8e-42  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  2.43599e-05 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0033  LysM domain-containing protein  33.33 
 
 
378 aa  172  1e-41  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00210  lysin domain-containing protein  33.13 
 
 
341 aa  171  2e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0120002  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0021  hypothetical protein  33.13 
 
 
341 aa  170  5e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.156222  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0030  peptidoglycan-binding LysM  32.98 
 
 
374 aa  168  1e-40  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.772252  hitchhiker  0.00540943 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0032  peptidoglycan-binding LysM  32.01 
 
 
362 aa  167  2e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0022  hypothetical protein  31.55 
 
 
352 aa  166  9e-40  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.124597  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0025  peptidoglycan-binding LysM  32.62 
 
 
368 aa  165  1e-39  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0188  peptidoglycan-binding LysM  31.53 
 
 
350 aa  164  2e-39  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000749903 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0025  peptidoglycan-binding LysM  33.04 
 
 
369 aa  164  4e-39  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0056  peptidoglycan-binding LysM  33.53 
 
 
345 aa  163  5e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0194  peptidoglycan-binding LysM  30.56 
 
 
383 aa  162  8e-39  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0021  LysM domain-containing protein  31.33 
 
 
361 aa  162  1e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00180  peptidoglycan-binding LysM protein  33.54 
 
 
341 aa  160  2e-38  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0309659  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2274  Peptidoglycan-binding lysin domain protein  29.85 
 
 
389 aa  160  2e-38  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00514615 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0018  peptidoglycan-binding LysM  30.72 
 
 
341 aa  152  7e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  1.9767e-06  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0176  LysM domain protein  31.94 
 
 
341 aa  152  1e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2629  peptidoglycan-binding LysM  30.28 
 
 
338 aa  150  5e-35  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.829323  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0020  peptidoglycan-binding LysM  30.54 
 
 
341 aa  147  2e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3409  peptidoglycan-binding LysM  31.95 
 
 
388 aa  143  5e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.392654  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0020  peptidoglycan-binding LysM  30.17 
 
 
343 aa  141  2e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.732804  normal  0.419154 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5114  Peptidoglycan-binding LysM  30.46 
 
 
405 aa  139  8e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0439251  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0013  peptidoglycan-binding LysM-like protein  28.8 
 
 
403 aa  138  2e-31  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.154454 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0349  peptidoglycan-binding LysM  28.61 
 
 
394 aa  136  7e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0885534 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0069  signal peptide protein  30.29 
 
 
390 aa  136  8e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0282  putative signal peptide protein  31.1 
 
 
387 aa  135  1e-30  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0184346 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3861  peptidoglycan-binding LysM  30.65 
 
 
409 aa  134  2e-30  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0834  peptidoglycan-binding LysM  33.24 
 
 
401 aa  132  1e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3395  Peptidoglycan-binding LysM  30.61 
 
 
419 aa  131  2e-29  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2464  peptidoglycan-binding LysM  28.03 
 
 
377 aa  130  3e-29  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.175579 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00023  Peptidoglycan-binding LysM  29.06 
 
 
367 aa  130  4e-29  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.574097  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0018  LysM domain protein  30.49 
 
 
349 aa  129  9e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0019  Peptidoglycan-binding LysM  30.49 
 
 
349 aa  129  9e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.154254 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4050  peptidoglycan-binding LysM  29.9 
 
 
426 aa  129  1e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.021914  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0096  Peptidoglycan-binding LysM  28.65 
 
 
349 aa  128  2e-28  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4640  peptidoglycan-binding LysM  27.52 
 
 
408 aa  128  2e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.132875  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0024  peptidoglycan-binding LysM  31.34 
 
 
359 aa  127  3e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3566  peptidoglycan-binding LysM  29.23 
 
 
358 aa  126  8e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2136  hypothetical protein  27.19 
 
 
377 aa  126  8e-28  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.116452 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3879  peptidoglycan-binding LysM  26.42 
 
 
430 aa  124  2e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2519  hypothetical protein  28.89 
 
 
345 aa  122  8e-27  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2649  hypothetical protein  28.89 
 
 
345 aa  122  1e-26  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0501  Peptidoglycan-binding lysin domain protein  28.13 
 
 
429 aa  122  1e-26  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3357  Peptidoglycan-binding LysM  30.97 
 
 
364 aa  120  4e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.695863  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3680  Peptidoglycan-binding LysM  30.97 
 
 
395 aa  120  4e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4083  peptidoglycan-binding LysM  28.33 
 
 
420 aa  119  1e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.164352  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3586  Peptidoglycan-binding LysM  26.09 
 
 
377 aa  118  2e-25  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4687  peptidoglycan-binding LysM  30.47 
 
 
417 aa  116  6e-25  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2842  LysM domain-containing protein  29.97 
 
 
341 aa  113  5e-24  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04054  LysM domain protein  26.37 
 
 
366 aa  112  1e-23  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2087  Peptidoglycan-binding lysin domain protein  25.72 
 
 
393 aa  110  6e-23  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0889  peptidoglycan-binding LysM  28.48 
 
 
333 aa  102  9e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  3.0411e-06  hitchhiker  3.23717e-12 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2551  LysM domain-containing protein  25.89 
 
 
335 aa  94.4  3e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.551976  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2701  peptidoglycan-binding LysM  26.65 
 
 
440 aa  92.8  9e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0537  peptidoglycan-binding LysM  26.74 
 
 
394 aa  92.4  1e-17  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  2.01658e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2794  Peptidoglycan-binding LysM  27 
 
 
440 aa  92.4  1e-17  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0244523  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2887  Peptidoglycan-binding LysM  26.92 
 
 
440 aa  91.7  2e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.94359  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1930  hypothetical protein  25.07 
 
 
384 aa  89.4  1e-16  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1866  peptidoglycan-binding LysM  25.7 
 
 
384 aa  87.4  4e-16  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0409  LysM domain-containing protein  26.14 
 
 
333 aa  85.5  1e-15  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.22112e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3691  peptidoglycan-binding LysM  26.2 
 
 
340 aa  85.9  1e-15  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  2.7016e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3268  Peptidoglycan-binding LysM  27.95 
 
 
339 aa  84.3  3e-15  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000361142  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2695  peptidoglycan-binding LysM  56.6 
 
 
435 aa  83.2  8e-15  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0516695  normal  0.123815 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0530  peptidoglycan-binding LysM  24.78 
 
 
331 aa  80.5  4e-14  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1527  Peptidoglycan-binding LysM  26.32 
 
 
338 aa  79.7  8e-14  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.27524e-30 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2713  Peptidoglycan-binding LysM  25.5 
 
 
335 aa  77.8  3e-13  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.292431  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2866  hypothetical protein  27.31 
 
 
329 aa  73.6  5e-12  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2281  LysM domain-containing protein  42.55 
 
 
357 aa  46.2  0.0009  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0169093  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0326  LysM domain protein  39.66 
 
 
377 aa  46.2  0.001  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.0219877  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1548  peptidoglycan-binding LysM  42.31 
 
 
1051 aa  45.1  0.002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.637066  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0695  Peptidoglycan-binding LysM  43.64 
 
 
200 aa  44.7  0.003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0218579  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0952  LysM domain/BON superfamily protein  34.67 
 
 
167 aa  44.7  0.003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.954636  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0706  Peptidoglycan-binding LysM  43.64 
 
 
204 aa  44.3  0.004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.07759e-24 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2489  peptidoglycan-binding LysM  36 
 
 
219 aa  44.3  0.004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0917  LysM domain/BON superfamily protein  30.26 
 
 
166 aa  43.9  0.004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1039  LysM domain-containing protein  43.4 
 
 
243 aa  43.5  0.006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.99986e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4170  peptidoglycan-binding LysM  32.86 
 
 
163 aa  43.5  0.006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.301843  normal  0.177746 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8593  Peptidoglycan-binding LysM  40 
 
 
356 aa  43.5  0.007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.902374  normal  0.799796 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2244  hypothetical protein  41.18 
 
 
156 aa  43.5  0.007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>