193 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VC0395_A1297 on replicon NC_009457
Organism: Vibrio cholerae O395



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009457  VC0395_A1297  cytochrome c-type protein TorC  100 
 
 
394 aa  830  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003826  cytochrome c-type protein TorY  82.77 
 
 
383 aa  689  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0773  cytochrome c-type protein  71.83 
 
 
392 aa  619  1e-176  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3525  trimethylamine-N-oxide reductase c-type cytochrome TorC  56.12 
 
 
392 aa  473  1e-132  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1052  trimethylamine-N-oxide reductase c-type cytochrome TorC  55.7 
 
 
392 aa  472  1e-132  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.653719  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1233  tetraheme cytochrome c  55.95 
 
 
392 aa  473  1e-132  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3351  trimethylamine-N-oxide reductase c-type cytochrome TorC  55.24 
 
 
392 aa  471  1e-132  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3212  trimethylamine-N-oxide reductase c-type cytochrome TorC  55.24 
 
 
392 aa  471  1e-132  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1155  trimethylamine-N-oxide reductase c-type cytochrome TorC  55.24 
 
 
392 aa  471  1e-132  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3212  trimethylamine-N-oxide reductase c-type cytochrome TorC  54.99 
 
 
392 aa  469  1e-131  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1056  trimethylamine-N-oxide reductase c-type cytochrome TorC  55.44 
 
 
392 aa  471  1e-131  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1117  trimethylamine-N-oxide reductase c-type cytochrome TorC  55.24 
 
 
392 aa  471  1e-131  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.514316  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3342  trimethylamine-N-oxide reductase c-type cytochrome TorC  55.24 
 
 
392 aa  469  1e-131  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.688416  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3359  trimethylamine-N-oxide reductase C-type cytochrome TorC  54.87 
 
 
392 aa  471  1e-131  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2797  trimethylamine-N-oxide reductase c-type cytochrome TorC  54.59 
 
 
392 aa  463  1e-129  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.135718 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1832  cytochrome c-type protein TorC  54.9 
 
 
392 aa  463  1e-129  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.826575  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0988  tetraheme cytochrome c  56.07 
 
 
391 aa  455  1e-127  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1995  trimethylamine-N-oxide reductase c-type cytochrome TorC  53.83 
 
 
392 aa  452  1e-126  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.783137  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2730  trimethylamine-N-oxide reductase c-type cytochrome TorC  52.16 
 
 
407 aa  447  1e-124  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0213  trimethylamine-N-oxide reductase c-type cytochrome TorC  49.23 
 
 
411 aa  408  1e-112  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.460429  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1672  cytochrome c-type protein  44.71 
 
 
389 aa  342  5e-93  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4034  trimethylamine-N-oxide reductase c-type cytochrome TorC  42.05 
 
 
394 aa  319  4e-86  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4155  cytochrome c-type protein torC  42.05 
 
 
394 aa  319  4e-86  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4213  trimethylamine-N-oxide reductase c-type cytochrome TorC  42.05 
 
 
394 aa  319  4e-86  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4106  trimethylamine-N-oxide reductase c-type cytochrome TorC  42.05 
 
 
394 aa  319  6e-86  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4051  trimethylamine-N-oxide reductase c-type cytochrome TorC  41.79 
 
 
394 aa  317  2e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2599  trimethylamine-N-oxide reductase c-type cytochrome TorC  41.39 
 
 
390 aa  309  5e-83  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.426905 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2646  trimethylamine-N-oxide reductase c-type cytochrome TorC  41.39 
 
 
390 aa  309  5e-83  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1107  cytochrome c-type protein torC  41.39 
 
 
390 aa  309  5e-83  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1232  cytochrome c-type protein torC  41.13 
 
 
390 aa  308  1e-82  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1113  cytochrome c-type protein torC  41.39 
 
 
390 aa  308  1e-82  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.444567  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01006  hypothetical protein  41.13 
 
 
390 aa  306  4e-82  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00999  trimethylamine N-oxide (TMAO) reductase I, cytochrome c-type subunit  41.13 
 
 
390 aa  306  4e-82  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2128  cytochrome c-type protein torC  40.62 
 
 
390 aa  305  8e-82  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3773  trimethylamine-N-oxide reductase c-type cytochrome TorC  38.56 
 
 
392 aa  285  7e-76  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0656  NapC/NirT cytochrome c-like  41.27 
 
 
389 aa  285  1e-75  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.57103 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3046  DMSO/TMAO pentaheme cytochrome c subunit  38.3 
 
 
392 aa  284  2e-75  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1283  membrane-bound tetrahaem cytochrome TorC/YecK  39.23 
 
 
392 aa  273  3e-72  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2440  periplasmic nitrate (or nitrite) reductase c-type cytochrome, NapC/NirT family  65.24 
 
 
195 aa  272  6e-72  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.43164 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2846  periplasmic nitrate (or nitrite) reductase c-type cytochrome, NapC/NirT family  65.24 
 
 
195 aa  272  6e-72  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.271621  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2983  periplasmic nitrate reductase subunit NapC  66.31 
 
 
198 aa  271  1e-71  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.000569664  normal  0.0718991 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4207  cytochrome c-type protein NapC  67.37 
 
 
198 aa  271  1e-71  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.27293  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49270  cytochrome c-type protein NapC  66.84 
 
 
198 aa  270  2e-71  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0776862  normal  0.0378882 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2381  periplasmic nitrate (or nitrite) reductase c-type cytochrome, NapC/NirT family  65.24 
 
 
195 aa  270  3e-71  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000554571  normal  0.329531 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1844  periplasmic nitrate reductase subunit NapC  64.71 
 
 
195 aa  270  3e-71  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.413955  hitchhiker  0.000210051 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1749  NapC/NirT cytochrome c-like  38.4 
 
 
385 aa  270  3e-71  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.154925 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1945  NapC/NirT family periplasmic nitrate (or nitrite) reductase c-type cytochrome  65.24 
 
 
195 aa  270  3e-71  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00277944  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1938  NapC/NirT family periplasmic nitrate (or nitrite) reductase c-type cytochrome  65.24 
 
 
195 aa  270  4e-71  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00561646  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4061  periplasmic nitrate reductase c-type cytochrome NapC/NirT  65.24 
 
 
195 aa  270  4e-71  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.418249  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2425  NapC/NirT family periplasmic nitrate (or nitrite) reductase c-type cytochrome  63.64 
 
 
199 aa  269  5e-71  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2133  periplasmic nitrate reductase subunit NapC  64.71 
 
 
195 aa  269  5e-71  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000264012 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1902  periplasmic nitrate reductase subunit NapC  64.71 
 
 
195 aa  269  5e-71  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.526119  hitchhiker  8.39402e-07 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1905  NapC/NirT family periplasmic nitrate (or nitrite) reductase c-type cytochrome  64.17 
 
 
195 aa  268  9e-71  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1912  NapC/NirT family periplasmic nitrate (or nitrite) reductase c-type cytochrome  64.71 
 
 
195 aa  267  2e-70  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00847918  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4765  periplasmic nitrate reductase subunit NapC  64.71 
 
 
195 aa  267  2e-70  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.719721  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1624  periplasmic nitrate reductase C-type cytochrome, NapC/NirT  65.03 
 
 
195 aa  267  3e-70  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.123114  normal  0.442563 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0369  periplasmic nitrate reductase subunit NapC  63.1 
 
 
204 aa  264  2e-69  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000187536 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1772  NapC/NirT family periplasmic nitrate (or nitrite) reductase c-type cytochrome  61.22 
 
 
195 aa  264  2e-69  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1055  cytochrome c-type protein NapC  63.64 
 
 
195 aa  264  2e-69  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2551  periplasmic nitrate (or nitrite) reductase c-type cytochrome, NapC/NirT family protein  65.56 
 
 
199 aa  264  3e-69  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.476596  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1499  periplasmic nitrate reductase c-type cytochrome, NapC/NirT  65.19 
 
 
195 aa  263  3e-69  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.924736  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2678  NapC/NirT family periplasmic nitrate (or nitrite) reductase c-type cytochrome  61.22 
 
 
199 aa  263  6e-69  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.401671  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4723  NapC/NirT family periplasmic nitrate (or nitrite) reductase c-type cytochrome  66.11 
 
 
237 aa  259  7e-68  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0585086  normal  0.100383 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5182  NapC/NirT family periplasmic nitrate (or nitrite) reductase c-type cytochrome  60.29 
 
 
233 aa  258  1e-67  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.477551 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0086  periplasmic nitrate reductase subunit NapC  69.41 
 
 
171 aa  256  5e-67  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1875  NapC/NirT cytochrome c-like  37.11 
 
 
391 aa  251  1e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0954  periplasmic nitrate reductase c-type cytochrome, NapC/NirT  61.11 
 
 
212 aa  251  1e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.448088 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1860  periplasmic nitrate reductase subunit NapC  60.87 
 
 
220 aa  246  7e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.791611  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2936  NapC/NirT cytochrome c domain protein  57.84 
 
 
234 aa  244  2e-63  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.441265  normal 
 
 
-
 
NC_007489  RSP_4118  periplasmic nitrate reductase subunit NapC  59.04 
 
 
227 aa  241  1e-62  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1017  NapC/NirT cytochrome c domain-containing protein  60.53 
 
 
204 aa  240  3e-62  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4219  NapC/NirT cytochrome c domain-containing protein  36.59 
 
 
359 aa  240  3e-62  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0284374  normal 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_3992  hypothetical protein  57.98 
 
 
222 aa  238  1e-61  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0212723  normal  0.240868 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2788  cytochrome c-type protein NapC  54.64 
 
 
200 aa  234  2e-60  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.0166943 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1275  cytochrome c-type protein NapC  54.64 
 
 
199 aa  234  2e-60  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1389  cytochrome c-type protein NapC  54.64 
 
 
199 aa  234  2e-60  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.701394  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2439  cytochrome c-type protein NapC  54.45 
 
 
200 aa  233  5e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.119993  normal  0.568439 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2481  cytochrome c-type protein NapC  54.45 
 
 
200 aa  233  5e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2598  cytochrome c-type protein NapC  54.45 
 
 
200 aa  233  5e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.374466 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2390  cytochrome c-type protein NapC  54.45 
 
 
200 aa  233  5e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2495  cytochrome c-type protein NapC  54.45 
 
 
200 aa  233  5e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00306548 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2501  cytochrome c-type protein NapC  53.37 
 
 
200 aa  232  9e-60  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2350  cytochrome c-type protein NapC  53.37 
 
 
200 aa  232  9e-60  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0739  cytochrome c-type protein NapC  53.37 
 
 
200 aa  232  9e-60  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3339  cytochrome c-type protein NapC  53.37 
 
 
200 aa  232  9e-60  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2340  cytochrome c-type protein NapC  53.37 
 
 
200 aa  232  9e-60  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02088  hypothetical protein  53.37 
 
 
200 aa  232  9e-60  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.254061  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1457  periplasmic nitrate (or nitrite) reductase c-type cytochrome, NapC/NirT family  53.37 
 
 
200 aa  232  9e-60  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02129  nitrate reductase, cytochrome c-type, periplasmic  53.37 
 
 
200 aa  232  9e-60  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.268616  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2617  NapC/NirT cytochrome c domain protein  56.59 
 
 
203 aa  231  1e-59  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.245408  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1448  cytochrome c-type protein NapC  53.37 
 
 
200 aa  232  1e-59  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05451  cytochrome c protein, subunit of nitrate reductase  33.69 
 
 
361 aa  230  3e-59  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3218  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  53.48 
 
 
234 aa  222  9e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1339  NapC/NirT cytochrome c domain-containing protein  52.17 
 
 
233 aa  221  2e-56  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2579  NapC/NirT cytochrome c, N-terminal  53.8 
 
 
191 aa  221  2e-56  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.123088  normal  0.367368 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3232  NapC/NirT cytochrome c domain-containing protein  32.38 
 
 
386 aa  217  3e-55  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  decreased coverage  4.48194e-07 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3513  periplasmic nitrate reductase subunit NapC  56.65 
 
 
215 aa  216  4e-55  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.654609  normal  0.0192355 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3484  cytochrome c-type protein NapC  54.97 
 
 
205 aa  216  7e-55  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0382018  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1338  NapC/NirT cytochrome c domain-containing protein  48.91 
 
 
202 aa  212  1e-53  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0619  periplasmic nitrate reductase, cytochrome c-type protein  52.17 
 
 
191 aa  210  3e-53  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>