More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VC0395_A1907 on replicon NC_009457
Organism: Vibrio cholerae O395



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009457  VC0395_A1907  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 304 aa  624  1e-178  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002681  transcriptional regulator LysR family  74.83 
 
 		 308 aa  469  1.0000000000000001e-131  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000951441  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03305  transcriptional regulator  73.13 
 
 		 305 aa  454  1e-127  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2531  LysR family transcriptional regulator  68.33 
 
 		 300 aa  426  1e-118  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0783  transcriptional regulator, LysR family protein  67.23 
 
 		 300 aa  410  1e-113  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0678  HTH-type transciptional regulator, LysR-family  56.64 
 
 		 291 aa  335  3.9999999999999995e-91  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0849029  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1386  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  39.93 
 
 		 308 aa  227  2e-58  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4022  LysR family transcriptional regulator  40.97 
 
 		 308 aa  227  2e-58  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000162423 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1184  LysR family transcriptional regulator  40.28 
 
 		 308 aa  225  6e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.204393 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1239  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 308 aa  225  7e-58  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.603267  hitchhiker  0.00000000418584 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1292  LysR family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 308 aa  224  1e-57  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.781932 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1637  LysR family transcriptional regulator  39.59 
 
 		 308 aa  223  2e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.841057  normal  0.105618 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4025  transcriptional regulator, LysR family  39.58 
 
 		 308 aa  224  2e-57  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.854112  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4080  LysR family transcriptional regulator  40.28 
 
 		 308 aa  223  2e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1732  putative transcriptional regulator  40.97 
 
 		 308 aa  223  4e-57  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.470848  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20130  LysR family transcriptional regulator  40.97 
 
 		 308 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3312  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  39.2 
 
 		 317 aa  213  3.9999999999999995e-54  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.404557 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2419  putative DNA-binding transcriptional regulator  38.75 
 
 		 292 aa  211  1e-53  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3540  transcriptional regulator, LysR family  38.87 
 
 		 317 aa  211  2e-53  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0726  LysR family transcriptional regulator  40.42 
 
 		 308 aa  210  3e-53  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.414898  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1928  putative DNA-binding transcriptional regulator  37.72 
 
 		 290 aa  210  3e-53  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0121617  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2754  putative DNA-binding transcriptional regulator  39.79 
 
 		 290 aa  209  6e-53  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.810251  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2672  putative DNA-binding transcriptional regulator  39.79 
 
 		 290 aa  209  6e-53  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1535  putative DNA-binding transcriptional regulator  39.79 
 
 		 290 aa  209  6e-53  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0934769  normal  0.198722 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1657  putative DNA-binding transcriptional regulator  37.37 
 
 		 290 aa  208  9e-53  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0307226  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0127  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 308 aa  206  4e-52  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38480  FinR, transcriptional regulator, LysR-family  40.97 
 
 		 308 aa  206  4e-52  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2324  putative DNA-binding transcriptional regulator  38.06 
 
 		 286 aa  206  5e-52  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1537  LysR family transcriptional regulator  36.96 
 
 		 307 aa  205  1e-51  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000000000701673  normal  0.891545 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1763  LysR family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 296 aa  204  2e-51  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3225  putative DNA-binding transcriptional regulator  39.79 
 
 		 291 aa  203  3e-51  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000454466 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0809  putative DNA-binding transcriptional regulator  38.75 
 
 		 293 aa  202  7e-51  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0657  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 297 aa  202  7e-51  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0325779  normal  0.831688 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02086  predicted DNA-binding transcriptional regulator  38.75 
 
 		 293 aa  202  8e-51  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0640427  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3293  putative DNA-binding transcriptional regulator  38.75 
 
 		 293 aa  202  8e-51  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.020887  normal  0.438576 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2293  putative DNA-binding transcriptional regulator  38.75 
 
 		 293 aa  202  8e-51  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2454  putative DNA-binding transcriptional regulator  38.75 
 
 		 293 aa  202  8e-51  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02045  hypothetical protein  38.75 
 
 		 293 aa  202  8e-51  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.074382  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2304  putative DNA-binding transcriptional regulator  38.75 
 
 		 293 aa  202  8e-51  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00791446 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1478  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.58 
 
 		 347 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2680  transcriptional regulator, LysR family  41.52 
 
 		 308 aa  201  9.999999999999999e-51  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.578382  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4612  transcriptional regulator, LysR family  37.63 
 
 		 298 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.681307  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2392  putative DNA-binding transcriptional regulator  38.75 
 
 		 287 aa  200  3e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.26292  hitchhiker  0.00212314 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2550  putative DNA-binding transcriptional regulator  38.75 
 
 		 287 aa  200  3e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00111574 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2348  putative DNA-binding transcriptional regulator  38.75 
 
 		 287 aa  200  3e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000261353  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2440  putative DNA-binding transcriptional regulator  38.75 
 
 		 287 aa  200  3e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.924518 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2436  putative DNA-binding transcriptional regulator  38.75 
 
 		 287 aa  200  3e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0199714 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2307  transcriptional regulator, LysR family  38.57 
 
 		 304 aa  191  1e-47  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.870686  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2818  LysR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 304 aa  191  1e-47  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.246785  normal  0.200278 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6168  putative transcriptional regulator  35.42 
 
 		 296 aa  188  8e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.220915  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71090  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 297 aa  188  8e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5196  LysR family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 308 aa  187  2e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2284  LysR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 305 aa  187  2e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.471609  hitchhiker  0.00164938 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0953  transcriptional regulator, LysR family  38 
 
 		 311 aa  185  8e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0145345  decreased coverage  0.00704929 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2758  putative DNA-binding transcriptional regulator  35.64 
 
 		 288 aa  185  1.0000000000000001e-45  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1501  transcriptional regulator, LysR family  38.49 
 
 		 268 aa  183  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000205194  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1491  putative DNA-binding transcriptional regulator  38.49 
 
 		 268 aa  183  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000696654  normal  0.0147604 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2180  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 297 aa  183  4.0000000000000006e-45  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000148525  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2242  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.12 
 
 		 303 aa  182  5.0000000000000004e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1882  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 302 aa  182  5.0000000000000004e-45  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0108244  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1050  transcriptional regulator, LysR family  38.7 
 
 		 308 aa  182  5.0000000000000004e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0198617  normal  0.025944 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2817  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 296 aa  182  8.000000000000001e-45  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1857  LysR family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 301 aa  181  2e-44  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.110484  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1991  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 298 aa  181  2e-44  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000289116  hitchhiker  0.00000179151 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1597  putative transcriptional regulator LysR-type  35.54 
 
 		 308 aa  179  4.999999999999999e-44  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4699  LysR family substrate binding transcriptional regulator  35.89 
 
 		 296 aa  174  9.999999999999999e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0186  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 296 aa  175  9.999999999999999e-43  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000312054  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1110  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  37.28 
 
 		 306 aa  174  1.9999999999999998e-42  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00000488361  normal  0.138015 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3816  transcriptional regulator, LysR family  35.64 
 
 		 313 aa  173  3.9999999999999995e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0677379  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0861  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 325 aa  172  3.9999999999999995e-42  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.278142  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2609  LysR family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 299 aa  171  1e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000000141724  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5712  LysR family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 301 aa  169  4e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0283707 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2404  LysR family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 298 aa  169  7e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000653141  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0953  transcriptional regulator, LysR family  34.97 
 
 		 294 aa  166  5.9999999999999996e-40  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3997  LysR family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 323 aa  162  6e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.256903  normal  0.0346423 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0475  LysR family transcriptional regulator  34.41 
 
 		 301 aa  161  1e-38  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000111111  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1712  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 303 aa  161  1e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00125801 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0284  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 294 aa  160  2e-38  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0411  LysR family transcriptional regulator  30.92 
 
 		 308 aa  159  6e-38  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2375  LysR family transcriptional regulator  35.46 
 
 		 303 aa  158  1e-37  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2469  transcriptional regulator, LysR family protein  32.62 
 
 		 297 aa  157  3e-37  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.101022  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1631  transcriptional regulator, LysR family  35.86 
 
 		 291 aa  156  4e-37  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.172115  normal  0.256911 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05922  transcriptional regulator  35 
 
 		 324 aa  156  5.0000000000000005e-37  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1778  LysR family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 298 aa  156  5.0000000000000005e-37  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000181213  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1791  LysR family transcriptional regulator  34.16 
 
 		 290 aa  156  5.0000000000000005e-37  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.027343 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000192  transcriptional regulator LysR family  34.64 
 
 		 301 aa  155  8e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0226889  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2387  LysR family transcriptional regulator  34.75 
 
 		 304 aa  155  8e-37  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0274334 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1675  LysR family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 301 aa  154  1e-36  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2879  LysR family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 301 aa  155  1e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00417764 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3384  LysR family transcriptional regulator  32.07 
 
 		 295 aa  154  2e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.478481  normal  0.271127 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0509  transcriptional regulator, LysR family  35.32 
 
 		 293 aa  152  5e-36  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.187244  hitchhiker  0.00160332 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4023  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 310 aa  152  5.9999999999999996e-36  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.576826 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1998  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 312 aa  152  8e-36  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000276986  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1985  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.1 
 
 		 300 aa  152  8e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.464368 
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6941  transcriptional regulator, LysR family  34.07 
 
 		 298 aa  152  8e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2325  transcriptional regulator, LysR family  35.15 
 
 		 302 aa  152  8.999999999999999e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000016984  decreased coverage  0.0000296427 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2367  LysR family transcriptional regulator  35.49 
 
 		 299 aa  152  8.999999999999999e-36  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000294831  normal  0.0193468 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2013  LysR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 312 aa  151  1e-35  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000000207825  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2159  LysR family transcriptional regulator  35.49 
 
 		 304 aa  151  1e-35  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000106739  normal  0.0959224 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2236  LysR family transcriptional regulator  35.49 
 
 		 304 aa  151  1e-35  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000156139  normal  0.533815 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>