More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VC0395_A1279 on replicon NC_009457
Organism: Vibrio cholerae O395



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009457  VC0395_A1279  HlyD family secretion protein  100 
 
 
359 aa  731    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003810  linker protein putative  64.99 
 
 
365 aa  474  1e-132  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01876  hypothetical protein  61.9 
 
 
359 aa  450  1e-125  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1352  organic solvent efflux pump precursor (periplasmic linker protein component)  58.33 
 
 
359 aa  391  1e-108  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.896212  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4144  RND family efflux transporter MFP subunit  45.59 
 
 
365 aa  303  3.0000000000000004e-81  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.473768 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0674  periplasmic linker protein  32.15 
 
 
358 aa  176  4e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1351  putative multidrug resistance protein precursor  34.46 
 
 
357 aa  176  7e-43  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3992  RND efflux system membrane fusion protein  31.75 
 
 
366 aa  170  3e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3664  RND family efflux transporter MFP subunit  32.48 
 
 
370 aa  169  6e-41  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01875  hypothetical protein  31.91 
 
 
343 aa  162  6e-39  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1280  putative multidrug resistance protein  32.76 
 
 
343 aa  161  2e-38  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1354  HlyD family secretion protein  30.03 
 
 
364 aa  161  2e-38  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000000336467  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0034  secretion protein, HlyD family  28.41 
 
 
369 aa  159  6e-38  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003811  membrane-fusion protein  32.15 
 
 
343 aa  158  1e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1730  RND family efflux transporter MFP subunit  31.13 
 
 
368 aa  158  1e-37  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.674972  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0056  secretion protein HlyD  26.48 
 
 
354 aa  156  7e-37  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4314  RND family efflux transporter MFP subunit  31.25 
 
 
360 aa  155  1e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00180968  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0673  multidrug resistance protein  35.61 
 
 
354 aa  154  2e-36  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000228  membrane-fusion protein  30.51 
 
 
357 aa  153  5.9999999999999996e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1715  acriflavin resistance periplasmic protein  28.16 
 
 
357 aa  152  8.999999999999999e-36  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000921401  normal  0.0591325 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05965  hypothetical protein  30.46 
 
 
357 aa  152  1e-35  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1916  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.85 
 
 
388 aa  150  4e-35  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.631291  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0467  RND family efflux transporter MFP subunit  29.8 
 
 
360 aa  149  7e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.949455  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0671  secretion protein HlyD  29.11 
 
 
432 aa  149  8e-35  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3695  RND family efflux transporter MFP subunit  28.57 
 
 
360 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.101272  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3712  RND family efflux transporter MFP subunit  31.36 
 
 
367 aa  149  1.0000000000000001e-34  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.975013  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1435  RND family efflux transporter MFP subunit  31.49 
 
 
359 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0641  RND family efflux transporter MFP subunit  30.86 
 
 
360 aa  146  6e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0664  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.86 
 
 
360 aa  146  6e-34  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3401  RND family efflux transporter MFP subunit  30.91 
 
 
360 aa  145  1e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.392528  hitchhiker  0.00103818 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0849  RND family efflux transporter MFP subunit  28.94 
 
 
360 aa  144  2e-33  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.880012  normal  0.445386 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3643  RND family efflux transporter MFP subunit  28.94 
 
 
360 aa  144  2e-33  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0630  RND family efflux transporter MFP subunit  30.37 
 
 
364 aa  144  2e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3513  RND family efflux transporter MFP subunit  28.94 
 
 
360 aa  144  2e-33  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0668  RND family efflux transporter MFP subunit  30.4 
 
 
360 aa  144  3e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000227  periplasmic linker protein  29.68 
 
 
353 aa  143  6e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0551  RND family efflux transporter MFP subunit  30.6 
 
 
360 aa  142  9e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.139954 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2715  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.37 
 
 
366 aa  141  1.9999999999999998e-32  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.37732  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1418  RND family efflux transporter MFP subunit  30.11 
 
 
384 aa  140  4.999999999999999e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.267918  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3571  RND family efflux transporter MFP subunit  30.91 
 
 
360 aa  139  6e-32  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.239658  normal  0.276589 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1613  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.3 
 
 
469 aa  139  7e-32  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2871  RND family efflux transporter MFP subunit  31.76 
 
 
357 aa  139  8.999999999999999e-32  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2293  RND family efflux transporter MFP subunit  29.36 
 
 
371 aa  137  4e-31  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3848  RND family efflux transporter MFP subunit  27.17 
 
 
361 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.918542  normal  0.711455 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0697  RND family efflux transporter MFP subunit  29.65 
 
 
359 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2870  RND family efflux transporter MFP subunit  29.22 
 
 
351 aa  129  6e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.551784  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3470  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.81 
 
 
379 aa  129  7.000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.430372  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1511  secretion protein HlyD  27.95 
 
 
357 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3758  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.44 
 
 
379 aa  128  2.0000000000000002e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0730  RND family efflux transporter MFP subunit  30.08 
 
 
350 aa  127  3e-28  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.13685  normal  0.700394 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2562  RND family efflux transporter MFP subunit  23.28 
 
 
389 aa  124  2e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.718255  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2567  RND family efflux transporter MFP subunit  28.39 
 
 
331 aa  124  2e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.17029 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4143  RND family efflux transporter MFP subunit  27.98 
 
 
343 aa  122  9e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.478516 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02529  putative multidrug resistance protein (substrate binding lipoprotein)  26.68 
 
 
403 aa  122  9.999999999999999e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0793  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.87 
 
 
390 aa  122  9.999999999999999e-27  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3773  RND family efflux transporter MFP subunit  27.65 
 
 
384 aa  120  3e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.265534  normal  0.799504 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2115  RND family efflux transporter MFP subunit  26.8 
 
 
358 aa  120  3.9999999999999996e-26  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.243289  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1079  secretion protein HlyD  29.72 
 
 
366 aa  120  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.984606 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2690  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.89 
 
 
360 aa  117  3e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1510  secretion protein HlyD  27.22 
 
 
357 aa  117  3.9999999999999997e-25  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2814  RND family efflux transporter MFP subunit  29.25 
 
 
370 aa  115  7.999999999999999e-25  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2778  RND family efflux transporter MFP subunit  27.58 
 
 
359 aa  115  7.999999999999999e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.223876 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1924  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.03 
 
 
352 aa  115  1.0000000000000001e-24  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.896235 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3351  RND family efflux transporter MFP subunit  27.57 
 
 
367 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2234  RND family efflux transporter MFP subunit  27.16 
 
 
407 aa  110  3e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.282252  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1462  RND efflux membrane fusion protein precursor  28.75 
 
 
367 aa  110  5e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16800  putative efflux transmembrane protein  28.75 
 
 
367 aa  109  6e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0868415  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2557  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.34 
 
 
356 aa  109  7.000000000000001e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.000000027885  normal  0.211023 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4207  RND family efflux transporter MFP subunit  29.43 
 
 
366 aa  109  8.000000000000001e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.647045 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1263  efflux transporter  25.4 
 
 
415 aa  108  1e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.471028  normal  0.778162 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02664  putative multidrug resistance protein (substrate binding lipoprotein)  27.55 
 
 
359 aa  108  1e-22  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0150101  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1516  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.13 
 
 
366 aa  108  2e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3493  RND family efflux transporter MFP subunit  28.29 
 
 
381 aa  108  2e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5192  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.7 
 
 
356 aa  107  3e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1122  RND family efflux transporter MFP subunit  29.19 
 
 
366 aa  107  3e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0231  secretion protein HlyD  28.96 
 
 
354 aa  107  4e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1660  RND family efflux transporter MFP subunit  29.32 
 
 
361 aa  107  4e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4102  RND family efflux transporter MFP subunit  28.62 
 
 
366 aa  106  6e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1660  RND family efflux transporter MFP subunit  29.64 
 
 
369 aa  106  6e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5483  HlyD family secretion protein  28.41 
 
 
396 aa  106  7e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0155996  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1421  HlyD family secretion protein  27.74 
 
 
354 aa  105  9e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0100677  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3539  RND family efflux transporter MFP subunit  28.62 
 
 
392 aa  105  1e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0345  secretion protein HlyD  29.55 
 
 
361 aa  104  2e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.336549 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3340  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31 
 
 
379 aa  104  2e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0630  secretion protein HlyD  27.16 
 
 
357 aa  104  2e-21  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0232449  normal  0.116732 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0015  secretion protein, HlyD family  25.96 
 
 
372 aa  104  3e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3131  secretion protein HlyD  26.9 
 
 
363 aa  103  5e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.735534  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1752  RND family efflux transporter MFP subunit  28.48 
 
 
369 aa  103  6e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6340  secretion protein HlyD  28.48 
 
 
369 aa  103  6e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.900675  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1739  RND family efflux transporter MFP subunit  28.48 
 
 
369 aa  103  6e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.357806  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0736  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.36 
 
 
361 aa  102  9e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5193  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.81 
 
 
372 aa  102  1e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3002  membrane-fusion protein, component of multidrug efflux system  25.87 
 
 
367 aa  102  1e-20  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2684  multidrug efflux system subunit MdtA  27.71 
 
 
411 aa  102  1e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01979  multidrug efflux system, subunit A  28.1 
 
 
415 aa  101  2e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01971  hypothetical protein  28.1 
 
 
415 aa  101  2e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2381  RND family efflux transporter MFP subunit  24.43 
 
 
357 aa  101  2e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1216  RND family efflux transporter MFP subunit  25.96 
 
 
379 aa  100  3e-20  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.152303  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0827  RND family efflux transporter MFP subunit  29.27 
 
 
374 aa  100  3e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.308781  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3238  RND family efflux transporter MFP subunit  25.62 
 
 
368 aa  100  3e-20  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>