More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VC0395_A2213 on replicon NC_009457
Organism: Vibrio cholerae O395



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009457  VC0395_A2213  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  100 
 
 
297 aa  608  1e-173  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002320  Transcriptional regulator, LysR family  84.98 
 
 
303 aa  523  1e-147  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.726256  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00035  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  82.83 
 
 
302 aa  520  1e-146  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2714  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  70.99 
 
 
302 aa  450  1e-125  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4775  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  65.42 
 
 
305 aa  412  1e-114  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.760624  hitchhiker  0.00336049 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4079  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  64.41 
 
 
305 aa  407  1.0000000000000001e-112  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0119  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  64.41 
 
 
305 aa  407  1.0000000000000001e-112  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.985596  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0127  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  63.61 
 
 
305 aa  405  1.0000000000000001e-112  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.985261  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0138  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  64.41 
 
 
305 aa  407  1.0000000000000001e-112  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4453  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  65.17 
 
 
305 aa  402  1e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.730139  hitchhiker  0.0000741656 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4335  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  65.17 
 
 
305 aa  402  1e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.916411 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4530  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  65.17 
 
 
305 aa  402  1e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.236033  hitchhiker  0.00000332798 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4456  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  65.17 
 
 
305 aa  402  1e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000210908 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4366  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  65.17 
 
 
305 aa  402  1e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4025  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  65.52 
 
 
305 aa  402  1e-111  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0347786 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0187  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  63.61 
 
 
302 aa  403  1e-111  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3788  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  63.05 
 
 
302 aa  404  1e-111  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0193  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  63.61 
 
 
302 aa  404  1e-111  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03846  DNA-binding transcriptional dual regulator  64.16 
 
 
305 aa  400  9.999999999999999e-111  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.782076  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4025  transcriptional regulator, LysR family  64.16 
 
 
305 aa  400  9.999999999999999e-111  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4195  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  64.16 
 
 
305 aa  400  9.999999999999999e-111  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4409  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  64.16 
 
 
305 aa  400  9.999999999999999e-111  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.386018  normal  0.0576457 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03795  hypothetical protein  64.16 
 
 
305 aa  400  9.999999999999999e-111  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.675817  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4448  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  64.16 
 
 
305 aa  400  9.999999999999999e-111  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5423  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  64.16 
 
 
305 aa  400  9.999999999999999e-111  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.748146 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4055  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  64.16 
 
 
305 aa  400  9.999999999999999e-111  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.139508 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4503  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  64.16 
 
 
305 aa  400  9.999999999999999e-111  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.030834  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0036  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  60.2 
 
 
304 aa  373  1e-102  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3497  transcriptional regulator, substrate-binding, LysR family protein  55.44 
 
 
301 aa  327  2.0000000000000001e-88  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.794623  hitchhiker  0.0000380526 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4718  hydrogen peroxide-inducible genes activator  45.24 
 
 
299 aa  273  2.0000000000000002e-72  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04591  oxidative stress transcriptional regulator  46.58 
 
 
313 aa  248  1e-64  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4222  LysR family transcriptional regulator  46.39 
 
 
302 aa  246  3e-64  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.79182  normal  0.12833 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_03200  transcriptional regulator  45.02 
 
 
300 aa  244  1.9999999999999999e-63  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0871  oxidative stress transcriptional regulator  45.27 
 
 
311 aa  239  5e-62  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  decreased coverage  0.0000180312  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0783  LysR family transcriptional regulator  45.27 
 
 
311 aa  239  5e-62  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.33611  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1779  hydrogen peroxide-inducible genes activator  43.54 
 
 
296 aa  236  3e-61  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1778  hydrogen peroxide-inducible genes activator  43.54 
 
 
296 aa  234  1.0000000000000001e-60  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0520  hydrogen peroxide-inducible genes activator  44.26 
 
 
311 aa  234  1.0000000000000001e-60  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.454545  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1654  hydrogen peroxide-inducible genes activator  44.26 
 
 
311 aa  234  2.0000000000000002e-60  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00724333  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0687  transcriptional regulator, LysR family  46.58 
 
 
320 aa  233  4.0000000000000004e-60  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.366193 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2805  LysR family transcriptional regulator  41.43 
 
 
316 aa  227  2e-58  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2522  LysR family transcriptional regulator  40.69 
 
 
319 aa  225  6e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0196222  normal  0.718346 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2941  LysR family transcriptional regulator  41.07 
 
 
318 aa  224  1e-57  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0694604  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3987  LysR family transcriptional regulator  40.69 
 
 
319 aa  223  2e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.273719 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2953  transcriptional regulator, LysR family  40.93 
 
 
315 aa  224  2e-57  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.152689  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2690  hydrogen peroxide-inducible genes activator transcription regulator protein  41.07 
 
 
317 aa  223  3e-57  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.196884  normal  0.211159 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0711  transcriptional regulator, LysR family  40.69 
 
 
319 aa  223  3e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2542  transcriptional regulator, LysR family  40.93 
 
 
315 aa  222  4.9999999999999996e-57  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.42186  normal  0.238303 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2661  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 
319 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.230449 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0693  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 
319 aa  219  3e-56  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0589363  normal  0.107501 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0241  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 
319 aa  219  3e-56  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0594299  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0725  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 
319 aa  219  3e-56  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0640  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 
319 aa  219  3e-56  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3813  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 
319 aa  218  1e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0307  oxidative stress regulatory protein OxyR  39.31 
 
 
319 aa  216  2e-55  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3358  oxidative stress regulatory protein OxyR  39.31 
 
 
319 aa  217  2e-55  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2390  oxidative stress regulatory protein OxyR  39.31 
 
 
319 aa  216  2e-55  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3367  oxidative stress regulatory protein  39.31 
 
 
319 aa  217  2e-55  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0672559  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1168  oxidative stress regulatory protein OxyR  39.31 
 
 
319 aa  216  2e-55  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1281  oxidative stress regulatory protein OxyR  39.31 
 
 
319 aa  217  2e-55  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3324  oxidative stress regulatory protein OxyR  39.31 
 
 
319 aa  217  2e-55  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.519513  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0615  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 
319 aa  217  2e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2576  oxidative stress regulatory protein OxyR  39.31 
 
 
319 aa  216  2e-55  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2340  transcriptional regulator, LysR family  39.86 
 
 
313 aa  216  4e-55  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1615  LysR family transcriptional regulator  41.49 
 
 
311 aa  216  4e-55  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0196883 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2782  LysR family transcriptional regulator  39.53 
 
 
301 aa  215  9e-55  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.427064  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2323  oxidative stress transcriptional regulator  41.36 
 
 
301 aa  214  9.999999999999999e-55  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.523521  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0334  LysR family transcriptional regulator  38.28 
 
 
320 aa  214  9.999999999999999e-55  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2425  LysR family transcriptional regulator  43.69 
 
 
308 aa  213  1.9999999999999998e-54  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.540189  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0029  regulatory protein, LysR  40.86 
 
 
304 aa  213  2.9999999999999995e-54  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.242113 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2864  LysR family transcriptional regulator  42.37 
 
 
313 aa  213  3.9999999999999995e-54  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0434  transcriptional regulator, LysR family  39.26 
 
 
312 aa  212  5.999999999999999e-54  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.351851  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0036  LysR family transcriptional regulator  39.53 
 
 
301 aa  211  1e-53  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0631  LysR family transcriptional regulator  41.1 
 
 
311 aa  210  2e-53  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.808562  normal  0.903361 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0334  transcriptional regulator, LysR family  40.55 
 
 
323 aa  210  3e-53  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.937617  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0202  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  38.01 
 
 
307 aa  209  4e-53  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0323  transcriptional regulator, LysR family  40.55 
 
 
323 aa  209  5e-53  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.712215  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0377  LysR family transcriptional regulator  39.59 
 
 
321 aa  207  2e-52  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.34254  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0066  oxidative stress regulatory protein OxyR, putative  37.67 
 
 
307 aa  206  3e-52  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0164  LysR family transcriptional regulator  38.18 
 
 
308 aa  206  5e-52  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.474897  normal  0.112541 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0312  LysR family transcriptional regulator  40.21 
 
 
323 aa  205  7e-52  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3681  LysR family transcriptional regulator  39.79 
 
 
317 aa  205  7e-52  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.555356  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5309  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 
308 aa  205  8e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.164035 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5218  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 
308 aa  205  8e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.327028 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5357  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 
308 aa  205  9e-52  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.164156  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0224  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 
312 aa  205  9e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.280069 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2432  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 
320 aa  205  9e-52  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1013  LysR family transcriptional regulator  38.91 
 
 
321 aa  204  2e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0736859  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5250  transcriptional regulator, LysR family  42.47 
 
 
313 aa  204  2e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.923555  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0368  transcriptional regulator, LysR family  39.25 
 
 
321 aa  203  3e-51  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.257927  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5066  transcriptional regulator, LysR family  38.91 
 
 
321 aa  203  3e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0103  transcriptional regulator, LysR family  39.13 
 
 
318 aa  203  3e-51  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3739  LysR family transcriptional regulator  39.07 
 
 
307 aa  202  4e-51  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.717698  normal  0.345409 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48440  Transcriptional regulator, LysR family protein  37.33 
 
 
311 aa  202  5e-51  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0556278  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3535  transcriptional regulator, LysR family  41.1 
 
 
323 aa  202  7e-51  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.300958  normal  0.425452 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2334  LysR family transcriptional regulator  39.46 
 
 
322 aa  201  9e-51  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.618914 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3211  LysR substrate-binding  41.1 
 
 
323 aa  201  9e-51  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.847319  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0594  LysR family transcriptional regulator  38.57 
 
 
321 aa  201  9.999999999999999e-51  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3406  transcriptional regulator, LysR family  40.75 
 
 
336 aa  201  9.999999999999999e-51  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3244  LysR family transcriptional regulator  37.13 
 
 
306 aa  201  9.999999999999999e-51  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>