More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VC0395_A2306 on replicon NC_009457
Organism: Vibrio cholerae O395



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_02838  GspD, hypothetical type II secretion protein  54.66 
 
 		 686 aa  697    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000664316  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3247  general secretion pathway protein GspD  54.66 
 
 		 686 aa  699    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0153  general secretion pathway protein D  55.57 
 
 		 705 aa  726    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0109917  normal  0.0543101 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4591  general secretion pathway protein D  53.55 
 
 		 697 aa  730    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0166  general secretion pathway protein D  55.44 
 
 		 704 aa  717    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0153  general secretion pathway protein D  55.04 
 
 		 706 aa  711    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0244288  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4206  general secretion pathway protein D  55.27 
 
 		 705 aa  718    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.016769  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3138  general secretion pathway protein D  54.5 
 
 		 686 aa  694    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3567  general secretion pathway protein D  54.86 
 
 		 703 aa  711    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.00000019891  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3619  general secretion pathway protein D  54.99 
 
 		 707 aa  711    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0440074  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4358  general secretion pathway protein D  54.45 
 
 		 724 aa  714    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.000917218  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02788  hypothetical protein  54.66 
 
 		 686 aa  697    Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000655056  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0121  type II and III secretion system protein  56.15 
 
 		 705 aa  705    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00685103  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2924  general secretion pathway protein D  79.34 
 
 		 675 aa  1088    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0144  general secretion pathway protein D  56.03 
 
 		 710 aa  701    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4734  general secretion pathway protein D  54.64 
 
 		 714 aa  708    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.00000953864  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001892  general secretion pathway protein D/type II secretion outermembrane pore forming protein (PulD)  82.02 
 
 		 672 aa  1117    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0231  general secretion pathway protein D  55.08 
 
 		 689 aa  713    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0149  general secretion pathway protein D  55.57 
 
 		 704 aa  719    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0156  general secretion pathway protein D  54.87 
 
 		 700 aa  713    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00486082  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0151  general secretion pathway protein D  54.87 
 
 		 700 aa  713    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.124297  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03956  general secretion pathway protein D  55.21 
 
 		 681 aa  722    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2306  general secretion pathway protein D  100 
 
 		 674 aa  1359    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0105  general secretion pathway protein D  54.57 
 
 		 710 aa  708    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3427  general secretion pathway protein D  54.66 
 
 		 686 aa  697    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00601  general secretion pathway protein D  81.35 
 
 		 658 aa  1079    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0151  general secretion pathway protein D  55.16 
 
 		 702 aa  714    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0216761  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0169  type II and III secretion system protein  54.41 
 
 		 703 aa  693    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000616881  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0097  general secretion pathway protein D  52.72 
 
 		 662 aa  672    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.395857  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1412  general secretion pathway protein D  50.56 
 
 		 640 aa  602  1.0000000000000001e-171  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2860  general secretion pathway protein D  50.24 
 
 		 640 aa  595  1e-168  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011350  ECH74115_B0003  general secretion pathway protein D  49.26 
 
 		 655 aa  572  1e-161  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0438473 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0388  general secretion pathway protein D  44.66 
 
 		 650 aa  526  1e-148  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0388  general secretion pathway protein D  44.51 
 
 		 654 aa  525  1e-147  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0226374 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3519  general secretion pathway protein D  44.21 
 
 		 654 aa  520  1e-146  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0147755  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3269  general secretion pathway protein D  41.94 
 
 		 640 aa  490  1e-137  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000207036  hitchhiker  0.00000000000000178028 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0953  general secretion pathway protein D  41.94 
 
 		 640 aa  490  1e-137  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.198389  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1004  general secretion pathway protein D  42.09 
 
 		 640 aa  492  1e-137  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4251  general secretion pathway protein D  43.73 
 
 		 660 aa  480  1e-134  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0106048 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0225  general secretion pathway protein D  40.32 
 
 		 655 aa  424  1e-117  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2401  general secretion pathway protein D  38.14 
 
 		 673 aa  400  9.999999999999999e-111  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.539176  hitchhiker  0.000473161 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2370  general secretion pathway protein D  36.49 
 
 		 670 aa  384  1e-105  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3580  helix-turn-helix, AraC type  35.19 
 
 		 666 aa  348  2e-94  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.18181  normal  0.716334 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0381  general secretion pathway protein D  34.98 
 
 		 650 aa  343  5e-93  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.693227  normal  0.206619 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0250  type II and III secretion system protein  34.51 
 
 		 703 aa  338  2.9999999999999997e-91  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.980463  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2927  general secretion pathway protein D  35.23 
 
 		 645 aa  334  3e-90  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.319356  normal  0.290619 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3315  general secretion pathway protein D  31.67 
 
 		 696 aa  331  2e-89  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1299  general secretion pathway protein D  56.89 
 
 		 716 aa  332  2e-89  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1470  general secretion pathway protein D  56.03 
 
 		 714 aa  330  4e-89  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2028  general secretion pathway protein D  34.94 
 
 		 658 aa  330  6e-89  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.547904  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4180  general secretion pathway protein D  35.9 
 
 		 650 aa  327  5e-88  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.304265  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23970  general secretion pathway protein D  34.46 
 
 		 658 aa  326  9e-88  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.598956  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1416  general secretion pathway protein D  35.02 
 
 		 634 aa  325  1e-87  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.67015  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40320  secretion protein XqhA  34.17 
 
 		 776 aa  320  5e-86  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.386319  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0141  general secretion pathway protein D  36.12 
 
 		 725 aa  318  2e-85  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7395  general secretion pathway protein D  34.83 
 
 		 717 aa  316  9e-85  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.103776  normal  0.699876 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3420  general secretion pathway protein D  33.08 
 
 		 758 aa  311  2.9999999999999997e-83  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.454827  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4160  general secretion pathway protein D  33.77 
 
 		 748 aa  302  1e-80  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2027  general secretion pathway protein D  34.37 
 
 		 649 aa  291  2e-77  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1274  type II protein secretion LspD  31.73 
 
 		 791 aa  290  6e-77  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1275  type II protein secretion LspD  31.56 
 
 		 791 aa  290  8e-77  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2211  general secretion pathway protein D  33.18 
 
 		 793 aa  284  3.0000000000000004e-75  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.971398  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5697  general secretion pathway protein D  31.42 
 
 		 787 aa  279  2e-73  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0549216 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2529  general secretion pathway protein D  30.8 
 
 		 728 aa  274  5.000000000000001e-72  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.151487  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3529  general secretion pathway protein D  31.65 
 
 		 740 aa  273  9e-72  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.22216  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3399  general secretion pathway protein D  30.45 
 
 		 807 aa  270  5.9999999999999995e-71  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1954  type II and III secretion system protein  29.54 
 
 		 750 aa  269  1e-70  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0109975  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0683  general secretion pathway protein D  31.05 
 
 		 641 aa  268  2.9999999999999995e-70  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00528314  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3427  general secretion pathway protein D  31.67 
 
 		 753 aa  267  4e-70  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000756806 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3136  general secretion pathway protein D  30.65 
 
 		 736 aa  266  8.999999999999999e-70  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.81817  hitchhiker  0.003504 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3052  general secretion pathway protein D  31.04 
 
 		 803 aa  266  1e-69  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0667  general secretion pathway protein D  29.81 
 
 		 781 aa  255  2.0000000000000002e-66  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.509623 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0646  general secretion pathway protein D  29.81 
 
 		 781 aa  254  3e-66  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0255398  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1041  general secretion pathway protein D  32.42 
 
 		 799 aa  254  4.0000000000000004e-66  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0180927  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0315  type II and III secretion system protein  30.18 
 
 		 732 aa  254  4.0000000000000004e-66  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.713775 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0756  general secretion pathway protein D  30.01 
 
 		 738 aa  249  1e-64  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.2147 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2653  type II and III secretion system protein  30.46 
 
 		 748 aa  248  2e-64  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0542  type II and III secretion system protein  30.77 
 
 		 702 aa  244  3e-63  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1073  general secretion pathway protein D  30.86 
 
 		 774 aa  242  1e-62  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1046  general secretion pathway protein D  38.78 
 
 		 584 aa  241  2.9999999999999997e-62  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.603917  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1087  general secretion pathway protein D  38.04 
 
 		 584 aa  240  6.999999999999999e-62  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.57571  normal  0.616621 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1329  type II and III secretion system protein  29.98 
 
 		 747 aa  240  6.999999999999999e-62  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1281  general secretion pathway protein D  29.43 
 
 		 648 aa  239  2e-61  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1043  general secretion pathway protein D  39.59 
 
 		 584 aa  232  1e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.795547  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0609  general secretion pathway protein D  30.99 
 
 		 635 aa  231  2e-59  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  9.73081e-17 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0329  general secretion pathway protein D, putative  31.85 
 
 		 632 aa  224  3e-57  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.989309  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0595  general secretion pathway protein D  30.74 
 
 		 630 aa  224  4e-57  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.788546  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3364  type II and III secretion system protein:NolW-like  30.72 
 
 		 636 aa  221  3.9999999999999997e-56  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000168391  normal  0.0105147 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0917  general secretion pathway protein D  39.54 
 
 		 810 aa  213  1e-53  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.460737  normal  0.382842 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0007  general secretion pathway protein D  37.11 
 
 		 744 aa  212  2e-53  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3244  type II and III secretion system protein  37.11 
 
 		 781 aa  210  6e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.549479 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3114  general secretory pathway D transmembrane protein  37.4 
 
 		 805 aa  206  8e-52  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.442209  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0062  general secretion pathway protein D  36.05 
 
 		 771 aa  204  4e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0052  general secretion pathway protein D  36.05 
 
 		 777 aa  204  4e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3175  type II and III secretion system protein  37.02 
 
 		 783 aa  204  5e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.114854  normal  0.0336738 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0007  general secretion pathway protein D  35.51 
 
 		 757 aa  204  5e-51  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0220  general secretion pathway protein D  35.51 
 
 		 750 aa  204  6e-51  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.960002  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2786  general secretion pathway protein D  35.51 
 
 		 757 aa  203  7e-51  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.136433  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1890  general secretion pathway protein D  35.51 
 
 		 757 aa  203  7e-51  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.189433  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3518  general secretion pathway protein D  35.51 
 
 		 757 aa  203  7e-51  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>